ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51886

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.044 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.029, 0.061, 0.093, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.061 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.055, 0.208, 0.471, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.208 std_dev=0.263
C2' A 0, 0.021, 0.312, 0.603, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.312 std_dev=0.291
O2 B 0, 0.256, 0.551, 0.846, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.551 std_dev=0.295
C4' A 0, 0.186, 0.484, 0.782, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.484 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.190, 0.522, 0.854, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.522 std_dev=0.332
C2' B 0, 0.295, 0.652, 1.009, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.652 std_dev=0.357
O2' A 0, 0.152, 0.517, 0.882, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.517 std_dev=0.365
C2 B 0, 0.082, 0.466, 0.849, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.466 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.324, 0.715, 1.105, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.715 std_dev=0.391
C3' A 0, 0.134, 0.530, 0.925, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.530 std_dev=0.396
C6 B 0, 0.271, 0.729, 1.187, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.729 std_dev=0.458
C3' B 0, 0.250, 0.780, 1.311, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.780 std_dev=0.531
O3' A 0, 0.216, 0.771, 1.326, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.771 std_dev=0.555
C5' A 0, 0.274, 0.840, 1.407, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.840 std_dev=0.566
O2' B 0, 0.340, 0.930, 1.520, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.930 std_dev=0.590
N3 B 0, 0.119, 0.738, 1.356, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.738 std_dev=0.618
C5 B 0, 0.282, 0.938, 1.595, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.938 std_dev=0.656
O4' B 0, 0.430, 1.111, 1.792, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.111 std_dev=0.681
O5' B 0, 0.313, 1.042, 1.772, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.042 std_dev=0.729
C4' B 0, 0.321, 1.056, 1.791, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.056 std_dev=0.735
C4 B 0, 0.216, 0.986, 1.756, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.986 std_dev=0.770
O5' A 0, 0.574, 1.443, 2.313, 2.186 max_d=2.186 avg_d=1.443 std_dev=0.870
OP2 B 0, 0.524, 1.415, 2.306, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.415 std_dev=0.891
C5' B 0, 0.341, 1.234, 2.128, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.234 std_dev=0.894
P B 0, 0.397, 1.313, 2.230, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.313 std_dev=0.916
O3' B 0, 0.038, 0.983, 1.929, 2.771 max_d=2.771 avg_d=0.983 std_dev=0.945
O4 B 0, 0.340, 1.324, 2.307, 2.992 max_d=2.992 avg_d=1.324 std_dev=0.983
P A 0, 0.742, 1.726, 2.710, 2.764 max_d=2.764 avg_d=1.726 std_dev=0.984
OP1 A 0, 0.876, 1.948, 3.019, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.948 std_dev=1.071
OP1 B 0, 0.289, 1.363, 2.438, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.363 std_dev=1.075
OP2 A 0, 0.703, 1.792, 2.881, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.792 std_dev=1.089

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.31 0.39 0.15 0.35
C2 0.02 0.00 0.11 0.14 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.16 0.05 0.58 0.65 0.53 0.67
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.09 0.02 0.20 0.00 0.02 0.00 0.31 0.28 0.10 0.27
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.08 0.07 0.14 0.11 0.18 0.01 0.01 0.01 0.35 0.31 0.04 0.25
C4 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.12 0.03 0.80 0.93 0.83 0.96
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.16 0.26 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.10 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.05 0.84 0.98 0.82 0.99
C5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.20 0.00 0.24 0.00 0.21 0.11 0.13 0.21 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.34 0.45 0.00
C6 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.07 0.75 0.84 0.60 0.83
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.57 0.64 0.44 0.64
N3 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.17 0.04 0.70 0.79 0.71 0.83
N4 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.03 0.85 1.02 0.95 1.04
O2 0.03 0.00 0.20 0.18 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.22 0.08 0.47 0.52 0.43 0.55
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04 0.08 0.03 0.04 0.03 0.14 0.00 0.02 0.04 0.07 0.07 0.11 0.07
O3' 0.03 0.16 0.02 0.01 0.12 0.02 0.10 0.03 0.09 0.07 0.17 0.13 0.22 0.02 0.00 0.02 0.16 0.22 0.17 0.08
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.00 0.16 0.36 0.07 0.23
O5' 0.31 0.58 0.31 0.35 0.80 0.01 0.84 0.00 0.75 0.57 0.70 0.85 0.47 0.07 0.16 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.39 0.65 0.28 0.31 0.93 0.16 0.98 0.34 0.84 0.64 0.79 1.02 0.52 0.07 0.22 0.36 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.53 0.10 0.04 0.83 0.26 0.82 0.45 0.60 0.44 0.71 0.95 0.43 0.11 0.17 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.35 0.67 0.27 0.25 0.96 0.02 0.99 0.00 0.83 0.64 0.83 1.04 0.55 0.07 0.08 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.19 0.23 0.24 0.27 0.32 0.21 0.32 0.21 0.22 0.24 0.18 0.35 0.28 0.34 0.38 0.32 0.30 0.44 0.37
C2 0.23 0.15 0.20 0.21 0.22 0.26 0.15 0.25 0.15 0.15 0.22 0.14 0.30 0.28 0.28 0.30 0.27 0.23 0.36 0.29
C2' 0.35 0.21 0.26 0.28 0.29 0.39 0.23 0.40 0.23 0.24 0.26 0.21 0.36 0.33 0.37 0.45 0.38 0.37 0.50 0.44
C3' 0.35 0.29 0.28 0.30 0.40 0.39 0.34 0.40 0.30 0.30 0.36 0.28 0.38 0.34 0.48 0.44 0.41 0.41 0.55 0.47
C4 0.27 0.16 0.25 0.27 0.23 0.32 0.15 0.31 0.15 0.16 0.25 0.16 0.38 0.33 0.30 0.34 0.31 0.29 0.40 0.33
C4' 0.29 0.23 0.22 0.22 0.36 0.31 0.30 0.31 0.25 0.24 0.31 0.22 0.34 0.26 0.46 0.37 0.33 0.33 0.48 0.39
C5 0.36 0.19 0.29 0.29 0.29 0.39 0.22 0.39 0.21 0.23 0.27 0.18 0.43 0.33 0.37 0.44 0.37 0.37 0.48 0.42
C5' 0.19 0.23 0.17 0.17 0.44 0.20 0.38 0.21 0.27 0.22 0.37 0.17 0.27 0.20 0.56 0.25 0.27 0.28 0.43 0.33
C6 0.36 0.21 0.27 0.27 0.29 0.38 0.23 0.38 0.23 0.24 0.27 0.20 0.40 0.31 0.38 0.44 0.37 0.36 0.49 0.42
N1 0.30 0.18 0.23 0.24 0.26 0.32 0.20 0.31 0.20 0.20 0.25 0.16 0.35 0.29 0.34 0.37 0.32 0.30 0.43 0.36
N3 0.21 0.14 0.20 0.22 0.19 0.25 0.12 0.25 0.12 0.12 0.22 0.17 0.30 0.30 0.26 0.27 0.25 0.23 0.34 0.27
N4 0.24 0.18 0.26 0.29 0.21 0.31 0.12 0.31 0.11 0.11 0.26 0.25 0.40 0.37 0.27 0.30 0.30 0.28 0.37 0.31
O2 0.20 0.14 0.17 0.18 0.20 0.22 0.13 0.21 0.13 0.13 0.21 0.14 0.25 0.25 0.26 0.26 0.23 0.19 0.32 0.24
O2' 0.36 0.20 0.26 0.28 0.28 0.41 0.22 0.41 0.22 0.24 0.25 0.19 0.36 0.33 0.37 0.47 0.38 0.37 0.49 0.44
O3' 0.37 0.32 0.30 0.32 0.44 0.42 0.37 0.44 0.32 0.32 0.40 0.30 0.39 0.37 0.53 0.47 0.43 0.45 0.58 0.51
O4' 0.32 0.21 0.24 0.23 0.28 0.31 0.24 0.31 0.23 0.24 0.24 0.21 0.36 0.26 0.36 0.38 0.33 0.32 0.47 0.38
O5' 1.21 1.21 1.11 1.09 1.20 1.19 1.21 1.22 1.22 1.22 1.20 1.20 1.20 1.05 1.19 1.26 1.27 1.29 1.43 1.34
OP1 1.49 1.55 1.43 1.44 1.70 1.50 1.69 1.56 1.63 1.57 1.63 1.47 1.45 1.38 1.75 1.55 1.66 1.71 1.89 1.76
OP2 1.44 1.48 1.35 1.33 1.53 1.44 1.53 1.49 1.52 1.49 1.51 1.42 1.39 1.28 1.52 1.50 1.55 1.60 1.75 1.65
P 1.45 1.50 1.39 1.37 1.56 1.45 1.55 1.49 1.54 1.51 1.53 1.44 1.44 1.32 1.56 1.50 1.56 1.60 1.75 1.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.19 0.10
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.01 0.03 0.12 0.16 0.32 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.15 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.07 0.16 0.08
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.16 0.10 0.12 0.13 0.01 0.01 0.14 0.02 0.05 0.06 0.07 0.02
C4 0.02 0.01 0.03 0.14 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.03 0.19 0.30 0.45 0.32
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.04 0.09 0.02 0.07 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.16 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.04 0.21 0.32 0.45 0.32
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.11 0.04 0.09 0.05 0.15 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.05 0.19 0.24 0.35 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.01 0.12 0.15 0.28 0.18
N3 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.01 0.03 0.16 0.23 0.40 0.27
O2 0.02 0.01 0.15 0.13 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.16 0.01 0.05 0.09 0.11 0.29 0.17
O2' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.09 0.03 0.05 0.12 0.20 0.00 0.06 0.09 0.08 0.01 0.11 0.09 0.03
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.18 0.02 0.21 0.05 0.18 0.10 0.15 0.16 0.06 0.00 0.20 0.02 0.05 0.12 0.12 0.07
O4 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.04 0.20 0.34 0.48 0.35
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.08 0.02 0.04 0.00 0.08 0.08 0.14 0.08
O5' 0.06 0.12 0.08 0.05 0.19 0.02 0.21 0.01 0.19 0.12 0.16 0.09 0.01 0.05 0.20 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.16 0.07 0.06 0.30 0.09 0.32 0.10 0.24 0.15 0.23 0.11 0.11 0.12 0.34 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 0.32 0.16 0.07 0.45 0.04 0.45 0.02 0.35 0.28 0.40 0.29 0.09 0.12 0.48 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.08 0.02 0.32 0.02 0.32 0.02 0.25 0.18 0.27 0.17 0.03 0.07 0.35 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00