ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51879

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 2, 4, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.035, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.003, 0.011, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.020, 0.033, 0.047, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.042, 0.085, 0.128, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.085 std_dev=0.043
N4 A 0, 0.061, 0.104, 0.147, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.104 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.012, 0.114, 0.215, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.114 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.050, 0.197, 0.344, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.197 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.051, 0.204, 0.357, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.204 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.091, 0.313, 0.534, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.313 std_dev=0.222
O2' A 0, 0.091, 0.318, 0.545, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.318 std_dev=0.227
N3 B 0, 0.223, 0.452, 0.682, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.452 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.074, 0.364, 0.654, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.364 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.207, 0.511, 0.816, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.511 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.224, 0.535, 0.847, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.535 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.136, 0.493, 0.850, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.493 std_dev=0.357
C5 B 0, 0.218, 0.613, 1.008, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.613 std_dev=0.395
N9 B 0, 0.256, 0.658, 1.060, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.658 std_dev=0.402
N1 B 0, 0.221, 0.629, 1.038, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.629 std_dev=0.409
C6 B 0, 0.209, 0.640, 1.071, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.640 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.230, 0.722, 1.214, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.722 std_dev=0.492
N7 B 0, 0.261, 0.795, 1.328, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.795 std_dev=0.534
C8 B 0, 0.281, 0.822, 1.363, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.822 std_dev=0.541
O5' A 0, 0.077, 0.636, 1.194, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.636 std_dev=0.558
N6 B 0, 0.217, 0.784, 1.351, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.784 std_dev=0.567
OP1 A 0, -0.002, 0.622, 1.246, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.622 std_dev=0.624
C2' B 0, 0.183, 0.844, 1.505, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.844 std_dev=0.661
P A 0, 0.050, 0.731, 1.412, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.731 std_dev=0.681
O4' B 0, 0.201, 1.040, 1.879, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.040 std_dev=0.839
C3' B 0, 0.214, 1.114, 2.014, 3.202 max_d=3.202 avg_d=1.114 std_dev=0.900
O2' B 0, -0.011, 0.934, 1.880, 4.034 max_d=4.034 avg_d=0.934 std_dev=0.945
O5' B 0, 0.287, 1.328, 2.369, 3.775 max_d=3.775 avg_d=1.328 std_dev=1.041
C4' B 0, 0.201, 1.244, 2.286, 3.811 max_d=3.811 avg_d=1.244 std_dev=1.043
OP2 B 0, 0.318, 1.429, 2.541, 4.061 max_d=4.061 avg_d=1.429 std_dev=1.112
OP2 A 0, 0.083, 1.247, 2.411, 3.231 max_d=3.231 avg_d=1.247 std_dev=1.164
O3' B 0, 0.148, 1.380, 2.613, 4.276 max_d=4.276 avg_d=1.380 std_dev=1.232
P B 0, 0.281, 1.591, 2.901, 4.823 max_d=4.823 avg_d=1.591 std_dev=1.310
C5' B 0, 0.244, 1.563, 2.881, 4.731 max_d=4.731 avg_d=1.563 std_dev=1.318
OP1 B 0, 0.239, 1.940, 3.641, 6.224 max_d=6.224 avg_d=1.940 std_dev=1.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.13 0.17
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.04 0.20 0.41 0.24 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.08 0.04 0.07 0.07 0.13 0.00 0.02 0.01 0.09 0.12 0.14 0.15
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.14 0.01 0.17 0.03 0.16 0.09 0.12 0.16 0.12 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.14 0.11
C4 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.17 0.02 0.25 0.59 0.36 0.34
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.07 0.08 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.16 0.13 0.05
C5 0.01 0.02 0.08 0.17 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.21 0.03 0.26 0.59 0.36 0.34
C5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.13 0.17 0.10 0.08 0.03 0.02 0.01 0.23 0.20 0.02
C6 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.18 0.04 0.23 0.46 0.27 0.29
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.01 0.18 0.36 0.21 0.25
N3 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.03 0.23 0.52 0.31 0.31
N4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.20 0.03 0.26 0.67 0.39 0.36
O2 0.06 0.01 0.13 0.12 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.16 0.13 0.07 0.19 0.35 0.21 0.25
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.03 0.09 0.06 0.16 0.00 0.03 0.06 0.07 0.14 0.09 0.09
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.17 0.02 0.21 0.03 0.18 0.09 0.13 0.20 0.13 0.03 0.00 0.02 0.13 0.32 0.19 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.06 0.02 0.00 0.11 0.22 0.20 0.14
O5' 0.10 0.20 0.09 0.10 0.25 0.03 0.26 0.01 0.23 0.18 0.23 0.26 0.19 0.07 0.13 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.21 0.41 0.12 0.16 0.59 0.16 0.59 0.23 0.46 0.36 0.52 0.67 0.35 0.14 0.32 0.22 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.24 0.14 0.14 0.36 0.13 0.36 0.20 0.27 0.21 0.31 0.39 0.21 0.09 0.19 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.27 0.15 0.11 0.34 0.05 0.34 0.02 0.29 0.25 0.31 0.36 0.25 0.09 0.12 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.27 0.42 0.30 0.21 0.26 0.23 0.27 0.28 0.20 0.31 0.22 0.30 0.22 0.20 0.55 0.47 0.30 0.21 0.23 0.28 0.24
C2 0.19 0.27 0.44 0.25 0.19 0.24 0.21 0.26 0.25 0.18 0.29 0.21 0.27 0.19 0.18 0.65 0.39 0.26 0.20 0.23 0.25 0.21
C2' 0.24 0.32 0.38 0.21 0.28 0.26 0.32 0.31 0.36 0.28 0.37 0.27 0.39 0.31 0.26 0.56 0.38 0.36 0.24 0.24 0.36 0.31
C3' 0.34 0.40 0.36 0.22 0.39 0.36 0.43 0.41 0.46 0.40 0.46 0.37 0.50 0.43 0.37 0.49 0.36 0.48 0.34 0.37 0.48 0.45
C4 0.21 0.27 0.40 0.23 0.19 0.26 0.21 0.28 0.24 0.20 0.28 0.20 0.26 0.20 0.20 0.56 0.37 0.30 0.22 0.24 0.29 0.25
C4' 0.28 0.34 0.37 0.29 0.31 0.30 0.33 0.33 0.37 0.30 0.38 0.31 0.40 0.33 0.29 0.45 0.47 0.40 0.27 0.29 0.39 0.35
C5 0.26 0.25 0.36 0.27 0.23 0.30 0.24 0.32 0.26 0.24 0.28 0.23 0.28 0.24 0.24 0.43 0.42 0.37 0.25 0.27 0.35 0.31
C5' 0.39 0.41 0.39 0.36 0.40 0.41 0.42 0.45 0.44 0.41 0.44 0.40 0.46 0.42 0.40 0.41 0.53 0.52 0.38 0.41 0.51 0.48
C6 0.25 0.27 0.38 0.28 0.24 0.29 0.25 0.30 0.28 0.24 0.30 0.24 0.30 0.25 0.24 0.46 0.45 0.36 0.24 0.25 0.34 0.30
N1 0.21 0.27 0.41 0.27 0.21 0.26 0.23 0.27 0.27 0.20 0.30 0.22 0.29 0.22 0.20 0.55 0.44 0.30 0.21 0.23 0.29 0.24
N3 0.20 0.27 0.44 0.23 0.19 0.24 0.21 0.26 0.25 0.18 0.28 0.22 0.26 0.19 0.18 0.67 0.35 0.25 0.20 0.23 0.25 0.21
N4 0.22 0.30 0.40 0.23 0.20 0.28 0.22 0.30 0.25 0.20 0.30 0.24 0.26 0.20 0.20 0.55 0.34 0.30 0.24 0.25 0.31 0.26
O2 0.21 0.27 0.47 0.26 0.19 0.24 0.20 0.26 0.25 0.18 0.29 0.21 0.27 0.18 0.18 0.72 0.37 0.24 0.20 0.26 0.22 0.19
O2' 0.22 0.31 0.43 0.27 0.24 0.26 0.28 0.29 0.33 0.24 0.35 0.25 0.37 0.26 0.23 0.63 0.45 0.31 0.22 0.23 0.31 0.26
O3' 0.41 0.46 0.37 0.25 0.46 0.43 0.51 0.50 0.54 0.49 0.52 0.43 0.59 0.52 0.45 0.52 0.35 0.56 0.43 0.47 0.58 0.55
O4' 0.22 0.28 0.41 0.34 0.22 0.28 0.24 0.29 0.28 0.21 0.31 0.23 0.31 0.22 0.21 0.48 0.54 0.32 0.23 0.25 0.29 0.26
O5' 0.49 0.53 0.38 0.38 0.53 0.52 0.55 0.57 0.57 0.54 0.56 0.52 0.59 0.55 0.52 0.39 0.51 0.63 0.48 0.53 0.63 0.60
OP1 0.96 1.00 0.80 0.90 1.00 1.02 1.00 1.06 0.99 1.00 1.00 0.99 0.96 1.00 0.99 0.80 1.10 1.11 0.91 0.97 1.09 1.04
OP2 0.66 0.67 0.58 0.53 0.69 0.64 0.70 0.70 0.70 0.70 0.68 0.68 0.71 0.71 0.69 0.51 0.43 0.73 0.73 0.80 0.83 0.84
P 0.59 0.55 0.56 0.57 0.56 0.63 0.54 0.66 0.52 0.56 0.52 0.58 0.51 0.54 0.58 0.56 0.69 0.70 0.59 0.63 0.69 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.06 0.06 0.23 0.09
C2 0.02 0.00 0.23 0.23 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.17 0.25 0.11 0.25 0.22 0.20 0.21
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.09 0.11 0.11 0.18 0.23 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.19 0.23 0.45 0.29
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.19 0.01 0.22 0.03 0.24 0.21 0.24 0.20 0.25 0.23 0.15 0.02 0.01 0.02 0.11 0.17 0.21 0.14
C4 0.01 0.01 0.13 0.19 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.15 0.06 0.26 0.20 0.17 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.17 0.06 0.05 0.12 0.16 0.07 0.16 0.02 0.00 0.02 0.14 0.13 0.04
C5 0.01 0.02 0.07 0.22 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.16 0.04 0.37 0.30 0.27 0.30
C5' 0.03 0.06 0.09 0.03 0.09 0.01 0.16 0.00 0.16 0.21 0.11 0.05 0.20 0.23 0.09 0.06 0.10 0.01 0.01 0.18 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.19 0.06 0.39 0.34 0.32 0.33
C8 0.02 0.02 0.11 0.21 0.01 0.17 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.15 0.08 0.38 0.27 0.22 0.26
N1 0.01 0.00 0.18 0.24 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.23 0.09 0.33 0.29 0.28 0.29
N3 0.02 0.00 0.23 0.20 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.24 0.10 0.20 0.17 0.16 0.14
N6 0.02 0.02 0.08 0.25 0.02 0.12 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.22 0.20 0.06 0.44 0.41 0.40 0.41
N7 0.01 0.03 0.07 0.23 0.01 0.16 0.01 0.23 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.25 0.18 0.06 0.44 0.35 0.32 0.35
N9 0.00 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.23 0.16 0.16 0.14
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.13 0.16 0.19 0.06 0.19 0.23 0.17 0.16 0.22 0.25 0.12 0.00 0.04 0.12 0.15 0.21 0.48 0.25
O3' 0.15 0.25 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.10 0.19 0.15 0.23 0.24 0.20 0.18 0.07 0.04 0.00 0.09 0.11 0.31 0.22 0.17
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.09 0.10 0.06 0.06 0.01 0.12 0.09 0.00 0.13 0.15 0.17 0.11
O5' 0.06 0.25 0.19 0.11 0.26 0.02 0.37 0.01 0.39 0.38 0.33 0.20 0.44 0.44 0.23 0.15 0.11 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.22 0.23 0.17 0.20 0.14 0.30 0.18 0.34 0.27 0.29 0.17 0.41 0.35 0.16 0.21 0.31 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.20 0.45 0.21 0.17 0.13 0.27 0.08 0.32 0.22 0.28 0.16 0.40 0.32 0.16 0.48 0.22 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.29 0.14 0.19 0.04 0.30 0.02 0.33 0.26 0.29 0.14 0.41 0.35 0.14 0.25 0.17 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00