ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51908

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C6 A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O3' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N1 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N4 A 0, 0.000, 0.071, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.000, 0.106, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O4' A 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
OP1 A 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
P A 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O2' A 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.000, 0.193, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.193 std_dev=0.193
N6 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N7 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C6 B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
OP2 B 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.000, 0.267, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C8 B 0, 0.000, 0.279, 0.558, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.279 std_dev=0.279
N1 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
P B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
N9 B 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C4 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C2 B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.000, 0.370, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O4' B 0, 0.000, 0.398, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.000, 0.400, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.400 std_dev=0.400
N3 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C1' B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C3' B 0, 0.000, 0.430, 0.859, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.430 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
C2' B 0, 0.000, 0.459, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O2' B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.524 std_dev=0.524
O5' B 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02
C4 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.08 0.06 0.07
C4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02
C5 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.05 0.09 0.08 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.09 0.03 0.05 0.05 0.05
N1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03
N4 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10
O2 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01
O2' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.08 0.08
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.04 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03
O5' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.05 0.11 0.01 0.08 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.02 0.09 0.03 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.03 0.10 0.01 0.08 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.09 0.02 0.04 0.00 0.08 0.07 0.06 0.03 0.06 0.24 0.03 0.04 0.06
C2 0.06 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.09 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.07 0.01 0.06 0.23 0.04 0.09 0.04
C2' 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.09 0.03 0.05 0.00 0.08 0.07 0.06 0.04 0.06 0.23 0.00 0.05 0.04
C3' 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.08 0.03 0.04 0.00 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.23 0.01 0.04 0.03
C4 0.11 0.11 0.12 0.08 0.12 0.07 0.13 0.01 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.07 0.10 0.26 0.09 0.07 0.08
C4' 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.02 0.03 0.00 0.07 0.06 0.05 0.02 0.05 0.22 0.00 0.03 0.04
C5 0.09 0.09 0.10 0.06 0.10 0.05 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.06 0.07 0.24 0.06 0.08 0.06
C5' 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.23 0.01 0.04 0.04
C6 0.06 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.03 0.05 0.22 0.02 0.09 0.03
N1 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.07 0.06 0.06 0.01 0.04 0.21 0.02 0.09 0.03
N3 0.10 0.09 0.10 0.05 0.10 0.05 0.11 0.00 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.05 0.09 0.25 0.08 0.08 0.07
N4 0.16 0.17 0.17 0.12 0.17 0.11 0.17 0.06 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.15 0.16 0.19 0.12 0.14 0.30 0.14 0.04 0.11
O2 0.06 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.06 0.00 0.05 0.23 0.04 0.09 0.04
O2' 0.09 0.04 0.10 0.09 0.08 0.07 0.08 0.03 0.04 0.12 0.03 0.06 0.00 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.27 0.04 0.03 0.09
O3' 0.06 0.03 0.07 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.22 0.03 0.03 0.03
O4' 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.08 0.07 0.06 0.03 0.06 0.24 0.04 0.02 0.07
O5' 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.04 0.09 0.03 0.04 0.03 0.08 0.06 0.06 0.03 0.05 0.22 0.00 0.03 0.04
OP1 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.19 0.01 0.08 0.01
OP2 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.04 0.00 0.03 0.21 0.01 0.03 0.05
P 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.04 0.00 0.03 0.21 0.00 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.15 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.10 0.10 0.15 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.12 0.03
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.15 0.12 0.03
C4 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.10 0.14 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.01 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.12 0.02
C5 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.12 0.05 0.17 0.01
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.03 0.12 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.12 0.04 0.18 0.01
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.13 0.05 0.16 0.00
N1 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.11 0.07 0.17 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.12 0.14 0.02
N6 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.04 0.11 0.00 0.21 0.05
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.03 0.17 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.11 0.13 0.03
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.12 0.14 0.01
O3' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.01 0.07 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.12 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.15 0.09 0.05
O5' 0.08 0.10 0.05 0.05 0.11 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.11 0.09 0.11 0.14 0.12 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.10 0.15 0.15 0.10 0.15 0.05 0.15 0.04 0.05 0.07 0.12 0.00 0.03 0.11 0.12 0.13 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.15 0.12 0.12 0.14 0.12 0.17 0.13 0.18 0.16 0.17 0.14 0.21 0.17 0.13 0.14 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00