ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51928

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 13, 11, 7, 32, 25, 17, 10, 6, 4, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.014, 0.046, 0.078, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.046 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.052, 0.127, 0.202, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.127 std_dev=0.075
C4 B 0, 0.163, 0.393, 0.624, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.393 std_dev=0.230
C2 B 0, 0.225, 0.465, 0.706, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.465 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.229, 0.478, 0.726, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.478 std_dev=0.248
N9 B 0, 0.213, 0.468, 0.722, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.468 std_dev=0.255
O4' A 0, 0.044, 0.302, 0.560, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.302 std_dev=0.258
N1 B 0, 0.106, 0.365, 0.623, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.365 std_dev=0.258
C2' A 0, 0.048, 0.313, 0.579, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.313 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.238, 0.520, 0.801, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.520 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.273, 0.580, 0.887, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.580 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.236, 0.552, 0.869, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.552 std_dev=0.317
C8 B 0, 0.347, 0.734, 1.121, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.734 std_dev=0.387
C4' A 0, 0.014, 0.449, 0.884, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.449 std_dev=0.435
O2' A 0, 0.061, 0.526, 0.991, 2.086 max_d=2.086 avg_d=0.526 std_dev=0.465
N7 B 0, 0.353, 0.837, 1.321, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.837 std_dev=0.484
C5' A 0, 0.148, 0.644, 1.140, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.644 std_dev=0.496
N6 B 0, 0.299, 0.796, 1.294, 2.625 max_d=2.625 avg_d=0.796 std_dev=0.498
C3' A 0, -0.036, 0.499, 1.034, 2.062 max_d=2.062 avg_d=0.499 std_dev=0.535
O5' A 0, 0.302, 0.906, 1.510, 2.953 max_d=2.953 avg_d=0.906 std_dev=0.604
OP1 A 0, 0.270, 0.982, 1.694, 4.142 max_d=4.142 avg_d=0.982 std_dev=0.712
O4' B 0, 0.398, 1.177, 1.955, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.177 std_dev=0.779
P A 0, 0.345, 1.250, 2.155, 4.674 max_d=4.674 avg_d=1.250 std_dev=0.905
O3' A 0, -0.318, 0.710, 1.737, 3.265 max_d=3.265 avg_d=0.710 std_dev=1.028
C2' B 0, 0.446, 1.645, 2.844, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.645 std_dev=1.199
C4' B 0, 0.461, 1.682, 2.904, 4.330 max_d=4.330 avg_d=1.682 std_dev=1.221
C3' B 0, 0.532, 2.143, 3.754, 4.600 max_d=4.600 avg_d=2.143 std_dev=1.611
OP2 A 0, 0.346, 2.006, 3.665, 7.091 max_d=7.091 avg_d=2.006 std_dev=1.659
O2' B 0, 0.641, 2.574, 4.508, 5.383 max_d=5.383 avg_d=2.574 std_dev=1.934
O3' B 0, 0.697, 2.726, 4.754, 5.510 max_d=5.510 avg_d=2.726 std_dev=2.028
C5' B 0, 0.433, 3.024, 5.614, 7.183 max_d=7.183 avg_d=3.024 std_dev=2.591
O5' B 0, 0.591, 3.592, 6.593, 7.768 max_d=7.768 avg_d=3.592 std_dev=3.001
OP1 B 0, 0.853, 5.026, 9.200, 11.550 max_d=11.550 avg_d=5.026 std_dev=4.173
P B 0, 0.574, 4.749, 8.924, 10.386 max_d=10.386 avg_d=4.749 std_dev=4.175
OP2 B 0, 0.601, 5.787, 10.974, 11.944 max_d=11.944 avg_d=5.787 std_dev=5.187

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.30 0.01 0.00 0.20 0.35 0.42 0.20
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.01 0.06 0.24 0.49 0.81 0.30
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.18 0.10 0.02 0.09 0.20 0.00 0.03 0.06 0.02 0.44 0.46 0.51 0.45
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.28 0.01 0.30 0.03 0.26 0.16 0.21 0.12 0.02 0.01 0.30 0.02 0.20 0.24 0.34 0.19
C4 0.01 0.01 0.05 0.28 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.12 0.01 0.03 0.34 0.66 1.27 0.48
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.04 0.24 0.03 0.10 0.01 0.02 0.14 0.17 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.16 0.01 0.05 0.38 0.69 1.32 0.52
C5' 0.06 0.09 0.18 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.12 0.08 0.08 0.20 0.16 0.01 0.01 0.11 0.31 0.03
C6 0.01 0.01 0.10 0.26 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.12 0.01 0.07 0.34 0.61 1.06 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.01 0.01 0.26 0.49 0.77 0.31
N3 0.01 0.01 0.09 0.21 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.01 0.05 0.29 0.57 1.05 0.39
O2 0.03 0.01 0.20 0.12 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.41 0.01 0.10 0.20 0.43 0.64 0.24
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.28 0.24 0.29 0.08 0.25 0.17 0.25 0.20 0.00 0.07 0.30 0.15 0.34 0.36 0.55 0.39
O3' 0.30 0.25 0.03 0.01 0.12 0.03 0.16 0.20 0.12 0.16 0.18 0.41 0.07 0.00 0.14 0.21 0.26 0.49 0.42 0.33
O4 0.01 0.01 0.06 0.30 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.14 0.00 0.04 0.36 0.70 1.38 0.52
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.10 0.15 0.21 0.04 0.00 0.11 0.33 0.27 0.12
O5' 0.20 0.24 0.44 0.20 0.34 0.02 0.38 0.01 0.34 0.26 0.29 0.20 0.34 0.26 0.36 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.35 0.49 0.46 0.24 0.66 0.14 0.69 0.11 0.61 0.49 0.57 0.43 0.36 0.49 0.70 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.81 0.51 0.34 1.27 0.17 1.32 0.31 1.06 0.77 1.05 0.64 0.55 0.42 1.38 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.30 0.45 0.19 0.48 0.05 0.52 0.03 0.44 0.31 0.39 0.24 0.39 0.33 0.52 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.16 0.29 0.37 0.12 0.40 0.11 0.74 0.11 0.12 0.13 0.15 0.13 0.12 0.12 0.65 0.38 0.38 0.91 1.64 2.14 1.68
C2 0.13 0.16 0.26 0.37 0.12 0.44 0.11 0.83 0.11 0.11 0.13 0.15 0.16 0.12 0.12 0.57 0.37 0.42 1.00 1.64 2.25 1.76
C2' 0.19 0.18 0.19 0.44 0.19 0.37 0.22 0.68 0.22 0.25 0.18 0.18 0.27 0.27 0.21 0.49 0.48 0.42 0.99 1.79 2.25 1.81
C3' 0.18 0.22 0.23 0.46 0.18 0.44 0.18 0.72 0.18 0.18 0.20 0.21 0.19 0.19 0.18 0.60 0.48 0.44 1.00 1.76 2.19 1.76
C4 0.15 0.14 0.30 0.51 0.13 0.74 0.14 1.42 0.16 0.14 0.14 0.14 0.21 0.16 0.14 0.47 0.51 0.58 1.63 2.21 3.18 2.48
C4' 0.16 0.18 0.39 0.40 0.14 0.46 0.12 0.81 0.11 0.13 0.14 0.18 0.13 0.13 0.14 0.78 0.41 0.40 0.95 1.71 2.21 1.73
C5 0.15 0.14 0.32 0.53 0.12 0.76 0.13 1.45 0.14 0.13 0.13 0.14 0.19 0.14 0.13 0.49 0.54 0.57 1.66 2.32 3.27 2.55
C5' 0.22 0.23 0.47 0.50 0.19 0.61 0.15 1.06 0.14 0.16 0.18 0.23 0.15 0.15 0.19 0.80 0.49 0.50 1.18 1.95 2.58 2.02
C6 0.13 0.14 0.31 0.47 0.11 0.64 0.11 1.22 0.12 0.12 0.11 0.14 0.16 0.13 0.12 0.54 0.49 0.51 1.42 2.11 2.93 2.29
N1 0.13 0.15 0.29 0.40 0.11 0.50 0.11 0.94 0.11 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.11 0.58 0.41 0.44 1.12 1.80 2.46 1.93
N3 0.13 0.15 0.27 0.41 0.11 0.57 0.12 1.08 0.14 0.12 0.11 0.14 0.20 0.14 0.12 0.50 0.41 0.49 1.27 1.84 2.62 2.05
O2 0.14 0.20 0.24 0.36 0.14 0.30 0.12 0.54 0.12 0.13 0.17 0.18 0.13 0.13 0.14 0.61 0.33 0.34 0.70 1.38 1.76 1.39
O2' 0.25 0.35 0.34 0.63 0.26 0.31 0.23 0.50 0.24 0.21 0.32 0.32 0.24 0.22 0.23 0.43 0.69 0.31 0.66 1.56 1.85 1.53
O3' 0.40 0.34 0.44 0.56 0.40 0.46 0.44 0.63 0.43 0.46 0.37 0.35 0.48 0.48 0.42 0.76 0.53 0.46 0.65 1.38 1.72 1.36
O4 0.18 0.16 0.32 0.59 0.16 0.87 0.18 1.66 0.20 0.18 0.19 0.16 0.23 0.19 0.17 0.46 0.57 0.64 1.89 2.41 3.52 2.73
O4' 0.22 0.22 0.47 0.43 0.19 0.51 0.17 0.88 0.16 0.18 0.18 0.22 0.17 0.17 0.19 0.84 0.44 0.42 0.95 1.66 2.22 1.71
O5' 0.35 0.36 0.58 0.62 0.32 0.82 0.28 1.35 0.27 0.29 0.31 0.36 0.24 0.27 0.32 0.82 0.58 0.70 1.50 2.28 3.04 2.42
OP1 0.62 0.60 0.67 0.72 0.57 0.73 0.52 1.25 0.50 0.54 0.53 0.62 0.45 0.50 0.58 0.74 0.73 0.57 1.29 2.06 2.91 2.21
OP2 1.18 1.17 1.41 1.45 1.09 1.81 0.97 2.46 0.92 0.98 1.04 1.20 0.77 0.90 1.09 1.58 1.32 1.65 2.68 3.57 4.43 3.72
P 0.45 0.46 0.72 0.78 0.41 1.00 0.34 1.63 0.32 0.35 0.38 0.47 0.27 0.31 0.41 0.91 0.71 0.83 1.77 2.57 3.44 2.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.41 0.01 0.20 0.51 0.36 0.19
C2 0.03 0.00 0.17 0.38 0.01 0.53 0.01 1.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.36 0.36 0.50 1.23 1.45 2.29 1.78
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.23 0.09 0.09 0.14 0.17 0.08 0.07 0.03 0.01 0.05 0.02 0.37 0.62 0.68 0.32
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.29 0.01 0.42 0.02 0.41 0.54 0.36 0.37 0.47 0.56 0.30 0.02 0.01 0.02 0.35 0.73 0.51 0.31
C4 0.02 0.01 0.09 0.29 0.00 0.18 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.15 0.26 0.47 0.70 1.06 0.77
C4' 0.01 0.53 0.02 0.01 0.18 0.00 0.16 0.01 0.15 0.54 0.34 0.54 0.17 0.45 0.17 0.32 0.03 0.01 0.01 0.65 0.25 0.21
C5 0.01 0.01 0.06 0.42 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.20 0.10 0.36 0.79 0.78 0.58
C5' 0.07 1.03 0.23 0.02 0.35 0.01 0.25 0.00 0.28 0.89 0.69 0.99 0.28 0.76 0.23 0.10 0.24 0.02 0.01 0.44 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.41 0.01 0.15 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.26 0.21 0.45 0.97 1.18 0.92
C8 0.01 0.01 0.09 0.54 0.01 0.54 0.01 0.89 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.38 0.29 0.31 1.03 1.13 0.98 0.90
N1 0.03 0.01 0.14 0.36 0.01 0.34 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.38 0.32 0.38 0.89 1.31 1.90 1.49
N3 0.03 0.00 0.17 0.37 0.00 0.54 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.31 0.50 1.13 1.16 1.97 1.51
N6 0.02 0.02 0.08 0.47 0.01 0.17 0.02 0.28 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.45 0.30 0.13 0.39 1.00 0.99 0.78
N7 0.01 0.01 0.07 0.56 0.01 0.45 0.00 0.76 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.43 0.27 0.18 0.88 1.05 0.88 0.74
N9 0.01 0.01 0.03 0.30 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.25 0.18 0.02 0.35 0.60 0.47 0.33
O2' 0.02 0.36 0.01 0.02 0.30 0.32 0.39 0.10 0.41 0.38 0.38 0.33 0.45 0.43 0.25 0.00 0.06 0.26 0.35 1.07 0.40 0.42
O3' 0.41 0.36 0.05 0.01 0.15 0.03 0.20 0.24 0.26 0.29 0.32 0.31 0.30 0.27 0.18 0.06 0.00 0.27 0.33 1.06 0.45 0.46
O4' 0.01 0.50 0.02 0.02 0.26 0.01 0.10 0.02 0.21 0.31 0.38 0.50 0.13 0.18 0.02 0.26 0.27 0.00 0.14 0.47 0.24 0.23
O5' 0.20 1.23 0.37 0.35 0.47 0.01 0.36 0.01 0.45 1.03 0.89 1.13 0.39 0.88 0.35 0.35 0.33 0.14 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.51 1.45 0.62 0.73 0.70 0.65 0.79 0.44 0.97 1.13 1.31 1.16 1.00 1.05 0.60 1.07 1.06 0.47 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 2.29 0.68 0.51 1.06 0.25 0.78 0.40 1.18 0.98 1.90 1.97 0.99 0.88 0.47 0.40 0.45 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.19 1.78 0.32 0.31 0.77 0.21 0.58 0.02 0.92 0.90 1.49 1.51 0.78 0.74 0.33 0.42 0.46 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00