ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51911

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 12, 8, 8, 8, 2, 2, 2, 6, 3, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.022, 0.054, 0.085, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.054 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.045, 0.087, 0.130, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.087 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.021, 0.118, 0.215, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.118 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.021, 0.131, 0.241, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.131 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.036, 0.157, 0.277, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.157 std_dev=0.120
N4 B 0, 0.164, 0.317, 0.470, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.317 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.032, 0.190, 0.349, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.190 std_dev=0.159
C3' A 0, 0.026, 0.202, 0.378, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.202 std_dev=0.176
OP2 B 0, 0.163, 0.380, 0.598, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.380 std_dev=0.217
C4 B 0, 0.133, 0.360, 0.587, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.360 std_dev=0.227
P B 0, 0.153, 0.383, 0.612, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.383 std_dev=0.229
O3' A 0, 0.045, 0.297, 0.549, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.297 std_dev=0.252
C5' A 0, 0.044, 0.302, 0.560, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.302 std_dev=0.258
C5 B 0, 0.095, 0.355, 0.615, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.355 std_dev=0.260
N3 B 0, 0.156, 0.429, 0.702, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.429 std_dev=0.273
O5' A 0, 0.052, 0.333, 0.613, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.333 std_dev=0.280
OP1 B 0, 0.193, 0.477, 0.761, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.477 std_dev=0.284
C5' B 0, 0.185, 0.494, 0.802, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.494 std_dev=0.308
O5' B 0, 0.144, 0.460, 0.777, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.460 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.092, 0.412, 0.732, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.412 std_dev=0.320
P A 0, 0.099, 0.440, 0.781, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.440 std_dev=0.341
C2 B 0, 0.139, 0.481, 0.823, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.481 std_dev=0.342
OP2 A 0, 0.112, 0.461, 0.811, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.461 std_dev=0.350
N1 B 0, 0.108, 0.464, 0.820, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.464 std_dev=0.356
OP1 A 0, 0.125, 0.484, 0.843, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.484 std_dev=0.359
C4' B 0, 0.164, 0.525, 0.886, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.525 std_dev=0.361
O4' B 0, 0.131, 0.496, 0.861, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.496 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.172, 0.555, 0.939, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.555 std_dev=0.383
O2 B 0, 0.164, 0.560, 0.956, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.560 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.121, 0.524, 0.927, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.524 std_dev=0.403
O3' B 0, 0.188, 0.595, 1.001, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.595 std_dev=0.406
C2' B 0, 0.157, 0.588, 1.020, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.588 std_dev=0.431
O2' B 0, 0.166, 0.674, 1.182, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.674 std_dev=0.508

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.12 0.14 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.10 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.13 0.16 0.13
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.06 0.11 0.12 0.09
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.09 0.09 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.09 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.11 0.13 0.17 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.11 0.14 0.18 0.15
O2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.07 0.11 0.12 0.15 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.02 0.02 0.11 0.07 0.06
O3' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.14 0.09 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
O5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.05 0.11 0.11 0.11 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.12 0.10 0.10 0.13 0.06 0.11 0.03 0.09 0.09 0.13 0.14 0.12 0.11 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.08 0.07 0.16 0.03 0.12 0.01 0.09 0.10 0.17 0.18 0.15 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.06 0.06 0.13 0.02 0.09 0.01 0.07 0.08 0.14 0.15 0.12 0.06 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08
C2 0.08 0.06 0.10 0.12 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.13 0.09 0.12 0.11 0.12 0.10
C2' 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08
C3' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07
C4 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10
C4' 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07
C5 0.08 0.08 0.10 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.08
C5' 0.10 0.11 0.08 0.08 0.11 0.07 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07
C6 0.07 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08
N1 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.11 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08
N3 0.10 0.09 0.12 0.13 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11
N4 0.12 0.12 0.14 0.14 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.15 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11
O2 0.08 0.06 0.10 0.13 0.05 0.11 0.08 0.12 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.14 0.09 0.13 0.12 0.13 0.12
O2' 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09
O3' 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.14 0.10 0.11 0.08 0.10 0.09
O4' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08
O5' 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.12 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06
OP1 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.13 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09
OP2 0.10 0.12 0.08 0.08 0.12 0.07 0.10 0.08 0.09 0.10 0.13 0.14 0.12 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.07
P 0.09 0.10 0.07 0.07 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.13 0.11 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
N4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.07 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.06 0.12 0.13 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.08 0.09 0.10 0.03 0.11 0.02 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00