ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51902

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.080, 0.229, 0.379, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.229 std_dev=0.149
C2' A 0, 0.065, 0.228, 0.392, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.228 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.094, 0.298, 0.503, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.298 std_dev=0.205
C4' A 0, 0.160, 0.370, 0.579, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.370 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.149, 0.387, 0.624, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.387 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.105, 0.368, 0.631, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.368 std_dev=0.263
O3' A 0, 0.215, 0.550, 0.886, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.550 std_dev=0.335
C6 B 0, 0.181, 0.516, 0.852, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.516 std_dev=0.336
O5' A 0, 0.272, 0.635, 0.999, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.635 std_dev=0.364
C5' A 0, 0.273, 0.643, 1.012, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.643 std_dev=0.369
C4 B 0, 0.245, 0.631, 1.017, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.631 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.168, 0.569, 0.969, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.569 std_dev=0.400
C5 B 0, 0.226, 0.671, 1.116, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.671 std_dev=0.445
N3 B 0, 0.220, 0.670, 1.121, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.670 std_dev=0.450
P A 0, 0.349, 0.891, 1.434, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.891 std_dev=0.543
OP2 A 0, 0.336, 0.880, 1.424, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.880 std_dev=0.544
N6 B 0, 0.173, 0.782, 1.392, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.782 std_dev=0.609
N9 B 0, 0.300, 0.912, 1.525, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.912 std_dev=0.613
OP1 A 0, 0.409, 1.121, 1.833, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.121 std_dev=0.712
C1' B 0, 0.347, 1.137, 1.928, 2.243 max_d=2.243 avg_d=1.137 std_dev=0.790
N7 B 0, 0.239, 1.046, 1.854, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.046 std_dev=0.807
C8 B 0, 0.290, 1.113, 1.936, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.113 std_dev=0.823
O4' B 0, 0.405, 1.342, 2.279, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.342 std_dev=0.937
C2' B 0, 0.309, 1.563, 2.817, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.563 std_dev=1.254
C4' B 0, 0.418, 1.772, 3.125, 3.594 max_d=3.594 avg_d=1.772 std_dev=1.354
O2' B 0, 0.332, 1.700, 3.067, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.700 std_dev=1.367
C3' B 0, 0.338, 1.879, 3.420, 3.940 max_d=3.940 avg_d=1.879 std_dev=1.541
C5' B 0, 0.432, 2.085, 3.739, 4.270 max_d=4.270 avg_d=2.085 std_dev=1.654
P B 0, 0.378, 2.203, 4.027, 4.587 max_d=4.587 avg_d=2.203 std_dev=1.825
O5' B 0, 0.335, 2.170, 4.005, 4.500 max_d=4.500 avg_d=2.170 std_dev=1.835
OP1 B 0, 0.511, 2.429, 4.347, 4.943 max_d=4.943 avg_d=2.429 std_dev=1.918
O3' B 0, 0.354, 2.284, 4.214, 4.812 max_d=4.812 avg_d=2.284 std_dev=1.930
OP2 B 0, 0.286, 2.431, 4.575, 5.142 max_d=5.142 avg_d=2.431 std_dev=2.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.05 0.05 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.09 0.07 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02
C4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.17 0.16 0.18 0.14
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.03 0.20 0.20 0.20 0.18
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.12 0.05 0.05 0.11 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.17 0.16 0.13 0.14
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.10 0.07 0.07 0.05
N3 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.05 0.13 0.10 0.13 0.08
N4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.19 0.19 0.22 0.17
O2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.11 0.09 0.06 0.03 0.04 0.03
O2' 0.03 0.05 0.00 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.09 0.06 0.07 0.09 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.10 0.09 0.11 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04
O5' 0.03 0.09 0.01 0.03 0.17 0.01 0.20 0.00 0.17 0.10 0.13 0.19 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.05 0.16 0.03 0.20 0.03 0.16 0.07 0.10 0.19 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.08 0.03 0.03 0.18 0.03 0.20 0.01 0.13 0.07 0.13 0.22 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.02 0.02 0.14 0.02 0.18 0.01 0.14 0.05 0.08 0.17 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.49 0.45 0.35 0.18 0.17 0.14 0.09 0.14 0.21 0.25 0.45 0.41 0.33 0.12 0.60 0.48 0.11 0.22 0.86 0.51 0.41
C2 0.33 0.42 0.58 0.53 0.21 0.32 0.05 0.20 0.11 0.05 0.16 0.43 0.37 0.18 0.18 0.68 0.68 0.19 0.06 0.66 0.22 0.18
C2' 0.32 0.55 0.53 0.41 0.24 0.23 0.13 0.12 0.13 0.19 0.28 0.52 0.39 0.31 0.17 0.69 0.54 0.17 0.21 0.77 0.48 0.36
C3' 0.13 0.45 0.31 0.17 0.11 0.10 0.22 0.26 0.18 0.34 0.23 0.38 0.44 0.46 0.10 0.46 0.28 0.16 0.46 0.96 0.71 0.57
C4 0.32 0.41 0.53 0.50 0.21 0.32 0.04 0.23 0.11 0.03 0.14 0.41 0.38 0.13 0.19 0.60 0.62 0.20 0.11 0.64 0.15 0.13
C4' 0.08 0.41 0.20 0.06 0.07 0.18 0.27 0.38 0.20 0.43 0.21 0.32 0.46 0.54 0.16 0.35 0.16 0.24 0.57 1.12 0.85 0.72
C5 0.23 0.48 0.40 0.32 0.17 0.18 0.12 0.09 0.15 0.15 0.24 0.41 0.45 0.27 0.12 0.49 0.43 0.11 0.12 0.80 0.35 0.30
C5' 0.24 0.29 0.09 0.24 0.18 0.43 0.41 0.65 0.28 0.63 0.13 0.16 0.52 0.71 0.34 0.11 0.15 0.47 0.85 1.35 1.11 0.97
C6 0.21 0.49 0.38 0.28 0.16 0.14 0.15 0.10 0.16 0.21 0.25 0.42 0.45 0.33 0.11 0.49 0.39 0.11 0.22 0.87 0.47 0.40
N1 0.26 0.47 0.47 0.38 0.18 0.20 0.12 0.08 0.14 0.16 0.22 0.43 0.41 0.28 0.12 0.59 0.52 0.12 0.13 0.80 0.40 0.33
N3 0.36 0.38 0.61 0.59 0.22 0.39 0.02 0.29 0.10 0.04 0.11 0.41 0.35 0.10 0.22 0.69 0.74 0.24 0.17 0.58 0.12 0.09
N4 0.37 0.35 0.59 0.58 0.24 0.41 0.04 0.35 0.09 0.11 0.06 0.39 0.32 0.02 0.25 0.62 0.70 0.28 0.26 0.53 0.11 0.07
O2 0.36 0.40 0.63 0.59 0.21 0.37 0.04 0.25 0.10 0.03 0.14 0.42 0.36 0.15 0.19 0.73 0.76 0.21 0.10 0.63 0.19 0.14
O2' 0.39 0.58 0.62 0.49 0.28 0.30 0.12 0.14 0.12 0.16 0.30 0.57 0.38 0.28 0.21 0.79 0.65 0.21 0.17 0.74 0.46 0.33
O3' 0.12 0.45 0.30 0.15 0.09 0.12 0.23 0.31 0.18 0.37 0.22 0.38 0.44 0.49 0.11 0.47 0.26 0.17 0.52 0.97 0.77 0.61
O4' 0.12 0.45 0.29 0.17 0.11 0.09 0.20 0.23 0.16 0.33 0.24 0.37 0.42 0.44 0.10 0.43 0.29 0.15 0.41 1.03 0.70 0.59
O5' 0.32 0.22 0.19 0.34 0.25 0.51 0.46 0.71 0.33 0.69 0.09 0.09 0.55 0.76 0.41 0.09 0.26 0.54 0.90 1.37 1.13 1.00
OP1 0.60 0.11 0.49 0.69 0.42 0.88 0.59 1.12 0.36 0.93 0.05 0.12 0.50 0.94 0.65 0.36 0.64 0.87 1.30 1.66 1.51 1.36
OP2 0.58 0.09 0.49 0.66 0.43 0.81 0.59 1.00 0.36 0.89 0.05 0.15 0.49 0.91 0.63 0.39 0.61 0.81 1.17 1.56 1.33 1.21
P 0.50 0.15 0.40 0.57 0.36 0.74 0.54 0.95 0.34 0.84 0.07 0.08 0.50 0.87 0.57 0.27 0.50 0.74 1.13 1.56 1.34 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.58 0.11 0.17
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.01 0.04 0.74 0.09 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.78 0.14 0.29
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.06 0.73 0.11 0.29
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.68 0.10 0.15
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.32 0.06 0.11
C5 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.04 0.64 0.10 0.13
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.05 0.67 0.09 0.12
C8 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 0.53 0.10 0.11
N1 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.05 0.72 0.09 0.14
N3 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.02 0.72 0.09 0.17
N6 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.02 0.06 0.63 0.10 0.11
N7 0.01 0.00 0.03 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.04 0.55 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.62 0.10 0.15
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.68 0.11 0.24
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.02 0.13 0.02 0.15 0.09 0.15 0.09 0.16 0.12 0.07 0.03 0.00 0.01 0.10 0.68 0.09 0.30
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.34 0.09 0.08
O5' 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.58 0.74 0.78 0.73 0.68 0.32 0.64 0.03 0.67 0.53 0.72 0.72 0.63 0.55 0.62 0.68 0.68 0.34 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.09 0.14 0.11 0.10 0.06 0.10 0.02 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.17 0.16 0.29 0.29 0.15 0.11 0.13 0.00 0.12 0.11 0.14 0.17 0.11 0.10 0.15 0.24 0.30 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00