ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 3, 1, 4, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.004, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.004, 0.006, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.005, 0.007, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.007 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.067, 0.161, 0.255, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.161 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.082, 0.180, 0.279, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.180 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.115, 0.235, 0.354, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.235 std_dev=0.119
C4' A 0, 0.098, 0.235, 0.373, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.235 std_dev=0.137
C3' A 0, 0.132, 0.285, 0.439, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.285 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.192, 0.408, 0.624, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.408 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.184, 0.426, 0.668, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.426 std_dev=0.242
O5' A 0, 0.263, 0.556, 0.849, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.556 std_dev=0.293
P A 0, 0.493, 0.937, 1.380, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.937 std_dev=0.443
OP2 B 0, 0.800, 1.251, 1.702, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.251 std_dev=0.451
N4 B 0, 0.608, 1.061, 1.515, 1.493 max_d=1.493 avg_d=1.061 std_dev=0.453
N3 B 0, 0.641, 1.095, 1.550, 1.609 max_d=1.609 avg_d=1.095 std_dev=0.455
C4 B 0, 0.619, 1.076, 1.533, 1.546 max_d=1.546 avg_d=1.076 std_dev=0.457
OP2 A 0, 0.538, 1.008, 1.479, 1.811 max_d=1.811 avg_d=1.008 std_dev=0.471
P B 0, 0.858, 1.341, 1.823, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.341 std_dev=0.483
C5 B 0, 0.688, 1.174, 1.659, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.174 std_dev=0.486
O5' B 0, 0.880, 1.368, 1.856, 1.838 max_d=1.838 avg_d=1.368 std_dev=0.488
C2 B 0, 0.706, 1.195, 1.683, 1.749 max_d=1.749 avg_d=1.195 std_dev=0.489
OP1 B 0, 0.834, 1.333, 1.832, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.333 std_dev=0.499
O2 B 0, 0.711, 1.229, 1.747, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.229 std_dev=0.518
C6 B 0, 0.812, 1.331, 1.850, 1.807 max_d=1.807 avg_d=1.331 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.811, 1.333, 1.854, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.333 std_dev=0.522
OP1 A 0, 0.605, 1.141, 1.677, 2.014 max_d=2.014 avg_d=1.141 std_dev=0.536
C1' B 0, 0.916, 1.494, 2.072, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.494 std_dev=0.578
O2' B 0, 0.958, 1.566, 2.174, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.566 std_dev=0.608
O4' B 0, 1.027, 1.655, 2.283, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.655 std_dev=0.628
C2' B 0, 1.018, 1.653, 2.289, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.653 std_dev=0.636
C3' B 0, 1.206, 1.928, 2.651, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.928 std_dev=0.722
C4' B 0, 1.203, 1.925, 2.648, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.925 std_dev=0.722
O3' B 0, 1.325, 2.111, 2.896, 2.985 max_d=2.985 avg_d=2.111 std_dev=0.785
C5' B 0, 1.375, 2.184, 2.992, 3.041 max_d=3.041 avg_d=2.184 std_dev=0.808

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.12 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.16 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.12 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.09 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.07
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.09 0.15 0.11
N4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.13 0.18 0.13
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.10 0.07
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.06 0.04 0.05 0.11 0.03 0.12 0.02 0.09 0.05 0.09 0.13 0.05 0.04 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.12 0.04 0.03 0.16 0.01 0.16 0.01 0.11 0.09 0.15 0.18 0.10 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.03 0.12 0.01 0.12 0.01 0.10 0.07 0.11 0.13 0.07 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.20 0.14 0.09 0.23 0.07 0.16 0.14 0.12 0.14 0.24 0.30 0.20 0.13 0.09 0.08 0.27 0.28 0.27 0.26
C2 0.10 0.15 0.11 0.09 0.18 0.13 0.10 0.21 0.10 0.10 0.20 0.27 0.16 0.11 0.09 0.12 0.26 0.24 0.24 0.23
C2' 0.12 0.21 0.16 0.10 0.25 0.08 0.18 0.16 0.14 0.15 0.26 0.31 0.22 0.15 0.10 0.08 0.31 0.33 0.31 0.31
C3' 0.11 0.18 0.14 0.10 0.21 0.09 0.14 0.16 0.12 0.13 0.23 0.27 0.20 0.14 0.10 0.08 0.32 0.36 0.33 0.33
C4 0.16 0.13 0.13 0.17 0.15 0.21 0.20 0.29 0.20 0.16 0.15 0.16 0.14 0.13 0.15 0.20 0.25 0.24 0.23 0.23
C4' 0.12 0.19 0.15 0.10 0.22 0.08 0.16 0.13 0.13 0.14 0.23 0.27 0.20 0.14 0.10 0.09 0.31 0.33 0.32 0.31
C5 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.18 0.16 0.27 0.16 0.13 0.15 0.17 0.14 0.11 0.13 0.17 0.24 0.24 0.24 0.22
C5' 0.10 0.16 0.13 0.09 0.19 0.07 0.13 0.13 0.11 0.12 0.20 0.24 0.18 0.13 0.09 0.08 0.30 0.34 0.32 0.31
C6 0.09 0.13 0.09 0.09 0.14 0.13 0.11 0.22 0.11 0.10 0.17 0.20 0.15 0.09 0.09 0.12 0.25 0.25 0.25 0.23
N1 0.09 0.15 0.10 0.07 0.18 0.10 0.11 0.19 0.09 0.10 0.20 0.25 0.17 0.10 0.07 0.10 0.26 0.25 0.25 0.24
N3 0.14 0.12 0.12 0.14 0.13 0.19 0.16 0.27 0.17 0.13 0.15 0.19 0.13 0.13 0.13 0.19 0.26 0.24 0.24 0.23
N4 0.22 0.18 0.19 0.22 0.22 0.26 0.28 0.33 0.27 0.22 0.18 0.22 0.17 0.18 0.20 0.26 0.26 0.24 0.24 0.23
O2 0.11 0.20 0.14 0.10 0.26 0.11 0.16 0.18 0.11 0.14 0.26 0.34 0.21 0.14 0.10 0.10 0.27 0.24 0.24 0.23
O2' 0.18 0.26 0.21 0.16 0.31 0.11 0.25 0.12 0.20 0.21 0.31 0.36 0.26 0.19 0.15 0.13 0.34 0.36 0.35 0.34
O3' 0.13 0.20 0.17 0.12 0.23 0.10 0.16 0.16 0.14 0.14 0.24 0.28 0.21 0.16 0.12 0.10 0.35 0.41 0.37 0.37
O4' 0.12 0.19 0.14 0.09 0.22 0.07 0.16 0.13 0.13 0.14 0.22 0.27 0.19 0.13 0.09 0.09 0.28 0.28 0.28 0.27
O5' 0.09 0.14 0.12 0.09 0.15 0.09 0.10 0.16 0.09 0.10 0.17 0.20 0.15 0.12 0.09 0.08 0.30 0.33 0.31 0.30
OP1 0.09 0.13 0.14 0.10 0.14 0.08 0.10 0.14 0.10 0.10 0.16 0.17 0.15 0.14 0.10 0.08 0.32 0.37 0.34 0.33
OP2 0.13 0.12 0.16 0.15 0.13 0.16 0.14 0.22 0.15 0.13 0.14 0.14 0.13 0.16 0.15 0.14 0.30 0.32 0.30 0.29
P 0.09 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.18 0.10 0.09 0.14 0.15 0.13 0.13 0.11 0.10 0.29 0.32 0.30 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.19 0.18 0.16 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.13 0.17 0.08 0.12
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.11 0.00 0.00 0.00 0.19 0.23 0.07 0.17
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.28 0.27 0.27 0.26
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.29 0.27 0.26 0.27
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.08 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.21 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.25 0.22 0.19 0.21
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.18 0.17 0.14 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.23 0.23 0.22 0.21
N4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.30 0.31 0.31 0.29
O2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.13 0.03 0.14 0.15 0.13 0.12
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.07 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.07 0.13 0.02 0.00 0.00 0.15 0.24 0.06 0.15
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.04 0.14 0.04
O5' 0.07 0.19 0.13 0.19 0.28 0.01 0.29 0.00 0.25 0.18 0.23 0.30 0.14 0.02 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.09 0.18 0.17 0.23 0.27 0.07 0.27 0.09 0.22 0.17 0.23 0.31 0.15 0.08 0.24 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.16 0.08 0.07 0.27 0.13 0.26 0.21 0.19 0.14 0.22 0.31 0.13 0.07 0.06 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.12 0.17 0.26 0.01 0.27 0.00 0.21 0.15 0.21 0.29 0.12 0.02 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00