ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51915

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N4 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.054, 0.148, 0.243, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.148 std_dev=0.094
C2' A 0, 0.037, 0.149, 0.260, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.149 std_dev=0.112
O4' A 0, 0.029, 0.160, 0.292, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.160 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.054, 0.275, 0.496, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.275 std_dev=0.221
C4' A 0, 0.038, 0.280, 0.521, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.280 std_dev=0.242
C2' B 0, 0.362, 0.639, 0.917, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.639 std_dev=0.277
C3' B 0, 0.309, 0.587, 0.864, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.587 std_dev=0.278
O3' A 0, 0.087, 0.380, 0.674, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.380 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.331, 0.628, 0.924, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.628 std_dev=0.296
O2' B 0, 0.359, 0.678, 0.996, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.678 std_dev=0.319
C4' B 0, 0.371, 0.712, 1.052, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.712 std_dev=0.341
C1' B 0, 0.365, 0.736, 1.108, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.736 std_dev=0.371
O4' B 0, 0.376, 0.776, 1.175, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.776 std_dev=0.399
C5' A 0, 0.057, 0.478, 0.899, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.478 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.388, 0.847, 1.306, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.847 std_dev=0.459
N1 B 0, 0.286, 0.747, 1.209, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.747 std_dev=0.462
C6 B 0, 0.242, 0.706, 1.170, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.706 std_dev=0.464
C5 B 0, 0.142, 0.723, 1.303, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.723 std_dev=0.580
C2 B 0, 0.224, 0.845, 1.467, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.845 std_dev=0.621
O2 B 0, 0.257, 0.927, 1.598, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.927 std_dev=0.671
O5' A 0, -0.023, 0.672, 1.367, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.672 std_dev=0.695
C4 B 0, 0.087, 0.807, 1.527, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.807 std_dev=0.720
OP2 B 0, 0.372, 1.106, 1.840, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.106 std_dev=0.734
O5' B 0, 0.513, 1.252, 1.990, 2.135 max_d=2.135 avg_d=1.252 std_dev=0.738
N3 B 0, 0.124, 0.878, 1.632, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.878 std_dev=0.754
P A 0, -0.034, 0.770, 1.573, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.770 std_dev=0.804
OP1 A 0, -0.003, 0.818, 1.638, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.818 std_dev=0.821
N4 B 0, 0.014, 0.862, 1.710, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.862 std_dev=0.848
P B 0, 0.449, 1.310, 2.171, 2.482 max_d=2.482 avg_d=1.310 std_dev=0.861
OP2 A 0, -0.010, 0.862, 1.735, 2.328 max_d=2.328 avg_d=0.862 std_dev=0.873
OP1 B 0, 0.478, 1.558, 2.638, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.558 std_dev=1.080

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.35 0.26 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.06 0.59 0.44 0.27 0.36
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.10 0.00 0.01 0.02 0.31 0.39 0.15 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.04 0.06 0.11 0.10 0.11 0.01 0.00 0.00 0.33 0.55 0.17 0.27
C4 0.02 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.72 0.63 0.54 0.60
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.05 0.09 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.19 0.29 0.10
C5 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.72 0.66 0.55 0.62
C5' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.21 0.00 0.26 0.00 0.23 0.12 0.15 0.23 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.37 0.40 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.05 0.66 0.56 0.36 0.48
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.56 0.43 0.21 0.32
N3 0.02 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.05 0.67 0.54 0.41 0.49
N4 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.75 0.69 0.64 0.68
O2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.10 0.52 0.35 0.18 0.25
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.14 0.18 0.14
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.11 0.00 0.07 0.02 0.04 0.06 0.13 0.12 0.12 0.02 0.00 0.01 0.13 0.53 0.14 0.20
O4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.10 0.07 0.01 0.00 0.20 0.10 0.29 0.10
O5' 0.35 0.59 0.31 0.33 0.72 0.02 0.72 0.01 0.66 0.56 0.67 0.75 0.52 0.03 0.13 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.44 0.39 0.55 0.63 0.19 0.66 0.37 0.56 0.43 0.54 0.69 0.35 0.14 0.53 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.27 0.15 0.17 0.54 0.29 0.55 0.40 0.36 0.21 0.41 0.64 0.18 0.18 0.14 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.36 0.17 0.27 0.60 0.10 0.62 0.01 0.48 0.32 0.49 0.68 0.25 0.14 0.20 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.23 0.20 0.29 0.29 0.35 0.18 0.51 0.18 0.17 0.31 0.43 0.25 0.20 0.33 0.29 0.52 0.54 0.53 0.54
C2 0.22 0.19 0.20 0.27 0.21 0.37 0.22 0.53 0.26 0.19 0.26 0.34 0.22 0.19 0.28 0.35 0.54 0.50 0.50 0.52
C2' 0.14 0.28 0.13 0.16 0.37 0.21 0.25 0.36 0.17 0.19 0.37 0.48 0.29 0.13 0.23 0.14 0.59 0.63 0.60 0.60
C3' 0.17 0.31 0.17 0.12 0.37 0.15 0.26 0.29 0.20 0.23 0.38 0.45 0.32 0.16 0.13 0.13 0.66 0.71 0.65 0.66
C4 0.32 0.24 0.24 0.30 0.32 0.40 0.44 0.54 0.41 0.31 0.23 0.33 0.20 0.23 0.26 0.43 0.55 0.50 0.48 0.50
C4' 0.15 0.24 0.15 0.18 0.30 0.26 0.19 0.41 0.15 0.17 0.32 0.40 0.26 0.14 0.22 0.21 0.53 0.57 0.54 0.54
C5 0.29 0.22 0.24 0.30 0.27 0.39 0.37 0.53 0.35 0.28 0.22 0.27 0.20 0.23 0.29 0.39 0.56 0.53 0.52 0.53
C5' 0.17 0.29 0.18 0.14 0.32 0.21 0.21 0.35 0.17 0.20 0.35 0.40 0.31 0.17 0.15 0.19 0.57 0.59 0.56 0.56
C6 0.24 0.18 0.22 0.29 0.18 0.37 0.25 0.52 0.27 0.21 0.19 0.20 0.18 0.21 0.30 0.35 0.56 0.55 0.54 0.54
N1 0.21 0.18 0.20 0.28 0.20 0.36 0.19 0.52 0.23 0.18 0.24 0.30 0.21 0.19 0.30 0.32 0.54 0.53 0.53 0.53
N3 0.28 0.18 0.22 0.28 0.21 0.40 0.37 0.54 0.36 0.26 0.18 0.19 0.19 0.21 0.26 0.41 0.55 0.49 0.47 0.50
N4 0.38 0.33 0.27 0.31 0.48 0.42 0.55 0.54 0.49 0.40 0.36 0.55 0.27 0.26 0.25 0.47 0.55 0.49 0.46 0.49
O2 0.20 0.28 0.20 0.27 0.38 0.36 0.19 0.53 0.22 0.19 0.41 0.60 0.32 0.19 0.28 0.32 0.53 0.49 0.48 0.52
O2' 0.16 0.25 0.19 0.29 0.37 0.33 0.25 0.48 0.17 0.18 0.35 0.50 0.25 0.20 0.39 0.23 0.48 0.56 0.52 0.53
O3' 0.24 0.36 0.22 0.17 0.42 0.18 0.34 0.27 0.28 0.30 0.41 0.48 0.36 0.21 0.15 0.19 0.74 0.83 0.74 0.75
O4' 0.22 0.21 0.22 0.29 0.26 0.37 0.19 0.52 0.21 0.19 0.28 0.36 0.23 0.21 0.33 0.32 0.52 0.54 0.53 0.54
O5' 0.62 0.57 0.61 0.64 0.55 0.68 0.59 0.74 0.61 0.59 0.54 0.53 0.55 0.61 0.67 0.66 0.57 0.58 0.58 0.58
OP1 0.57 0.51 0.61 0.67 0.49 0.65 0.53 0.72 0.55 0.54 0.49 0.47 0.50 0.61 0.73 0.60 0.63 0.65 0.64 0.63
OP2 0.57 0.53 0.59 0.63 0.53 0.62 0.54 0.67 0.55 0.55 0.52 0.51 0.53 0.59 0.67 0.59 0.66 0.67 0.66 0.66
P 0.49 0.44 0.51 0.55 0.43 0.55 0.46 0.61 0.47 0.46 0.43 0.42 0.44 0.51 0.59 0.52 0.58 0.61 0.59 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.14 0.11 0.11
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.35 0.31 0.26 0.30
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.24 0.25 0.08 0.19
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.35 0.36 0.10 0.27
C4 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.54 0.50 0.47 0.49
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.03 0.09 0.28 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.58 0.53 0.47 0.52
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.10 0.13 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.17 0.43 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.50 0.42 0.31 0.41
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.34 0.29 0.20 0.28
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.45 0.41 0.38 0.40
N4 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.58 0.56 0.56 0.55
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.25 0.23 0.19 0.21
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.09 0.16 0.04
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.09 0.08 0.10 0.02 0.00 0.00 0.28 0.36 0.16 0.25
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.04 0.23 0.06
O5' 0.14 0.35 0.24 0.35 0.54 0.03 0.58 0.00 0.50 0.34 0.45 0.58 0.25 0.03 0.28 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.14 0.31 0.25 0.36 0.50 0.09 0.53 0.17 0.42 0.29 0.41 0.56 0.23 0.09 0.36 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.26 0.08 0.10 0.47 0.28 0.47 0.43 0.31 0.20 0.38 0.56 0.19 0.16 0.16 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.30 0.19 0.27 0.49 0.03 0.52 0.01 0.41 0.28 0.40 0.55 0.21 0.04 0.25 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00