ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51896

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.005, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.007
C4 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.002, 0.014, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N4 A 0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.026
O3' A 0, -0.001, 0.103, 0.206, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.103 std_dev=0.103
N2 B 0, 0.019, 0.158, 0.296, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.158 std_dev=0.139
N3 B 0, 0.024, 0.191, 0.358, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.191 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.001, 0.203, 0.405, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.203 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.061, 0.269, 0.478, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.269 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.064, 0.273, 0.481, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.273 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.064, 0.274, 0.485, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.274 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.022, 0.255, 0.488, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.255 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.055, 0.290, 0.525, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.290 std_dev=0.235
N9 B 0, 0.046, 0.281, 0.517, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.281 std_dev=0.236
O2' B 0, 0.064, 0.305, 0.546, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.305 std_dev=0.241
C3' B 0, 0.054, 0.305, 0.557, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.305 std_dev=0.251
O4' A 0, 0.078, 0.341, 0.604, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.341 std_dev=0.263
C2' A 0, 0.079, 0.353, 0.627, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.353 std_dev=0.274
C4' B 0, 0.043, 0.322, 0.602, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.322 std_dev=0.279
C5' B 0, 0.043, 0.325, 0.607, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.325 std_dev=0.282
N1 B 0, -0.031, 0.269, 0.569, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.269 std_dev=0.300
C4' A 0, 0.111, 0.416, 0.721, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.416 std_dev=0.305
C8 B 0, 0.041, 0.351, 0.661, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.351 std_dev=0.310
C5 B 0, -0.005, 0.326, 0.658, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.326 std_dev=0.332
O3' B 0, 0.026, 0.362, 0.698, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.362 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.059, 0.404, 0.749, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.404 std_dev=0.345
N7 B 0, 0.009, 0.386, 0.764, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.386 std_dev=0.378
C6 B 0, -0.039, 0.340, 0.718, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.340 std_dev=0.378
O6 B 0, -0.062, 0.414, 0.889, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.414 std_dev=0.475
OP1 A 0, 0.209, 0.721, 1.233, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.721 std_dev=0.512
O2' A 0, 0.124, 0.636, 1.149, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.636 std_dev=0.512
P B 0, 0.039, 0.556, 1.072, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.556 std_dev=0.517
OP2 A 0, 0.161, 0.699, 1.237, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.699 std_dev=0.538
C5' A 0, 0.220, 0.778, 1.336, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.778 std_dev=0.558
P A 0, 0.117, 0.683, 1.250, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.683 std_dev=0.567
OP2 B 0, 0.060, 0.628, 1.197, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.628 std_dev=0.569
OP1 B 0, 0.025, 0.605, 1.185, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.605 std_dev=0.580
O5' A 0, 0.150, 0.886, 1.621, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.886 std_dev=0.736

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.22 0.23 0.24 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.04 0.07 0.25 0.30 0.28 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.04 0.17 0.02 0.09 0.03 0.26 0.00 0.00 0.01 0.45 0.52 0.50 0.55
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.27 0.30 0.33 0.34
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02 0.24 0.31 0.29 0.27
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02
C5 0.00 0.01 0.14 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.06 0.09 0.24 0.31 0.30 0.28
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.07 0.19 0.01
C6 0.00 0.01 0.17 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.06 0.11 0.27 0.31 0.31 0.30
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.26 0.28 0.28 0.28
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.25 0.31 0.28 0.27
N4 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.06 0.02 0.22 0.30 0.29 0.25
O2 0.03 0.00 0.26 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.37 0.03 0.13 0.25 0.29 0.26 0.26
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.10 0.01 0.22 0.04 0.23 0.05 0.05 0.11 0.37 0.00 0.03 0.01 0.47 0.65 0.56 0.64
O3' 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.13 0.18 0.15 0.21
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.08 0.02
O5' 0.22 0.25 0.45 0.27 0.24 0.00 0.24 0.00 0.27 0.26 0.25 0.22 0.25 0.47 0.13 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.30 0.52 0.30 0.31 0.07 0.31 0.07 0.31 0.28 0.31 0.30 0.29 0.65 0.18 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.28 0.50 0.33 0.29 0.08 0.30 0.19 0.31 0.28 0.28 0.29 0.26 0.56 0.15 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.27 0.55 0.34 0.27 0.02 0.28 0.01 0.30 0.28 0.27 0.25 0.26 0.64 0.21 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13 0.09 0.13 0.11 0.10 0.11 0.08 0.13 0.18 0.08 0.15 0.15 0.08 0.21 0.18
C2 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.07 0.11 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.12 0.07 0.11 0.12 0.06 0.18 0.14
C2' 0.32 0.27 0.33 0.28 0.30 0.22 0.26 0.21 0.23 0.29 0.23 0.26 0.32 0.27 0.32 0.27 0.22 0.26 0.22 0.20 0.24 0.19 0.18
C3' 0.25 0.17 0.21 0.16 0.23 0.14 0.21 0.14 0.18 0.24 0.16 0.15 0.22 0.22 0.25 0.15 0.11 0.23 0.16 0.16 0.16 0.15 0.13
C4 0.08 0.13 0.08 0.09 0.11 0.10 0.13 0.11 0.16 0.10 0.16 0.12 0.10 0.13 0.09 0.11 0.12 0.08 0.13 0.18 0.07 0.20 0.17
C4' 0.09 0.05 0.10 0.15 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07 0.11 0.05 0.02 0.07 0.10 0.11 0.18 0.29 0.10 0.11 0.07 0.07 0.14 0.12
C5 0.08 0.13 0.09 0.10 0.11 0.12 0.14 0.12 0.17 0.11 0.17 0.13 0.10 0.14 0.09 0.12 0.14 0.09 0.14 0.19 0.09 0.22 0.18
C5' 0.25 0.23 0.13 0.12 0.29 0.13 0.30 0.15 0.28 0.33 0.25 0.18 0.25 0.33 0.30 0.14 0.23 0.27 0.18 0.29 0.15 0.20 0.17
C6 0.07 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.15 0.10 0.15 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.16 0.08 0.14 0.17 0.09 0.21 0.18
N1 0.06 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.12 0.08 0.12 0.10 0.08 0.10 0.07 0.12 0.15 0.07 0.13 0.14 0.07 0.19 0.16
N3 0.06 0.11 0.07 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.13 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.11 0.14 0.06 0.18 0.15
N4 0.09 0.14 0.09 0.09 0.12 0.11 0.15 0.11 0.18 0.12 0.17 0.13 0.11 0.15 0.10 0.12 0.11 0.10 0.14 0.20 0.08 0.22 0.18
O2 0.05 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.10 0.10 0.05 0.10 0.07 0.05 0.16 0.12
O2' 0.43 0.30 0.56 0.50 0.35 0.35 0.26 0.31 0.20 0.30 0.21 0.30 0.41 0.25 0.37 0.55 0.49 0.32 0.31 0.15 0.34 0.22 0.23
O3' 0.04 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.06 0.11 0.09 0.07 0.08 0.05 0.09 0.16 0.05 0.13 0.12 0.06 0.18 0.15
O4' 0.11 0.14 0.20 0.24 0.12 0.20 0.12 0.18 0.13 0.10 0.14 0.14 0.13 0.11 0.11 0.27 0.36 0.10 0.20 0.14 0.14 0.24 0.22
O5' 0.10 0.23 0.14 0.17 0.17 0.14 0.18 0.12 0.22 0.14 0.24 0.25 0.19 0.16 0.13 0.21 0.30 0.10 0.13 0.24 0.11 0.17 0.16
OP1 0.15 0.31 0.18 0.21 0.24 0.19 0.27 0.18 0.32 0.19 0.34 0.33 0.25 0.24 0.19 0.22 0.30 0.14 0.20 0.35 0.18 0.26 0.24
OP2 0.05 0.21 0.14 0.17 0.12 0.14 0.14 0.10 0.19 0.05 0.22 0.25 0.16 0.10 0.06 0.21 0.32 0.02 0.12 0.21 0.10 0.16 0.15
P 0.11 0.24 0.18 0.21 0.17 0.19 0.19 0.16 0.24 0.12 0.26 0.27 0.19 0.16 0.12 0.25 0.34 0.09 0.17 0.26 0.15 0.22 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.13 0.10
C2 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.07 0.06 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.02 0.15 0.13 0.11 0.05 0.04 0.16 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.17 0.11 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.10 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.04 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.02 0.08 0.00 0.09 0.10 0.07
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.05 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.02 0.09 0.00 0.11 0.10 0.07
C8 0.00 0.00 0.05 0.13 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.01 0.06 0.00 0.05 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.02 0.07 0.00 0.10 0.10 0.07
N2 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.07 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.11 0.07
N7 0.00 0.00 0.06 0.16 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.21 0.01 0.10 0.00 0.09 0.10 0.07
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.12 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.20 0.16 0.15 0.04 0.04 0.21 0.09 0.07 0.00 0.02 0.07 0.24 0.24 0.15 0.14
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.05 0.15 0.12
O5' 0.07 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.06 0.07 0.04 0.04 0.10 0.03 0.04 0.07 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.07 0.17 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.24 0.02 0.11 0.00 0.13 0.11 0.09
OP1 0.01 0.07 0.07 0.11 0.06 0.05 0.09 0.02 0.11 0.05 0.10 0.07 0.05 0.09 0.03 0.09 0.24 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.10 0.06 0.03 0.10 0.02 0.10 0.00 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.05 0.15 0.15 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.02 0.14 0.12 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00