ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51907

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N4 A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
P A 0, 0.000, 0.244, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.000, 0.273, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O5' A 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O3' A 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N7 B 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C5 B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C5' A 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
N6 B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
N9 B 0, 0.000, 0.460, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.460 std_dev=0.460
C6 B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C4 B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C1' B 0, 0.000, 0.519, 1.038, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.519 std_dev=0.519
O4' B 0, 0.000, 0.541, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.541 std_dev=0.541
OP1 A 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
N3 B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
N1 B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
C2' B 0, 0.000, 0.613, 1.226, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
C2 B 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
O2' B 0, 0.000, 0.623, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.623 std_dev=0.623
C4' B 0, 0.000, 0.628, 1.256, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.628 std_dev=0.628
OP2 A 0, 0.000, 0.670, 1.340, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.670 std_dev=0.670
C5' B 0, 0.000, 0.681, 1.362, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.681 std_dev=0.681
C3' B 0, 0.000, 0.682, 1.365, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.682 std_dev=0.682
O3' B 0, 0.000, 0.700, 1.400, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.700 std_dev=0.700
O5' B 0, 0.000, 0.799, 1.598, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.799 std_dev=0.799
P B 0, 0.000, 0.932, 1.864, 1.864 max_d=1.864 avg_d=0.932 std_dev=0.932
OP2 B 0, 0.000, 0.949, 1.897, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.949 std_dev=0.949
OP1 B 0, 0.000, 1.073, 2.146, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.073 std_dev=1.073

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.23 0.19 0.00
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02 0.14 0.29 0.08 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.22 0.18 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.16 0.20 0.24 0.03
C4 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.16 0.37 0.08 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.05 0.05 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.26 0.01
C5 0.03 0.00 0.04 0.08 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.18 0.38 0.08 0.12
C5' 0.05 0.11 0.04 0.00 0.22 0.00 0.25 0.00 0.22 0.12 0.15 0.25 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.22 0.26 0.00
C6 0.03 0.00 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.05 0.18 0.34 0.00 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.16 0.29 0.09 0.04
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.04 0.03 0.15 0.32 0.01 0.08
N4 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.03 0.25 0.03 0.03 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.08 0.14 0.40 0.15 0.15
O2 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.10 0.06 0.04 0.09 0.26 0.12 0.04
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.06 0.10 0.00 0.02 0.00 0.10 0.21 0.15 0.06
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.15 0.20 0.25 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.21 0.17 0.27 0.08
O5' 0.11 0.14 0.06 0.16 0.16 0.00 0.18 0.00 0.18 0.16 0.15 0.14 0.09 0.10 0.15 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.29 0.22 0.20 0.37 0.20 0.38 0.22 0.34 0.29 0.32 0.40 0.26 0.21 0.20 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.08 0.18 0.24 0.08 0.26 0.08 0.26 0.00 0.09 0.01 0.15 0.12 0.15 0.25 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.05 0.04 0.03 0.12 0.01 0.12 0.00 0.08 0.04 0.08 0.15 0.04 0.06 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.13 0.12 0.12 0.09 0.12 0.08 0.10 0.14 0.10 0.12 0.07 0.13 0.13 0.15 0.12 0.09 0.09 0.06 0.04 0.05
C2 0.08 0.11 0.09 0.07 0.12 0.05 0.13 0.05 0.12 0.13 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.09 0.06 0.06 0.06 0.02 0.07 0.02
C2' 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05 0.05 0.09 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01
C3' 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.10 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02
C4 0.05 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.08 0.13 0.22 0.13
C4' 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.06 0.13 0.04 0.12 0.15 0.11 0.11 0.10 0.15 0.12 0.16 0.11 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03
C5 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.12 0.21 0.12
C5' 0.17 0.17 0.18 0.15 0.20 0.10 0.21 0.09 0.20 0.22 0.18 0.18 0.19 0.23 0.19 0.21 0.15 0.11 0.11 0.09 0.00 0.08
C6 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.05 0.15 0.05
N1 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.11 0.09 0.09 0.06 0.11 0.10 0.10 0.08 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01
N3 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.12 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.13 0.05
N4 0.16 0.09 0.14 0.16 0.11 0.17 0.09 0.15 0.06 0.14 0.06 0.10 0.03 0.11 0.14 0.14 0.16 0.17 0.17 0.24 0.31 0.23
O2 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.07 0.14 0.07 0.13 0.15 0.13 0.13 0.10 0.15 0.13 0.11 0.08 0.08 0.08 0.05 0.04 0.05
O2' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.03
O3' 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01
O4' 0.14 0.10 0.16 0.14 0.13 0.10 0.12 0.08 0.10 0.15 0.10 0.12 0.06 0.14 0.14 0.19 0.16 0.10 0.10 0.06 0.04 0.05
O5' 0.08 0.14 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.11 0.14 0.08 0.15 0.11 0.17 0.10 0.09 0.07 0.05 0.09 0.08 0.10 0.25 0.13
OP1 0.26 0.21 0.28 0.24 0.26 0.19 0.28 0.16 0.24 0.32 0.21 0.23 0.23 0.32 0.28 0.32 0.26 0.20 0.17 0.14 0.05 0.13
OP2 0.02 0.07 0.01 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07 0.12 0.06 0.10 0.05 0.15 0.11 0.03 0.01 0.07 0.05 0.05 0.04 0.13 0.05
P 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.12 0.07 0.07 0.09 0.13 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.10 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.15 0.08
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.18 0.11
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.18 0.12
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.11 0.09
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.13 0.20 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.13 0.20 0.11
C5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.19 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.11 0.19 0.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.17 0.10
N3 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.20 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.12 0.19 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.12 0.20 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.11 0.18 0.10
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.19 0.14
O3' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.09 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03
O5' 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.10 0.14 0.16 0.12 0.13 0.02 0.13 0.01 0.13 0.11 0.12 0.15 0.12 0.12 0.11 0.18 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.15 0.18 0.18 0.11 0.20 0.05 0.20 0.01 0.19 0.19 0.17 0.20 0.19 0.20 0.18 0.19 0.09 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.12 0.09 0.11 0.02 0.11 0.00 0.10 0.09 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10 0.14 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00