ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51880

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.019, 0.054, 0.089, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.054 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.017, 0.054, 0.090, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.054 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.027, 0.087, 0.146, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.087 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.054, 0.126, 0.198, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.126 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.007, 0.095, 0.182, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.095 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.063, 0.170, 0.277, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.170 std_dev=0.107
C5' A 0, -0.011, 0.166, 0.344, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.166 std_dev=0.178
O5' A 0, 0.005, 0.211, 0.417, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.211 std_dev=0.206
N3 B 0, 0.172, 0.399, 0.625, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.399 std_dev=0.226
O3' B 0, 0.172, 0.403, 0.634, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.403 std_dev=0.231
O2' B 0, 0.135, 0.376, 0.617, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.376 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.184, 0.434, 0.683, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.434 std_dev=0.249
C2 B 0, 0.168, 0.422, 0.675, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.422 std_dev=0.254
C3' B 0, 0.196, 0.467, 0.737, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.467 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.188, 0.465, 0.741, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.465 std_dev=0.277
C4 B 0, 0.198, 0.476, 0.754, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.476 std_dev=0.278
N9 B 0, 0.203, 0.498, 0.794, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.498 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.202, 0.522, 0.842, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.522 std_dev=0.320
N1 B 0, 0.187, 0.509, 0.831, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.509 std_dev=0.322
O4' B 0, 0.206, 0.540, 0.873, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.540 std_dev=0.333
P A 0, -0.058, 0.277, 0.613, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.277 std_dev=0.336
C5 B 0, 0.217, 0.557, 0.898, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.557 std_dev=0.340
C8 B 0, 0.228, 0.585, 0.942, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.585 std_dev=0.357
OP2 A 0, 0.039, 0.397, 0.755, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.397 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.210, 0.573, 0.936, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.573 std_dev=0.363
C5' B 0, 0.195, 0.564, 0.933, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.564 std_dev=0.369
N7 B 0, 0.237, 0.623, 1.009, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.623 std_dev=0.386
O5' B 0, 0.149, 0.541, 0.933, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.541 std_dev=0.392
OP1 A 0, -0.033, 0.362, 0.757, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.362 std_dev=0.395
N6 B 0, 0.228, 0.658, 1.088, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.658 std_dev=0.430
P B 0, 0.168, 0.647, 1.125, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.647 std_dev=0.479
OP2 B 0, 0.264, 0.767, 1.269, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.767 std_dev=0.502
OP1 B 0, 0.238, 0.780, 1.322, 1.595 max_d=1.595 avg_d=0.780 std_dev=0.542

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.18 0.13 0.17 0.15
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.18 0.15 0.16 0.16
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.15 0.10 0.11 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.05 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.15 0.08 0.15 0.11
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.20 0.17 0.20 0.18
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.05 0.09 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.11 0.06 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.11 0.06 0.10
O5' 0.04 0.12 0.05 0.04 0.18 0.02 0.18 0.01 0.15 0.11 0.15 0.20 0.10 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.05 0.05 0.02 0.13 0.06 0.15 0.03 0.10 0.05 0.08 0.17 0.05 0.11 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.11 0.07 0.09 0.17 0.03 0.16 0.04 0.11 0.08 0.15 0.20 0.09 0.06 0.12 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.03 0.15 0.04 0.16 0.01 0.10 0.06 0.11 0.18 0.05 0.04 0.04 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.17 0.09 0.11 0.15 0.14 0.16 0.14 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.09 0.11 0.16 0.12 0.13 0.10 0.12
C2 0.13 0.11 0.09 0.12 0.13 0.16 0.12 0.16 0.11 0.14 0.10 0.12 0.11 0.13 0.13 0.09 0.11 0.17 0.13 0.15 0.10 0.13
C2' 0.12 0.12 0.08 0.11 0.12 0.15 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.08 0.11 0.15 0.11 0.13 0.10 0.11
C3' 0.10 0.11 0.07 0.10 0.10 0.13 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.06 0.10 0.13 0.08 0.10 0.09 0.09
C4 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.13 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.15 0.10 0.12 0.10 0.11
C4' 0.12 0.14 0.08 0.10 0.12 0.13 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.12 0.08 0.11 0.13 0.09 0.10 0.09 0.09
C5 0.12 0.15 0.08 0.09 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.10 0.08 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11
C5' 0.11 0.09 0.08 0.11 0.09 0.14 0.08 0.13 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.06 0.12 0.13 0.09 0.10 0.07 0.08
C6 0.13 0.17 0.09 0.09 0.16 0.13 0.16 0.12 0.17 0.15 0.17 0.16 0.17 0.16 0.15 0.09 0.09 0.15 0.10 0.11 0.11 0.11
N1 0.13 0.15 0.09 0.11 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.09 0.11 0.16 0.11 0.12 0.10 0.12
N3 0.13 0.09 0.09 0.12 0.12 0.16 0.12 0.16 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.13 0.13 0.09 0.11 0.16 0.12 0.14 0.10 0.13
N4 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.14 0.09 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11
O2 0.14 0.10 0.10 0.13 0.13 0.18 0.12 0.19 0.11 0.14 0.10 0.12 0.11 0.13 0.14 0.09 0.13 0.18 0.15 0.18 0.12 0.15
O2' 0.14 0.13 0.10 0.13 0.13 0.17 0.13 0.18 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.14 0.14 0.10 0.13 0.17 0.13 0.16 0.11 0.14
O3' 0.11 0.10 0.07 0.10 0.10 0.14 0.10 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.10 0.14 0.09 0.10 0.09 0.09
O4' 0.15 0.21 0.11 0.10 0.19 0.13 0.20 0.13 0.21 0.17 0.22 0.19 0.22 0.19 0.17 0.11 0.11 0.16 0.12 0.12 0.12 0.12
O5' 0.11 0.06 0.09 0.13 0.07 0.15 0.05 0.13 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.09 0.08 0.14 0.14 0.10 0.10 0.10 0.09
OP1 0.17 0.14 0.13 0.15 0.15 0.18 0.14 0.17 0.13 0.17 0.12 0.15 0.12 0.15 0.17 0.11 0.17 0.19 0.16 0.16 0.15 0.16
OP2 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.11 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.08 0.14 0.09
P 0.10 0.08 0.06 0.09 0.08 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.05 0.10 0.12 0.07 0.08 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.10 0.10 0.16 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04 0.07 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.10 0.11 0.15 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.13 0.15 0.20 0.15
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.13 0.16 0.21 0.16
C8 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.13 0.14 0.18 0.14
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.12 0.14 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.08 0.09 0.14 0.10
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.15 0.19 0.24 0.19
N7 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.15 0.17 0.22 0.17
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.09 0.13 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.08 0.10 0.09
O3' 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.07 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.07 0.09 0.07
O5' 0.04 0.10 0.06 0.07 0.10 0.02 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.08 0.15 0.15 0.09 0.07 0.06 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.04 0.10 0.04 0.05 0.11 0.03 0.15 0.04 0.16 0.14 0.14 0.09 0.19 0.17 0.09 0.08 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.16 0.07 0.06 0.15 0.03 0.20 0.03 0.21 0.18 0.19 0.14 0.24 0.22 0.13 0.10 0.06 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.06 0.06 0.11 0.02 0.15 0.02 0.16 0.14 0.14 0.10 0.19 0.17 0.10 0.09 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00