ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51927

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 15, 34, 36, 22, 17, 12, 9, 4, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.037 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.016, 0.075, 0.133, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.075 std_dev=0.059
C4 B 0, 0.167, 0.339, 0.511, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.339 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.166, 0.358, 0.550, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.358 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.123, 0.322, 0.521, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.322 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.115, 0.321, 0.527, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.321 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.191, 0.408, 0.625, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.408 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.194, 0.438, 0.682, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.438 std_dev=0.244
C2 B 0, 0.176, 0.431, 0.685, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.431 std_dev=0.254
C8 B 0, 0.218, 0.511, 0.803, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.511 std_dev=0.293
N6 B 0, 0.137, 0.441, 0.746, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.441 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.208, 0.522, 0.836, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.522 std_dev=0.314
O4' A 0, 0.032, 0.351, 0.671, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.351 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.162, 0.491, 0.820, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.491 std_dev=0.329
C2' A 0, 0.042, 0.391, 0.740, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.391 std_dev=0.349
C4' A 0, 0.103, 0.564, 1.024, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.564 std_dev=0.460
C3' A 0, 0.113, 0.639, 1.166, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.639 std_dev=0.527
O2' A 0, 0.020, 0.630, 1.241, 2.437 max_d=2.437 avg_d=0.630 std_dev=0.610
C5' A 0, 0.191, 0.821, 1.451, 2.950 max_d=2.950 avg_d=0.821 std_dev=0.630
C2' B 0, 0.870, 1.700, 2.530, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.700 std_dev=0.830
O3' A 0, 0.182, 1.038, 1.894, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.038 std_dev=0.856
O4' B 0, 0.851, 1.799, 2.748, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.799 std_dev=0.948
O5' A 0, 0.699, 1.673, 2.646, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.673 std_dev=0.974
O2' B 0, 1.148, 2.273, 3.398, 4.743 max_d=4.743 avg_d=2.273 std_dev=1.125
OP1 A 0, 0.624, 1.803, 2.982, 5.500 max_d=5.500 avg_d=1.803 std_dev=1.179
C4' B 0, 0.889, 2.078, 3.268, 4.496 max_d=4.496 avg_d=2.078 std_dev=1.189
C3' B 0, 1.017, 2.236, 3.455, 4.685 max_d=4.685 avg_d=2.236 std_dev=1.219
O3' B 0, 1.155, 2.530, 3.904, 4.986 max_d=4.986 avg_d=2.530 std_dev=1.374
P A 0, 1.084, 2.546, 4.008, 4.690 max_d=4.690 avg_d=2.546 std_dev=1.462
C5' B 0, 1.536, 3.706, 5.877, 7.283 max_d=7.283 avg_d=3.706 std_dev=2.171
OP2 A 0, 1.534, 3.833, 6.131, 6.818 max_d=6.818 avg_d=3.833 std_dev=2.298
O5' B 0, 1.974, 4.602, 7.230, 8.700 max_d=8.700 avg_d=4.602 std_dev=2.628
P B 0, 2.454, 5.924, 9.394, 11.398 max_d=11.398 avg_d=5.924 std_dev=3.470
OP1 B 0, 2.849, 6.637, 10.425, 11.883 max_d=11.883 avg_d=6.637 std_dev=3.788
OP2 B 0, 2.197, 6.080, 9.963, 12.454 max_d=12.454 avg_d=6.080 std_dev=3.883

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.27 0.02 0.01 0.26 0.32 0.42 0.31
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.02 0.08 0.46 0.48 0.90 0.61
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.14 0.03 0.11 0.25 0.01 0.03 0.08 0.02 0.50 0.54 0.72 0.54
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.30 0.01 0.32 0.02 0.27 0.18 0.25 0.17 0.02 0.01 0.33 0.03 0.42 0.36 0.60 0.35
C4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.17 0.01 0.03 0.73 0.71 1.53 1.02
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.06 0.26 0.03 0.12 0.01 0.02 0.16 0.18 0.06
C5 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.20 0.01 0.06 0.80 0.74 1.61 1.10
C5' 0.07 0.10 0.18 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.13 0.10 0.10 0.19 0.19 0.02 0.01 0.16 0.24 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.14 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.15 0.01 0.08 0.71 0.62 1.27 0.91
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.13 0.02 0.02 0.49 0.47 0.87 0.61
N3 0.02 0.01 0.11 0.25 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.18 0.01 0.06 0.59 0.59 1.22 0.81
O2 0.03 0.01 0.25 0.17 0.02 0.06 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.37 0.02 0.13 0.35 0.41 0.68 0.44
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.31 0.26 0.33 0.10 0.28 0.18 0.26 0.21 0.00 0.06 0.33 0.17 0.31 0.43 0.55 0.39
O3' 0.27 0.22 0.03 0.01 0.17 0.03 0.20 0.19 0.15 0.13 0.18 0.37 0.06 0.00 0.21 0.18 0.33 0.44 0.42 0.27
O4 0.02 0.02 0.08 0.33 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.21 0.00 0.04 0.77 0.77 1.70 1.12
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.13 0.17 0.18 0.04 0.00 0.12 0.19 0.24 0.17
O5' 0.26 0.46 0.50 0.42 0.73 0.02 0.80 0.01 0.71 0.49 0.59 0.35 0.31 0.33 0.77 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.48 0.54 0.36 0.71 0.16 0.74 0.16 0.62 0.47 0.59 0.41 0.43 0.44 0.77 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.90 0.72 0.60 1.53 0.18 1.61 0.24 1.27 0.87 1.22 0.68 0.55 0.42 1.70 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.61 0.54 0.35 1.02 0.06 1.10 0.03 0.91 0.61 0.81 0.44 0.39 0.27 1.12 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.16 0.42 0.68 0.13 0.45 0.14 0.77 0.14 0.15 0.14 0.15 0.17 0.16 0.13 0.39 0.65 0.43 1.13 1.78 1.63 1.53
C2 0.14 0.16 0.45 0.70 0.14 0.49 0.14 0.84 0.15 0.15 0.15 0.15 0.19 0.16 0.14 0.40 0.66 0.47 1.23 1.81 1.72 1.61
C2' 0.28 0.23 0.30 0.56 0.27 0.51 0.32 0.85 0.31 0.34 0.25 0.24 0.38 0.37 0.29 0.42 0.50 0.60 1.21 1.80 1.62 1.60
C3' 0.29 0.29 0.32 0.62 0.28 0.58 0.27 0.96 0.27 0.28 0.27 0.29 0.28 0.28 0.28 0.44 0.53 0.63 1.34 1.93 1.76 1.76
C4 0.19 0.17 0.59 0.93 0.17 0.78 0.17 1.32 0.18 0.17 0.16 0.18 0.21 0.18 0.18 0.57 0.90 0.66 1.83 2.45 2.65 2.41
C4' 0.12 0.14 0.42 0.70 0.12 0.48 0.12 0.85 0.12 0.14 0.12 0.13 0.15 0.15 0.12 0.40 0.66 0.44 1.23 1.87 1.73 1.65
C5 0.19 0.17 0.59 0.94 0.16 0.79 0.16 1.35 0.17 0.17 0.15 0.18 0.21 0.17 0.17 0.59 0.92 0.66 1.85 2.54 2.73 2.48
C5' 0.17 0.19 0.53 0.82 0.17 0.57 0.18 1.00 0.17 0.19 0.17 0.18 0.19 0.19 0.18 0.50 0.79 0.46 1.42 2.06 2.03 1.91
C6 0.16 0.16 0.54 0.85 0.15 0.68 0.15 1.16 0.16 0.15 0.14 0.16 0.20 0.16 0.15 0.51 0.83 0.59 1.62 2.30 2.37 2.18
N1 0.14 0.16 0.47 0.75 0.14 0.54 0.14 0.93 0.15 0.15 0.14 0.15 0.19 0.16 0.14 0.43 0.71 0.50 1.34 1.97 1.92 1.79
N3 0.16 0.16 0.51 0.80 0.15 0.62 0.15 1.04 0.16 0.15 0.15 0.16 0.21 0.17 0.15 0.47 0.75 0.55 1.48 2.04 2.09 1.93
O2 0.14 0.18 0.38 0.60 0.14 0.36 0.14 0.61 0.15 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.14 0.34 0.56 0.37 0.94 1.51 1.29 1.20
O2' 0.30 0.38 0.51 0.68 0.29 0.38 0.27 0.64 0.28 0.27 0.34 0.35 0.31 0.28 0.28 0.57 0.74 0.38 0.88 1.40 1.20 1.14
O3' 0.36 0.33 0.49 0.68 0.35 0.48 0.37 0.86 0.37 0.39 0.33 0.33 0.42 0.41 0.36 0.59 0.63 0.46 1.13 1.55 1.37 1.43
O4 0.23 0.19 0.65 1.03 0.20 0.90 0.19 1.52 0.19 0.20 0.18 0.20 0.21 0.19 0.21 0.66 1.00 0.73 2.07 2.68 3.03 2.71
O4' 0.18 0.18 0.52 0.77 0.18 0.47 0.19 0.80 0.19 0.22 0.17 0.18 0.22 0.23 0.19 0.46 0.75 0.38 1.18 1.85 1.75 1.60
O5' 0.60 0.64 0.99 1.32 0.59 0.97 0.54 1.42 0.53 0.54 0.59 0.64 0.48 0.51 0.58 0.84 1.32 0.74 1.88 2.36 2.51 2.36
OP1 0.68 0.68 1.09 1.36 0.64 0.97 0.58 1.46 0.56 0.59 0.61 0.70 0.50 0.56 0.65 1.02 1.38 0.72 1.92 2.47 2.61 2.45
OP2 1.29 1.35 1.69 2.12 1.23 1.77 1.09 2.26 1.05 1.09 1.20 1.36 0.88 1.00 1.22 1.53 2.18 1.47 2.78 3.21 3.55 3.32
P 0.84 0.90 1.28 1.65 0.81 1.25 0.71 1.73 0.69 0.70 0.80 0.90 0.58 0.64 0.79 1.12 1.69 0.95 2.23 2.64 2.93 2.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.16 0.54 0.33 0.19
C2 0.05 0.00 0.51 0.77 0.01 0.59 0.01 0.97 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.48 0.70 0.55 1.38 1.77 1.83 1.65
C2' 0.01 0.51 0.00 0.01 0.27 0.02 0.14 0.10 0.24 0.27 0.40 0.51 0.18 0.16 0.04 0.00 0.02 0.03 0.29 0.47 0.44 0.26
C3' 0.02 0.77 0.01 0.00 0.42 0.01 0.36 0.05 0.45 0.47 0.63 0.75 0.42 0.42 0.22 0.03 0.01 0.03 0.32 0.30 0.51 0.26
C4 0.03 0.01 0.27 0.42 0.00 0.24 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.32 0.29 0.60 0.99 0.73 0.63
C4' 0.03 0.59 0.02 0.01 0.24 0.00 0.14 0.01 0.22 0.45 0.43 0.58 0.17 0.35 0.11 0.21 0.03 0.01 0.02 0.29 0.30 0.14
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.00 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.29 0.13 0.48 0.92 0.67 0.44
C5' 0.05 0.97 0.10 0.05 0.39 0.01 0.33 0.00 0.41 0.78 0.73 0.90 0.39 0.67 0.26 0.17 0.12 0.03 0.01 0.34 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.45 0.01 0.22 0.01 0.41 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.39 0.25 0.64 1.15 0.85 0.74
C8 0.02 0.02 0.27 0.47 0.01 0.45 0.01 0.78 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.45 0.41 0.29 0.96 1.00 1.26 0.97
N1 0.05 0.01 0.40 0.63 0.01 0.43 0.01 0.73 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.57 0.43 1.07 1.57 1.43 1.33
N3 0.06 0.01 0.51 0.75 0.00 0.58 0.01 0.90 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.64 0.55 1.25 1.51 1.55 1.39
N6 0.03 0.02 0.18 0.42 0.01 0.17 0.01 0.39 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.38 0.18 0.57 1.08 0.83 0.61
N7 0.02 0.01 0.16 0.42 0.01 0.35 0.00 0.67 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.37 0.15 0.82 0.97 1.21 0.82
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.15 0.02 0.36 0.69 0.49 0.29
O2' 0.02 0.48 0.00 0.03 0.21 0.21 0.20 0.17 0.23 0.45 0.36 0.46 0.24 0.38 0.16 0.00 0.07 0.17 0.22 0.49 0.29 0.26
O3' 0.16 0.70 0.02 0.01 0.32 0.03 0.29 0.12 0.39 0.41 0.57 0.64 0.38 0.37 0.15 0.07 0.00 0.10 0.29 0.57 0.57 0.32
O4' 0.01 0.55 0.03 0.03 0.29 0.01 0.13 0.03 0.25 0.29 0.43 0.55 0.18 0.15 0.02 0.17 0.10 0.00 0.12 0.57 0.43 0.29
O5' 0.16 1.38 0.29 0.32 0.60 0.02 0.48 0.01 0.64 0.96 1.07 1.25 0.57 0.82 0.36 0.22 0.29 0.12 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.54 1.77 0.47 0.30 0.99 0.29 0.92 0.34 1.15 1.00 1.57 1.51 1.08 0.97 0.69 0.49 0.57 0.57 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 1.83 0.44 0.51 0.73 0.30 0.67 0.37 0.85 1.26 1.43 1.55 0.83 1.21 0.49 0.29 0.57 0.43 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.19 1.65 0.26 0.26 0.63 0.14 0.44 0.02 0.74 0.97 1.33 1.39 0.61 0.82 0.29 0.26 0.32 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00