ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51930

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 2, 8, 7, 4, 8, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.017, 0.030, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.019, 0.036, 0.053, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.036 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.028, 0.050, 0.071, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.050 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.026, 0.048, 0.070, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.048 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.037, 0.088, 0.140, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.088 std_dev=0.051
O2 A 0, 0.036, 0.093, 0.150, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.093 std_dev=0.057
C4 B 0, 0.248, 0.484, 0.719, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.484 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.154, 0.425, 0.696, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.425 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.276, 0.553, 0.831, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.553 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.276, 0.581, 0.887, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.581 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.290, 0.637, 0.985, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.637 std_dev=0.348
C1' B 0, 0.332, 0.697, 1.062, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.697 std_dev=0.365
O4' A 0, 0.206, 0.572, 0.937, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.572 std_dev=0.366
C2' A 0, 0.243, 0.638, 1.033, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.638 std_dev=0.395
C2 B 0, 0.455, 0.851, 1.247, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.851 std_dev=0.396
N3 B 0, 0.468, 0.881, 1.294, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.881 std_dev=0.413
N6 B 0, 0.665, 1.084, 1.503, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.084 std_dev=0.419
C8 B 0, 0.423, 0.938, 1.453, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.938 std_dev=0.515
N7 B 0, 0.620, 1.159, 1.698, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.159 std_dev=0.539
C3' A 0, 0.658, 1.239, 1.820, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.239 std_dev=0.581
C4' A 0, 0.436, 1.021, 1.607, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.021 std_dev=0.585
O2' A 0, 0.471, 1.113, 1.754, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.113 std_dev=0.642
O4' B 0, 1.216, 1.910, 2.604, 2.988 max_d=2.988 avg_d=1.910 std_dev=0.694
O3' A 0, 1.072, 2.021, 2.971, 3.249 max_d=3.249 avg_d=2.021 std_dev=0.949
C5' A 0, 0.280, 1.249, 2.219, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.249 std_dev=0.970
C4' B 0, 1.789, 2.836, 3.883, 4.120 max_d=4.120 avg_d=2.836 std_dev=1.047
C2' B 0, 1.588, 2.696, 3.805, 4.165 max_d=4.165 avg_d=2.696 std_dev=1.108
O5' A 0, 0.096, 1.438, 2.779, 5.192 max_d=5.192 avg_d=1.438 std_dev=1.341
O2' B 0, 2.193, 3.638, 5.083, 5.472 max_d=5.472 avg_d=3.638 std_dev=1.445
C3' B 0, 2.134, 3.597, 5.059, 5.217 max_d=5.217 avg_d=3.597 std_dev=1.462
P A 0, 0.533, 2.221, 3.908, 6.882 max_d=6.882 avg_d=2.221 std_dev=1.687
OP1 A 0, 0.832, 2.568, 4.304, 6.914 max_d=6.914 avg_d=2.568 std_dev=1.736
C5' B 0, 3.126, 5.044, 6.962, 6.694 max_d=6.694 avg_d=5.044 std_dev=1.918
O3' B 0, 2.751, 4.862, 6.972, 7.060 max_d=7.060 avg_d=4.862 std_dev=2.111
O5' B 0, 3.854, 6.083, 8.311, 7.859 max_d=7.859 avg_d=6.083 std_dev=2.228
OP2 A 0, 0.505, 2.982, 5.459, 9.124 max_d=9.124 avg_d=2.982 std_dev=2.477
P B 0, 5.321, 8.494, 11.667, 10.792 max_d=10.792 avg_d=8.494 std_dev=3.173
OP1 B 0, 5.733, 9.215, 12.697, 12.252 max_d=12.252 avg_d=9.215 std_dev=3.482
OP2 B 0, 6.095, 9.609, 13.123, 12.234 max_d=12.234 avg_d=9.609 std_dev=3.514

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.29 0.04 0.01 0.29 0.55 0.41 0.33
C2 0.05 0.00 0.22 0.25 0.02 0.10 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.25 0.02 0.14 0.33 0.82 0.61 0.41
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.08 0.03 0.13 0.21 0.17 0.04 0.17 0.36 0.01 0.04 0.10 0.03 0.61 0.87 0.63 0.70
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.36 0.01 0.38 0.03 0.33 0.22 0.31 0.26 0.02 0.01 0.39 0.03 0.32 0.29 0.49 0.34
C4 0.04 0.02 0.08 0.36 0.00 0.14 0.01 0.25 0.02 0.02 0.01 0.03 0.35 0.22 0.01 0.05 0.58 1.15 1.14 0.79
C4' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.09 0.19 0.29 0.04 0.15 0.01 0.04 0.24 0.29 0.08
C5 0.02 0.02 0.13 0.38 0.01 0.21 0.00 0.33 0.01 0.02 0.02 0.03 0.36 0.27 0.01 0.14 0.70 1.19 1.30 0.93
C5' 0.08 0.12 0.21 0.03 0.25 0.01 0.33 0.00 0.30 0.14 0.15 0.18 0.12 0.24 0.27 0.03 0.01 0.39 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.33 0.02 0.20 0.01 0.30 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.22 0.02 0.17 0.66 1.02 1.06 0.80
N1 0.02 0.01 0.04 0.22 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.13 0.02 0.03 0.41 0.80 0.66 0.49
N3 0.05 0.01 0.17 0.31 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.00 0.03 0.35 0.21 0.02 0.10 0.42 0.99 0.84 0.57
O2 0.09 0.01 0.36 0.26 0.03 0.19 0.03 0.18 0.02 0.02 0.03 0.00 0.45 0.42 0.04 0.25 0.25 0.70 0.48 0.29
O2' 0.03 0.32 0.01 0.02 0.35 0.29 0.36 0.12 0.32 0.20 0.35 0.45 0.00 0.07 0.37 0.19 0.43 0.81 0.49 0.56
O3' 0.29 0.25 0.04 0.01 0.22 0.04 0.27 0.24 0.22 0.13 0.21 0.42 0.07 0.00 0.26 0.20 0.26 0.49 0.45 0.30
O4 0.04 0.02 0.10 0.39 0.01 0.15 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.04 0.37 0.26 0.00 0.06 0.61 1.23 1.27 0.86
O4' 0.01 0.14 0.03 0.03 0.05 0.01 0.14 0.03 0.17 0.03 0.10 0.25 0.19 0.20 0.06 0.00 0.14 0.21 0.40 0.22
O5' 0.29 0.33 0.61 0.32 0.58 0.04 0.70 0.01 0.66 0.41 0.42 0.25 0.43 0.26 0.61 0.14 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.55 0.82 0.87 0.29 1.15 0.24 1.19 0.39 1.02 0.80 0.99 0.70 0.81 0.49 1.23 0.21 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.41 0.61 0.63 0.49 1.14 0.29 1.30 0.40 1.06 0.66 0.84 0.48 0.49 0.45 1.27 0.40 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.33 0.41 0.70 0.34 0.79 0.08 0.93 0.02 0.80 0.49 0.57 0.29 0.56 0.30 0.86 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.27 0.30 0.41 0.20 0.37 0.18 0.68 0.19 0.17 0.24 0.25 0.19 0.17 0.19 0.44 0.38 0.36 0.79 1.45 1.06 1.11
C2 0.21 0.30 0.32 0.42 0.22 0.38 0.18 0.70 0.19 0.17 0.26 0.27 0.19 0.17 0.20 0.46 0.40 0.36 0.82 1.41 1.07 1.12
C2' 0.38 0.36 0.40 0.44 0.38 0.44 0.41 0.72 0.40 0.42 0.37 0.36 0.44 0.44 0.39 0.58 0.43 0.51 0.77 1.40 0.94 1.06
C3' 0.46 0.47 0.46 0.46 0.44 0.55 0.40 0.84 0.39 0.42 0.42 0.47 0.35 0.40 0.44 0.72 0.47 0.61 0.86 1.58 0.97 1.17
C4 0.21 0.23 0.40 0.59 0.18 0.59 0.16 1.08 0.18 0.16 0.17 0.23 0.25 0.17 0.18 0.59 0.60 0.47 1.26 1.92 1.63 1.71
C4' 0.22 0.28 0.30 0.38 0.22 0.42 0.19 0.77 0.19 0.20 0.24 0.26 0.19 0.20 0.21 0.54 0.37 0.41 0.81 1.57 1.02 1.16
C5 0.21 0.23 0.41 0.59 0.19 0.61 0.16 1.12 0.17 0.17 0.18 0.24 0.23 0.17 0.18 0.62 0.61 0.49 1.31 2.04 1.70 1.79
C5' 0.25 0.30 0.39 0.47 0.23 0.48 0.19 0.88 0.18 0.19 0.24 0.30 0.19 0.19 0.22 0.65 0.51 0.43 0.94 1.74 1.20 1.35
C6 0.21 0.25 0.38 0.52 0.20 0.53 0.17 0.98 0.17 0.17 0.20 0.25 0.21 0.17 0.19 0.57 0.53 0.45 1.14 1.86 1.46 1.57
N1 0.21 0.28 0.33 0.45 0.21 0.43 0.18 0.79 0.18 0.17 0.23 0.26 0.19 0.18 0.20 0.49 0.43 0.39 0.92 1.58 1.18 1.27
N3 0.20 0.27 0.34 0.48 0.19 0.46 0.16 0.85 0.16 0.16 0.20 0.25 0.23 0.16 0.18 0.49 0.47 0.40 0.99 1.57 1.25 1.34
O2 0.24 0.34 0.30 0.37 0.26 0.30 0.22 0.51 0.24 0.20 0.33 0.31 0.20 0.20 0.23 0.42 0.35 0.32 0.63 1.15 0.95 0.86
O2' 0.45 0.46 0.60 0.75 0.45 0.53 0.46 0.69 0.46 0.46 0.44 0.47 0.49 0.47 0.45 0.58 0.79 0.45 0.76 1.31 1.13 1.00
O3' 0.47 0.44 0.49 0.53 0.45 0.56 0.46 0.83 0.44 0.49 0.42 0.46 0.48 0.50 0.47 0.69 0.54 0.59 0.81 1.57 0.98 1.11
O4 0.23 0.22 0.45 0.68 0.19 0.68 0.20 1.22 0.22 0.19 0.21 0.23 0.29 0.20 0.20 0.64 0.71 0.52 1.45 2.11 1.90 1.94
O4' 0.25 0.30 0.35 0.45 0.26 0.43 0.27 0.75 0.27 0.27 0.28 0.29 0.30 0.28 0.26 0.49 0.42 0.39 0.85 1.56 1.13 1.19
O5' 0.53 0.57 0.72 0.75 0.49 0.61 0.40 0.95 0.38 0.42 0.47 0.57 0.32 0.38 0.48 0.94 0.83 0.52 1.12 1.82 1.48 1.54
OP1 1.28 1.24 1.58 1.57 1.18 1.29 1.04 1.41 0.99 1.08 1.09 1.28 0.84 0.99 1.19 1.73 1.75 1.09 1.50 2.05 1.89 1.83
OP2 1.00 0.98 1.12 1.28 0.90 1.28 0.79 1.67 0.73 0.83 0.83 1.01 0.64 0.77 0.91 1.34 1.40 1.15 1.74 2.48 2.10 2.23
P 0.71 0.71 0.95 1.02 0.62 0.85 0.51 1.19 0.47 0.53 0.58 0.73 0.37 0.47 0.63 1.14 1.15 0.69 1.32 2.01 1.73 1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.19 0.01 0.15 0.24 0.44 0.20
C2 0.05 0.00 0.35 0.61 0.01 0.60 0.02 0.97 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.38 0.57 0.46 1.02 1.41 1.21 1.27
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.03 0.09 0.14 0.16 0.18 0.27 0.34 0.11 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.31 0.49 0.58 0.42
C3' 0.03 0.61 0.01 0.00 0.30 0.01 0.26 0.02 0.32 0.43 0.48 0.59 0.30 0.37 0.18 0.03 0.01 0.02 0.27 0.44 0.39 0.26
C4 0.03 0.01 0.17 0.30 0.00 0.26 0.01 0.41 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.23 0.25 0.37 0.66 0.59 0.48
C4' 0.01 0.60 0.03 0.01 0.26 0.00 0.13 0.01 0.24 0.36 0.45 0.58 0.17 0.25 0.08 0.20 0.03 0.01 0.02 0.18 0.35 0.09
C5 0.02 0.02 0.09 0.26 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.19 0.17 0.12 0.35 0.63 0.82 0.46
C5' 0.08 0.97 0.14 0.02 0.41 0.01 0.24 0.00 0.42 0.57 0.75 0.89 0.31 0.43 0.16 0.11 0.14 0.02 0.01 0.29 0.32 0.02
C6 0.03 0.02 0.16 0.32 0.01 0.24 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.25 0.22 0.40 0.84 0.78 0.57
C8 0.02 0.02 0.18 0.43 0.01 0.36 0.01 0.57 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.30 0.37 0.24 0.93 0.85 1.36 0.99
N1 0.04 0.01 0.27 0.48 0.02 0.45 0.01 0.75 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.30 0.42 0.37 0.75 1.21 0.95 0.98
N3 0.05 0.01 0.34 0.59 0.01 0.58 0.02 0.89 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.36 0.53 0.46 0.92 1.18 1.03 1.08
N6 0.03 0.02 0.11 0.30 0.02 0.17 0.02 0.31 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.23 0.23 0.16 0.38 0.82 0.95 0.55
N7 0.02 0.02 0.11 0.37 0.01 0.25 0.01 0.43 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.27 0.32 0.12 0.80 0.84 1.39 0.92
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.14 0.12 0.02 0.33 0.39 0.64 0.36
O2' 0.02 0.38 0.01 0.03 0.20 0.20 0.19 0.11 0.22 0.30 0.30 0.36 0.23 0.27 0.14 0.00 0.08 0.15 0.22 0.51 0.61 0.38
O3' 0.19 0.57 0.02 0.01 0.23 0.03 0.17 0.14 0.25 0.37 0.42 0.53 0.23 0.32 0.12 0.08 0.00 0.14 0.25 0.62 0.38 0.26
O4' 0.01 0.46 0.02 0.02 0.25 0.01 0.12 0.02 0.22 0.24 0.37 0.46 0.16 0.12 0.02 0.15 0.14 0.00 0.14 0.19 0.42 0.19
O5' 0.15 1.02 0.31 0.27 0.37 0.02 0.35 0.01 0.40 0.93 0.75 0.92 0.38 0.80 0.33 0.22 0.25 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.24 1.41 0.49 0.44 0.66 0.18 0.63 0.29 0.84 0.85 1.21 1.18 0.82 0.84 0.39 0.51 0.62 0.19 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.44 1.21 0.58 0.39 0.59 0.35 0.82 0.32 0.78 1.36 0.95 1.03 0.95 1.39 0.64 0.61 0.38 0.42 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.20 1.27 0.42 0.26 0.48 0.09 0.46 0.02 0.57 0.99 0.98 1.08 0.55 0.92 0.36 0.38 0.26 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00