ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51904

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.021, 0.045, 0.070, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.033, 0.067, 0.101, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.067 std_dev=0.034
O5' A 0, 0.255, 0.602, 0.950, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.602 std_dev=0.348
N1 B 0, 0.026, 0.379, 0.733, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.379 std_dev=0.353
C5 B 0, 0.072, 0.430, 0.787, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.430 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.034, 0.393, 0.753, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.393 std_dev=0.359
O4' A 0, -0.127, 0.244, 0.615, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.244 std_dev=0.371
C4 B 0, 0.097, 0.471, 0.844, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.471 std_dev=0.374
C2 B 0, 0.039, 0.414, 0.790, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.414 std_dev=0.375
N7 B 0, 0.117, 0.497, 0.878, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.497 std_dev=0.381
N3 B 0, 0.085, 0.477, 0.869, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.477 std_dev=0.392
O6 B 0, 0.032, 0.432, 0.832, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.432 std_dev=0.400
N2 B 0, 0.049, 0.451, 0.852, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.451 std_dev=0.401
C8 B 0, 0.158, 0.567, 0.975, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.567 std_dev=0.408
N9 B 0, 0.157, 0.569, 0.982, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.569 std_dev=0.412
C3' A 0, 0.155, 0.615, 1.076, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.615 std_dev=0.461
P A 0, 0.122, 0.588, 1.053, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.588 std_dev=0.465
C2' A 0, -0.107, 0.358, 0.824, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.358 std_dev=0.465
C4' A 0, 0.111, 0.614, 1.118, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.614 std_dev=0.503
C1' B 0, 0.220, 0.725, 1.231, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.725 std_dev=0.506
C3' B 0, 0.241, 0.747, 1.253, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.747 std_dev=0.506
C2' B 0, 0.230, 0.739, 1.247, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.739 std_dev=0.508
O3' A 0, 0.365, 0.916, 1.467, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.916 std_dev=0.551
O5' B 0, 0.311, 0.890, 1.468, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.890 std_dev=0.578
C4' B 0, 0.276, 0.857, 1.437, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.857 std_dev=0.581
O4' B 0, 0.230, 0.832, 1.434, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.832 std_dev=0.602
OP1 A 0, 0.251, 0.889, 1.527, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.889 std_dev=0.638
P B 0, -0.017, 0.645, 1.306, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.645 std_dev=0.661
OP2 A 0, 0.010, 0.705, 1.399, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.705 std_dev=0.694
C5' B 0, 0.431, 1.147, 1.864, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.147 std_dev=0.717
O2' B 0, 0.221, 0.957, 1.693, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.957 std_dev=0.736
O3' B 0, 0.139, 0.885, 1.630, 2.656 max_d=2.656 avg_d=0.885 std_dev=0.746
O2' A 0, -0.045, 0.743, 1.530, 2.794 max_d=2.794 avg_d=0.743 std_dev=0.787
C5' A 0, 0.199, 1.006, 1.814, 2.965 max_d=2.965 avg_d=1.006 std_dev=0.807
OP2 B 0, -0.075, 1.141, 2.357, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.141 std_dev=1.216
OP1 B 0, -0.374, 0.919, 2.213, 4.496 max_d=4.496 avg_d=0.919 std_dev=1.293

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.22 0.00 0.13 0.50 0.10 0.21
C2 0.02 0.00 0.15 0.22 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.09 0.07 0.12 0.43 0.25 0.14
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.17 0.10 0.20 0.02 0.09 0.05 0.31 0.00 0.02 0.02 0.44 0.28 0.46 0.18
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.27 0.00 0.25 0.00 0.20 0.18 0.27 0.30 0.22 0.02 0.00 0.01 0.28 0.24 0.25 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.27 0.00 0.17 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.33 0.16 0.02 0.16 0.30 0.45 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.17 0.00 0.22 0.00 0.20 0.10 0.11 0.19 0.06 0.20 0.01 0.00 0.01 0.52 0.19 0.30
C5 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.22 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.20 0.07 0.18 0.27 0.49 0.14
C5' 0.02 0.16 0.10 0.00 0.32 0.00 0.37 0.00 0.31 0.17 0.24 0.37 0.08 0.09 0.12 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01
C6 0.02 0.01 0.20 0.20 0.01 0.20 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.16 0.10 0.15 0.31 0.38 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.10 0.01 0.12 0.41 0.24 0.13
N3 0.02 0.01 0.09 0.27 0.00 0.11 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.10 0.05 0.13 0.37 0.35 0.10
N4 0.02 0.02 0.05 0.30 0.00 0.19 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.36 0.20 0.03 0.19 0.28 0.52 0.15
O2 0.03 0.00 0.31 0.22 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.16 0.12 0.12 0.50 0.16 0.19
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.33 0.20 0.39 0.09 0.34 0.17 0.23 0.36 0.18 0.00 0.02 0.17 0.22 0.61 0.26 0.24
O3' 0.22 0.09 0.02 0.00 0.16 0.01 0.20 0.12 0.16 0.10 0.10 0.20 0.16 0.02 0.00 0.12 0.09 0.50 0.19 0.24
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.05 0.03 0.12 0.17 0.12 0.00 0.09 0.62 0.19 0.39
O5' 0.13 0.12 0.44 0.28 0.16 0.01 0.18 0.01 0.15 0.12 0.13 0.19 0.12 0.22 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.50 0.43 0.28 0.24 0.30 0.52 0.27 0.10 0.31 0.41 0.37 0.28 0.50 0.61 0.50 0.62 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.25 0.46 0.25 0.45 0.19 0.49 0.06 0.38 0.24 0.35 0.52 0.16 0.26 0.19 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.14 0.18 0.13 0.12 0.30 0.14 0.01 0.11 0.13 0.10 0.15 0.19 0.24 0.24 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.38 0.30 0.23 0.18 0.32 0.18 0.31 0.29 0.29 0.35 0.29 0.30 0.31 0.33 0.34 0.35 0.25 0.34 0.38 0.29 1.25 0.71 0.59
C2 0.31 0.30 0.20 0.20 0.30 0.18 0.30 0.31 0.31 0.30 0.30 0.30 0.30 0.30 0.30 0.28 0.26 0.28 0.41 0.32 1.33 0.74 0.63
C2' 0.66 0.46 0.46 0.24 0.55 0.43 0.53 0.26 0.47 0.65 0.43 0.43 0.52 0.61 0.62 0.57 0.14 0.69 0.27 0.44 0.80 0.23 0.13
C3' 0.58 0.58 0.43 0.21 0.57 0.33 0.57 0.20 0.59 0.57 0.59 0.58 0.57 0.57 0.57 0.52 0.14 0.57 0.23 0.61 0.96 0.33 0.25
C4 0.16 0.23 0.12 0.20 0.18 0.17 0.17 0.31 0.20 0.16 0.23 0.25 0.21 0.16 0.17 0.17 0.25 0.17 0.41 0.22 1.32 0.71 0.63
C4' 0.31 0.34 0.20 0.18 0.30 0.16 0.31 0.30 0.34 0.28 0.36 0.36 0.32 0.29 0.29 0.30 0.25 0.26 0.36 0.38 1.24 0.73 0.59
C5 0.19 0.22 0.14 0.20 0.19 0.17 0.18 0.31 0.19 0.19 0.22 0.24 0.21 0.19 0.19 0.19 0.26 0.19 0.41 0.19 1.33 0.70 0.62
C5' 0.36 0.45 0.30 0.22 0.38 0.23 0.39 0.30 0.44 0.33 0.47 0.48 0.41 0.36 0.35 0.37 0.24 0.31 0.36 0.48 1.21 0.68 0.55
C6 0.27 0.25 0.18 0.20 0.24 0.18 0.24 0.31 0.24 0.26 0.25 0.26 0.25 0.25 0.25 0.26 0.26 0.25 0.41 0.24 1.32 0.71 0.62
N1 0.32 0.28 0.20 0.20 0.28 0.19 0.28 0.31 0.28 0.31 0.28 0.28 0.29 0.30 0.30 0.30 0.26 0.29 0.40 0.28 1.31 0.72 0.61
N3 0.22 0.27 0.15 0.20 0.24 0.17 0.24 0.31 0.28 0.21 0.28 0.28 0.26 0.22 0.22 0.21 0.25 0.21 0.42 0.31 1.32 0.73 0.64
N4 0.09 0.18 0.10 0.20 0.11 0.17 0.10 0.30 0.13 0.10 0.18 0.22 0.15 0.10 0.10 0.11 0.24 0.12 0.40 0.12 1.28 0.69 0.61
O2 0.38 0.34 0.24 0.21 0.35 0.20 0.35 0.32 0.34 0.36 0.33 0.33 0.34 0.37 0.36 0.33 0.27 0.34 0.41 0.35 1.32 0.77 0.64
O2' 0.52 0.21 0.25 0.17 0.34 0.28 0.32 0.19 0.22 0.51 0.18 0.17 0.28 0.43 0.45 0.38 0.26 0.57 0.20 0.19 0.91 0.33 0.27
O3' 0.29 0.35 0.14 0.18 0.30 0.13 0.32 0.27 0.37 0.28 0.38 0.36 0.32 0.30 0.28 0.22 0.30 0.28 0.31 0.42 1.22 0.54 0.52
O4' 0.23 0.19 0.17 0.29 0.18 0.24 0.17 0.45 0.18 0.21 0.19 0.20 0.18 0.19 0.20 0.23 0.36 0.20 0.52 0.19 1.39 0.94 0.76
O5' 0.24 0.25 0.19 0.25 0.22 0.20 0.22 0.36 0.24 0.23 0.25 0.26 0.23 0.22 0.22 0.26 0.33 0.21 0.44 0.25 1.35 0.80 0.67
OP1 0.85 0.60 0.69 0.50 0.70 0.64 0.68 0.47 0.60 0.82 0.57 0.57 0.67 0.75 0.78 0.83 0.42 0.85 0.51 0.56 0.65 0.20 0.29
OP2 0.14 0.24 0.17 0.36 0.13 0.22 0.15 0.40 0.24 0.14 0.28 0.28 0.17 0.13 0.11 0.13 0.45 0.16 0.50 0.28 1.29 0.73 0.64
P 0.46 0.29 0.33 0.18 0.34 0.26 0.33 0.20 0.28 0.43 0.27 0.27 0.33 0.38 0.41 0.46 0.18 0.45 0.29 0.26 0.98 0.47 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.09 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.28 0.31 0.08
C2 0.07 0.00 0.04 0.15 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.16 0.04 0.13 0.01 0.45 0.41 0.20
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.02 0.19 0.29 0.12
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.20 0.11 0.21 0.16 0.18 0.09 0.01 0.00 0.00 0.23 0.10 0.11 0.25 0.19
C4 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.03 0.16 0.01 0.44 0.46 0.23
C4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.14 0.09 0.13 0.10 0.12 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.38 0.17 0.09
C5 0.01 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.23 0.02 0.68 0.56 0.34
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.26 0.17 0.23 0.16 0.23 0.12 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.28 0.16 0.01
C6 0.02 0.00 0.02 0.10 0.00 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.11 0.04 0.21 0.00 0.75 0.54 0.34
C8 0.03 0.01 0.06 0.20 0.01 0.14 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.02 0.32 0.04 0.55 0.67 0.37
N1 0.05 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.16 0.01 0.63 0.48 0.27
N2 0.09 0.00 0.06 0.21 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.24 0.04 0.12 0.01 0.39 0.38 0.17
N3 0.08 0.00 0.05 0.16 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.16 0.03 0.11 0.01 0.34 0.38 0.16
N7 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.12 0.00 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.02 0.32 0.05 0.79 0.68 0.44
N9 0.00 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.18 0.02 0.32 0.48 0.21
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.14 0.10 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.10 0.06 0.37 0.23 0.08
O3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.08 0.02 0.12 0.02 0.11 0.20 0.11 0.24 0.16 0.20 0.08 0.02 0.00 0.01 0.25 0.13 0.11 0.17 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.06 0.43 0.25 0.18
O5' 0.04 0.13 0.15 0.23 0.16 0.01 0.23 0.01 0.21 0.32 0.16 0.12 0.11 0.32 0.18 0.10 0.25 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.02 0.16 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.13 0.06 0.22 0.00 0.87 0.57 0.38
OP1 0.28 0.45 0.19 0.11 0.44 0.38 0.68 0.28 0.75 0.55 0.63 0.39 0.34 0.79 0.32 0.37 0.11 0.43 0.01 0.87 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.41 0.29 0.25 0.46 0.17 0.56 0.16 0.54 0.67 0.48 0.38 0.38 0.68 0.48 0.23 0.17 0.25 0.01 0.57 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.20 0.12 0.19 0.23 0.09 0.34 0.01 0.34 0.37 0.27 0.17 0.16 0.44 0.21 0.08 0.18 0.18 0.01 0.38 0.00 0.00 0.00