ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51918

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 4, 6, 13, 12, 7, 5, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, 0.119, 1.567, 3.016, 3.579 max_d=3.579 avg_d=1.567 std_dev=1.448
O2 B 0, 0.073, 1.582, 3.090, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.582 std_dev=1.508
O2 A 0, -0.424, 1.203, 2.830, 3.953 max_d=3.953 avg_d=1.203 std_dev=1.627
C2 B 0, -0.049, 1.684, 3.417, 4.125 max_d=4.125 avg_d=1.684 std_dev=1.733
N3 A 0, -0.485, 1.252, 2.990, 4.214 max_d=4.214 avg_d=1.252 std_dev=1.738
C2 A 0, -0.515, 1.373, 3.262, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.373 std_dev=1.889
C4 B 0, -0.103, 2.508, 5.119, 6.155 max_d=6.155 avg_d=2.508 std_dev=2.611
C4 A 0, -0.824, 2.143, 5.109, 6.820 max_d=6.820 avg_d=2.143 std_dev=2.967
O4 B 0, -0.052, 2.961, 5.974, 7.201 max_d=7.201 avg_d=2.961 std_dev=3.013
N1 B 0, -0.394, 2.635, 5.664, 6.866 max_d=6.866 avg_d=2.635 std_dev=3.029
N1 A 0, -0.884, 2.304, 5.492, 7.137 max_d=7.137 avg_d=2.304 std_dev=3.188
O4 A 0, -0.879, 2.559, 5.998, 7.857 max_d=7.857 avg_d=2.559 std_dev=3.439
C5 B 0, -0.343, 3.249, 6.841, 8.273 max_d=8.273 avg_d=3.249 std_dev=3.592
C2' B 0, 0.642, 4.303, 7.965, 9.749 max_d=9.749 avg_d=4.303 std_dev=3.661
C6 B 0, -0.467, 3.262, 6.991, 8.468 max_d=8.468 avg_d=3.262 std_dev=3.729
C1' B 0, -0.463, 3.409, 7.280, 8.850 max_d=8.850 avg_d=3.409 std_dev=3.872
O5' B 0, 2.656, 6.566, 10.475, 11.524 max_d=11.524 avg_d=6.566 std_dev=3.910
C5 A 0, -1.103, 2.836, 6.774, 8.850 max_d=8.850 avg_d=2.836 std_dev=3.938
O2' B 0, 1.334, 5.307, 9.281, 10.917 max_d=10.917 avg_d=5.307 std_dev=3.973
C6 A 0, -1.111, 2.876, 6.863, 8.899 max_d=8.899 avg_d=2.876 std_dev=3.987
C5' B 0, 1.973, 5.978, 9.982, 11.546 max_d=11.546 avg_d=5.978 std_dev=4.005
C2' A 0, -0.500, 3.515, 7.531, 10.159 max_d=10.159 avg_d=3.515 std_dev=4.016
C1' A 0, -1.123, 2.920, 6.963, 8.933 max_d=8.933 avg_d=2.920 std_dev=4.043
O4' B 0, 0.182, 4.400, 8.619, 10.390 max_d=10.390 avg_d=4.400 std_dev=4.218
OP2 B 0, 3.238, 7.547, 11.856, 11.876 max_d=11.876 avg_d=7.547 std_dev=4.309
O2' A 0, -0.184, 4.151, 8.487, 10.767 max_d=10.767 avg_d=4.151 std_dev=4.336
C3' B 0, 0.834, 5.181, 9.529, 11.782 max_d=11.782 avg_d=5.181 std_dev=4.347
P B 0, 3.144, 7.550, 11.957, 13.267 max_d=13.267 avg_d=7.550 std_dev=4.407
C4' B 0, 0.576, 5.082, 9.589, 11.653 max_d=11.653 avg_d=5.082 std_dev=4.506
C3' A 0, -0.284, 4.583, 9.450, 12.333 max_d=12.333 avg_d=4.583 std_dev=4.867
OP1 B 0, 3.624, 8.557, 13.490, 15.477 max_d=15.477 avg_d=8.557 std_dev=4.933
O4' A 0, -0.838, 4.128, 9.093, 11.417 max_d=11.417 avg_d=4.128 std_dev=4.966
O3' A 0, 0.103, 5.331, 10.559, 13.319 max_d=13.319 avg_d=5.331 std_dev=5.228
O3' B 0, 1.060, 6.371, 11.681, 14.276 max_d=14.276 avg_d=6.371 std_dev=5.310
C4' A 0, -0.608, 5.069, 10.746, 13.243 max_d=13.243 avg_d=5.069 std_dev=5.677
O5' A 0, -0.441, 5.830, 12.101, 15.098 max_d=15.098 avg_d=5.830 std_dev=6.271
C5' A 0, -0.488, 6.067, 12.622, 15.494 max_d=15.494 avg_d=6.067 std_dev=6.555
OP2 A 0, -0.323, 6.725, 13.773, 16.760 max_d=16.760 avg_d=6.725 std_dev=7.048
P A 0, -0.515, 6.812, 14.140, 17.235 max_d=17.235 avg_d=6.812 std_dev=7.328
OP1 A 0, -0.446, 7.770, 15.985, 19.736 max_d=19.736 avg_d=7.770 std_dev=8.216

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.32 0.03 0.01 0.13 0.27 0.31 0.23
C2 0.02 0.00 0.21 0.26 0.01 0.11 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.18 0.02 0.21 0.19 0.17 0.28 0.17
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.20 0.22 0.03 0.15 0.36 0.01 0.04 0.07 0.03 0.45 0.64 0.70 0.59
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.43 0.01 0.45 0.02 0.39 0.26 0.35 0.19 0.02 0.01 0.46 0.03 0.12 0.47 0.21 0.22
C4 0.03 0.01 0.06 0.43 0.00 0.19 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.43 0.22 0.01 0.04 0.43 0.34 0.56 0.43
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.19 0.00 0.29 0.01 0.29 0.11 0.12 0.23 0.33 0.02 0.20 0.00 0.02 0.20 0.13 0.07
C5 0.03 0.02 0.17 0.45 0.01 0.29 0.00 0.38 0.01 0.02 0.01 0.02 0.54 0.30 0.01 0.15 0.54 0.42 0.62 0.54
C5' 0.07 0.17 0.20 0.02 0.26 0.01 0.38 0.00 0.36 0.13 0.19 0.30 0.14 0.22 0.29 0.02 0.01 0.14 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.39 0.01 0.29 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01 0.02 0.51 0.23 0.02 0.21 0.45 0.28 0.44 0.42
N1 0.02 0.01 0.03 0.26 0.02 0.11 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.10 0.02 0.03 0.20 0.14 0.28 0.20
N3 0.02 0.01 0.15 0.35 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.12 0.01 0.15 0.29 0.20 0.39 0.26
O2 0.04 0.01 0.36 0.19 0.02 0.23 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.46 0.36 0.02 0.35 0.21 0.27 0.26 0.19
O2' 0.03 0.30 0.01 0.02 0.43 0.33 0.54 0.14 0.51 0.24 0.34 0.46 0.00 0.07 0.46 0.23 0.33 0.63 0.78 0.52
O3' 0.32 0.18 0.04 0.01 0.22 0.02 0.30 0.22 0.23 0.10 0.12 0.36 0.07 0.00 0.26 0.20 0.25 0.61 0.33 0.32
O4 0.03 0.02 0.07 0.46 0.01 0.20 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.46 0.26 0.00 0.04 0.47 0.42 0.65 0.50
O4' 0.01 0.21 0.03 0.03 0.04 0.00 0.15 0.02 0.21 0.03 0.15 0.35 0.23 0.20 0.04 0.00 0.09 0.16 0.24 0.19
O5' 0.13 0.19 0.45 0.12 0.43 0.02 0.54 0.01 0.45 0.20 0.29 0.21 0.33 0.25 0.47 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.17 0.64 0.47 0.34 0.20 0.42 0.14 0.28 0.14 0.20 0.27 0.63 0.61 0.42 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.28 0.70 0.21 0.56 0.13 0.62 0.12 0.44 0.28 0.39 0.26 0.78 0.33 0.65 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.17 0.59 0.22 0.43 0.07 0.54 0.02 0.42 0.20 0.26 0.19 0.52 0.32 0.50 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.16 0.26 0.37 0.20 0.60 0.19 1.37 0.14 0.15 0.14 0.25 0.24 0.34 0.29 0.43 0.84 0.92 1.49 0.90
C2 0.19 0.14 0.26 0.37 0.22 0.62 0.18 1.42 0.13 0.14 0.15 0.23 0.27 0.29 0.31 0.42 0.91 0.92 1.45 0.95
C2' 0.35 0.42 0.45 0.59 0.65 0.85 0.63 1.58 0.53 0.43 0.52 0.35 0.43 0.62 0.76 0.74 1.04 1.27 1.61 1.17
C3' 0.31 0.32 0.47 0.60 0.39 0.92 0.37 1.71 0.32 0.30 0.33 0.37 0.48 0.65 0.47 0.76 1.19 1.36 1.85 1.31
C4 0.26 0.20 0.31 0.51 0.27 0.86 0.22 1.90 0.20 0.21 0.25 0.20 0.56 0.36 0.32 0.51 1.66 1.74 2.13 1.76
C4' 0.36 0.32 0.31 0.41 0.36 0.70 0.38 1.50 0.36 0.34 0.32 0.34 0.31 0.37 0.41 0.58 1.04 1.10 1.77 1.12
C5 0.25 0.17 0.31 0.50 0.24 0.86 0.20 1.92 0.17 0.18 0.21 0.19 0.57 0.38 0.32 0.53 1.71 1.86 2.27 1.85
C5' 0.46 0.40 0.36 0.46 0.44 0.80 0.47 1.67 0.46 0.44 0.39 0.40 0.40 0.41 0.47 0.68 1.29 1.39 2.02 1.41
C6 0.21 0.14 0.29 0.44 0.22 0.78 0.18 1.76 0.14 0.15 0.17 0.19 0.45 0.35 0.31 0.50 1.43 1.54 2.03 1.55
N1 0.19 0.14 0.26 0.38 0.21 0.67 0.17 1.53 0.13 0.14 0.14 0.22 0.32 0.32 0.30 0.45 1.07 1.12 1.66 1.14
N3 0.22 0.16 0.27 0.42 0.26 0.72 0.21 1.63 0.17 0.17 0.22 0.20 0.38 0.29 0.32 0.45 1.21 1.21 1.67 1.27
O2 0.20 0.18 0.26 0.34 0.20 0.49 0.17 1.12 0.14 0.16 0.13 0.29 0.20 0.29 0.30 0.36 0.55 0.65 1.15 0.57
O2' 0.53 0.54 0.60 0.67 0.85 0.72 0.85 1.27 0.73 0.60 0.66 0.45 0.68 0.78 1.00 0.69 0.81 1.14 1.51 0.97
O3' 0.23 0.30 0.26 0.33 0.54 0.66 0.52 1.43 0.41 0.31 0.41 0.28 0.42 0.49 0.68 0.63 0.89 1.02 1.76 1.02
O4 0.31 0.25 0.34 0.60 0.29 0.94 0.26 2.04 0.25 0.26 0.29 0.25 0.70 0.40 0.33 0.53 1.94 2.06 2.34 2.04
O4' 0.49 0.44 0.36 0.43 0.44 0.64 0.46 1.40 0.47 0.46 0.42 0.44 0.32 0.34 0.45 0.56 0.98 0.96 1.68 1.03
O5' 0.33 0.28 0.38 0.56 0.31 0.95 0.31 1.92 0.29 0.29 0.26 0.34 0.45 0.50 0.37 0.72 1.60 1.78 2.31 1.76
OP1 0.28 0.26 0.34 0.52 0.38 0.98 0.37 2.03 0.32 0.27 0.30 0.27 0.60 0.53 0.46 0.71 1.79 2.10 2.59 2.02
OP2 0.32 0.30 0.58 0.79 0.39 1.13 0.37 2.22 0.32 0.30 0.33 0.34 0.82 0.82 0.47 0.75 2.09 2.47 2.82 2.33
P 0.23 0.19 0.37 0.55 0.30 0.94 0.29 1.99 0.24 0.20 0.23 0.22 0.63 0.57 0.39 0.62 1.77 2.05 2.52 1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.13 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.30 0.04 0.01 0.37 0.40 0.44 0.21
C2 0.04 0.00 0.16 0.21 0.01 0.35 0.02 0.76 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.02 0.28 0.29 0.49 0.69 0.27
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.15 0.24 0.18 0.04 0.11 0.31 0.01 0.05 0.07 0.02 0.19 0.37 0.48 0.22
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.36 0.01 0.52 0.02 0.51 0.22 0.23 0.44 0.02 0.02 0.38 0.02 0.19 0.43 0.47 0.23
C4 0.04 0.01 0.07 0.36 0.00 0.14 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.24 0.01 0.06 0.93 1.36 1.13 0.95
C4' 0.01 0.35 0.03 0.01 0.14 0.00 0.38 0.01 0.44 0.08 0.25 0.68 0.29 0.04 0.14 0.01 0.02 0.30 0.34 0.21
C5 0.03 0.02 0.15 0.52 0.01 0.38 0.00 0.56 0.00 0.02 0.01 0.02 0.34 0.31 0.01 0.20 1.49 1.88 1.61 1.51
C5' 0.13 0.76 0.24 0.02 0.29 0.01 0.56 0.00 0.63 0.20 0.63 1.32 0.12 0.24 0.32 0.02 0.01 0.41 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.51 0.01 0.44 0.00 0.63 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.27 0.01 0.28 1.46 1.64 1.42 1.36
N1 0.02 0.01 0.04 0.22 0.02 0.08 0.02 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.17 0.16 0.02 0.03 0.66 0.79 0.70 0.53
N3 0.04 0.01 0.11 0.23 0.01 0.25 0.01 0.63 0.02 0.02 0.00 0.01 0.20 0.16 0.01 0.21 0.42 0.75 0.78 0.37
O2 0.07 0.01 0.31 0.44 0.02 0.68 0.02 1.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.30 0.02 0.45 0.77 0.73 1.10 0.81
O2' 0.03 0.14 0.01 0.02 0.29 0.29 0.34 0.12 0.30 0.17 0.20 0.20 0.00 0.07 0.30 0.21 0.23 0.41 0.50 0.24
O3' 0.30 0.17 0.05 0.02 0.24 0.04 0.31 0.24 0.27 0.16 0.16 0.30 0.07 0.00 0.27 0.24 0.23 0.64 0.63 0.33
O4 0.04 0.02 0.07 0.38 0.01 0.14 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.27 0.00 0.07 0.95 1.48 1.22 1.01
O4' 0.01 0.28 0.02 0.02 0.06 0.01 0.20 0.02 0.28 0.03 0.21 0.45 0.21 0.24 0.07 0.00 0.37 0.34 0.36 0.19
O5' 0.37 0.29 0.19 0.19 0.93 0.02 1.49 0.01 1.46 0.66 0.42 0.77 0.23 0.23 0.95 0.37 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.40 0.49 0.37 0.43 1.36 0.30 1.88 0.41 1.64 0.79 0.75 0.73 0.41 0.64 1.48 0.34 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.69 0.48 0.47 1.13 0.34 1.61 0.41 1.42 0.70 0.78 1.10 0.50 0.63 1.22 0.36 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.27 0.22 0.23 0.95 0.21 1.51 0.02 1.36 0.53 0.37 0.81 0.24 0.33 1.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00