ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51916

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.000, 0.058, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.058 std_dev=0.058
N4 A 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.000, 0.155, 0.310, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2' A 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O5' A 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C5' A 0, 0.000, 0.296, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C4' A 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
P A 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
C6 B 0, 0.000, 0.398, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.398 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.000, 0.407, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C3' A 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C5 B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
OP2 A 0, 0.000, 0.491, 0.982, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.491
C1' B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.517 std_dev=0.517
N1 B 0, 0.000, 0.542, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C4 B 0, 0.000, 0.624, 1.247, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.624 std_dev=0.624
O2' A 0, 0.000, 0.629, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.629 std_dev=0.629
O4' B 0, 0.000, 0.650, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.650 std_dev=0.650
C2' B 0, 0.000, 0.653, 1.305, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.653 std_dev=0.653
N4 B 0, 0.000, 0.679, 1.358, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.679 std_dev=0.679
O2' B 0, 0.000, 0.694, 1.388, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.694 std_dev=0.694
O3' A 0, 0.000, 0.819, 1.637, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.819 std_dev=0.819
C2 B 0, 0.000, 0.850, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.850 std_dev=0.850
N3 B 0, 0.000, 0.886, 1.772, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.886 std_dev=0.886
C4' B 0, 0.000, 0.991, 1.982, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.991 std_dev=0.991
C3' B 0, 0.000, 0.999, 1.998, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.999 std_dev=0.999
OP1 B 0, 0.000, 1.015, 2.031, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.015 std_dev=1.015
O2 B 0, 0.000, 1.118, 2.235, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.118 std_dev=1.118
P B 0, 0.000, 1.268, 2.537, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.268 std_dev=1.268
O3' B 0, 0.000, 1.282, 2.565, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.282 std_dev=1.282
OP2 B 0, 0.000, 1.289, 2.579, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.289 std_dev=1.289
C5' B 0, 0.000, 1.336, 2.672, 2.672 max_d=2.672 avg_d=1.336 std_dev=1.336
O5' B 0, 0.000, 1.473, 2.946, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.473 std_dev=1.473

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.10 0.10 0.10 0.08
C2 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.10 0.09 0.03 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.24 0.25 0.33 0.26
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.02 0.20 0.11 0.12 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.11 0.04 0.05
C4 0.00 0.00 0.05 0.17 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.10 0.01 0.04 0.04 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.02 0.07 0.07 0.16 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.09 0.21 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.19 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05
C5' 0.04 0.05 0.10 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.09 0.07 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.20 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.17 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.04
N3 0.00 0.00 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03
N4 0.00 0.00 0.06 0.18 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.12 0.01 0.06 0.08 0.15 0.09
O2 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.08 0.09 0.09 0.02 0.05
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.26 0.16 0.29 0.07 0.24 0.14 0.18 0.29 0.01 0.00 0.07 0.10 0.15 0.14 0.34 0.19
O3' 0.11 0.06 0.01 0.00 0.10 0.01 0.19 0.11 0.17 0.01 0.00 0.12 0.17 0.07 0.00 0.06 0.15 0.10 0.15 0.14
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.10 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00
O5' 0.10 0.05 0.24 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.09 0.15 0.15 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.10 0.05 0.25 0.11 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.09 0.14 0.10 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.00 0.33 0.04 0.10 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.06 0.15 0.02 0.34 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.02 0.26 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.19 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.13 0.04 0.13 0.02 0.12 0.05 0.25 0.01 0.08 0.10 0.03 0.19 0.09 0.07 0.09 0.33 0.07 0.04 0.03
C2 0.10 0.10 0.11 0.21 0.01 0.18 0.03 0.30 0.04 0.09 0.06 0.08 0.14 0.01 0.20 0.11 0.36 0.08 0.04 0.04
C2' 0.03 0.16 0.01 0.10 0.07 0.09 0.05 0.25 0.04 0.06 0.16 0.05 0.23 0.16 0.04 0.06 0.33 0.04 0.02 0.03
C3' 0.08 0.10 0.04 0.12 0.05 0.11 0.10 0.24 0.04 0.06 0.05 0.12 0.17 0.07 0.07 0.09 0.32 0.03 0.08 0.00
C4 0.17 0.16 0.22 0.36 0.11 0.32 0.12 0.47 0.15 0.17 0.13 0.04 0.17 0.13 0.39 0.18 0.52 0.21 0.13 0.20
C4' 0.12 0.13 0.09 0.16 0.01 0.15 0.03 0.26 0.03 0.10 0.08 0.08 0.18 0.02 0.11 0.13 0.34 0.09 0.04 0.04
C5 0.16 0.18 0.19 0.34 0.12 0.31 0.11 0.47 0.13 0.16 0.16 0.07 0.20 0.09 0.36 0.18 0.53 0.21 0.15 0.22
C5' 0.13 0.12 0.10 0.17 0.00 0.16 0.00 0.28 0.06 0.11 0.07 0.07 0.16 0.00 0.13 0.13 0.35 0.12 0.00 0.07
C6 0.14 0.17 0.14 0.27 0.09 0.25 0.05 0.40 0.09 0.14 0.15 0.04 0.20 0.03 0.26 0.15 0.47 0.16 0.09 0.16
N1 0.11 0.14 0.10 0.21 0.04 0.19 0.01 0.32 0.04 0.10 0.11 0.02 0.18 0.01 0.18 0.12 0.39 0.11 0.01 0.08
N3 0.14 0.12 0.18 0.31 0.03 0.26 0.05 0.39 0.11 0.13 0.07 0.06 0.13 0.09 0.32 0.14 0.44 0.14 0.03 0.11
N4 0.20 0.17 0.27 0.44 0.16 0.39 0.19 0.54 0.20 0.19 0.14 0.10 0.16 0.19 0.48 0.21 0.59 0.26 0.21 0.28
O2 0.05 0.05 0.05 0.13 0.08 0.10 0.12 0.20 0.04 0.03 0.00 0.13 0.09 0.04 0.10 0.05 0.26 0.01 0.14 0.06
O2' 0.14 0.37 0.03 0.15 0.27 0.18 0.09 0.37 0.07 0.21 0.40 0.29 0.46 0.17 0.04 0.19 0.47 0.21 0.16 0.20
O3' 0.31 0.31 0.27 0.33 0.11 0.33 0.06 0.44 0.15 0.27 0.23 0.00 0.41 0.17 0.26 0.32 0.53 0.23 0.09 0.20
O4' 0.12 0.12 0.08 0.16 0.00 0.15 0.02 0.26 0.04 0.10 0.07 0.07 0.17 0.02 0.11 0.12 0.34 0.10 0.03 0.05
O5' 0.13 0.12 0.11 0.20 0.02 0.19 0.01 0.32 0.07 0.11 0.08 0.05 0.16 0.01 0.17 0.14 0.40 0.14 0.03 0.11
OP1 0.09 0.06 0.06 0.14 0.03 0.14 0.01 0.26 0.04 0.07 0.01 0.10 0.09 0.02 0.11 0.09 0.34 0.11 0.00 0.07
OP2 0.04 0.02 0.03 0.13 0.06 0.13 0.04 0.26 0.00 0.03 0.02 0.12 0.05 0.05 0.12 0.05 0.35 0.08 0.00 0.08
P 0.06 0.04 0.04 0.13 0.04 0.13 0.03 0.25 0.02 0.05 0.00 0.11 0.07 0.04 0.11 0.07 0.34 0.10 0.01 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.31 0.20
C2 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.34 0.03 0.22 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.21 0.13
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.01 0.21 0.11 0.13 0.23 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.05 0.21 0.00 0.21 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.05 0.44 0.15 0.03 0.14
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.21 0.00 0.20 0.00 0.15 0.11 0.17 0.23 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.09
C5 0.00 0.00 0.08 0.24 0.00 0.20 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.04 0.36 0.11 0.02 0.06
C5' 0.03 0.21 0.01 0.01 0.36 0.00 0.33 0.00 0.25 0.18 0.31 0.41 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.21 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.02 0.27 0.05 0.13 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.24 0.01 0.22 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.17 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.44 0.11 0.05 0.11
N4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.23 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.06 0.50 0.21 0.14 0.22
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.29 0.05 0.40 0.11
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.20 0.14
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.23 0.00 0.26 0.01 0.21 0.10 0.15 0.27 0.04 0.05 0.00 0.00 0.03 0.22 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.00 0.06 0.06 0.35 0.23
O5' 0.08 0.34 0.04 0.01 0.44 0.00 0.36 0.00 0.27 0.24 0.44 0.50 0.29 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.05 0.03 0.05 0.12 0.15 0.09 0.11 0.11 0.05 0.01 0.11 0.21 0.05 0.07 0.22 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.22 0.21 0.11 0.03 0.14 0.02 0.02 0.13 0.22 0.05 0.14 0.40 0.20 0.02 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.02 0.13 0.06 0.14 0.09 0.06 0.01 0.04 0.09 0.11 0.22 0.11 0.14 0.02 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00