ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51919

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 6, 2, 3, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4 B 0, -0.287, 0.688, 1.664, 3.436 max_d=3.436 avg_d=0.688 std_dev=0.975
O4 A 0, -0.616, 0.486, 1.588, 3.746 max_d=3.746 avg_d=0.486 std_dev=1.102
N3 B 0, -0.432, 0.696, 1.824, 3.873 max_d=3.873 avg_d=0.696 std_dev=1.128
N3 A 0, -0.744, 0.426, 1.597, 3.745 max_d=3.745 avg_d=0.426 std_dev=1.170
C4 B 0, -0.454, 0.752, 1.958, 4.133 max_d=4.133 avg_d=0.752 std_dev=1.206
C4 A 0, -0.833, 0.483, 1.799, 4.289 max_d=4.289 avg_d=0.483 std_dev=1.316
C2 B 0, -0.911, 1.020, 2.950, 6.473 max_d=6.473 avg_d=1.020 std_dev=1.930
C2 A 0, -1.253, 0.719, 2.692, 6.320 max_d=6.320 avg_d=0.719 std_dev=1.973
C5 B 0, -0.942, 1.126, 3.193, 6.955 max_d=6.955 avg_d=1.126 std_dev=2.067
C5 A 0, -1.417, 0.791, 2.999, 7.110 max_d=7.110 avg_d=0.791 std_dev=2.208
O2 B 0, -1.151, 1.137, 3.425, 7.651 max_d=7.651 avg_d=1.137 std_dev=2.288
O2 A 0, -1.459, 0.861, 3.181, 7.469 max_d=7.469 avg_d=0.861 std_dev=2.320
N1 B 0, -1.228, 1.307, 3.842, 8.452 max_d=8.452 avg_d=1.307 std_dev=2.535
C6 B 0, -1.231, 1.339, 3.908, 8.581 max_d=8.581 avg_d=1.339 std_dev=2.570
N1 A 0, -1.670, 0.941, 3.553, 8.333 max_d=8.333 avg_d=0.941 std_dev=2.611
C6 A 0, -1.721, 0.970, 3.662, 8.616 max_d=8.616 avg_d=0.970 std_dev=2.691
C1' B 0, -1.703, 1.672, 5.047, 11.213 max_d=11.213 avg_d=1.672 std_dev=3.375
C1' A 0, -2.202, 1.236, 4.673, 10.987 max_d=10.987 avg_d=1.236 std_dev=3.437
C2' B 0, -1.776, 1.830, 5.435, 12.036 max_d=12.036 avg_d=1.830 std_dev=3.605
C2' A 0, -2.306, 1.424, 5.154, 12.093 max_d=12.093 avg_d=1.424 std_dev=3.730
C3' B 0, -1.857, 2.055, 5.967, 13.114 max_d=13.114 avg_d=2.055 std_dev=3.912
O4' B 0, -1.987, 1.956, 5.898, 13.083 max_d=13.083 avg_d=1.956 std_dev=3.942
O4' A 0, -2.510, 1.493, 5.495, 12.828 max_d=12.828 avg_d=1.493 std_dev=4.003
C3' A 0, -2.610, 1.635, 5.880, 13.838 max_d=13.838 avg_d=1.635 std_dev=4.245
O2' A 0, -2.496, 1.792, 6.080, 14.000 max_d=14.000 avg_d=1.792 std_dev=4.288
O5' B 0, -2.002, 2.298, 6.599, 14.640 max_d=14.640 avg_d=2.298 std_dev=4.301
O2' B 0, -2.127, 2.175, 6.476, 14.395 max_d=14.395 avg_d=2.175 std_dev=4.301
O3' B 0, -2.069, 2.307, 6.683, 14.680 max_d=14.680 avg_d=2.307 std_dev=4.376
C4' B 0, -2.204, 2.240, 6.684, 14.808 max_d=14.808 avg_d=2.240 std_dev=4.444
OP2 B 0, -2.214, 2.299, 6.813, 15.535 max_d=15.535 avg_d=2.299 std_dev=4.514
O5' A 0, -2.711, 1.842, 6.394, 14.811 max_d=14.811 avg_d=1.842 std_dev=4.552
OP2 A 0, -2.646, 1.909, 6.463, 15.291 max_d=15.291 avg_d=1.909 std_dev=4.555
C4' A 0, -2.858, 1.785, 6.427, 14.994 max_d=14.994 avg_d=1.785 std_dev=4.642
C5' B 0, -2.337, 2.465, 7.267, 16.122 max_d=16.122 avg_d=2.465 std_dev=4.802
P B 0, -2.334, 2.472, 7.277, 16.309 max_d=16.309 avg_d=2.472 std_dev=4.806
O3' A 0, -2.910, 1.925, 6.760, 15.863 max_d=15.863 avg_d=1.925 std_dev=4.835
P A 0, -2.935, 2.038, 7.011, 16.442 max_d=16.442 avg_d=2.038 std_dev=4.973
C5' A 0, -3.039, 2.000, 7.039, 16.333 max_d=16.333 avg_d=2.000 std_dev=5.039
OP1 B 0, -2.395, 2.682, 7.760, 17.009 max_d=17.009 avg_d=2.682 std_dev=5.078
OP1 A 0, -3.036, 2.173, 7.382, 17.334 max_d=17.334 avg_d=2.173 std_dev=5.209

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.14 0.08
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.03 0.05 0.12 0.18 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.12 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.08 0.13 0.07
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.08 0.10 0.05
C4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.03 0.11 0.15 0.19 0.14
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.08 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03
C5 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.12 0.14 0.18 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.08 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.10 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.08 0.10 0.16 0.10
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.16 0.10
N3 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.07 0.02 0.02 0.08 0.13 0.19 0.12
O2 0.07 0.01 0.12 0.10 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.17 0.13 0.03 0.07 0.07 0.13 0.19 0.12
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.08 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.17 0.00 0.05 0.09 0.05 0.03 0.09 0.12 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.07 0.13 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.11 0.11 0.08
O4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.07 0.00 0.03 0.13 0.18 0.21 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.03 0.00 0.06 0.08 0.13 0.08
O5' 0.04 0.05 0.04 0.06 0.11 0.01 0.12 0.01 0.08 0.05 0.08 0.07 0.03 0.07 0.13 0.06 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.08 0.12 0.08 0.08 0.15 0.06 0.14 0.07 0.10 0.10 0.13 0.13 0.09 0.11 0.18 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02
OP2 0.14 0.18 0.13 0.10 0.19 0.06 0.18 0.02 0.16 0.16 0.19 0.19 0.12 0.11 0.21 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.07 0.05 0.14 0.03 0.13 0.02 0.10 0.10 0.12 0.12 0.06 0.08 0.16 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.11 0.11 0.07 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.10 0.13 0.12 0.07 0.10 0.17 0.53 0.25 0.23
C2 0.09 0.09 0.11 0.10 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.13 0.11 0.06 0.09 0.14 0.48 0.23 0.19
C2' 0.12 0.10 0.13 0.14 0.10 0.13 0.12 0.14 0.12 0.12 0.10 0.10 0.14 0.15 0.10 0.13 0.16 0.55 0.23 0.22
C3' 0.12 0.11 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.13 0.17 0.12 0.10 0.12 0.11 0.51 0.21 0.17
C4 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.12 0.11 0.08 0.10 0.16 0.43 0.27 0.20
C4' 0.10 0.10 0.12 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.13 0.16 0.11 0.07 0.10 0.14 0.52 0.23 0.20
C5 0.11 0.11 0.11 0.11 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.11 0.09 0.13 0.13 0.12 0.07 0.11 0.15 0.43 0.26 0.20
C5' 0.12 0.13 0.14 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.17 0.18 0.12 0.07 0.11 0.11 0.48 0.23 0.17
C6 0.10 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.13 0.11 0.06 0.10 0.14 0.45 0.24 0.19
N1 0.09 0.08 0.10 0.10 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.13 0.10 0.06 0.09 0.14 0.48 0.23 0.19
N3 0.08 0.08 0.09 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.12 0.10 0.05 0.08 0.15 0.46 0.26 0.20
O2 0.11 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.15 0.12 0.09 0.10 0.14 0.50 0.22 0.19
O2' 0.16 0.14 0.17 0.20 0.15 0.19 0.18 0.21 0.18 0.16 0.13 0.12 0.16 0.22 0.15 0.18 0.24 0.62 0.30 0.31
O3' 0.13 0.11 0.15 0.13 0.11 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.18 0.14 0.11 0.13 0.13 0.54 0.22 0.18
O4 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.19 0.42 0.29 0.23
O4' 0.09 0.09 0.11 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.09 0.07 0.11 0.13 0.11 0.07 0.10 0.17 0.52 0.25 0.23
O5' 0.15 0.15 0.17 0.14 0.10 0.13 0.09 0.10 0.11 0.13 0.13 0.19 0.21 0.14 0.08 0.13 0.10 0.41 0.22 0.13
OP1 0.19 0.18 0.22 0.20 0.14 0.18 0.15 0.14 0.17 0.18 0.16 0.20 0.27 0.21 0.14 0.18 0.12 0.42 0.23 0.11
OP2 0.20 0.19 0.22 0.21 0.19 0.20 0.19 0.17 0.19 0.19 0.18 0.20 0.27 0.21 0.20 0.20 0.15 0.46 0.18 0.16
P 0.16 0.15 0.18 0.16 0.12 0.15 0.13 0.11 0.14 0.15 0.13 0.17 0.24 0.17 0.12 0.15 0.10 0.44 0.19 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.19 0.10 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.03 0.12 0.31 0.20 0.14
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.18 0.18 0.08
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.11 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.16 0.21 0.09
C4 0.03 0.02 0.06 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.09 0.01 0.04 0.15 0.40 0.23 0.17
C4' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.07 0.03
C5 0.02 0.03 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.04 0.16 0.37 0.20 0.17
C5' 0.03 0.06 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.08 0.02 0.03 0.12 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.16 0.31 0.15 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.13 0.27 0.15 0.12
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.09 0.01 0.03 0.13 0.36 0.22 0.16
O2 0.05 0.01 0.10 0.11 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.11 0.13 0.02 0.05 0.12 0.29 0.20 0.15
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.07 0.07 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.11 0.00 0.05 0.08 0.06 0.08 0.15 0.16 0.09
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.06 0.05 0.09 0.13 0.05 0.00 0.11 0.02 0.17 0.17 0.26 0.12
O4 0.04 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.11 0.00 0.05 0.15 0.44 0.25 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.14 0.15 0.09 0.08
O5' 0.10 0.12 0.07 0.11 0.15 0.02 0.16 0.03 0.16 0.13 0.13 0.12 0.08 0.17 0.15 0.14 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.19 0.31 0.18 0.16 0.40 0.12 0.37 0.12 0.31 0.27 0.36 0.29 0.15 0.17 0.44 0.15 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.10 0.20 0.18 0.21 0.23 0.07 0.20 0.04 0.15 0.15 0.22 0.20 0.16 0.26 0.25 0.09 0.04 0.03 0.00 0.02
P 0.08 0.14 0.08 0.09 0.17 0.03 0.17 0.02 0.14 0.12 0.16 0.15 0.09 0.12 0.19 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00