ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51898

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2' A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C6 B 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N1 B 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C5 B 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
OP2 A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O5' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
P A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C4 B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O6 B 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
N3 B 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
N7 B 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
OP1 A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O3' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
N2 B 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
N9 B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C8 B 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C5' B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
OP2 B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C4' B 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
P B 0, 0.000, 0.192, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C3' B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
OP1 B 0, 0.000, 0.203, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.203 std_dev=0.203
O5' B 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
O3' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C2' B 0, 0.000, 0.225, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.225 std_dev=0.225
O2' B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00
N4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.05
C2 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.02 0.06 0.06 0.07
C2' 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.06
C3' 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.04
C4 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.02 0.06 0.07 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.05
C5 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.05 0.06
C5' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04
C6 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.00 0.04 0.04 0.05
N1 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.00 0.04 0.05 0.06
N3 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.10 0.02 0.07 0.07 0.08
N4 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.10 0.03 0.07 0.07 0.08
O2 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.10 0.03 0.07 0.06 0.08
O2' 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.03 0.03 0.05
O3' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.05
O5' 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.05
OP1 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02
OP2 0.02 0.06 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.05 0.06 0.07
P 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04
OP1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00