ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51912

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 7, 9, 5, 3, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.009, 0.015, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.013, 0.019, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.030, 0.047, 0.065, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.047 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.028, 0.048, 0.067, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.048 std_dev=0.020
O3' A 0, 0.062, 0.110, 0.158, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.110 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.034, 0.083, 0.132, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.083 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.064, 0.125, 0.186, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.125 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.061, 0.128, 0.196, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.128 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.060, 0.134, 0.207, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.134 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.088, 0.200, 0.312, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.200 std_dev=0.112
C5' A 0, 0.091, 0.230, 0.370, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.230 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.098, 0.261, 0.424, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.261 std_dev=0.163
N4 B 0, 0.063, 0.272, 0.480, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.272 std_dev=0.208
P A 0, 0.137, 0.382, 0.626, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.382 std_dev=0.245
C4 B 0, 0.069, 0.320, 0.572, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.320 std_dev=0.252
OP1 A 0, 0.151, 0.405, 0.660, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.405 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.077, 0.348, 0.619, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.348 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.078, 0.364, 0.650, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.364 std_dev=0.286
OP2 A 0, 0.159, 0.452, 0.744, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.452 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.079, 0.400, 0.721, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.400 std_dev=0.321
C6 B 0, 0.094, 0.428, 0.762, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.428 std_dev=0.334
O2 B 0, 0.084, 0.429, 0.773, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.429 std_dev=0.344
N1 B 0, 0.093, 0.442, 0.791, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.442 std_dev=0.349
OP2 B 0, 0.252, 0.629, 1.005, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.629 std_dev=0.376
C1' B 0, 0.118, 0.514, 0.911, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.514 std_dev=0.396
P B 0, 0.226, 0.629, 1.032, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.629 std_dev=0.403
OP1 B 0, 0.276, 0.683, 1.090, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.683 std_dev=0.407
C2' B 0, 0.134, 0.547, 0.960, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.547 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.147, 0.567, 0.987, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.567 std_dev=0.420
O5' B 0, 0.162, 0.585, 1.007, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.585 std_dev=0.422
C3' B 0, 0.156, 0.586, 1.016, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.586 std_dev=0.430
O2' B 0, 0.152, 0.593, 1.034, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.593 std_dev=0.441
C4' B 0, 0.162, 0.605, 1.049, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.605 std_dev=0.443
C5' B 0, 0.178, 0.624, 1.070, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.624 std_dev=0.446
O3' B 0, 0.199, 0.677, 1.154, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.677 std_dev=0.477

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.08 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.07 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.11 0.10 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.11 0.17 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.11 0.13 0.18 0.13
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.10 0.12 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.13 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.08 0.09 0.14 0.09
N4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.11 0.18 0.12
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.11 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.13 0.12 0.10
O3' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.03 0.11 0.06 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.05
O5' 0.05 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.11 0.10 0.11 0.06 0.13 0.04 0.12 0.09 0.09 0.11 0.08 0.13 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.12 0.10 0.06 0.17 0.03 0.18 0.01 0.17 0.13 0.14 0.18 0.11 0.12 0.06 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.08 0.06 0.11 0.03 0.13 0.01 0.13 0.09 0.09 0.12 0.07 0.10 0.07 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.13 0.15 0.12
C2 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.16 0.19 0.15
C2' 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.12 0.13 0.10
C3' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.11 0.12 0.09
C4 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.14 0.17 0.20 0.16
C4' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.13 0.10
C5 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.16 0.18 0.15
C5' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.13 0.09
C6 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.15 0.17 0.14
N1 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.15 0.17 0.13
N3 0.09 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.14 0.17 0.20 0.16
N4 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.15 0.18 0.21 0.17
O2 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.11 0.16 0.19 0.15
O2' 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.12 0.10
O3' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.06 0.11 0.11 0.08
O4' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.15 0.17 0.13
O5' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.13 0.10
OP1 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.16 0.16 0.14
OP2 0.10 0.11 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.14 0.11
P 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.12 0.13 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.08 0.12 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.12 0.16 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.12 0.16 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.09 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.10 0.15 0.11
N4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.10 0.13 0.18 0.14
O2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.06 0.06 0.12 0.04 0.12 0.03 0.09 0.07 0.10 0.13 0.07 0.07 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.05 0.05 0.16 0.02 0.16 0.01 0.12 0.10 0.15 0.18 0.11 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.07 0.03 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00