ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51924

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O4 A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C2' A 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
O4' A 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.000, 0.468, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C4' A 0, 0.000, 0.544, 1.089, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.544 std_dev=0.544
C3' A 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C6 B 0, 0.000, 0.572, 1.143, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.572 std_dev=0.572
C4 B 0, 0.000, 0.577, 1.154, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.577 std_dev=0.577
N3 B 0, 0.000, 0.625, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.625 std_dev=0.625
C2 B 0, 0.000, 0.700, 1.399, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.700 std_dev=0.700
O4 B 0, 0.000, 0.712, 1.425, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.712 std_dev=0.712
N1 B 0, 0.000, 0.720, 1.439, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.720 std_dev=0.720
C5' A 0, 0.000, 0.768, 1.536, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.768 std_dev=0.768
O2 B 0, 0.000, 0.813, 1.625, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.813 std_dev=0.813
O3' A 0, 0.000, 0.849, 1.698, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.849 std_dev=0.849
C1' B 0, 0.000, 0.963, 1.927, 1.927 max_d=1.927 avg_d=0.963 std_dev=0.963
O4' B 0, 0.000, 1.074, 2.148, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.074 std_dev=1.074
C2' B 0, 0.000, 1.327, 2.654, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.327 std_dev=1.327
C4' B 0, 0.000, 1.442, 2.885, 2.885 max_d=2.885 avg_d=1.442 std_dev=1.442
C3' B 0, 0.000, 1.582, 3.165, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.582 std_dev=1.582
O5' A 0, 0.000, 1.803, 3.606, 3.606 max_d=3.606 avg_d=1.803 std_dev=1.803
O2' B 0, 0.000, 1.863, 3.727, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.863 std_dev=1.863
O3' B 0, 0.000, 1.954, 3.909, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.954 std_dev=1.954
C5' B 0, 0.000, 2.017, 4.034, 4.034 max_d=4.034 avg_d=2.017 std_dev=2.017
P A 0, 0.000, 2.431, 4.861, 4.861 max_d=4.861 avg_d=2.431 std_dev=2.431
OP2 A 0, 0.000, 2.728, 5.456, 5.456 max_d=5.456 avg_d=2.728 std_dev=2.728
O5' B 0, 0.000, 3.260, 6.521, 6.521 max_d=6.521 avg_d=3.260 std_dev=3.260
OP1 A 0, 0.000, 3.355, 6.709, 6.709 max_d=6.709 avg_d=3.355 std_dev=3.355
P B 0, 0.000, 4.301, 8.603, 8.603 max_d=8.603 avg_d=4.301 std_dev=4.301
OP1 B 0, 0.000, 4.696, 9.391, 9.391 max_d=9.391 avg_d=4.696 std_dev=4.696
OP2 B 0, 0.000, 4.794, 9.588, 9.588 max_d=9.588 avg_d=4.794 std_dev=4.794

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.00 0.09 0.03 0.12 0.11
C2 0.03 0.00 0.13 0.14 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.18 0.03 0.02 0.20 0.07 0.51 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.10 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.14 0.18 0.00 0.03 0.12 0.01 0.22 0.16 0.07 0.18
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.14 0.00 0.08 0.01 0.05 0.07 0.16 0.15 0.01 0.01 0.16 0.00 0.30 0.32 0.01 0.23
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.18 0.01 0.01 0.36 0.36 0.91 0.53
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.27 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.02 0.44 0.51 0.97 0.63
C5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.36 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.42 0.43 0.74 0.55
N1 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.02 0.01 0.25 0.16 0.47 0.32
N3 0.02 0.01 0.14 0.16 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.20 0.02 0.03 0.25 0.17 0.71 0.37
O2 0.04 0.01 0.18 0.15 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.20 0.04 0.03 0.11 0.08 0.36 0.15
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.06 0.03 0.12 0.00 0.10 0.05
O3' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.18 0.00 0.10 0.01 0.06 0.09 0.20 0.20 0.05 0.00 0.21 0.01 0.27 0.36 0.23 0.16
O4 0.03 0.03 0.12 0.16 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.21 0.00 0.01 0.36 0.39 1.01 0.56
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.15 0.04 0.02
O5' 0.09 0.20 0.22 0.30 0.36 0.00 0.44 0.00 0.42 0.25 0.25 0.11 0.12 0.27 0.36 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.07 0.16 0.32 0.36 0.02 0.51 0.20 0.43 0.16 0.17 0.08 0.00 0.36 0.39 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.51 0.07 0.01 0.91 0.27 0.97 0.36 0.74 0.47 0.71 0.36 0.10 0.23 1.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.27 0.18 0.23 0.53 0.04 0.63 0.01 0.55 0.32 0.37 0.15 0.05 0.16 0.56 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.46 0.65 0.52 0.25 0.43 0.24 0.48 0.34 0.43 0.38 0.53 1.03 0.82 0.13 0.36 1.11 0.90 1.21 1.07
C2 0.47 0.48 0.61 0.48 0.28 0.40 0.25 0.43 0.35 0.44 0.42 0.53 0.95 0.79 0.13 0.35 1.01 0.75 1.04 0.91
C2' 0.37 0.32 0.56 0.43 0.05 0.35 0.05 0.44 0.18 0.29 0.20 0.41 0.96 0.69 0.11 0.26 1.15 1.03 1.34 1.19
C3' 0.29 0.23 0.46 0.37 0.03 0.28 0.02 0.38 0.10 0.21 0.12 0.33 0.86 0.65 0.16 0.19 1.07 0.94 1.30 1.12
C4 0.41 0.39 0.54 0.50 0.08 0.35 0.11 0.34 0.24 0.35 0.25 0.49 0.87 0.90 0.11 0.28 0.77 0.40 0.86 0.64
C4' 0.40 0.37 0.56 0.46 0.17 0.37 0.16 0.44 0.25 0.34 0.29 0.45 0.94 0.77 0.06 0.30 1.08 0.88 1.24 1.07
C5 0.44 0.39 0.61 0.58 0.10 0.40 0.13 0.40 0.26 0.37 0.25 0.50 0.96 0.99 0.08 0.31 0.85 0.47 1.00 0.75
C5' 0.42 0.38 0.57 0.50 0.18 0.39 0.17 0.44 0.26 0.35 0.30 0.46 0.94 0.84 0.07 0.31 1.04 0.80 1.22 1.02
C6 0.49 0.44 0.66 0.60 0.17 0.44 0.19 0.46 0.31 0.42 0.32 0.53 1.03 0.97 0.00 0.35 0.98 0.65 1.13 0.91
N1 0.49 0.47 0.65 0.54 0.23 0.43 0.23 0.46 0.34 0.43 0.38 0.54 1.02 0.87 0.09 0.36 1.04 0.77 1.14 0.97
N3 0.43 0.45 0.55 0.45 0.19 0.36 0.18 0.36 0.29 0.39 0.37 0.51 0.87 0.80 0.00 0.30 0.86 0.55 0.89 0.73
O2 0.47 0.49 0.59 0.43 0.36 0.40 0.31 0.44 0.38 0.45 0.46 0.51 0.92 0.69 0.27 0.36 1.07 0.88 1.04 0.98
O2' 0.47 0.42 0.65 0.49 0.18 0.45 0.18 0.55 0.29 0.39 0.32 0.49 1.04 0.71 0.05 0.37 1.31 1.25 1.47 1.36
O3' 0.20 0.13 0.36 0.28 0.13 0.21 0.13 0.32 0.01 0.10 0.02 0.24 0.77 0.52 0.27 0.11 1.06 1.00 1.35 1.16
O4 0.32 0.27 0.43 0.43 0.04 0.27 0.01 0.23 0.14 0.24 0.10 0.39 0.72 0.87 0.22 0.20 0.57 0.17 0.66 0.42
O4' 0.49 0.47 0.64 0.53 0.30 0.43 0.28 0.47 0.36 0.44 0.41 0.53 1.01 0.85 0.20 0.36 1.07 0.82 1.16 1.01
O5' 0.01 0.01 0.09 0.05 0.09 0.03 0.10 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.40 0.38 0.14 0.07 0.61 0.39 0.78 0.60
OP1 0.08 0.05 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.08 0.20 0.23 0.02 0.09 0.62 0.46 0.80 0.65
OP2 0.69 0.69 0.56 0.56 0.64 0.69 0.62 0.58 0.63 0.67 0.68 0.71 0.28 0.24 0.63 0.75 0.04 0.27 0.24 0.00
P 0.22 0.22 0.13 0.15 0.23 0.23 0.22 0.14 0.21 0.22 0.22 0.22 0.14 0.18 0.24 0.27 0.40 0.17 0.60 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.01 0.00 0.38 0.24 0.47 0.31
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.32 0.02 0.05 0.45 0.23 0.50 0.36
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.05 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.64 0.59 0.87 0.69
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.20 0.07 0.04 0.12 0.00 0.00 0.13 0.01 0.29 0.35 0.54 0.35
C4 0.01 0.01 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.19 0.10 0.00 0.00 0.68 0.60 0.59 0.60
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.17 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.20 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01 0.05 0.79 0.81 0.62 0.71
C5' 0.07 0.03 0.17 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.14 0.08 0.05 0.01 0.01 0.16 0.09 0.00 0.01 0.25 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.01 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.07 0.76 0.74 0.60 0.66
N1 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.01 0.00 0.55 0.41 0.53 0.45
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.25 0.02 0.03 0.54 0.36 0.54 0.45
O2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.25 0.49 0.03 0.08 0.29 0.01 0.45 0.22
O2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.19 0.15 0.13 0.01 0.08 0.12 0.23 0.25 0.00 0.00 0.21 0.08 0.40 0.36 0.80 0.55
O3' 0.26 0.32 0.03 0.00 0.10 0.02 0.04 0.16 0.04 0.17 0.25 0.49 0.00 0.00 0.09 0.19 0.06 0.04 0.16 0.01
O4 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.09 0.00 0.00 0.70 0.64 0.61 0.63
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.03 0.08 0.08 0.19 0.00 0.00 0.12 0.04 0.14 0.01
O5' 0.38 0.45 0.64 0.29 0.68 0.01 0.79 0.01 0.76 0.55 0.54 0.29 0.40 0.06 0.70 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.24 0.23 0.59 0.35 0.60 0.10 0.81 0.25 0.74 0.41 0.36 0.01 0.36 0.04 0.64 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.50 0.87 0.54 0.59 0.17 0.62 0.02 0.60 0.53 0.54 0.45 0.80 0.16 0.61 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.36 0.69 0.35 0.60 0.01 0.71 0.01 0.66 0.45 0.45 0.22 0.55 0.01 0.63 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00