ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51931

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 1, 3, 2, 4, 8, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.036 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.044, 0.106, 0.167, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.106 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.185, 0.374, 0.564, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.374 std_dev=0.190
O4' A 0, 0.178, 0.403, 0.628, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.403 std_dev=0.225
O2' A 0, 0.259, 0.582, 0.906, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.582 std_dev=0.324
C3' A 0, 0.505, 0.853, 1.201, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.853 std_dev=0.348
C4 B 0, 0.511, 0.880, 1.249, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.880 std_dev=0.369
C4' A 0, 0.308, 0.691, 1.073, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.691 std_dev=0.382
N9 B 0, 0.444, 0.833, 1.221, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.833 std_dev=0.388
N3 B 0, 0.623, 1.021, 1.419, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.021 std_dev=0.398
C5 B 0, 0.431, 0.831, 1.231, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.831 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.660, 1.082, 1.505, 1.705 max_d=1.705 avg_d=1.082 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.476, 0.905, 1.335, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.905 std_dev=0.429
C1' B 0, 0.444, 0.875, 1.306, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.875 std_dev=0.431
N1 B 0, 0.598, 1.033, 1.468, 1.531 max_d=1.531 avg_d=1.033 std_dev=0.435
N7 B 0, 0.359, 0.814, 1.268, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.814 std_dev=0.454
C8 B 0, 0.346, 0.808, 1.271, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.808 std_dev=0.463
N6 B 0, 0.489, 0.958, 1.426, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.958 std_dev=0.469
C5' A 0, 0.437, 1.118, 1.799, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.118 std_dev=0.681
O3' A 0, 0.664, 1.363, 2.062, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.363 std_dev=0.699
C2' B 0, 0.971, 1.783, 2.596, 3.393 max_d=3.393 avg_d=1.783 std_dev=0.812
O4' B 0, 1.155, 2.082, 3.010, 3.221 max_d=3.221 avg_d=2.082 std_dev=0.928
O5' A 0, 2.138, 3.081, 4.024, 3.886 max_d=3.886 avg_d=3.081 std_dev=0.943
O2' B 0, 1.830, 2.947, 4.063, 4.278 max_d=4.278 avg_d=2.947 std_dev=1.116
OP1 A 0, 2.350, 3.565, 4.781, 5.006 max_d=5.006 avg_d=3.565 std_dev=1.215
C4' B 0, 1.018, 2.247, 3.475, 4.287 max_d=4.287 avg_d=2.247 std_dev=1.229
C3' B 0, 1.335, 2.641, 3.947, 4.944 max_d=4.944 avg_d=2.641 std_dev=1.306
P A 0, 3.083, 4.433, 5.783, 5.684 max_d=5.684 avg_d=4.433 std_dev=1.350
O3' B 0, 2.000, 3.438, 4.875, 5.511 max_d=5.511 avg_d=3.438 std_dev=1.437
OP2 A 0, 4.725, 6.677, 8.630, 8.072 max_d=8.072 avg_d=6.677 std_dev=1.952
C5' B 0, 2.104, 4.268, 6.432, 6.866 max_d=6.866 avg_d=4.268 std_dev=2.164
O5' B 0, 2.675, 5.242, 7.809, 8.311 max_d=8.311 avg_d=5.242 std_dev=2.567
OP1 B 0, 4.247, 7.552, 10.857, 12.257 max_d=12.257 avg_d=7.552 std_dev=3.305
P B 0, 3.810, 7.318, 10.826, 11.138 max_d=11.138 avg_d=7.318 std_dev=3.508
OP2 B 0, 4.637, 8.588, 12.539, 12.428 max_d=12.428 avg_d=8.588 std_dev=3.951

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.30 0.02 0.00 0.27 0.20 0.41 0.30
C2 0.02 0.00 0.13 0.25 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.23 0.01 0.05 0.40 0.30 0.70 0.50
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.22 0.09 0.03 0.11 0.22 0.01 0.04 0.07 0.02 0.41 0.40 0.58 0.45
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.36 0.01 0.34 0.05 0.29 0.21 0.32 0.20 0.02 0.01 0.38 0.02 0.22 0.25 0.37 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.36 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.24 0.00 0.04 0.55 0.53 1.10 0.77
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.14 0.00 0.15 0.01 0.13 0.08 0.11 0.06 0.28 0.03 0.15 0.01 0.02 0.24 0.17 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.34 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.24 0.01 0.04 0.59 0.56 1.15 0.82
C5' 0.09 0.14 0.22 0.05 0.21 0.01 0.21 0.00 0.18 0.13 0.18 0.13 0.13 0.18 0.23 0.01 0.02 0.13 0.12 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.29 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.02 0.05 0.54 0.44 0.94 0.69
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.15 0.01 0.02 0.41 0.29 0.68 0.50
N3 0.02 0.00 0.11 0.32 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.22 0.01 0.05 0.48 0.41 0.89 0.63
O2 0.02 0.01 0.22 0.20 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.33 0.02 0.08 0.33 0.25 0.56 0.39
O2' 0.04 0.24 0.01 0.02 0.31 0.28 0.27 0.13 0.22 0.18 0.30 0.23 0.00 0.08 0.33 0.21 0.28 0.35 0.61 0.36
O3' 0.30 0.23 0.04 0.01 0.24 0.03 0.24 0.18 0.17 0.15 0.22 0.33 0.08 0.00 0.28 0.22 0.34 0.58 0.67 0.47
O4 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.15 0.01 0.23 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.28 0.00 0.04 0.58 0.59 1.20 0.84
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.21 0.22 0.04 0.00 0.21 0.15 0.24 0.19
O5' 0.27 0.40 0.41 0.22 0.55 0.02 0.59 0.02 0.54 0.41 0.48 0.33 0.28 0.34 0.58 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.30 0.40 0.25 0.53 0.24 0.56 0.13 0.44 0.29 0.41 0.25 0.35 0.58 0.59 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.70 0.58 0.37 1.10 0.17 1.15 0.12 0.94 0.68 0.89 0.56 0.61 0.67 1.20 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.50 0.45 0.22 0.77 0.11 0.82 0.03 0.69 0.50 0.63 0.39 0.36 0.47 0.84 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.25 0.24 0.29 0.17 0.31 0.19 0.62 0.18 0.22 0.20 0.21 0.25 0.25 0.17 0.41 0.25 0.26 0.55 1.07 1.01 0.92
C2 0.17 0.22 0.22 0.28 0.15 0.34 0.17 0.69 0.16 0.19 0.17 0.20 0.25 0.22 0.16 0.35 0.25 0.29 0.65 1.09 1.13 1.01
C2' 0.31 0.27 0.27 0.34 0.31 0.31 0.38 0.54 0.37 0.44 0.28 0.27 0.46 0.47 0.35 0.42 0.35 0.37 0.54 1.11 0.92 0.87
C3' 0.31 0.32 0.29 0.32 0.33 0.40 0.37 0.66 0.37 0.39 0.33 0.31 0.43 0.42 0.34 0.43 0.31 0.45 0.69 1.07 1.06 0.92
C4 0.23 0.17 0.34 0.40 0.17 0.60 0.17 1.15 0.18 0.19 0.13 0.20 0.28 0.20 0.19 0.44 0.38 0.45 1.19 1.54 1.98 1.66
C4' 0.16 0.22 0.27 0.31 0.16 0.35 0.18 0.68 0.18 0.21 0.18 0.20 0.25 0.24 0.16 0.45 0.26 0.27 0.61 1.10 1.08 0.96
C5 0.24 0.19 0.36 0.44 0.17 0.61 0.16 1.17 0.17 0.17 0.13 0.22 0.26 0.19 0.18 0.46 0.40 0.44 1.19 1.57 2.01 1.68
C5' 0.20 0.23 0.33 0.37 0.18 0.45 0.20 0.85 0.20 0.22 0.19 0.22 0.26 0.25 0.19 0.45 0.27 0.34 0.79 1.20 1.37 1.17
C6 0.19 0.21 0.32 0.37 0.15 0.51 0.14 0.99 0.15 0.15 0.13 0.21 0.25 0.18 0.15 0.43 0.32 0.36 0.97 1.36 1.66 1.40
N1 0.16 0.22 0.25 0.29 0.15 0.38 0.16 0.77 0.16 0.18 0.16 0.20 0.25 0.21 0.15 0.39 0.26 0.30 0.72 1.15 1.27 1.11
N3 0.18 0.19 0.25 0.29 0.14 0.44 0.16 0.88 0.17 0.17 0.12 0.18 0.28 0.20 0.15 0.37 0.28 0.36 0.89 1.24 1.48 1.28
O2 0.21 0.26 0.23 0.34 0.21 0.26 0.22 0.48 0.21 0.25 0.24 0.23 0.27 0.27 0.21 0.34 0.30 0.27 0.47 1.05 0.82 0.80
O2' 0.31 0.42 0.33 0.50 0.31 0.36 0.29 0.55 0.30 0.32 0.38 0.37 0.30 0.33 0.30 0.37 0.43 0.33 0.54 1.39 0.92 1.06
O3' 0.36 0.34 0.35 0.36 0.37 0.42 0.41 0.65 0.40 0.44 0.36 0.34 0.44 0.46 0.39 0.52 0.35 0.49 0.54 1.11 0.91 0.88
O4 0.31 0.18 0.40 0.49 0.22 0.71 0.22 1.34 0.23 0.25 0.20 0.23 0.30 0.24 0.26 0.53 0.47 0.55 1.44 1.78 2.35 1.96
O4' 0.22 0.29 0.35 0.38 0.20 0.41 0.18 0.75 0.18 0.20 0.23 0.26 0.23 0.22 0.19 0.50 0.32 0.30 0.63 1.10 1.14 1.01
O5' 0.45 0.47 0.59 0.59 0.45 0.70 0.44 1.11 0.44 0.46 0.45 0.47 0.45 0.46 0.45 0.69 0.53 0.61 1.07 1.41 1.71 1.44
OP1 0.37 0.40 0.56 0.60 0.34 0.79 0.31 1.29 0.30 0.32 0.33 0.40 0.32 0.32 0.34 0.64 0.48 0.63 1.25 1.60 1.95 1.67
OP2 0.83 0.88 1.01 1.06 0.79 1.20 0.70 1.70 0.69 0.70 0.79 0.89 0.61 0.66 0.78 1.07 0.98 1.04 1.72 2.08 2.48 2.16
P 0.59 0.62 0.78 0.80 0.56 0.93 0.50 1.40 0.48 0.51 0.55 0.63 0.44 0.48 0.56 0.88 0.73 0.78 1.37 1.73 2.06 1.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.22 0.49 0.45 0.27
C2 0.06 0.00 0.18 0.22 0.02 0.47 0.02 0.94 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.35 0.19 0.40 1.04 1.15 1.46 1.24
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.18 0.08 0.10 0.13 0.18 0.07 0.08 0.03 0.00 0.03 0.03 0.49 0.84 0.72 0.55
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.11 0.01 0.22 0.03 0.18 0.39 0.15 0.23 0.24 0.38 0.18 0.02 0.01 0.02 0.37 0.91 0.54 0.50
C4 0.03 0.02 0.09 0.11 0.00 0.19 0.00 0.39 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.21 0.41 0.73 0.57 0.53
C4' 0.01 0.47 0.02 0.01 0.19 0.00 0.09 0.01 0.15 0.36 0.33 0.46 0.11 0.28 0.08 0.21 0.02 0.01 0.02 0.38 0.36 0.09
C5 0.02 0.02 0.06 0.22 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.09 0.08 0.39 0.99 0.64 0.65
C5' 0.08 0.94 0.18 0.03 0.39 0.01 0.22 0.00 0.35 0.61 0.69 0.89 0.27 0.49 0.16 0.12 0.17 0.02 0.01 0.33 0.40 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.15 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.10 0.16 0.40 0.98 0.61 0.66
C8 0.02 0.02 0.10 0.39 0.01 0.36 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.13 0.25 0.95 1.34 1.34 1.20
N1 0.05 0.01 0.13 0.15 0.02 0.33 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.14 0.30 0.73 1.01 1.05 0.93
N3 0.06 0.01 0.18 0.23 0.01 0.46 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.21 0.40 0.99 1.02 1.28 1.10
N6 0.03 0.01 0.07 0.24 0.01 0.11 0.01 0.27 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.30 0.12 0.10 0.41 1.16 0.69 0.75
N7 0.02 0.02 0.08 0.38 0.01 0.28 0.01 0.49 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.13 0.15 0.84 1.42 1.29 1.16
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.37 0.73 0.59 0.51
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.22 0.21 0.26 0.12 0.27 0.32 0.30 0.35 0.30 0.33 0.17 0.00 0.07 0.14 0.47 0.95 0.83 0.57
O3' 0.27 0.19 0.03 0.01 0.12 0.02 0.09 0.17 0.10 0.13 0.14 0.21 0.12 0.13 0.12 0.07 0.00 0.18 0.29 0.93 0.52 0.45
O4' 0.01 0.40 0.03 0.02 0.21 0.01 0.08 0.02 0.16 0.25 0.30 0.40 0.10 0.15 0.02 0.14 0.18 0.00 0.21 0.35 0.46 0.31
O5' 0.22 1.04 0.49 0.37 0.41 0.02 0.39 0.01 0.40 0.95 0.73 0.99 0.41 0.84 0.37 0.47 0.29 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 1.15 0.84 0.91 0.73 0.38 0.99 0.33 0.98 1.34 1.01 1.02 1.16 1.42 0.73 0.95 0.93 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 1.46 0.72 0.54 0.57 0.36 0.64 0.40 0.61 1.34 1.05 1.28 0.69 1.29 0.59 0.83 0.52 0.46 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.24 0.55 0.50 0.53 0.09 0.65 0.01 0.66 1.20 0.93 1.10 0.75 1.16 0.51 0.57 0.45 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00