ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51922

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.050, 0.125, 0.200, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.125 std_dev=0.075
N1 B 0, 0.124, 0.296, 0.468, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.296 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.146, 0.362, 0.577, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.362 std_dev=0.215
C5 B 0, 0.199, 0.487, 0.776, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.487 std_dev=0.289
C1' B 0, 0.205, 0.562, 0.920, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.562 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.145, 0.509, 0.872, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.509 std_dev=0.363
O2 B 0, 0.213, 0.681, 1.150, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.681 std_dev=0.469
C4 B 0, 0.283, 0.781, 1.279, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.781 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.226, 0.781, 1.336, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.781 std_dev=0.555
O4 B 0, 0.436, 1.137, 1.838, 1.730 max_d=1.730 avg_d=1.137 std_dev=0.701
O4' A 0, 0.332, 1.172, 2.012, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.172 std_dev=0.840
C2' A 0, 0.345, 1.219, 2.093, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.219 std_dev=0.874
C3' A 0, 0.621, 1.736, 2.850, 2.717 max_d=2.717 avg_d=1.736 std_dev=1.115
C2' B 0, 0.478, 1.617, 2.755, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.617 std_dev=1.138
O3' A 0, 0.854, 2.054, 3.253, 2.894 max_d=2.894 avg_d=2.054 std_dev=1.200
C4' A 0, 0.603, 1.839, 3.075, 2.972 max_d=2.972 avg_d=1.839 std_dev=1.236
O2' A 0, 0.468, 1.745, 3.023, 2.975 max_d=2.975 avg_d=1.745 std_dev=1.278
O4' B 0, 0.858, 2.154, 3.450, 3.185 max_d=3.185 avg_d=2.154 std_dev=1.296
C3' B 0, 0.860, 2.353, 3.846, 4.149 max_d=4.149 avg_d=2.353 std_dev=1.493
C4' B 0, 1.100, 2.605, 4.109, 3.519 max_d=3.519 avg_d=2.605 std_dev=1.505
O2' B 0, 0.905, 2.445, 3.984, 4.263 max_d=4.263 avg_d=2.445 std_dev=1.539
O3' B 0, 0.717, 2.452, 4.186, 4.906 max_d=4.906 avg_d=2.452 std_dev=1.735
O5' A 0, 0.799, 2.710, 4.620, 4.523 max_d=4.523 avg_d=2.710 std_dev=1.910
C5' A 0, 0.829, 2.759, 4.688, 4.570 max_d=4.570 avg_d=2.759 std_dev=1.929
P A 0, 0.765, 3.210, 5.654, 5.600 max_d=5.600 avg_d=3.210 std_dev=2.445
OP2 A 0, 1.028, 3.522, 6.016, 5.891 max_d=5.891 avg_d=3.522 std_dev=2.494
OP1 A 0, 1.242, 3.767, 6.291, 6.087 max_d=6.087 avg_d=3.767 std_dev=2.524
C5' B 0, 2.021, 4.785, 7.549, 6.451 max_d=6.451 avg_d=4.785 std_dev=2.764
O5' B 0, 2.433, 5.758, 9.083, 7.725 max_d=7.725 avg_d=5.758 std_dev=3.325
P B 0, 3.093, 7.342, 11.591, 10.044 max_d=10.044 avg_d=7.342 std_dev=4.249
OP2 B 0, 3.223, 7.694, 12.164, 10.691 max_d=10.691 avg_d=7.694 std_dev=4.470
OP1 B 0, 3.535, 8.415, 13.295, 11.612 max_d=11.612 avg_d=8.415 std_dev=4.880

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.00 0.05 0.28 0.28 0.07
C2 0.01 0.00 0.12 0.11 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.16 0.01 0.25 0.06 0.18 0.22 0.05
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.13 0.11 0.02 0.11 0.19 0.00 0.01 0.05 0.02 0.25 0.63 0.35 0.32
C3' 0.03 0.11 0.00 0.00 0.21 0.00 0.24 0.01 0.21 0.12 0.15 0.11 0.04 0.00 0.23 0.01 0.09 0.48 0.33 0.16
C4 0.01 0.00 0.03 0.21 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.15 0.00 0.01 0.28 0.25 0.57 0.47
C4' 0.00 0.17 0.02 0.00 0.09 0.00 0.25 0.00 0.28 0.05 0.11 0.36 0.14 0.02 0.09 0.00 0.02 0.16 0.25 0.04
C5 0.00 0.00 0.06 0.24 0.00 0.25 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.16 0.00 0.18 0.50 0.39 0.75 0.68
C5' 0.03 0.24 0.13 0.01 0.11 0.00 0.34 0.00 0.36 0.04 0.16 0.47 0.06 0.09 0.12 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01
C6 0.00 0.00 0.11 0.21 0.00 0.28 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.01 0.45 0.13 0.00 0.25 0.48 0.25 0.66 0.57
N1 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.01 0.13 0.07 0.36 0.20
N3 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.00 0.17 0.07 0.08 0.34 0.21
O2 0.02 0.00 0.19 0.11 0.00 0.36 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00 0.00 0.42 0.22 0.00 0.45 0.26 0.37 0.04 0.18
O2' 0.03 0.19 0.00 0.04 0.19 0.14 0.41 0.06 0.45 0.11 0.12 0.42 0.00 0.10 0.18 0.09 0.26 0.79 0.35 0.39
O3' 0.20 0.16 0.01 0.00 0.15 0.02 0.16 0.09 0.13 0.12 0.14 0.22 0.10 0.00 0.18 0.13 0.12 0.40 0.36 0.09
O4 0.01 0.01 0.05 0.23 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.18 0.00 0.02 0.30 0.33 0.62 0.52
O4' 0.00 0.25 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.01 0.25 0.01 0.17 0.45 0.09 0.13 0.02 0.00 0.13 0.06 0.28 0.12
O5' 0.05 0.06 0.25 0.09 0.28 0.02 0.50 0.01 0.48 0.13 0.07 0.26 0.26 0.12 0.30 0.13 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.28 0.18 0.63 0.48 0.25 0.16 0.39 0.12 0.25 0.07 0.08 0.37 0.79 0.40 0.33 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.22 0.35 0.33 0.57 0.25 0.75 0.13 0.66 0.36 0.34 0.04 0.35 0.36 0.62 0.28 0.04 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.05 0.32 0.16 0.47 0.04 0.68 0.01 0.57 0.20 0.21 0.18 0.39 0.09 0.52 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.14 0.16 0.14 0.32 0.13 0.61 0.06 0.05 0.08 0.16 0.25 0.22 0.22 0.30 0.30 0.56 0.58 0.41
C2 0.08 0.02 0.09 0.12 0.19 0.37 0.15 0.69 0.08 0.03 0.12 0.10 0.28 0.08 0.26 0.33 0.37 0.56 0.62 0.46
C2' 0.32 0.25 0.46 0.63 0.43 0.68 0.50 0.96 0.46 0.35 0.30 0.12 0.35 0.69 0.47 0.59 0.76 1.11 1.13 0.94
C3' 0.13 0.14 0.18 0.34 0.20 0.51 0.18 0.81 0.16 0.14 0.19 0.13 0.16 0.43 0.26 0.49 0.49 0.80 0.80 0.63
C4 0.02 0.07 0.11 0.23 0.19 0.55 0.16 1.03 0.10 0.05 0.15 0.02 0.41 0.10 0.23 0.44 0.82 1.04 1.14 0.96
C4' 0.49 0.45 0.31 0.16 0.44 0.43 0.47 0.62 0.49 0.48 0.44 0.42 0.45 0.14 0.44 0.57 0.25 0.25 0.28 0.25
C5 0.02 0.04 0.15 0.23 0.17 0.54 0.16 1.02 0.10 0.05 0.12 0.03 0.41 0.15 0.23 0.44 0.80 1.09 1.17 0.97
C5' 0.67 0.56 0.42 0.28 0.56 0.60 0.63 0.78 0.67 0.64 0.52 0.50 0.58 0.19 0.52 0.76 0.46 0.42 0.45 0.47
C6 0.02 0.02 0.16 0.20 0.16 0.48 0.15 0.90 0.09 0.03 0.10 0.08 0.36 0.19 0.23 0.40 0.63 0.91 0.97 0.78
N1 0.05 0.03 0.13 0.16 0.17 0.40 0.15 0.75 0.08 0.02 0.09 0.11 0.30 0.17 0.24 0.35 0.44 0.68 0.73 0.56
N3 0.05 0.06 0.09 0.18 0.20 0.47 0.16 0.86 0.09 0.03 0.17 0.03 0.35 0.06 0.25 0.38 0.58 0.75 0.83 0.67
O2 0.13 0.04 0.07 0.06 0.20 0.28 0.14 0.51 0.07 0.06 0.12 0.13 0.21 0.05 0.29 0.27 0.18 0.35 0.38 0.23
O2' 0.66 0.52 0.79 0.99 0.78 0.95 0.93 1.18 0.88 0.70 0.55 0.33 0.63 1.03 0.78 0.83 1.16 1.58 1.61 1.40
O3' 0.17 0.28 0.18 0.19 0.27 0.32 0.16 0.59 0.14 0.19 0.33 0.32 0.25 0.31 0.34 0.37 0.26 0.59 0.59 0.43
O4 0.02 0.11 0.09 0.30 0.20 0.63 0.16 1.17 0.11 0.08 0.17 0.07 0.46 0.14 0.23 0.47 1.01 1.25 1.36 1.17
O4' 0.58 0.52 0.43 0.30 0.45 0.47 0.49 0.61 0.54 0.55 0.47 0.50 0.57 0.28 0.40 0.59 0.30 0.17 0.20 0.26
O5' 0.33 0.24 0.11 0.15 0.28 0.50 0.32 0.87 0.33 0.31 0.24 0.20 0.34 0.18 0.28 0.53 0.55 0.78 0.79 0.66
OP1 0.36 0.34 0.10 0.19 0.46 0.58 0.47 0.98 0.44 0.38 0.39 0.27 0.31 0.20 0.50 0.60 0.69 0.94 0.92 0.82
OP2 0.17 0.20 0.47 0.72 0.19 0.79 0.17 1.26 0.16 0.17 0.20 0.22 0.38 0.83 0.19 0.59 1.10 1.54 1.49 1.28
P 0.18 0.13 0.15 0.34 0.24 0.56 0.27 1.00 0.24 0.19 0.17 0.05 0.28 0.43 0.28 0.51 0.74 1.04 1.01 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.22 0.28 0.13 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.20 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.20 0.11 0.17 0.11 0.08
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.09 0.15 0.00 0.02 0.07 0.00 0.12 0.39 0.28 0.17
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.15 0.00 0.24 0.02 0.25 0.10 0.10 0.25 0.00 0.01 0.16 0.02 0.06 0.43 0.32 0.20
C4 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.14 0.00 0.03 0.58 0.64 0.68 0.63
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.03 0.00 0.20 0.00 0.24 0.02 0.13 0.40 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.21 0.08
C5 0.00 0.00 0.01 0.24 0.00 0.20 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.17 0.00 0.11 0.86 0.92 0.98 0.91
C5' 0.02 0.28 0.02 0.02 0.08 0.00 0.36 0.00 0.40 0.05 0.19 0.60 0.09 0.05 0.07 0.01 0.00 0.21 0.21 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.25 0.00 0.24 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.14 0.00 0.17 0.83 0.83 0.83 0.81
N1 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06 0.01 0.01 0.41 0.42 0.35 0.36
N3 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.15 0.26 0.29 0.29 0.27
O2 0.03 0.00 0.15 0.25 0.00 0.40 0.00 0.60 0.01 0.02 0.00 0.00 0.18 0.22 0.00 0.32 0.26 0.29 0.33 0.28
O2' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.12 0.11 0.18 0.09 0.19 0.08 0.09 0.18 0.00 0.02 0.13 0.07 0.11 0.40 0.26 0.14
O3' 0.06 0.13 0.02 0.01 0.14 0.01 0.17 0.05 0.14 0.06 0.13 0.22 0.02 0.00 0.17 0.05 0.07 0.49 0.37 0.25
O4 0.01 0.00 0.07 0.16 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.17 0.00 0.04 0.59 0.68 0.74 0.67
O4' 0.00 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.15 0.32 0.07 0.05 0.04 0.00 0.17 0.19 0.08 0.08
O5' 0.22 0.11 0.12 0.06 0.58 0.02 0.86 0.00 0.83 0.41 0.26 0.26 0.11 0.07 0.59 0.17 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.28 0.17 0.39 0.43 0.64 0.24 0.92 0.21 0.83 0.42 0.29 0.29 0.40 0.49 0.68 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.11 0.28 0.32 0.68 0.21 0.98 0.21 0.83 0.35 0.29 0.33 0.26 0.37 0.74 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.08 0.17 0.20 0.63 0.08 0.91 0.01 0.81 0.36 0.27 0.28 0.14 0.25 0.67 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00