ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51929

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 2, 4, 10, 11, 22, 20, 10, 5, 2, 1, 4, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.016, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.038, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.043, 0.074, 0.105, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.074 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.030, 0.078, 0.127, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.078 std_dev=0.049
N1 B 0, 0.137, 0.378, 0.620, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.378 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.228, 0.503, 0.777, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.503 std_dev=0.275
C6 B 0, 0.109, 0.397, 0.684, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.397 std_dev=0.287
C5 B 0, 0.150, 0.440, 0.729, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.440 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.379, 0.682, 0.985, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.682 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.277, 0.598, 0.918, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.598 std_dev=0.320
N3 B 0, 0.397, 0.765, 1.134, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.765 std_dev=0.369
C8 B 0, 0.269, 0.644, 1.018, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.644 std_dev=0.375
N6 B 0, 0.280, 0.695, 1.110, 2.604 max_d=2.604 avg_d=0.695 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.288, 0.711, 1.135, 2.530 max_d=2.530 avg_d=0.711 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.502, 0.961, 1.419, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.961 std_dev=0.459
C2' A 0, 0.060, 0.546, 1.032, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.546 std_dev=0.486
O4' A 0, -0.100, 0.393, 0.885, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.393 std_dev=0.493
C3' A 0, 0.305, 0.837, 1.369, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.837 std_dev=0.532
C4' A 0, 0.155, 0.714, 1.274, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.714 std_dev=0.559
O3' A 0, 0.589, 1.254, 1.920, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.254 std_dev=0.666
C2' B 0, 1.222, 1.948, 2.674, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.948 std_dev=0.726
O2' A 0, 0.254, 0.997, 1.741, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.997 std_dev=0.744
O2' B 0, 1.276, 2.034, 2.793, 4.337 max_d=4.337 avg_d=2.034 std_dev=0.758
C5' A 0, 0.156, 1.103, 2.049, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.103 std_dev=0.946
O5' A 0, 1.279, 2.237, 3.196, 3.854 max_d=3.854 avg_d=2.237 std_dev=0.959
C3' B 0, 1.969, 3.067, 4.165, 5.068 max_d=5.068 avg_d=3.067 std_dev=1.098
O4' B 0, 1.355, 2.465, 3.574, 4.876 max_d=4.876 avg_d=2.465 std_dev=1.110
O3' B 0, 2.144, 3.391, 4.638, 5.287 max_d=5.287 avg_d=3.391 std_dev=1.247
C4' B 0, 1.946, 3.202, 4.459, 5.537 max_d=5.537 avg_d=3.202 std_dev=1.257
OP1 A 0, 1.470, 2.733, 3.996, 6.019 max_d=6.019 avg_d=2.733 std_dev=1.263
P A 0, 2.078, 3.386, 4.694, 5.251 max_d=5.251 avg_d=3.386 std_dev=1.308
OP2 A 0, 3.081, 5.035, 6.988, 6.642 max_d=6.642 avg_d=5.035 std_dev=1.954
C5' B 0, 3.117, 5.094, 7.072, 8.388 max_d=8.388 avg_d=5.094 std_dev=1.978
O5' B 0, 3.541, 5.919, 8.296, 9.461 max_d=9.461 avg_d=5.919 std_dev=2.378
P B 0, 4.483, 7.611, 10.738, 12.197 max_d=12.197 avg_d=7.611 std_dev=3.128
OP1 B 0, 4.910, 8.144, 11.378, 12.678 max_d=12.678 avg_d=8.144 std_dev=3.234
OP2 B 0, 5.145, 8.603, 12.062, 13.229 max_d=13.229 avg_d=8.603 std_dev=3.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.25 0.03 0.01 0.24 0.37 0.40 0.28
C2 0.02 0.00 0.20 0.25 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.02 0.13 0.38 0.54 0.65 0.46
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.16 0.18 0.03 0.16 0.33 0.00 0.04 0.09 0.02 0.49 0.60 0.65 0.52
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.38 0.01 0.38 0.03 0.31 0.22 0.33 0.20 0.02 0.01 0.42 0.03 0.39 0.36 0.49 0.31
C4 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.15 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.30 0.26 0.01 0.03 0.68 0.78 1.25 0.87
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.08 0.07 0.12 0.28 0.03 0.16 0.00 0.02 0.13 0.23 0.09
C5 0.03 0.01 0.14 0.38 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.30 0.01 0.11 0.79 0.81 1.40 1.00
C5' 0.07 0.09 0.16 0.03 0.20 0.01 0.28 0.00 0.26 0.11 0.12 0.16 0.13 0.21 0.22 0.02 0.01 0.21 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.31 0.01 0.21 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.21 0.02 0.15 0.70 0.67 1.12 0.82
N1 0.01 0.01 0.03 0.22 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.10 0.02 0.02 0.43 0.51 0.70 0.50
N3 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.19 0.01 0.09 0.51 0.65 0.92 0.64
O2 0.04 0.01 0.33 0.20 0.02 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.31 0.02 0.23 0.28 0.48 0.46 0.32
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.30 0.28 0.38 0.13 0.35 0.17 0.21 0.27 0.00 0.09 0.32 0.18 0.28 0.51 0.53 0.37
O3' 0.25 0.18 0.04 0.01 0.26 0.03 0.30 0.21 0.21 0.10 0.19 0.31 0.09 0.00 0.32 0.17 0.39 0.56 0.50 0.39
O4 0.03 0.02 0.09 0.42 0.01 0.16 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.32 0.00 0.04 0.73 0.85 1.40 0.97
O4' 0.01 0.13 0.02 0.03 0.03 0.00 0.11 0.02 0.15 0.02 0.09 0.23 0.18 0.17 0.04 0.00 0.13 0.20 0.33 0.18
O5' 0.24 0.38 0.49 0.39 0.68 0.02 0.79 0.01 0.70 0.43 0.51 0.28 0.28 0.39 0.73 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.54 0.60 0.36 0.78 0.13 0.81 0.21 0.67 0.51 0.65 0.48 0.51 0.56 0.85 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.65 0.65 0.49 1.25 0.23 1.40 0.21 1.12 0.70 0.92 0.46 0.53 0.50 1.40 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.46 0.52 0.31 0.87 0.09 1.00 0.02 0.82 0.50 0.64 0.32 0.37 0.39 0.97 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.22 0.32 0.61 0.18 0.57 0.16 0.96 0.16 0.17 0.18 0.21 0.20 0.18 0.18 0.40 0.62 0.46 0.88 1.78 0.88 1.15
C2 0.20 0.22 0.36 0.66 0.17 0.60 0.16 1.00 0.16 0.16 0.17 0.21 0.23 0.17 0.17 0.39 0.68 0.46 0.95 1.82 1.02 1.23
C2' 0.44 0.38 0.38 0.52 0.43 0.58 0.48 0.97 0.48 0.50 0.41 0.38 0.55 0.53 0.45 0.56 0.48 0.57 0.87 1.77 0.83 1.16
C3' 0.47 0.46 0.42 0.59 0.44 0.67 0.42 1.11 0.41 0.43 0.43 0.46 0.41 0.42 0.44 0.60 0.52 0.63 1.03 1.99 1.08 1.37
C4 0.22 0.19 0.53 0.97 0.18 0.87 0.18 1.46 0.19 0.19 0.17 0.20 0.25 0.19 0.19 0.51 1.04 0.62 1.54 2.54 1.94 2.05
C4' 0.21 0.23 0.33 0.62 0.19 0.61 0.18 1.05 0.17 0.19 0.19 0.22 0.19 0.20 0.19 0.41 0.60 0.49 0.98 1.94 1.03 1.30
C5 0.22 0.19 0.52 0.97 0.18 0.88 0.17 1.49 0.18 0.18 0.17 0.20 0.24 0.19 0.19 0.51 1.05 0.62 1.58 2.63 1.99 2.12
C5' 0.23 0.24 0.41 0.72 0.21 0.68 0.20 1.17 0.20 0.22 0.20 0.24 0.22 0.23 0.21 0.46 0.72 0.50 1.15 2.15 1.30 1.53
C6 0.20 0.20 0.45 0.85 0.18 0.78 0.17 1.32 0.17 0.17 0.17 0.20 0.23 0.18 0.18 0.47 0.90 0.56 1.36 2.38 1.62 1.82
N1 0.20 0.22 0.38 0.71 0.17 0.65 0.16 1.10 0.16 0.16 0.17 0.21 0.22 0.17 0.17 0.42 0.73 0.50 1.07 2.01 1.18 1.42
N3 0.20 0.20 0.43 0.80 0.18 0.72 0.17 1.19 0.18 0.17 0.16 0.20 0.24 0.17 0.18 0.43 0.83 0.53 1.20 2.10 1.40 1.57
O2 0.19 0.23 0.29 0.53 0.17 0.47 0.15 0.76 0.15 0.17 0.18 0.21 0.23 0.17 0.17 0.36 0.53 0.39 0.64 1.43 0.68 0.80
O2' 0.34 0.34 0.37 0.53 0.32 0.57 0.37 0.92 0.37 0.39 0.32 0.33 0.49 0.43 0.34 0.58 0.55 0.54 0.85 1.68 0.68 1.07
O3' 0.43 0.39 0.43 0.58 0.40 0.71 0.42 1.17 0.41 0.46 0.37 0.40 0.47 0.48 0.42 0.62 0.49 0.69 1.11 2.05 1.07 1.44
O4 0.25 0.18 0.60 1.10 0.20 0.99 0.19 1.64 0.20 0.21 0.19 0.20 0.25 0.20 0.22 0.56 1.19 0.69 1.78 2.79 2.33 2.35
O4' 0.23 0.25 0.45 0.71 0.23 0.63 0.24 1.03 0.23 0.25 0.22 0.24 0.28 0.27 0.24 0.46 0.74 0.47 0.97 1.90 1.04 1.26
O5' 0.46 0.48 0.68 0.91 0.43 0.73 0.38 1.26 0.37 0.38 0.42 0.48 0.34 0.37 0.42 0.75 0.94 0.46 1.33 2.34 1.60 1.77
OP1 0.78 0.74 0.99 1.14 0.71 0.96 0.64 1.45 0.61 0.67 0.65 0.76 0.54 0.62 0.72 1.13 1.23 0.70 1.53 2.56 1.90 2.02
OP2 0.93 0.97 1.16 1.42 0.85 1.22 0.71 1.77 0.68 0.72 0.82 0.98 0.54 0.65 0.84 1.22 1.47 0.92 1.87 2.88 2.26 2.39
P 0.63 0.66 0.89 1.16 0.57 0.95 0.48 1.50 0.46 0.49 0.55 0.67 0.38 0.44 0.57 0.94 1.21 0.64 1.59 2.59 1.93 2.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.22 0.40 0.40 0.25
C2 0.05 0.00 0.46 0.84 0.01 0.70 0.02 1.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.40 0.84 0.47 1.13 1.84 1.28 1.39
C2' 0.00 0.46 0.00 0.01 0.24 0.02 0.10 0.11 0.19 0.24 0.35 0.47 0.13 0.15 0.03 0.01 0.02 0.02 0.28 0.39 0.44 0.29
C3' 0.02 0.84 0.01 0.00 0.40 0.00 0.27 0.04 0.38 0.55 0.64 0.82 0.33 0.43 0.18 0.02 0.01 0.02 0.27 0.34 0.44 0.24
C4 0.03 0.01 0.24 0.40 0.00 0.31 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.35 0.24 0.40 0.91 0.52 0.44
C4' 0.03 0.70 0.02 0.00 0.31 0.00 0.14 0.01 0.27 0.43 0.52 0.68 0.18 0.30 0.08 0.19 0.03 0.01 0.02 0.16 0.29 0.07
C5 0.02 0.02 0.10 0.27 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.21 0.11 0.42 0.73 0.90 0.43
C5' 0.05 1.13 0.11 0.04 0.47 0.01 0.29 0.00 0.47 0.70 0.86 1.04 0.37 0.55 0.19 0.14 0.12 0.02 0.01 0.23 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.38 0.01 0.27 0.01 0.47 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.35 0.21 0.42 1.03 0.72 0.46
C8 0.03 0.02 0.24 0.55 0.01 0.43 0.01 0.70 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.48 0.25 1.15 0.91 1.72 1.26
N1 0.04 0.01 0.35 0.64 0.01 0.52 0.01 0.86 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.64 0.37 0.80 1.56 0.88 1.00
N3 0.06 0.01 0.47 0.82 0.01 0.68 0.01 1.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.79 0.48 1.02 1.58 1.12 1.20
N6 0.02 0.02 0.13 0.33 0.01 0.18 0.01 0.37 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.23 0.29 0.14 0.43 0.89 1.01 0.47
N7 0.02 0.02 0.15 0.43 0.01 0.30 0.00 0.55 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.38 0.14 1.00 0.83 1.75 1.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.12 0.02 0.43 0.51 0.75 0.44
O2' 0.02 0.40 0.01 0.02 0.21 0.19 0.20 0.14 0.23 0.33 0.32 0.39 0.23 0.29 0.14 0.00 0.06 0.15 0.19 0.35 0.33 0.19
O3' 0.16 0.84 0.02 0.01 0.35 0.03 0.21 0.12 0.35 0.48 0.64 0.79 0.29 0.38 0.12 0.06 0.00 0.11 0.31 0.57 0.57 0.34
O4' 0.01 0.47 0.02 0.02 0.24 0.01 0.11 0.02 0.21 0.25 0.37 0.48 0.14 0.14 0.02 0.15 0.11 0.00 0.17 0.42 0.40 0.25
O5' 0.22 1.13 0.28 0.27 0.40 0.02 0.42 0.01 0.42 1.15 0.80 1.02 0.43 1.00 0.43 0.19 0.31 0.17 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.40 1.84 0.39 0.34 0.91 0.16 0.73 0.23 1.03 0.91 1.56 1.58 0.89 0.83 0.51 0.35 0.57 0.42 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 1.28 0.44 0.44 0.52 0.29 0.90 0.35 0.72 1.72 0.88 1.12 1.01 1.75 0.75 0.33 0.57 0.40 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.25 1.39 0.29 0.24 0.44 0.07 0.43 0.02 0.46 1.26 1.00 1.20 0.47 1.14 0.44 0.19 0.34 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00