ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51925

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
O2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 B 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4 B 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C4 B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C2' A 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C2 B 0, 0.000, 0.190, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O3' A 0, 0.000, 0.202, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.202 std_dev=0.202
O2 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C6 B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.000, 0.307, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.307 std_dev=0.307
O5' A 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
OP1 A 0, 0.000, 0.337, 0.673, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.337 std_dev=0.337
O2' B 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.000, 0.357, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C5' A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O4' B 0, 0.000, 0.359, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.359 std_dev=0.359
P A 0, 0.000, 0.379, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O3' B 0, 0.000, 0.392, 0.784, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.392 std_dev=0.392
C4' B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
O5' B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
OP2 B 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C5' B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
P B 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.448 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.000, 0.461, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.461 std_dev=0.461
OP2 A 0, 0.000, 0.483, 0.966, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.483 std_dev=0.483

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.07
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.08 0.08
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03
O3' 0.03 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
O4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.10 0.09 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
O5' 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.05 0.03 0.03 0.08 0.00 0.08 0.03 0.05 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.07
C2 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06 0.04 0.06
C2' 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02
C3' 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03
C4 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C4' 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.09 0.11 0.11 0.11 0.08 0.05 0.03 0.08 0.03 0.08 0.11 0.12 0.10 0.07 0.10
C5 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C5' 0.14 0.11 0.12 0.10 0.12 0.15 0.15 0.16 0.15 0.14 0.10 0.09 0.15 0.08 0.11 0.16 0.16 0.13 0.10 0.13
C6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02
N1 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.07 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05
N3 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.03
O2 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.09 0.03 0.08 0.10 0.11 0.09 0.07 0.09
O2' 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.10 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04
O3' 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
O4 0.03 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04
O4' 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.14 0.13 0.13 0.09 0.06 0.03 0.09 0.04 0.10 0.12 0.15 0.13 0.11 0.13
O5' 0.06 0.04 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.07 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06 0.03 0.06
OP1 0.12 0.10 0.10 0.07 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.08 0.13 0.06 0.11 0.14 0.14 0.12 0.09 0.11
OP2 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.08 0.08 0.13 0.05 0.09 0.13 0.12 0.10 0.07 0.09
P 0.10 0.08 0.08 0.05 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.11 0.03 0.09 0.12 0.11 0.09 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00
O4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00