ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51891

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O4' A 0, -0.013, 0.141, 0.294, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.141 std_dev=0.154
C2' A 0, -0.005, 0.149, 0.303, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.149 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.065, 0.220, 0.375, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.220 std_dev=0.155
C4' A 0, 0.148, 0.386, 0.624, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.386 std_dev=0.238
C3' A 0, 0.045, 0.299, 0.553, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.299 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.288, 0.606, 0.925, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.606 std_dev=0.318
O3' A 0, 0.101, 0.430, 0.759, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.430 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.263, 0.594, 0.926, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.594 std_dev=0.332
C2 B 0, 0.278, 0.633, 0.988, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.633 std_dev=0.355
C4 B 0, 0.280, 0.657, 1.035, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.657 std_dev=0.378
C5' A 0, 0.387, 0.836, 1.284, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.836 std_dev=0.449
C6 B 0, 0.195, 0.665, 1.135, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.665 std_dev=0.470
N7 B 0, 0.199, 0.715, 1.230, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.715 std_dev=0.516
N2 B 0, 0.269, 0.791, 1.313, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.791 std_dev=0.522
N1 B 0, 0.200, 0.736, 1.271, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.736 std_dev=0.536
O6 B 0, 0.210, 0.864, 1.519, 2.142 max_d=2.142 avg_d=0.864 std_dev=0.655
N9 B 0, 0.220, 0.932, 1.643, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.932 std_dev=0.712
C8 B 0, 0.168, 0.933, 1.698, 2.454 max_d=2.454 avg_d=0.933 std_dev=0.765
O5' A 0, 1.142, 2.142, 3.142, 3.297 max_d=3.297 avg_d=2.142 std_dev=1.000
C1' B 0, 0.179, 1.263, 2.347, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.263 std_dev=1.084
C2' B 0, 0.313, 1.416, 2.519, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.416 std_dev=1.103
OP2 B 0, 0.985, 2.255, 3.525, 4.055 max_d=4.055 avg_d=2.255 std_dev=1.270
O4' B 0, 0.254, 1.605, 2.955, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.605 std_dev=1.350
O5' B 0, 0.724, 2.110, 3.496, 4.115 max_d=4.115 avg_d=2.110 std_dev=1.386
P B 0, 0.811, 2.216, 3.622, 4.108 max_d=4.108 avg_d=2.216 std_dev=1.406
C3' B 0, 0.437, 1.938, 3.439, 4.276 max_d=4.276 avg_d=1.938 std_dev=1.501
C4' B 0, 0.368, 1.941, 3.513, 4.319 max_d=4.319 avg_d=1.941 std_dev=1.573
O2' B 0, 0.645, 2.340, 4.034, 4.699 max_d=4.699 avg_d=2.340 std_dev=1.695
P A 0, 2.273, 3.972, 5.672, 5.549 max_d=5.549 avg_d=3.972 std_dev=1.699
C5' B 0, 0.506, 2.212, 3.918, 4.671 max_d=4.671 avg_d=2.212 std_dev=1.706
O3' B 0, 0.611, 2.465, 4.319, 5.206 max_d=5.206 avg_d=2.465 std_dev=1.854
OP1 B 0, 1.106, 3.018, 4.930, 5.677 max_d=5.677 avg_d=3.018 std_dev=1.912
OP1 A 0, 2.538, 4.467, 6.395, 6.527 max_d=6.527 avg_d=4.467 std_dev=1.928
OP2 A 0, 2.894, 5.030, 7.167, 6.712 max_d=6.712 avg_d=5.030 std_dev=2.137

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.15 0.18 0.11
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.17 0.14 0.19 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.14 0.00 0.02 0.01 0.09 0.18 0.09 0.04
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.04 0.08 0.09 0.14 0.02 0.01 0.02 0.15 0.23 0.16 0.09
C4 0.03 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.04 0.22 0.22 0.30 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.15 0.09 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.04 0.23 0.23 0.34 0.24
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.09 0.12 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.13 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.04 0.21 0.19 0.28 0.19
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.16 0.13 0.20 0.11
N3 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.20 0.17 0.24 0.16
N4 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.24 0.26 0.35 0.27
O2 0.01 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.17 0.03 0.15 0.15 0.16 0.10
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.11 0.00 0.03 0.03 0.06 0.19 0.11 0.11
O3' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.10 0.03 0.14 0.03 0.14 0.05 0.10 0.12 0.17 0.03 0.00 0.03 0.22 0.27 0.28 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.16 0.16 0.25 0.17
O5' 0.12 0.17 0.09 0.15 0.22 0.02 0.23 0.01 0.21 0.16 0.20 0.24 0.15 0.06 0.22 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.14 0.18 0.23 0.22 0.15 0.23 0.13 0.19 0.13 0.17 0.26 0.15 0.19 0.27 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.19 0.09 0.16 0.30 0.09 0.34 0.03 0.28 0.20 0.24 0.35 0.16 0.11 0.28 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.11 0.04 0.09 0.22 0.07 0.24 0.01 0.19 0.11 0.16 0.27 0.10 0.11 0.16 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.51 0.18 0.62 0.58 0.30 0.72 0.25 0.73 0.17 0.39 0.16 0.29 0.24 0.32 0.41 0.74 0.93 0.78 0.73 0.16 0.83 0.75 0.75
C2 0.46 0.17 0.61 0.65 0.29 0.64 0.24 0.64 0.17 0.35 0.15 0.21 0.27 0.28 0.37 0.51 1.04 0.65 0.66 0.15 0.77 0.77 0.67
C2' 0.32 0.12 0.61 0.27 0.24 0.46 0.22 0.53 0.16 0.30 0.12 0.16 0.20 0.26 0.30 0.98 0.63 0.55 0.62 0.16 0.71 0.74 0.66
C3' 0.28 0.11 0.55 0.29 0.20 0.56 0.20 0.65 0.15 0.29 0.11 0.18 0.13 0.26 0.27 1.15 0.72 0.61 0.74 0.16 0.76 0.84 0.78
C4 0.55 0.17 0.66 0.81 0.31 0.82 0.24 0.81 0.15 0.40 0.15 0.22 0.28 0.31 0.42 0.57 1.26 0.76 0.78 0.13 0.88 0.81 0.78
C4' 0.47 0.19 0.42 0.53 0.27 0.85 0.26 0.90 0.20 0.41 0.18 0.28 0.19 0.34 0.38 1.02 0.91 0.90 0.90 0.20 0.92 0.88 0.92
C5 0.62 0.18 0.68 0.87 0.33 0.93 0.26 0.93 0.16 0.45 0.15 0.25 0.28 0.34 0.47 0.66 1.31 0.87 0.86 0.14 0.97 0.82 0.86
C5' 0.55 0.22 0.34 0.73 0.31 1.04 0.30 1.10 0.23 0.47 0.21 0.31 0.23 0.40 0.44 0.92 1.09 0.99 1.05 0.23 1.06 0.98 1.07
C6 0.62 0.17 0.66 0.82 0.33 0.92 0.26 0.92 0.16 0.45 0.15 0.27 0.27 0.35 0.47 0.71 1.24 0.89 0.86 0.13 0.95 0.80 0.85
N1 0.53 0.17 0.64 0.70 0.31 0.77 0.25 0.77 0.16 0.40 0.15 0.25 0.27 0.32 0.42 0.64 1.09 0.77 0.75 0.14 0.85 0.77 0.76
N3 0.48 0.17 0.62 0.72 0.29 0.69 0.23 0.68 0.15 0.35 0.14 0.19 0.28 0.27 0.38 0.50 1.14 0.66 0.69 0.14 0.79 0.79 0.69
N4 0.56 0.17 0.66 0.85 0.31 0.83 0.23 0.82 0.14 0.40 0.14 0.21 0.28 0.30 0.42 0.57 1.31 0.76 0.79 0.13 0.89 0.82 0.78
O2 0.36 0.20 0.58 0.54 0.28 0.48 0.23 0.49 0.20 0.30 0.19 0.21 0.28 0.25 0.32 0.44 0.88 0.52 0.55 0.19 0.70 0.74 0.57
O2' 0.38 0.17 0.71 0.28 0.30 0.33 0.26 0.42 0.20 0.34 0.16 0.18 0.27 0.30 0.36 1.08 0.45 0.45 0.55 0.20 0.72 0.72 0.62
O3' 0.40 0.15 0.75 0.45 0.26 0.56 0.26 0.66 0.21 0.35 0.16 0.18 0.21 0.32 0.34 1.45 0.75 0.53 0.78 0.22 0.82 0.97 0.83
O4' 0.67 0.26 0.61 0.75 0.36 0.97 0.31 0.97 0.23 0.50 0.23 0.36 0.30 0.40 0.51 0.85 1.12 0.99 0.90 0.21 0.99 0.81 0.90
O5' 0.59 0.21 0.43 0.89 0.33 1.08 0.32 1.14 0.24 0.51 0.20 0.29 0.24 0.42 0.48 0.79 1.30 0.99 1.09 0.23 1.12 1.04 1.11
OP1 0.72 0.32 0.61 1.06 0.51 1.23 0.54 1.37 0.45 0.73 0.36 0.31 0.38 0.66 0.66 0.93 1.25 1.11 1.32 0.47 1.36 1.26 1.36
OP2 0.78 0.38 0.67 1.15 0.54 1.23 0.54 1.30 0.46 0.72 0.39 0.38 0.44 0.64 0.68 0.81 1.52 1.11 1.26 0.46 1.30 1.21 1.28
P 0.77 0.35 0.63 1.12 0.52 1.25 0.52 1.33 0.44 0.71 0.37 0.37 0.41 0.62 0.66 0.83 1.44 1.12 1.27 0.44 1.30 1.19 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.30 0.01 0.24 0.05 0.37 0.43 0.22
C2 0.04 0.00 0.27 0.25 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.32 0.18 0.15 0.02 0.60 0.53 0.17
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.13 0.03 0.06 0.20 0.10 0.18 0.20 0.33 0.27 0.12 0.03 0.00 0.02 0.02 0.44 0.06 0.49 0.65 0.44
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.27 0.01 0.36 0.02 0.37 0.36 0.32 0.22 0.21 0.42 0.24 0.04 0.01 0.02 0.33 0.40 0.17 0.47 0.25
C4 0.02 0.01 0.13 0.27 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.20 0.10 0.23 0.03 0.53 0.61 0.20
C4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.12 0.26 0.07 0.14 0.08 0.25 0.11 0.33 0.02 0.00 0.02 0.16 0.05 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.36 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.21 0.08 0.35 0.03 0.56 0.79 0.27
C5' 0.07 0.07 0.20 0.02 0.07 0.01 0.16 0.00 0.15 0.24 0.09 0.12 0.08 0.26 0.08 0.15 0.22 0.01 0.01 0.20 0.15 0.06 0.02
C6 0.04 0.02 0.10 0.37 0.02 0.12 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.36 0.22 0.10 0.32 0.01 0.61 0.79 0.27
C8 0.02 0.02 0.18 0.36 0.01 0.26 0.02 0.24 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.41 0.25 0.17 0.49 0.05 0.43 0.86 0.36
N1 0.03 0.01 0.20 0.32 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.24 0.14 0.22 0.01 0.62 0.65 0.20
N2 0.06 0.00 0.33 0.22 0.01 0.14 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.43 0.23 0.15 0.02 0.62 0.48 0.19
N3 0.05 0.01 0.27 0.21 0.01 0.08 0.01 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.34 0.18 0.16 0.03 0.56 0.49 0.18
N7 0.02 0.02 0.12 0.42 0.01 0.25 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.30 0.13 0.51 0.04 0.50 0.97 0.40
N9 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.11 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.13 0.04 0.29 0.04 0.45 0.61 0.23
O2' 0.02 0.19 0.00 0.04 0.22 0.33 0.36 0.15 0.36 0.41 0.25 0.24 0.17 0.45 0.24 0.00 0.04 0.24 0.43 0.42 0.36 0.76 0.43
O3' 0.30 0.32 0.02 0.01 0.20 0.02 0.21 0.22 0.22 0.25 0.24 0.43 0.34 0.30 0.13 0.04 0.00 0.22 0.43 0.26 0.50 0.68 0.47
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.17 0.14 0.23 0.18 0.13 0.04 0.24 0.22 0.00 0.11 0.11 0.33 0.21 0.13
O5' 0.24 0.15 0.44 0.33 0.23 0.02 0.35 0.01 0.32 0.49 0.22 0.15 0.16 0.51 0.29 0.43 0.43 0.11 0.00 0.38 0.01 0.02 0.00
O6 0.05 0.02 0.06 0.40 0.03 0.16 0.03 0.20 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.42 0.26 0.11 0.38 0.00 0.64 0.88 0.33
OP1 0.37 0.60 0.49 0.17 0.53 0.05 0.56 0.15 0.61 0.43 0.62 0.62 0.56 0.50 0.45 0.36 0.50 0.33 0.01 0.64 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.53 0.65 0.47 0.61 0.04 0.79 0.06 0.79 0.86 0.65 0.48 0.49 0.97 0.61 0.76 0.68 0.21 0.02 0.88 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.17 0.44 0.25 0.20 0.02 0.27 0.02 0.27 0.36 0.20 0.19 0.18 0.40 0.23 0.43 0.47 0.13 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00