ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51881

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.039 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.017, 0.058, 0.100, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.058 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.027, 0.094, 0.161, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.094 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.036, 0.124, 0.211, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.124 std_dev=0.087
OP1 A 0, 0.038, 0.155, 0.273, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.155 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.054, 0.184, 0.314, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.184 std_dev=0.130
C3' B 0, 0.061, 0.207, 0.354, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.207 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.063, 0.215, 0.368, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.215 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.069, 0.235, 0.402, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.235 std_dev=0.167
C5' B 0, 0.067, 0.235, 0.402, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.235 std_dev=0.168
O3' B 0, 0.070, 0.240, 0.409, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.240 std_dev=0.169
OP2 B 0, 0.073, 0.249, 0.425, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.249 std_dev=0.176
P B 0, 0.075, 0.259, 0.443, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.259 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.084, 0.289, 0.493, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.289 std_dev=0.204
C4' B 0, 0.093, 0.318, 0.544, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.318 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.094, 0.321, 0.549, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.321 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.104, 0.355, 0.606, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.355 std_dev=0.251
O3' A 0, 0.107, 0.368, 0.628, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.368 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.127, 0.433, 0.739, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.433 std_dev=0.306
P A 0, 0.127, 0.436, 0.746, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.436 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.138, 0.472, 0.806, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.472 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.144, 0.493, 0.842, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.493 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.143, 0.493, 0.842, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.493 std_dev=0.349
N9 B 0, 0.189, 0.646, 1.104, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.646 std_dev=0.457
N3 B 0, 0.194, 0.662, 1.130, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.662 std_dev=0.468
C4 B 0, 0.210, 0.718, 1.225, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.718 std_dev=0.508
C8 B 0, 0.226, 0.772, 1.318, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.772 std_dev=0.546
C2 B 0, 0.231, 0.790, 1.348, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.790 std_dev=0.558
C5 B 0, 0.260, 0.887, 1.515, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.887 std_dev=0.628
N7 B 0, 0.270, 0.923, 1.576, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.923 std_dev=0.653
OP2 A 0, 0.272, 0.929, 1.586, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.929 std_dev=0.657
N1 B 0, 0.278, 0.950, 1.622, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.950 std_dev=0.672
C6 B 0, 0.294, 1.005, 1.715, 1.521 max_d=1.521 avg_d=1.005 std_dev=0.710
O5' A 0, 0.301, 1.030, 1.758, 1.568 max_d=1.568 avg_d=1.030 std_dev=0.728
N6 B 0, 0.345, 1.178, 2.010, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.178 std_dev=0.833

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.36 0.10
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.02 0.30 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.33 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.17 0.07 0.27 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.27 0.01 0.18 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.30 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.26 0.02 0.18 0.01
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.21 0.03 0.28 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.15 0.02 0.32 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.24 0.01 0.24 0.01
N4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.30 0.00 0.10 0.05
O2 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.31 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.33 0.05
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.22 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.37 0.13
O5' 0.04 0.18 0.11 0.17 0.27 0.00 0.26 0.00 0.21 0.15 0.24 0.30 0.16 0.04 0.16 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.30 0.33 0.27 0.18 0.30 0.18 0.22 0.28 0.32 0.24 0.10 0.31 0.33 0.22 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.15 0.07 0.05 0.09 0.03 0.10 0.03 0.14 0.06 0.16 0.11 0.15 0.08 0.07 0.10 0.04 0.04 0.04 0.03 0.08 0.04
C2 0.04 0.15 0.07 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.15 0.07 0.17 0.11 0.17 0.09 0.06 0.12 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03
C2' 0.05 0.13 0.08 0.06 0.07 0.03 0.09 0.04 0.12 0.05 0.14 0.09 0.14 0.07 0.05 0.11 0.04 0.03 0.06 0.03 0.09 0.05
C3' 0.08 0.13 0.11 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.08 0.07 0.13 0.09 0.07 0.10 0.03 0.15 0.09
C4 0.02 0.12 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.01 0.12 0.05 0.13 0.08 0.13 0.07 0.04 0.13 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.03
C4' 0.08 0.13 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.06 0.13 0.11 0.12 0.07 0.07 0.11 0.09 0.08 0.08 0.02 0.14 0.08
C5 0.02 0.10 0.06 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.07 0.09 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.02
C5' 0.10 0.13 0.13 0.15 0.09 0.14 0.09 0.15 0.10 0.07 0.11 0.11 0.10 0.07 0.09 0.12 0.14 0.12 0.12 0.05 0.20 0.12
C6 0.03 0.11 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.11 0.08 0.10 0.04 0.03 0.08 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.02
N1 0.04 0.14 0.07 0.04 0.08 0.01 0.09 0.02 0.13 0.05 0.14 0.10 0.14 0.07 0.06 0.10 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03
N3 0.04 0.15 0.08 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.15 0.07 0.17 0.10 0.17 0.10 0.06 0.13 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03
N4 0.00 0.09 0.08 0.01 0.05 0.05 0.08 0.02 0.10 0.04 0.10 0.06 0.12 0.07 0.03 0.15 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03
O2 0.04 0.15 0.07 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.16 0.07 0.17 0.10 0.18 0.10 0.06 0.11 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03
O2' 0.04 0.13 0.07 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.13 0.05 0.14 0.09 0.15 0.07 0.05 0.10 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.03
O3' 0.08 0.12 0.13 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.08 0.08 0.15 0.09 0.07 0.11 0.03 0.16 0.11
O4' 0.06 0.14 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.05 0.13 0.11 0.12 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.02 0.10 0.04
O5' 0.25 0.37 0.28 0.23 0.31 0.20 0.32 0.21 0.36 0.27 0.38 0.34 0.37 0.29 0.28 0.30 0.20 0.23 0.21 0.17 0.26 0.22
OP1 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.09 0.02 0.01 0.05 0.09 0.07 0.06 0.03 0.04 0.06 0.11 0.05 0.04
OP2 0.01 0.06 0.08 0.10 0.04 0.07 0.03 0.13 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.13 0.05 0.24 0.15
P 0.04 0.08 0.07 0.08 0.05 0.06 0.04 0.09 0.06 0.03 0.08 0.07 0.06 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.01 0.15 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.04 0.01
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.02 0.10 0.07 0.03 0.03
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.10 0.06 0.02 0.02
C8 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.05 0.03 0.02
N1 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.02 0.10 0.07 0.02 0.02
N3 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.01 0.10 0.06 0.05 0.03
N6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.08 0.04 0.03
N7 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.02
N9 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.02
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.01
O5' 0.06 0.10 0.02 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00