ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51905

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.012, 0.060, 0.108, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.060 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.005, 0.077, 0.149, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.077 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.037, 0.146, 0.255, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.146 std_dev=0.109
O3' A 0, 0.029, 0.140, 0.250, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.140 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.049, 0.171, 0.292, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.171 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.051, 0.177, 0.303, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.177 std_dev=0.126
C5' A 0, 0.091, 0.309, 0.528, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.309 std_dev=0.219
O5' A 0, 0.094, 0.324, 0.554, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.324 std_dev=0.230
N7 B 0, 0.124, 0.431, 0.739, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.431 std_dev=0.307
O6 B 0, 0.094, 0.405, 0.716, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.405 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.135, 0.460, 0.786, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.460 std_dev=0.325
C6 B 0, 0.123, 0.450, 0.777, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.450 std_dev=0.327
C8 B 0, 0.150, 0.525, 0.901, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.525 std_dev=0.376
P A 0, 0.145, 0.525, 0.904, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.525 std_dev=0.380
C4 B 0, 0.161, 0.552, 0.943, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.552 std_dev=0.391
N1 B 0, 0.138, 0.543, 0.948, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.543 std_dev=0.405
N9 B 0, 0.165, 0.583, 1.001, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.583 std_dev=0.418
N3 B 0, 0.182, 0.622, 1.062, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.622 std_dev=0.440
C2 B 0, 0.171, 0.615, 1.060, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.615 std_dev=0.444
O5' B 0, 0.180, 0.627, 1.074, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.627 std_dev=0.447
C1' B 0, 0.192, 0.683, 1.175, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.683 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.212, 0.724, 1.237, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.724 std_dev=0.512
C3' B 0, 0.163, 0.677, 1.192, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.677 std_dev=0.514
OP2 B 0, 0.214, 0.730, 1.246, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.730 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.152, 0.674, 1.195, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.674 std_dev=0.521
N2 B 0, 0.182, 0.706, 1.229, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.706 std_dev=0.523
P B 0, 0.215, 0.749, 1.284, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.749 std_dev=0.535
C4' B 0, 0.219, 0.765, 1.311, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.765 std_dev=0.546
C5' B 0, 0.226, 0.773, 1.320, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.773 std_dev=0.547
OP2 A 0, 0.221, 0.769, 1.317, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.769 std_dev=0.548
O3' B 0, 0.167, 0.732, 1.296, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.732 std_dev=0.564
OP1 A 0, 0.228, 0.824, 1.419, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.824 std_dev=0.595
OP1 B 0, 0.205, 0.801, 1.397, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.801 std_dev=0.596
O2' B 0, 0.176, 0.803, 1.429, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.803 std_dev=0.626

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.09 0.20 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.08 0.17 0.26 0.18
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.18 0.26 0.18
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.06 0.10 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.12 0.20 0.14
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.17 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.13 0.24 0.16
N4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.21 0.28 0.20
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.07 0.19 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.05 0.03
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.03 0.15 0.09 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.08 0.10 0.08
O5' 0.04 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.06 0.05 0.07 0.09 0.05 0.02 0.03 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.07 0.10 0.17 0.08 0.18 0.08 0.12 0.07 0.13 0.21 0.07 0.08 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.20 0.04 0.04 0.26 0.03 0.26 0.02 0.20 0.17 0.24 0.28 0.19 0.05 0.09 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.01 0.03 0.18 0.01 0.18 0.00 0.14 0.11 0.16 0.20 0.11 0.03 0.06 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.13 0.15 0.08 0.10 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.15 0.05 0.15 0.05 0.08 0.10 0.10
C2 0.11 0.09 0.15 0.15 0.10 0.14 0.09 0.14 0.07 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.14 0.14 0.10 0.17 0.05 0.11 0.11 0.12
C2' 0.10 0.09 0.13 0.14 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.14 0.10 0.12 0.06 0.05 0.04 0.08
C3' 0.12 0.14 0.16 0.17 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.16 0.16 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.13
C4 0.15 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.13 0.14 0.15 0.13 0.07 0.07 0.09
C4' 0.07 0.11 0.13 0.13 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.14 0.06 0.10 0.11 0.05 0.04 0.06
C5 0.14 0.16 0.18 0.17 0.16 0.14 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.17 0.16 0.15 0.15 0.18 0.15 0.12 0.15 0.14 0.06 0.05 0.09
C5' 0.09 0.16 0.15 0.15 0.13 0.09 0.14 0.08 0.16 0.11 0.16 0.17 0.14 0.13 0.11 0.14 0.15 0.06 0.11 0.16 0.07 0.05 0.06
C6 0.12 0.14 0.17 0.17 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.17 0.16 0.09 0.16 0.11 0.06 0.06 0.10
N1 0.10 0.10 0.15 0.16 0.11 0.13 0.10 0.13 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.11 0.15 0.16 0.08 0.16 0.07 0.08 0.09 0.11
N3 0.14 0.12 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.10 0.14 0.10 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.13 0.13 0.16 0.07 0.10 0.10 0.11
N4 0.17 0.20 0.17 0.15 0.19 0.16 0.19 0.15 0.19 0.16 0.19 0.20 0.20 0.17 0.18 0.18 0.12 0.16 0.14 0.19 0.07 0.07 0.09
O2 0.08 0.08 0.12 0.14 0.08 0.13 0.07 0.14 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.12 0.14 0.08 0.18 0.07 0.14 0.16 0.14
O2' 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.12 0.10 0.06 0.02 0.05 0.06 0.03
O3' 0.14 0.14 0.17 0.18 0.14 0.16 0.13 0.18 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.14 0.18 0.18 0.16 0.18 0.12 0.22 0.18 0.20
O4' 0.07 0.09 0.13 0.15 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.15 0.04 0.14 0.07 0.06 0.09 0.09
O5' 0.11 0.17 0.17 0.17 0.15 0.11 0.15 0.10 0.16 0.12 0.17 0.18 0.15 0.14 0.13 0.17 0.17 0.07 0.12 0.17 0.07 0.07 0.08
OP1 0.11 0.21 0.17 0.15 0.17 0.08 0.18 0.05 0.21 0.13 0.22 0.23 0.19 0.16 0.13 0.17 0.15 0.06 0.07 0.23 0.11 0.02 0.03
OP2 0.24 0.31 0.27 0.25 0.28 0.21 0.28 0.19 0.30 0.24 0.31 0.32 0.29 0.26 0.25 0.28 0.24 0.20 0.20 0.31 0.09 0.11 0.14
P 0.16 0.22 0.21 0.20 0.20 0.14 0.20 0.12 0.22 0.17 0.23 0.24 0.21 0.19 0.17 0.20 0.19 0.12 0.14 0.23 0.08 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.04
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01
C8 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.06 0.00
N1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01
N2 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.04 0.01
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.00
O2' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.10 0.07 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03
O5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01
OP1 0.06 0.04 0.09 0.10 0.04 0.09 0.02 0.08 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.11 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.07 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00