ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51920

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 3, 1, 1, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O2 B 0, 0.228, 1.357, 2.485, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.357 std_dev=1.128
N3 A 0, -0.641, 0.675, 1.991, 3.537 max_d=3.537 avg_d=0.675 std_dev=1.316
N3 B 0, -0.140, 1.210, 2.559, 3.856 max_d=3.856 avg_d=1.210 std_dev=1.349
C2 B 0, -0.196, 1.263, 2.721, 4.136 max_d=4.136 avg_d=1.263 std_dev=1.459
O2 A 0, -0.721, 0.816, 2.353, 4.233 max_d=4.233 avg_d=0.816 std_dev=1.537
C2 A 0, -0.788, 0.826, 2.441, 4.129 max_d=4.129 avg_d=0.826 std_dev=1.615
C4 B 0, -0.432, 1.830, 4.091, 6.320 max_d=6.320 avg_d=1.830 std_dev=2.261
C4 A 0, -1.136, 1.156, 3.449, 6.104 max_d=6.104 avg_d=1.156 std_dev=2.292
N1 B 0, -0.702, 1.783, 4.268, 6.747 max_d=6.747 avg_d=1.783 std_dev=2.485
N1 A 0, -1.315, 1.351, 4.017, 6.748 max_d=6.748 avg_d=1.351 std_dev=2.666
O4 B 0, -0.546, 2.130, 4.807, 7.450 max_d=7.450 avg_d=2.130 std_dev=2.677
O4 A 0, -1.320, 1.377, 4.075, 7.217 max_d=7.217 avg_d=1.377 std_dev=2.698
C5 B 0, -0.560, 2.370, 5.300, 8.185 max_d=8.185 avg_d=2.370 std_dev=2.930
C6 B 0, -0.702, 2.298, 5.298, 8.271 max_d=8.271 avg_d=2.298 std_dev=3.000
C5 A 0, -1.551, 1.568, 4.686, 8.110 max_d=8.110 avg_d=1.568 std_dev=3.118
C6 A 0, -1.605, 1.624, 4.853, 8.231 max_d=8.231 avg_d=1.624 std_dev=3.229
C1' B 0, -1.080, 2.183, 5.446, 8.699 max_d=8.699 avg_d=2.183 std_dev=3.263
O2' A 0, -0.890, 2.470, 5.830, 10.082 max_d=10.082 avg_d=2.470 std_dev=3.360
O2' B 0, 0.340, 3.716, 7.093, 10.190 max_d=10.190 avg_d=3.716 std_dev=3.376
C2' B 0, -0.226, 3.262, 6.751, 10.404 max_d=10.404 avg_d=3.262 std_dev=3.488
C1' A 0, -1.732, 1.785, 5.301, 8.966 max_d=8.966 avg_d=1.785 std_dev=3.516
C2' A 0, -1.557, 2.235, 6.027, 9.954 max_d=9.954 avg_d=2.235 std_dev=3.792
O4' B 0, -0.559, 3.283, 7.124, 10.844 max_d=10.844 avg_d=3.283 std_dev=3.841
O4' A 0, -1.903, 2.439, 6.782, 11.276 max_d=11.276 avg_d=2.439 std_dev=4.342
C3' B 0, -0.563, 3.958, 8.479, 13.294 max_d=13.294 avg_d=3.958 std_dev=4.521
C4' B 0, -0.422, 4.246, 8.913, 13.302 max_d=13.302 avg_d=4.246 std_dev=4.667
C3' A 0, -1.516, 3.187, 7.891, 12.796 max_d=12.796 avg_d=3.187 std_dev=4.703
O3' A 0, -0.866, 3.927, 8.720, 13.266 max_d=13.266 avg_d=3.927 std_dev=4.793
C4' A 0, -2.025, 3.135, 8.295, 13.471 max_d=13.471 avg_d=3.135 std_dev=5.160
O3' B 0, -1.118, 4.056, 9.229, 14.771 max_d=14.771 avg_d=4.056 std_dev=5.174
O5' A 0, -1.289, 3.990, 9.269, 14.738 max_d=14.738 avg_d=3.990 std_dev=5.279
C5' B 0, 0.271, 5.555, 10.839, 15.197 max_d=15.197 avg_d=5.555 std_dev=5.284
OP2 A 0, -0.718, 4.616, 9.949, 15.748 max_d=15.748 avg_d=4.616 std_dev=5.334
O5' B 0, 0.400, 5.757, 11.113, 14.889 max_d=14.889 avg_d=5.757 std_dev=5.357
C5' A 0, -2.130, 3.722, 9.575, 15.553 max_d=15.553 avg_d=3.722 std_dev=5.853
P A 0, -1.811, 4.169, 10.149, 16.274 max_d=16.274 avg_d=4.169 std_dev=5.980
P B 0, 0.646, 7.027, 13.409, 17.684 max_d=17.684 avg_d=7.027 std_dev=6.382
OP2 B 0, 0.689, 7.150, 13.611, 17.461 max_d=17.461 avg_d=7.150 std_dev=6.461
OP1 B 0, 0.761, 7.714, 14.668, 19.695 max_d=19.695 avg_d=7.714 std_dev=6.953
OP1 A 0, -2.376, 4.744, 11.863, 19.003 max_d=19.003 avg_d=4.744 std_dev=7.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.33 0.02 0.01 0.16 0.26 0.63 0.29
C2 0.03 0.00 0.12 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.29 0.01 0.05 0.19 0.20 0.63 0.28
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.11 0.20 0.12 0.05 0.10 0.22 0.00 0.03 0.07 0.03 0.42 0.41 0.85 0.50
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.44 0.00 0.53 0.02 0.49 0.27 0.30 0.15 0.02 0.01 0.47 0.02 0.22 0.15 0.49 0.12
C4 0.02 0.01 0.07 0.44 0.00 0.20 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.41 0.18 0.00 0.03 0.44 0.32 0.76 0.36
C4' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.25 0.12 0.12 0.08 0.33 0.02 0.21 0.00 0.02 0.13 0.45 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.53 0.01 0.26 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.36 0.00 0.06 0.52 0.28 0.72 0.32
C5' 0.05 0.12 0.20 0.02 0.31 0.01 0.37 0.00 0.32 0.16 0.21 0.04 0.14 0.22 0.33 0.01 0.00 0.14 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.49 0.00 0.25 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.30 0.00 0.08 0.43 0.17 0.59 0.21
N1 0.01 0.01 0.05 0.27 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.24 0.09 0.01 0.02 0.22 0.16 0.59 0.22
N3 0.02 0.00 0.10 0.30 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.15 0.01 0.04 0.31 0.27 0.69 0.33
O2 0.06 0.00 0.22 0.15 0.01 0.08 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.36 0.59 0.02 0.08 0.10 0.22 0.62 0.29
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.41 0.33 0.36 0.14 0.28 0.24 0.41 0.36 0.00 0.09 0.45 0.23 0.34 0.23 0.85 0.38
O3' 0.33 0.29 0.03 0.01 0.18 0.02 0.36 0.22 0.30 0.09 0.15 0.59 0.09 0.00 0.22 0.21 0.40 0.52 0.48 0.36
O4 0.02 0.01 0.07 0.47 0.00 0.21 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.45 0.22 0.00 0.02 0.48 0.38 0.82 0.40
O4' 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.04 0.08 0.23 0.21 0.02 0.00 0.16 0.27 0.61 0.27
O5' 0.16 0.19 0.42 0.22 0.44 0.02 0.52 0.00 0.43 0.22 0.31 0.10 0.34 0.40 0.48 0.16 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.26 0.20 0.41 0.15 0.32 0.13 0.28 0.14 0.17 0.16 0.27 0.22 0.23 0.52 0.38 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.63 0.63 0.85 0.49 0.76 0.45 0.72 0.25 0.59 0.59 0.69 0.62 0.85 0.48 0.82 0.61 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.28 0.50 0.12 0.36 0.11 0.32 0.01 0.21 0.22 0.33 0.29 0.38 0.36 0.40 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.12 0.36 0.54 0.22 0.64 0.20 1.33 0.13 0.11 0.14 0.16 0.24 0.44 0.32 0.43 0.76 1.17 1.43 1.03
C2 0.15 0.10 0.41 0.55 0.19 0.63 0.15 1.32 0.09 0.09 0.11 0.18 0.23 0.39 0.29 0.40 0.77 1.06 1.35 1.00
C2' 0.16 0.22 0.29 0.55 0.46 0.76 0.43 1.44 0.32 0.22 0.33 0.17 0.30 0.51 0.59 0.63 0.81 1.25 1.53 1.13
C3' 0.23 0.23 0.43 0.72 0.45 0.96 0.43 1.69 0.32 0.23 0.31 0.22 0.23 0.66 0.59 0.76 1.11 1.57 1.93 1.46
C4 0.15 0.13 0.57 0.77 0.24 0.95 0.19 1.92 0.13 0.11 0.22 0.10 0.41 0.43 0.31 0.56 1.60 1.81 2.26 1.89
C4' 0.12 0.09 0.42 0.65 0.22 0.80 0.20 1.57 0.13 0.08 0.12 0.14 0.24 0.54 0.32 0.54 1.04 1.50 1.85 1.38
C5 0.15 0.11 0.56 0.78 0.24 0.99 0.19 2.00 0.13 0.11 0.20 0.09 0.46 0.47 0.32 0.60 1.72 2.04 2.50 2.07
C5' 0.21 0.14 0.47 0.72 0.21 0.95 0.20 1.80 0.15 0.14 0.14 0.19 0.32 0.55 0.30 0.64 1.34 1.84 2.19 1.73
C6 0.13 0.06 0.49 0.70 0.22 0.89 0.18 1.80 0.11 0.07 0.16 0.07 0.38 0.47 0.31 0.55 1.42 1.76 2.20 1.77
N1 0.12 0.08 0.41 0.59 0.20 0.72 0.16 1.50 0.10 0.08 0.13 0.13 0.27 0.42 0.30 0.46 0.99 1.32 1.68 1.28
N3 0.13 0.06 0.49 0.64 0.22 0.75 0.16 1.54 0.09 0.06 0.18 0.10 0.25 0.39 0.30 0.44 1.07 1.26 1.65 1.30
O2 0.21 0.21 0.35 0.45 0.18 0.45 0.16 0.97 0.14 0.18 0.15 0.29 0.27 0.36 0.27 0.32 0.36 0.83 0.84 0.54
O2' 0.62 0.62 0.59 0.54 0.69 0.40 0.68 0.79 0.66 0.63 0.64 0.61 0.91 0.66 0.75 0.51 0.33 0.64 1.01 0.39
O3' 0.34 0.48 0.21 0.43 0.85 0.66 0.81 1.34 0.65 0.50 0.67 0.35 0.45 0.49 1.04 0.62 0.74 1.17 1.73 1.10
O4 0.19 0.20 0.65 0.88 0.26 1.06 0.22 2.10 0.18 0.17 0.26 0.19 0.52 0.45 0.31 0.59 1.91 2.07 2.49 2.16
O4' 0.17 0.13 0.42 0.60 0.13 0.68 0.12 1.44 0.10 0.13 0.10 0.19 0.25 0.45 0.21 0.42 0.93 1.35 1.66 1.23
O5' 0.32 0.25 0.52 0.82 0.35 1.15 0.35 2.07 0.30 0.27 0.26 0.28 0.45 0.63 0.43 0.81 1.68 2.20 2.55 2.10
OP1 0.38 0.27 0.59 0.80 0.23 1.09 0.23 2.08 0.23 0.28 0.22 0.34 0.66 0.63 0.30 0.71 1.82 2.48 2.82 2.34
OP2 0.69 0.59 0.91 1.13 0.41 1.36 0.42 2.31 0.48 0.58 0.48 0.71 0.84 0.96 0.40 0.94 2.09 2.72 2.92 2.56
P 0.41 0.33 0.58 0.79 0.29 1.04 0.29 2.02 0.30 0.34 0.28 0.38 0.66 0.62 0.33 0.66 1.74 2.35 2.64 2.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.28 0.02 0.00 0.40 0.50 0.19 0.23
C2 0.03 0.00 0.27 0.33 0.01 0.33 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.29 0.01 0.23 0.16 0.53 0.37 0.21
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.02 0.04 0.19 0.18 0.25 0.01 0.18 0.50 0.00 0.06 0.02 0.01 0.34 0.57 0.46 0.36
C3' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.32 0.01 0.43 0.01 0.43 0.19 0.30 0.58 0.01 0.02 0.34 0.02 0.16 0.56 0.32 0.24
C4 0.03 0.01 0.02 0.32 0.00 0.15 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.25 0.00 0.06 0.94 1.36 0.76 0.90
C4' 0.01 0.33 0.04 0.01 0.15 0.00 0.36 0.01 0.41 0.09 0.24 0.64 0.25 0.06 0.15 0.00 0.02 0.30 0.29 0.12
C5 0.02 0.01 0.19 0.43 0.00 0.36 0.00 0.54 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.21 0.01 0.20 1.47 1.83 1.36 1.44
C5' 0.06 0.64 0.18 0.01 0.17 0.01 0.54 0.00 0.60 0.09 0.49 1.19 0.14 0.19 0.19 0.01 0.01 0.42 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.25 0.43 0.00 0.41 0.00 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.15 0.01 0.27 1.43 1.63 1.23 1.31
N1 0.02 0.01 0.01 0.19 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.20 0.01 0.04 0.66 0.84 0.40 0.51
N3 0.03 0.00 0.18 0.30 0.00 0.24 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.28 0.01 0.17 0.37 0.81 0.33 0.33
O2 0.04 0.00 0.50 0.58 0.01 0.64 0.01 1.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.39 0.02 0.40 0.63 0.66 1.00 0.78
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.30 0.25 0.33 0.14 0.29 0.17 0.23 0.18 0.00 0.03 0.32 0.17 0.28 0.60 0.49 0.34
O3' 0.28 0.29 0.06 0.02 0.25 0.06 0.21 0.19 0.15 0.20 0.28 0.39 0.03 0.00 0.27 0.21 0.18 0.68 0.45 0.29
O4 0.02 0.01 0.02 0.34 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.27 0.00 0.06 0.96 1.47 0.83 0.96
O4' 0.00 0.23 0.01 0.02 0.06 0.00 0.20 0.01 0.27 0.04 0.17 0.40 0.17 0.21 0.06 0.00 0.31 0.36 0.26 0.11
O5' 0.40 0.16 0.34 0.16 0.94 0.02 1.47 0.01 1.43 0.66 0.37 0.63 0.28 0.18 0.96 0.31 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.50 0.53 0.57 0.56 1.36 0.30 1.83 0.42 1.63 0.84 0.81 0.66 0.60 0.68 1.47 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.37 0.46 0.32 0.76 0.29 1.36 0.42 1.23 0.40 0.33 1.00 0.49 0.45 0.83 0.26 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.21 0.36 0.24 0.90 0.12 1.44 0.01 1.31 0.51 0.33 0.78 0.34 0.29 0.96 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00