ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51894

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N4 A 0, -0.001, 0.040, 0.080, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.040 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.050, 0.202, 0.353, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.202 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.093, 0.249, 0.404, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.249 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.152, 0.343, 0.534, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.343 std_dev=0.191
O4' B 0, 0.138, 0.370, 0.602, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.370 std_dev=0.232
C4' A 0, 0.073, 0.305, 0.537, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.305 std_dev=0.232
C3' A 0, 0.115, 0.368, 0.622, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.368 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.292, 0.549, 0.806, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.549 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.181, 0.448, 0.715, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.448 std_dev=0.267
O2' B 0, 0.218, 0.508, 0.798, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.508 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.216, 0.506, 0.796, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.506 std_dev=0.290
N9 B 0, 0.349, 0.670, 0.991, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.670 std_dev=0.321
N3 B 0, 0.283, 0.620, 0.957, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.620 std_dev=0.337
O3' A 0, 0.183, 0.552, 0.921, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.552 std_dev=0.369
C3' B 0, 0.315, 0.687, 1.060, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.687 std_dev=0.373
C4 B 0, 0.356, 0.735, 1.113, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.735 std_dev=0.378
C5' B 0, 0.221, 0.604, 0.987, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.604 std_dev=0.383
C5' A 0, 0.143, 0.530, 0.916, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.530 std_dev=0.387
C8 B 0, 0.450, 0.870, 1.291, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.870 std_dev=0.421
O5' A 0, 0.200, 0.623, 1.045, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.623 std_dev=0.423
O5' B 0, 0.319, 0.749, 1.179, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.749 std_dev=0.430
C2 B 0, 0.299, 0.746, 1.193, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.746 std_dev=0.447
N2 B 0, 0.242, 0.690, 1.137, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.690 std_dev=0.448
C5 B 0, 0.431, 0.955, 1.478, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.955 std_dev=0.524
N7 B 0, 0.492, 1.037, 1.581, 1.507 max_d=1.507 avg_d=1.037 std_dev=0.544
P A 0, 0.503, 1.054, 1.605, 1.657 max_d=1.657 avg_d=1.054 std_dev=0.551
P B 0, 0.358, 0.919, 1.480, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.919 std_dev=0.561
N1 B 0, 0.380, 0.967, 1.553, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.967 std_dev=0.587
O3' B 0, 0.329, 0.920, 1.511, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.920 std_dev=0.591
OP2 A 0, 0.545, 1.180, 1.815, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.180 std_dev=0.635
C6 B 0, 0.439, 1.080, 1.721, 1.801 max_d=1.801 avg_d=1.080 std_dev=0.641
OP2 B 0, 0.475, 1.183, 1.892, 1.891 max_d=1.891 avg_d=1.183 std_dev=0.708
OP1 B 0, 0.315, 1.043, 1.771, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.043 std_dev=0.728
OP1 A 0, 0.688, 1.447, 2.207, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.447 std_dev=0.759
O6 B 0, 0.503, 1.281, 2.058, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.281 std_dev=0.778

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.17 0.08 0.20
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.18 0.08 0.20
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.04 0.05 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.06
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.04 0.06 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.15 0.05
C4 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.26 0.22 0.27
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06
C5 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.02 0.07 0.31 0.32 0.32
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.07 0.30 0.28 0.32
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.22 0.14 0.24
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.21 0.12 0.22
N4 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.28 0.25 0.27
O2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.14 0.01 0.09 0.13 0.02 0.16
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.08 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.10 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.11 0.02 0.05 0.09 0.14 0.02 0.00 0.01 0.03 0.33 0.27 0.17
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.24 0.14 0.24
O5' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.17 0.18 0.04 0.15 0.26 0.02 0.31 0.01 0.30 0.22 0.21 0.28 0.13 0.08 0.33 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.08 0.07 0.15 0.22 0.02 0.32 0.02 0.28 0.14 0.12 0.25 0.02 0.10 0.27 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.20 0.06 0.05 0.27 0.06 0.32 0.00 0.32 0.24 0.22 0.27 0.16 0.03 0.17 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.07 0.15 0.18 0.09 0.15 0.09 0.15 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.11 0.20 0.17 0.15 0.08 0.15 0.16 0.16
C2 0.20 0.15 0.15 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.15 0.17 0.15 0.14 0.17 0.16 0.18 0.18 0.15 0.20 0.16 0.15 0.16 0.17 0.17
C2' 0.15 0.12 0.23 0.23 0.10 0.17 0.10 0.17 0.10 0.12 0.11 0.15 0.10 0.10 0.12 0.17 0.25 0.16 0.16 0.10 0.16 0.17 0.16
C3' 0.14 0.14 0.25 0.24 0.10 0.18 0.10 0.18 0.11 0.11 0.13 0.18 0.12 0.10 0.11 0.23 0.26 0.14 0.16 0.11 0.16 0.17 0.16
C4 0.18 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.16 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.19 0.18
C4' 0.08 0.11 0.21 0.21 0.05 0.15 0.05 0.15 0.07 0.06 0.10 0.15 0.08 0.05 0.06 0.21 0.24 0.11 0.14 0.07 0.14 0.15 0.14
C5 0.15 0.12 0.15 0.18 0.13 0.16 0.13 0.17 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.22 0.16 0.19 0.14 0.18 0.20 0.19
C5' 0.05 0.11 0.18 0.18 0.05 0.12 0.05 0.13 0.07 0.04 0.10 0.15 0.08 0.03 0.03 0.18 0.22 0.08 0.12 0.07 0.13 0.13 0.12
C6 0.14 0.10 0.15 0.19 0.11 0.15 0.11 0.17 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.12 0.23 0.16 0.18 0.12 0.18 0.19 0.18
N1 0.17 0.10 0.14 0.16 0.13 0.15 0.12 0.15 0.11 0.14 0.11 0.09 0.12 0.13 0.14 0.14 0.18 0.17 0.16 0.12 0.15 0.17 0.16
N3 0.20 0.18 0.16 0.16 0.18 0.16 0.17 0.16 0.17 0.18 0.17 0.17 0.19 0.18 0.19 0.18 0.16 0.20 0.17 0.18 0.16 0.19 0.18
N4 0.18 0.18 0.15 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.19 0.18 0.18 0.19 0.17 0.21 0.19
O2 0.22 0.17 0.17 0.16 0.20 0.18 0.18 0.18 0.17 0.20 0.16 0.17 0.20 0.19 0.21 0.20 0.14 0.22 0.18 0.16 0.18 0.18 0.18
O2' 0.19 0.14 0.30 0.29 0.12 0.22 0.11 0.21 0.10 0.14 0.12 0.19 0.13 0.12 0.15 0.24 0.30 0.18 0.19 0.10 0.18 0.20 0.19
O3' 0.22 0.20 0.33 0.30 0.17 0.23 0.15 0.21 0.15 0.17 0.18 0.23 0.19 0.15 0.18 0.33 0.30 0.19 0.19 0.15 0.18 0.22 0.20
O4' 0.12 0.06 0.14 0.17 0.05 0.14 0.05 0.15 0.06 0.08 0.06 0.09 0.04 0.07 0.08 0.10 0.21 0.15 0.15 0.06 0.15 0.15 0.15
O5' 0.06 0.09 0.16 0.16 0.04 0.12 0.05 0.13 0.07 0.05 0.09 0.13 0.06 0.04 0.04 0.13 0.19 0.10 0.13 0.07 0.13 0.13 0.13
OP1 0.08 0.08 0.11 0.17 0.07 0.15 0.07 0.16 0.07 0.10 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.12 0.28 0.11 0.15 0.07 0.24 0.13 0.14
OP2 0.07 0.10 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.10 0.08 0.06 0.10 0.14 0.07 0.05 0.06 0.06 0.12 0.10 0.09 0.08 0.16 0.08 0.09
P 0.12 0.11 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.17 0.13 0.12 0.11 0.20 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.02 0.04 0.00 0.04 0.10 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.04 0.11 0.12 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.03 0.00 0.04 0.10 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.00 0.05 0.10 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.05 0.00 0.06 0.11 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.02 0.05 0.00 0.06 0.11 0.08
N2 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.15 0.01 0.05 0.01 0.04 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.04 0.00 0.03 0.10 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.05 0.10 0.07
N9 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05
O3' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.03 0.13 0.05 0.14 0.15 0.11 0.08 0.05 0.03 0.00 0.01 0.09 0.13 0.12 0.11 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.05
O5' 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.09 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.05 0.00 0.07 0.11 0.08
OP1 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.12 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.02 0.05 0.10 0.03 0.10 0.02 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.05 0.11 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.01 0.04 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00