ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51917

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
N4 A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.000, 0.491, 0.982, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.491
C4' A 0, 0.000, 0.502, 1.003, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.502 std_dev=0.502
O2 B 0, 0.000, 0.544, 1.087, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O2' A 0, 0.000, 0.550, 1.100, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.550 std_dev=0.550
N3 B 0, 0.000, 0.592, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.592 std_dev=0.592
C2 B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C4 B 0, 0.000, 0.666, 1.331, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.666 std_dev=0.666
N4 B 0, 0.000, 0.670, 1.341, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.670 std_dev=0.670
O2' B 0, 0.000, 0.678, 1.356, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.678 std_dev=0.678
N1 B 0, 0.000, 0.729, 1.457, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.729 std_dev=0.729
OP2 A 0, 0.000, 0.766, 1.531, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.766 std_dev=0.766
C1' B 0, 0.000, 0.770, 1.541, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.770 std_dev=0.770
C5 B 0, 0.000, 0.774, 1.548, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C6 B 0, 0.000, 0.818, 1.636, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.818 std_dev=0.818
C2' B 0, 0.000, 0.819, 1.639, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.819 std_dev=0.819
O3' A 0, 0.000, 0.859, 1.719, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.859 std_dev=0.859
C5' A 0, 0.000, 0.905, 1.811, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.905 std_dev=0.905
P A 0, 0.000, 0.911, 1.821, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.911 std_dev=0.911
O4' B 0, 0.000, 0.958, 1.916, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.958 std_dev=0.958
C3' B 0, 0.000, 1.051, 2.102, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.051 std_dev=1.051
O5' A 0, 0.000, 1.055, 2.110, 2.110 max_d=2.110 avg_d=1.055 std_dev=1.055
OP1 A 0, 0.000, 1.063, 2.126, 2.126 max_d=2.126 avg_d=1.063 std_dev=1.063
C4' B 0, 0.000, 1.082, 2.163, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.082 std_dev=1.082
O3' B 0, 0.000, 1.116, 2.233, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.116 std_dev=1.116
C5' B 0, 0.000, 1.326, 2.653, 2.653 max_d=2.653 avg_d=1.326 std_dev=1.326
O5' B 0, 0.000, 1.368, 2.737, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.368 std_dev=1.368
OP2 B 0, 0.000, 1.631, 3.263, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.631 std_dev=1.631
P B 0, 0.000, 1.684, 3.367, 3.367 max_d=3.367 avg_d=1.684 std_dev=1.684
OP1 B 0, 0.000, 2.096, 4.193, 4.193 max_d=4.193 avg_d=2.096 std_dev=2.096

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.14 0.18 0.34 0.19
C2 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.07 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.05 0.05 0.05 0.11 0.27 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.04 0.11 0.00 0.04 0.01 0.12 0.06 0.13 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.15 0.00 0.22 0.01 0.22 0.10 0.08 0.16 0.04 0.01 0.00 0.01 0.30 0.16 0.05 0.21
C4 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00 0.19 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.06 0.13 0.02 0.12 0.01
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.19 0.00 0.24 0.00 0.21 0.11 0.12 0.21 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.24 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.04 0.21 0.06 0.10 0.06
C5' 0.06 0.24 0.03 0.01 0.43 0.00 0.48 0.00 0.40 0.25 0.33 0.47 0.13 0.03 0.02 0.01 0.01 0.24 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.22 0.00 0.21 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.02 0.10 0.27 0.11
N3 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.12 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.06 0.02 0.06 0.20 0.08
N4 0.00 0.01 0.04 0.16 0.00 0.21 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.12 0.06 0.17 0.06 0.06 0.05
O2 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.25 0.17 0.04 0.15 0.18 0.32 0.20
O2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.12 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.18 0.14 0.25 0.00 0.08 0.10 0.12 0.14 0.07 0.12
O3' 0.03 0.05 0.04 0.00 0.11 0.02 0.21 0.02 0.21 0.05 0.00 0.12 0.17 0.08 0.00 0.01 0.51 0.47 0.29 0.48
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.06 0.04 0.10 0.01 0.00 0.31 0.33 0.43 0.30
O5' 0.14 0.05 0.12 0.30 0.13 0.01 0.21 0.01 0.14 0.02 0.02 0.17 0.15 0.12 0.51 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.18 0.11 0.06 0.16 0.02 0.07 0.06 0.24 0.00 0.10 0.06 0.06 0.18 0.14 0.47 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.27 0.13 0.05 0.12 0.07 0.10 0.05 0.19 0.27 0.20 0.06 0.32 0.07 0.29 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.13 0.05 0.21 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.20 0.12 0.48 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.02 0.10 0.11 0.20 0.04 0.29 0.10 0.04 0.14 0.21 0.10 0.01 0.09 0.21 0.33 0.41 0.44 0.38
C2 0.19 0.03 0.12 0.22 0.06 0.29 0.24 0.39 0.26 0.16 0.03 0.05 0.02 0.08 0.20 0.30 0.46 0.55 0.59 0.50
C2' 0.04 0.22 0.13 0.04 0.27 0.08 0.13 0.20 0.05 0.11 0.29 0.37 0.24 0.14 0.06 0.09 0.23 0.37 0.38 0.32
C3' 0.08 0.19 0.16 0.11 0.21 0.01 0.13 0.07 0.09 0.12 0.23 0.27 0.20 0.16 0.13 0.02 0.09 0.18 0.17 0.14
C4 0.24 0.13 0.19 0.29 0.21 0.33 0.34 0.42 0.33 0.23 0.10 0.19 0.06 0.13 0.27 0.33 0.50 0.62 0.65 0.55
C4' 0.08 0.16 0.15 0.12 0.18 0.04 0.13 0.01 0.10 0.11 0.19 0.22 0.17 0.13 0.13 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03
C5 0.21 0.09 0.17 0.26 0.15 0.31 0.28 0.40 0.28 0.20 0.06 0.10 0.03 0.11 0.25 0.30 0.48 0.60 0.63 0.53
C5' 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03 0.04 0.01
C6 0.17 0.04 0.12 0.22 0.06 0.28 0.20 0.38 0.23 0.15 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.28 0.44 0.55 0.58 0.49
N1 0.16 0.00 0.10 0.19 0.01 0.26 0.17 0.36 0.20 0.12 0.06 0.09 0.04 0.07 0.17 0.27 0.42 0.52 0.55 0.47
N3 0.23 0.11 0.18 0.28 0.19 0.33 0.34 0.42 0.33 0.23 0.07 0.14 0.04 0.12 0.25 0.33 0.50 0.60 0.63 0.54
N4 0.26 0.18 0.23 0.32 0.29 0.35 0.39 0.44 0.37 0.27 0.17 0.29 0.10 0.16 0.31 0.35 0.52 0.64 0.67 0.57
O2 0.17 0.01 0.09 0.19 0.03 0.28 0.20 0.38 0.23 0.13 0.10 0.20 0.06 0.06 0.17 0.30 0.44 0.53 0.57 0.49
O2' 0.28 0.46 0.39 0.30 0.53 0.14 0.41 0.01 0.32 0.36 0.54 0.62 0.48 0.37 0.32 0.12 0.00 0.16 0.15 0.12
O3' 0.34 0.42 0.43 0.40 0.44 0.28 0.39 0.21 0.35 0.37 0.45 0.47 0.43 0.42 0.42 0.25 0.21 0.11 0.14 0.15
O4' 0.12 0.01 0.05 0.10 0.04 0.19 0.06 0.26 0.11 0.07 0.06 0.12 0.03 0.05 0.09 0.21 0.27 0.31 0.33 0.29
O5' 0.30 0.36 0.30 0.24 0.35 0.24 0.31 0.18 0.29 0.32 0.38 0.37 0.38 0.32 0.23 0.25 0.12 0.06 0.03 0.11
OP1 0.29 0.36 0.29 0.23 0.35 0.22 0.30 0.16 0.29 0.32 0.37 0.37 0.38 0.31 0.22 0.24 0.11 0.05 0.03 0.10
OP2 0.32 0.39 0.33 0.27 0.37 0.25 0.31 0.19 0.30 0.34 0.40 0.39 0.41 0.35 0.26 0.27 0.13 0.07 0.04 0.12
P 0.30 0.37 0.30 0.24 0.35 0.23 0.30 0.17 0.29 0.32 0.38 0.37 0.39 0.32 0.23 0.25 0.11 0.05 0.02 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.01
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01
O2 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01
O5' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.04 0.06 0.07 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.06 0.04 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.06 0.02 0.02 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00