ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51887

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.004, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.004 std_dev=0.006
N3 A 0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C2 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.006, 0.014, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.020
N4 A 0, -0.001, 0.021, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.022
O2 A 0, -0.008, 0.034, 0.076, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.034 std_dev=0.042
N1 B 0, 0.129, 0.359, 0.589, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.359 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.155, 0.404, 0.653, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.404 std_dev=0.249
C4 B 0, 0.090, 0.402, 0.713, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.312
N3 B 0, 0.056, 0.382, 0.708, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.382 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.086, 0.420, 0.753, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.420 std_dev=0.334
O4 B 0, 0.088, 0.452, 0.815, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.452 std_dev=0.363
O4' A 0, -0.163, 0.260, 0.682, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.260 std_dev=0.423
C2' A 0, -0.168, 0.291, 0.750, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.291 std_dev=0.459
C6 B 0, 0.038, 0.609, 1.180, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.609 std_dev=0.571
C5 B 0, 0.035, 0.653, 1.272, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.653 std_dev=0.619
C3' A 0, -0.218, 0.435, 1.089, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.435 std_dev=0.653
O2 B 0, -0.001, 0.687, 1.376, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.687 std_dev=0.688
O4' B 0, 0.034, 0.733, 1.432, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.733 std_dev=0.699
C4' A 0, -0.262, 0.463, 1.188, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.463 std_dev=0.725
O3' A 0, -0.275, 0.618, 1.512, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.618 std_dev=0.893
O2' A 0, -0.352, 0.558, 1.468, 2.133 max_d=2.133 avg_d=0.558 std_dev=0.910
C2' B 0, -0.149, 0.927, 2.003, 2.760 max_d=2.760 avg_d=0.927 std_dev=1.076
C5' A 0, -0.399, 0.683, 1.764, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.683 std_dev=1.081
O5' A 0, -0.388, 0.722, 1.832, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.722 std_dev=1.110
C4' B 0, -0.131, 1.002, 2.135, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.002 std_dev=1.133
C3' B 0, -0.219, 1.060, 2.339, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.060 std_dev=1.279
O3' B 0, -0.219, 1.094, 2.407, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.094 std_dev=1.313
O2' B 0, -0.260, 1.174, 2.607, 3.627 max_d=3.627 avg_d=1.174 std_dev=1.434
P A 0, -0.534, 0.921, 2.377, 3.438 max_d=3.438 avg_d=0.921 std_dev=1.455
OP2 A 0, -0.587, 1.080, 2.747, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.080 std_dev=1.667
C5' B 0, -0.419, 1.430, 3.278, 4.607 max_d=4.607 avg_d=1.430 std_dev=1.849
OP1 A 0, -0.719, 1.176, 3.070, 4.455 max_d=4.455 avg_d=1.176 std_dev=1.895
O5' B 0, -0.539, 1.494, 3.527, 4.995 max_d=4.995 avg_d=1.494 std_dev=2.033
P B 0, -0.799, 1.959, 4.717, 6.717 max_d=6.717 avg_d=1.959 std_dev=2.758
OP2 B 0, -0.995, 2.264, 5.523, 7.892 max_d=7.892 avg_d=2.264 std_dev=3.259
OP1 B 0, -1.203, 2.550, 6.304, 9.035 max_d=9.035 avg_d=2.550 std_dev=3.753

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.23 0.01 0.10 0.10 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.14 0.23 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.08 0.07 0.41 0.39 0.61 0.42
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.12 0.18 0.01 0.11 0.02 0.28 0.01 0.01 0.03 0.25 0.16 0.32 0.28
C3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.33 0.00 0.30 0.00 0.24 0.20 0.31 0.35 0.16 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.07 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.12 0.03 0.68 0.72 1.01 0.76
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.17 0.00 0.22 0.01 0.20 0.09 0.10 0.18 0.07 0.26 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.14 0.30 0.00 0.22 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.45 0.16 0.09 0.72 0.74 0.96 0.78
C5' 0.02 0.09 0.12 0.00 0.28 0.01 0.33 0.00 0.28 0.13 0.18 0.31 0.03 0.13 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.18 0.24 0.01 0.20 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.38 0.10 0.12 0.59 0.56 0.66 0.58
N1 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.23 0.04 0.01 0.39 0.36 0.48 0.37
N3 0.00 0.01 0.11 0.31 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.04 0.04 0.56 0.57 0.85 0.61
N4 0.00 0.00 0.02 0.35 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.45 0.16 0.02 0.74 0.82 1.16 0.86
O2 0.03 0.01 0.28 0.16 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.16 0.26 0.23 0.46 0.27
O2' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.41 0.26 0.45 0.13 0.38 0.23 0.30 0.45 0.01 0.00 0.02 0.18 0.17 0.05 0.39 0.21
O3' 0.23 0.08 0.01 0.01 0.12 0.00 0.16 0.15 0.10 0.04 0.04 0.16 0.20 0.02 0.00 0.12 0.04 0.24 0.13 0.11
O4' 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.04 0.02 0.16 0.18 0.12 0.00 0.17 0.14 0.15 0.12
O5' 0.10 0.41 0.25 0.10 0.68 0.01 0.72 0.01 0.59 0.39 0.56 0.74 0.26 0.17 0.04 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.39 0.16 0.03 0.72 0.05 0.74 0.08 0.56 0.36 0.57 0.82 0.23 0.05 0.24 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.61 0.32 0.07 1.01 0.01 0.96 0.01 0.66 0.48 0.85 1.16 0.46 0.39 0.13 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.42 0.28 0.08 0.76 0.02 0.78 0.02 0.58 0.37 0.61 0.86 0.27 0.21 0.11 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.66 0.10 0.29 0.55 0.29 0.91 0.19 0.11 0.21 0.03 1.22 0.15 0.34 0.67 0.89 1.79 0.85 1.18
C2 0.06 0.11 0.49 0.17 0.31 0.70 0.34 1.06 0.26 0.16 0.21 0.06 1.16 0.38 0.35 0.75 1.06 1.87 1.11 1.32
C2' 0.07 0.21 0.49 0.09 0.52 0.64 0.52 1.03 0.38 0.25 0.39 0.05 1.05 0.24 0.61 0.74 1.07 2.11 1.05 1.41
C3' 0.43 0.38 0.95 0.42 0.16 0.20 0.15 0.56 0.23 0.32 0.27 0.49 1.39 0.19 0.12 0.27 0.53 1.58 0.42 0.84
C4 0.06 0.13 0.49 0.12 0.31 0.59 0.32 0.88 0.25 0.16 0.23 0.07 1.06 0.32 0.33 0.69 0.90 1.60 0.84 1.11
C4' 0.30 0.26 0.90 0.37 0.17 0.28 0.17 0.58 0.21 0.24 0.20 0.29 1.30 0.14 0.16 0.39 0.50 1.41 0.32 0.75
C5 0.10 0.11 0.66 0.20 0.29 0.38 0.26 0.65 0.16 0.10 0.24 0.04 1.08 0.11 0.33 0.56 0.68 1.42 0.50 0.89
C5' 0.49 0.47 1.10 0.64 0.44 0.05 0.45 0.25 0.48 0.47 0.44 0.45 1.37 0.36 0.45 0.15 0.15 1.02 0.16 0.36
C6 0.10 0.10 0.69 0.21 0.29 0.40 0.26 0.70 0.16 0.09 0.24 0.02 1.14 0.10 0.34 0.58 0.71 1.52 0.54 0.94
N1 0.06 0.10 0.62 0.08 0.30 0.55 0.29 0.89 0.20 0.12 0.22 0.03 1.18 0.19 0.34 0.67 0.88 1.72 0.83 1.14
N3 0.08 0.12 0.41 0.26 0.31 0.75 0.36 1.09 0.29 0.19 0.22 0.08 1.09 0.47 0.34 0.77 1.09 1.82 1.14 1.32
N4 0.08 0.16 0.37 0.19 0.32 0.61 0.35 0.86 0.29 0.21 0.24 0.10 0.94 0.42 0.33 0.71 0.91 1.49 0.84 1.07
O2 0.08 0.11 0.44 0.27 0.32 0.79 0.36 1.18 0.29 0.18 0.21 0.07 1.16 0.48 0.35 0.78 1.16 1.99 1.30 1.44
O2' 0.49 0.63 0.10 0.51 1.00 1.14 1.04 1.62 0.89 0.71 0.82 0.42 0.72 0.61 1.08 1.23 1.69 2.82 1.77 2.09
O3' 0.28 0.34 0.76 0.18 0.20 0.46 0.12 0.84 0.15 0.23 0.30 0.45 1.23 0.12 0.21 0.47 0.77 1.87 0.69 1.09
O4' 0.14 0.06 0.79 0.25 0.09 0.41 0.09 0.70 0.08 0.07 0.05 0.07 1.24 0.09 0.11 0.55 0.63 1.45 0.48 0.87
O5' 0.96 0.88 1.55 1.15 0.76 0.52 0.80 0.26 0.87 0.90 0.80 0.90 1.76 0.88 0.71 0.35 0.32 0.61 0.65 0.09
OP1 1.18 1.19 1.74 1.44 1.27 0.82 1.29 0.64 1.28 1.21 1.22 1.09 1.78 1.13 1.30 0.64 0.78 0.13 1.29 0.61
OP2 1.54 1.49 2.03 1.80 1.39 1.22 1.44 1.01 1.51 1.51 1.43 1.46 2.03 1.51 1.30 1.04 1.08 0.15 1.55 0.87
P 1.19 1.15 1.77 1.47 1.12 0.85 1.17 0.65 1.21 1.18 1.11 1.08 1.83 1.18 1.09 0.65 0.75 0.15 1.20 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.26 0.00 0.01 0.23 0.40 0.07 0.27
C2 0.02 0.00 0.15 0.20 0.03 0.02 0.04 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.13 0.18 0.72 0.25 0.28
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.20 0.18 0.00 0.13 0.26 0.00 0.01 0.02 0.02 0.42 0.36 0.38 0.49
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.36 0.01 0.38 0.03 0.32 0.22 0.30 0.10 0.02 0.00 0.39 0.01 0.01 0.23 0.08 0.02
C4 0.00 0.03 0.01 0.36 0.00 0.14 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.37 0.20 0.00 0.02 0.06 0.64 0.70 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.24 0.08 0.05 0.14 0.29 0.03 0.15 0.00 0.03 0.06 0.19 0.04
C5 0.02 0.04 0.14 0.38 0.00 0.23 0.00 0.19 0.00 0.02 0.01 0.05 0.51 0.28 0.00 0.13 0.15 0.45 0.76 0.04
C5' 0.09 0.11 0.20 0.03 0.08 0.01 0.19 0.00 0.18 0.02 0.04 0.23 0.08 0.17 0.09 0.02 0.02 0.13 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.32 0.02 0.24 0.00 0.18 0.00 0.00 0.03 0.02 0.48 0.20 0.01 0.17 0.09 0.39 0.50 0.07
N1 0.01 0.00 0.00 0.22 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.13 0.54 0.23 0.22
N3 0.02 0.01 0.13 0.30 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.17 0.05 0.01 0.07 0.08 0.74 0.48 0.20
O2 0.02 0.01 0.26 0.10 0.04 0.14 0.05 0.23 0.02 0.01 0.03 0.00 0.20 0.26 0.04 0.25 0.28 0.79 0.08 0.37
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.37 0.29 0.51 0.08 0.48 0.20 0.17 0.20 0.00 0.01 0.39 0.19 0.29 0.16 0.39 0.39
O3' 0.26 0.09 0.01 0.00 0.20 0.03 0.28 0.17 0.20 0.02 0.05 0.26 0.01 0.00 0.25 0.19 0.24 0.70 0.20 0.33
O4 0.00 0.03 0.02 0.39 0.00 0.15 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.39 0.25 0.00 0.01 0.08 0.67 0.81 0.06
O4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.02 0.17 0.01 0.07 0.25 0.19 0.19 0.01 0.00 0.10 0.31 0.04 0.12
O5' 0.23 0.18 0.42 0.01 0.06 0.03 0.15 0.02 0.09 0.13 0.08 0.28 0.29 0.24 0.08 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.40 0.72 0.36 0.23 0.64 0.06 0.45 0.13 0.39 0.54 0.74 0.79 0.16 0.70 0.67 0.31 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.25 0.38 0.08 0.70 0.19 0.76 0.32 0.50 0.23 0.48 0.08 0.39 0.20 0.81 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.28 0.49 0.02 0.08 0.04 0.04 0.02 0.07 0.22 0.20 0.37 0.39 0.33 0.06 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00