ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51890

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 0, 3, 0, 3, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.014, 0.029, 0.045, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.062, 0.166, 0.270, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.166 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.048, 0.154, 0.260, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.154 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.098, 0.204, 0.310, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.204 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.108, 0.261, 0.414, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.261 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.131, 0.289, 0.446, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.289 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.231, 0.440, 0.649, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.440 std_dev=0.209
C2 B 0, 0.281, 0.542, 0.802, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.542 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.244, 0.521, 0.799, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.521 std_dev=0.278
C5' A 0, 0.149, 0.429, 0.709, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.429 std_dev=0.280
O5' A 0, 0.175, 0.462, 0.749, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.462 std_dev=0.287
N2 B 0, 0.215, 0.502, 0.789, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.502 std_dev=0.287
C4 B 0, 0.327, 0.639, 0.951, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.639 std_dev=0.312
C5 B 0, 0.442, 0.808, 1.175, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.808 std_dev=0.367
N1 B 0, 0.352, 0.744, 1.136, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.744 std_dev=0.392
N9 B 0, 0.296, 0.721, 1.146, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.721 std_dev=0.425
P A 0, 0.203, 0.643, 1.084, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.643 std_dev=0.440
O2' B 0, 0.517, 0.957, 1.398, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.957 std_dev=0.441
N7 B 0, 0.506, 0.947, 1.389, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.947 std_dev=0.441
C8 B 0, 0.432, 0.876, 1.321, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.876 std_dev=0.445
C6 B 0, 0.392, 0.882, 1.371, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.882 std_dev=0.490
C1' B 0, 0.303, 0.799, 1.295, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.799 std_dev=0.496
C2' B 0, 0.310, 0.808, 1.305, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.808 std_dev=0.497
OP2 A 0, 0.198, 0.718, 1.238, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.718 std_dev=0.520
OP1 A 0, 0.324, 0.854, 1.385, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.854 std_dev=0.531
O6 B 0, 0.391, 1.098, 1.805, 2.425 max_d=2.425 avg_d=1.098 std_dev=0.707
O4' B 0, 0.321, 1.028, 1.735, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.028 std_dev=0.707
C3' B 0, 0.211, 0.979, 1.747, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.979 std_dev=0.768
O3' B 0, 0.397, 1.195, 1.993, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.195 std_dev=0.798
O5' B 0, 0.243, 1.043, 1.844, 2.720 max_d=2.720 avg_d=1.043 std_dev=0.801
P B 0, 0.284, 1.125, 1.965, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.125 std_dev=0.841
C4' B 0, 0.240, 1.109, 1.979, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.109 std_dev=0.869
OP1 B 0, 0.343, 1.226, 2.110, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.226 std_dev=0.883
OP2 B 0, 0.285, 1.205, 2.126, 3.077 max_d=3.077 avg_d=1.205 std_dev=0.920
C5' B 0, 0.144, 1.304, 2.463, 3.885 max_d=3.885 avg_d=1.304 std_dev=1.159

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.14 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.14 0.11 0.15 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.12 0.01 0.02 0.00 0.12 0.15 0.09 0.08
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.06 0.11 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.09 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.20 0.16 0.18 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.16 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04 0.20 0.16 0.17 0.14
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.05 0.17 0.12 0.14 0.11
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.09 0.14 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.17 0.14 0.17 0.12
N4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.21 0.19 0.20 0.17
O2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.05 0.11 0.09 0.15 0.08
O2' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.04 0.03 0.05 0.11 0.11 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.07 0.07 0.14 0.04 0.00 0.02 0.14 0.23 0.08 0.13
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.18 0.07
O5' 0.06 0.14 0.12 0.17 0.20 0.01 0.20 0.01 0.17 0.13 0.17 0.21 0.11 0.05 0.14 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.11 0.15 0.20 0.16 0.07 0.16 0.08 0.12 0.09 0.14 0.19 0.09 0.11 0.23 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.15 0.09 0.09 0.18 0.16 0.17 0.19 0.14 0.14 0.17 0.20 0.15 0.11 0.08 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.08 0.12 0.14 0.02 0.14 0.01 0.11 0.08 0.12 0.17 0.08 0.04 0.13 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.21 0.16 0.17 0.17 0.12 0.19 0.13 0.21 0.16 0.22 0.23 0.19 0.17 0.15 0.12 0.24 0.18 0.14 0.21 0.17 0.46 0.18
C2 0.11 0.20 0.17 0.21 0.15 0.10 0.18 0.11 0.22 0.14 0.23 0.22 0.14 0.17 0.12 0.12 0.29 0.13 0.17 0.25 0.15 0.46 0.17
C2' 0.11 0.24 0.10 0.07 0.16 0.13 0.18 0.14 0.21 0.14 0.23 0.28 0.19 0.16 0.13 0.10 0.15 0.19 0.14 0.21 0.15 0.44 0.14
C3' 0.11 0.26 0.11 0.09 0.16 0.21 0.18 0.25 0.21 0.14 0.25 0.32 0.20 0.16 0.12 0.16 0.18 0.23 0.12 0.22 0.19 0.42 0.14
C4 0.13 0.22 0.14 0.17 0.16 0.10 0.20 0.10 0.25 0.16 0.27 0.26 0.16 0.19 0.14 0.11 0.27 0.20 0.18 0.28 0.16 0.42 0.12
C4' 0.13 0.23 0.16 0.13 0.17 0.16 0.18 0.19 0.20 0.15 0.22 0.26 0.20 0.16 0.15 0.17 0.21 0.19 0.13 0.20 0.20 0.44 0.18
C5 0.16 0.24 0.13 0.14 0.19 0.14 0.22 0.16 0.26 0.20 0.28 0.29 0.18 0.22 0.17 0.11 0.24 0.24 0.17 0.29 0.19 0.41 0.14
C5' 0.13 0.24 0.18 0.17 0.17 0.21 0.18 0.26 0.21 0.15 0.24 0.29 0.20 0.16 0.14 0.20 0.26 0.20 0.15 0.21 0.24 0.41 0.18
C6 0.16 0.24 0.13 0.13 0.19 0.15 0.22 0.17 0.25 0.20 0.27 0.28 0.19 0.22 0.18 0.11 0.23 0.24 0.16 0.27 0.19 0.42 0.16
N1 0.13 0.22 0.15 0.17 0.17 0.11 0.19 0.11 0.22 0.15 0.24 0.25 0.17 0.18 0.14 0.11 0.25 0.18 0.15 0.24 0.16 0.45 0.16
N3 0.11 0.20 0.16 0.21 0.15 0.09 0.19 0.09 0.24 0.14 0.25 0.23 0.14 0.18 0.12 0.12 0.29 0.15 0.18 0.27 0.15 0.45 0.15
N4 0.14 0.22 0.13 0.17 0.17 0.11 0.21 0.11 0.26 0.17 0.27 0.26 0.16 0.20 0.15 0.11 0.27 0.21 0.20 0.30 0.16 0.42 0.11
O2 0.12 0.18 0.20 0.26 0.17 0.14 0.20 0.18 0.24 0.17 0.23 0.17 0.15 0.20 0.15 0.15 0.31 0.12 0.19 0.27 0.17 0.50 0.22
O2' 0.15 0.19 0.10 0.08 0.16 0.12 0.16 0.13 0.17 0.15 0.19 0.20 0.19 0.15 0.15 0.09 0.14 0.19 0.15 0.17 0.15 0.45 0.17
O3' 0.13 0.27 0.18 0.19 0.16 0.29 0.18 0.34 0.22 0.15 0.25 0.33 0.23 0.17 0.12 0.26 0.26 0.26 0.14 0.23 0.20 0.41 0.14
O4' 0.16 0.21 0.19 0.18 0.18 0.14 0.18 0.15 0.20 0.16 0.21 0.23 0.20 0.17 0.16 0.15 0.25 0.19 0.15 0.20 0.19 0.47 0.21
O5' 0.10 0.26 0.17 0.12 0.17 0.13 0.19 0.19 0.23 0.15 0.26 0.32 0.21 0.17 0.13 0.18 0.23 0.18 0.12 0.24 0.17 0.44 0.19
OP1 0.19 0.26 0.23 0.23 0.19 0.30 0.19 0.38 0.21 0.18 0.25 0.33 0.23 0.18 0.18 0.27 0.31 0.28 0.18 0.22 0.31 0.36 0.18
OP2 0.10 0.31 0.21 0.16 0.20 0.12 0.22 0.18 0.28 0.15 0.32 0.38 0.24 0.19 0.14 0.21 0.25 0.15 0.13 0.29 0.15 0.50 0.22
P 0.11 0.26 0.17 0.13 0.16 0.17 0.18 0.24 0.22 0.14 0.26 0.32 0.20 0.16 0.13 0.19 0.23 0.20 0.12 0.24 0.22 0.41 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02 0.07 0.47 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.30 0.01 0.15 0.39 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.06 0.27 0.27 0.07
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.10 0.08 0.11 0.15 0.12 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.33 0.10 0.42 0.16 0.20
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.30 0.01 0.15 0.41 0.17
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.17 0.39 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.39 0.01 0.20 0.39 0.20
C5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.17 0.12 0.15 0.12 0.11 0.15 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.18 0.24 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.41 0.00 0.22 0.37 0.22
C8 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.38 0.01 0.19 0.44 0.19
N1 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.36 0.01 0.18 0.37 0.19
N2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.03 0.27 0.01 0.14 0.39 0.16
N3 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.02 0.25 0.01 0.12 0.41 0.16
N7 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.43 0.01 0.23 0.40 0.23
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.27 0.01 0.13 0.44 0.16
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.06 0.24 0.31 0.06
O3' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.07 0.02 0.08 0.04 0.10 0.09 0.12 0.17 0.13 0.10 0.04 0.05 0.00 0.02 0.31 0.12 0.58 0.16 0.31
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.02 0.09 0.56 0.26
O5' 0.11 0.30 0.22 0.33 0.30 0.01 0.39 0.01 0.41 0.38 0.36 0.27 0.25 0.43 0.27 0.07 0.31 0.09 0.00 0.45 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.45 0.00 0.25 0.36 0.25
OP1 0.07 0.15 0.27 0.42 0.15 0.17 0.20 0.24 0.22 0.19 0.18 0.14 0.12 0.23 0.13 0.24 0.58 0.09 0.02 0.25 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.39 0.27 0.16 0.41 0.39 0.39 0.39 0.37 0.44 0.37 0.39 0.41 0.40 0.44 0.31 0.16 0.56 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.17 0.07 0.20 0.17 0.07 0.20 0.01 0.22 0.19 0.19 0.16 0.16 0.23 0.16 0.06 0.31 0.26 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00