ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51932

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 6, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.026, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.025, 0.050, 0.074, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.050 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.053, 0.098, 0.143, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.098 std_dev=0.045
C6 B 0, 0.223, 0.427, 0.632, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.427 std_dev=0.205
N1 B 0, 0.252, 0.458, 0.665, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.458 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.471, 0.759, 1.048, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.759 std_dev=0.288
C5 B 0, 0.349, 0.640, 0.931, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.640 std_dev=0.291
N6 B 0, 0.468, 0.782, 1.096, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.782 std_dev=0.314
C2' A 0, 0.100, 0.428, 0.757, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.428 std_dev=0.328
C4 B 0, 0.472, 0.801, 1.130, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.801 std_dev=0.329
O4' A 0, -0.009, 0.331, 0.672, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.331 std_dev=0.341
N3 B 0, 0.576, 0.931, 1.285, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.931 std_dev=0.355
N9 B 0, 0.737, 1.187, 1.637, 1.828 max_d=1.828 avg_d=1.187 std_dev=0.450
N7 B 0, 0.606, 1.076, 1.546, 2.220 max_d=2.220 avg_d=1.076 std_dev=0.470
C4' A 0, 0.105, 0.593, 1.081, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.593 std_dev=0.488
C3' A 0, 0.224, 0.723, 1.222, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.723 std_dev=0.499
C8 B 0, 0.771, 1.289, 1.807, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.289 std_dev=0.518
O5' A 0, 0.387, 0.925, 1.463, 2.600 max_d=2.600 avg_d=0.925 std_dev=0.538
C4' B 0, 1.201, 1.751, 2.301, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.751 std_dev=0.550
O4' B 0, 1.039, 1.619, 2.200, 2.637 max_d=2.637 avg_d=1.619 std_dev=0.580
C1' B 0, 1.040, 1.624, 2.207, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.624 std_dev=0.583
C5' A 0, 0.205, 0.809, 1.413, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.809 std_dev=0.604
P A 0, 0.476, 1.139, 1.802, 3.264 max_d=3.264 avg_d=1.139 std_dev=0.663
O2' A 0, 0.080, 0.745, 1.411, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.745 std_dev=0.666
O3' A 0, 0.408, 1.218, 2.028, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.218 std_dev=0.810
OP1 A 0, 0.482, 1.368, 2.253, 4.258 max_d=4.258 avg_d=1.368 std_dev=0.886
OP2 A 0, 0.424, 1.401, 2.378, 4.175 max_d=4.175 avg_d=1.401 std_dev=0.977
C2' B 0, 1.399, 2.588, 3.776, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.588 std_dev=1.188
C3' B 0, 1.259, 2.491, 3.724, 3.992 max_d=3.992 avg_d=2.491 std_dev=1.233
C5' B 0, 1.950, 3.438, 4.927, 5.134 max_d=5.134 avg_d=3.438 std_dev=1.489
O2' B 0, 1.874, 3.570, 5.266, 5.514 max_d=5.514 avg_d=3.570 std_dev=1.696
O5' B 0, 2.004, 4.030, 6.056, 6.153 max_d=6.153 avg_d=4.030 std_dev=2.026
O3' B 0, 1.574, 3.607, 5.640, 5.814 max_d=5.814 avg_d=3.607 std_dev=2.033
P B 0, 2.699, 5.954, 9.209, 9.132 max_d=9.132 avg_d=5.954 std_dev=3.255
OP2 B 0, 2.972, 6.807, 10.642, 10.446 max_d=10.446 avg_d=6.807 std_dev=3.835
OP1 B 0, 3.005, 6.961, 10.917, 10.751 max_d=10.751 avg_d=6.961 std_dev=3.956

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.30 0.04 0.01 0.17 0.30 0.22 0.23
C2 0.03 0.00 0.16 0.22 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.02 0.12 0.14 0.31 0.29 0.18
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.19 0.11 0.03 0.13 0.25 0.01 0.03 0.08 0.02 0.42 0.55 0.59 0.54
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.42 0.00 0.47 0.02 0.42 0.25 0.32 0.13 0.02 0.01 0.45 0.02 0.06 0.23 0.34 0.13
C4 0.03 0.02 0.08 0.42 0.00 0.16 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.23 0.01 0.03 0.28 0.38 0.66 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.16 0.00 0.24 0.01 0.24 0.09 0.07 0.13 0.32 0.03 0.17 0.00 0.02 0.12 0.23 0.04
C5 0.03 0.02 0.08 0.47 0.01 0.24 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.36 0.02 0.10 0.33 0.41 0.70 0.36
C5' 0.07 0.08 0.19 0.02 0.15 0.01 0.23 0.00 0.21 0.06 0.07 0.16 0.12 0.20 0.17 0.01 0.01 0.16 0.20 0.01
C6 0.03 0.02 0.11 0.42 0.02 0.24 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.29 0.02 0.13 0.25 0.36 0.47 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.02 0.09 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.05 0.02 0.01 0.13 0.31 0.26 0.19
N3 0.03 0.01 0.13 0.32 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.27 0.08 0.01 0.08 0.18 0.33 0.47 0.22
O2 0.04 0.01 0.25 0.13 0.02 0.13 0.02 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.42 0.03 0.20 0.16 0.31 0.20 0.19
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.35 0.32 0.38 0.12 0.33 0.20 0.27 0.18 0.00 0.05 0.38 0.22 0.28 0.50 0.65 0.46
O3' 0.30 0.18 0.03 0.01 0.23 0.03 0.36 0.20 0.29 0.05 0.08 0.42 0.05 0.00 0.28 0.21 0.27 0.56 0.45 0.31
O4 0.04 0.02 0.08 0.45 0.01 0.17 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.03 0.38 0.28 0.00 0.03 0.32 0.41 0.79 0.37
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.08 0.20 0.22 0.21 0.03 0.00 0.07 0.09 0.12 0.10
O5' 0.17 0.14 0.42 0.06 0.28 0.02 0.33 0.01 0.25 0.13 0.18 0.16 0.28 0.27 0.32 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.30 0.31 0.55 0.23 0.38 0.12 0.41 0.16 0.36 0.31 0.33 0.31 0.50 0.56 0.41 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.29 0.59 0.34 0.66 0.23 0.70 0.20 0.47 0.26 0.47 0.20 0.65 0.45 0.79 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.18 0.54 0.13 0.31 0.04 0.36 0.01 0.27 0.19 0.22 0.19 0.46 0.31 0.37 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.18 0.15 0.51 0.08 0.58 0.10 1.03 0.08 0.14 0.12 0.15 0.19 0.17 0.09 0.57 0.51 0.36 0.76 1.96 0.93 1.02
C2 0.10 0.19 0.13 0.64 0.09 0.63 0.11 1.10 0.11 0.13 0.13 0.16 0.25 0.17 0.09 0.49 0.67 0.35 0.79 1.93 0.86 1.01
C2' 0.30 0.31 0.31 0.41 0.30 0.61 0.33 1.07 0.33 0.34 0.32 0.29 0.40 0.36 0.30 0.72 0.35 0.49 0.88 2.15 1.07 1.20
C3' 0.32 0.43 0.37 0.51 0.31 0.69 0.26 1.21 0.27 0.24 0.38 0.40 0.24 0.23 0.28 0.76 0.47 0.53 1.03 2.45 1.12 1.39
C4 0.18 0.21 0.25 0.94 0.15 0.90 0.15 1.58 0.18 0.14 0.14 0.21 0.30 0.17 0.15 0.52 1.02 0.46 1.31 2.63 1.31 1.67
C4' 0.12 0.22 0.19 0.50 0.11 0.61 0.09 1.12 0.08 0.11 0.16 0.19 0.14 0.14 0.09 0.62 0.48 0.39 0.88 2.25 0.96 1.20
C5 0.17 0.20 0.22 0.90 0.14 0.91 0.13 1.62 0.16 0.12 0.14 0.21 0.29 0.15 0.13 0.58 0.96 0.48 1.38 2.79 1.44 1.80
C5' 0.14 0.21 0.21 0.59 0.12 0.69 0.10 1.27 0.10 0.12 0.14 0.20 0.18 0.15 0.11 0.65 0.60 0.41 1.01 2.47 1.09 1.39
C6 0.13 0.19 0.17 0.77 0.10 0.81 0.11 1.45 0.13 0.11 0.11 0.18 0.26 0.15 0.10 0.59 0.80 0.45 1.19 2.56 1.24 1.56
N1 0.10 0.18 0.14 0.64 0.08 0.68 0.10 1.20 0.10 0.12 0.11 0.16 0.24 0.16 0.08 0.55 0.67 0.38 0.92 2.17 0.98 1.20
N3 0.13 0.21 0.19 0.80 0.12 0.75 0.13 1.30 0.16 0.13 0.13 0.18 0.30 0.17 0.11 0.46 0.85 0.38 0.99 2.18 0.96 1.24
O2 0.11 0.20 0.13 0.50 0.10 0.48 0.12 0.83 0.09 0.16 0.17 0.15 0.21 0.19 0.11 0.46 0.52 0.28 0.54 1.53 0.88 0.69
O2' 0.35 0.35 0.55 0.37 0.32 0.47 0.31 0.84 0.28 0.36 0.30 0.35 0.32 0.36 0.34 0.96 0.44 0.39 0.67 1.67 1.12 0.96
O3' 0.28 0.23 0.50 0.28 0.24 0.49 0.31 1.04 0.25 0.41 0.18 0.22 0.35 0.45 0.30 0.91 0.27 0.37 0.89 2.33 1.03 1.27
O4 0.23 0.22 0.34 1.10 0.18 1.01 0.18 1.75 0.21 0.18 0.18 0.23 0.31 0.20 0.19 0.51 1.20 0.49 1.50 2.81 1.52 1.89
O4' 0.17 0.24 0.24 0.60 0.17 0.62 0.18 1.08 0.17 0.21 0.19 0.22 0.23 0.23 0.17 0.57 0.63 0.37 0.80 2.04 0.89 1.05
O5' 0.20 0.26 0.21 0.69 0.17 0.81 0.14 1.46 0.14 0.15 0.19 0.25 0.22 0.17 0.16 0.69 0.71 0.48 1.21 2.74 1.34 1.67
OP1 0.40 0.34 0.42 0.78 0.36 0.95 0.37 1.67 0.34 0.41 0.30 0.37 0.39 0.42 0.38 0.84 0.79 0.63 1.40 2.98 1.75 1.95
OP2 0.56 0.59 0.47 0.88 0.48 1.05 0.38 1.77 0.37 0.37 0.47 0.60 0.33 0.33 0.47 0.96 0.96 0.74 1.61 3.27 1.85 2.21
P 0.29 0.30 0.26 0.71 0.24 0.84 0.20 1.56 0.18 0.22 0.21 0.31 0.23 0.22 0.24 0.80 0.77 0.49 1.33 2.93 1.55 1.86

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.00 0.30 0.29 0.51 0.36
C2 0.04 0.00 0.29 0.95 0.02 0.98 0.02 1.58 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.34 0.91 0.59 1.25 2.17 1.06 1.42
C2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06 0.12 0.12 0.15 0.21 0.30 0.08 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.44 0.60 0.66 0.49
C3' 0.01 0.95 0.01 0.00 0.50 0.01 0.33 0.02 0.49 0.39 0.76 0.92 0.40 0.28 0.15 0.02 0.01 0.02 0.39 0.49 0.52 0.34
C4 0.02 0.02 0.14 0.50 0.00 0.47 0.00 0.69 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.23 0.41 0.30 0.41 0.86 0.60 0.39
C4' 0.01 0.98 0.01 0.01 0.47 0.00 0.25 0.01 0.44 0.41 0.76 0.94 0.32 0.25 0.07 0.18 0.02 0.01 0.01 0.35 0.19 0.15
C5 0.02 0.02 0.06 0.33 0.00 0.25 0.00 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.22 0.26 0.12 0.38 0.62 1.01 0.45
C5' 0.05 1.58 0.12 0.02 0.69 0.01 0.40 0.00 0.73 0.66 1.25 1.44 0.55 0.44 0.14 0.08 0.13 0.01 0.01 0.28 0.30 0.02
C6 0.03 0.02 0.12 0.49 0.02 0.44 0.01 0.73 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.45 0.24 0.40 1.13 0.80 0.47
C8 0.02 0.03 0.15 0.39 0.01 0.41 0.02 0.66 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.00 0.00 0.16 0.35 0.31 1.20 0.86 1.80 1.35
N1 0.04 0.01 0.21 0.76 0.02 0.76 0.01 1.25 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.33 0.73 0.44 0.88 1.86 0.78 1.03
N3 0.04 0.01 0.30 0.92 0.01 0.94 0.01 1.44 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.32 0.82 0.61 1.11 1.74 0.90 1.17
N6 0.04 0.02 0.08 0.40 0.03 0.32 0.03 0.55 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.28 0.36 0.15 0.35 0.95 1.07 0.46
N7 0.02 0.02 0.10 0.28 0.01 0.25 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.18 0.25 0.17 1.00 0.63 1.79 1.18
N9 0.01 0.03 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.12 0.08 0.01 0.47 0.28 0.90 0.54
O2' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.23 0.18 0.22 0.08 0.27 0.16 0.33 0.32 0.28 0.18 0.12 0.00 0.05 0.14 0.18 0.65 0.39 0.33
O3' 0.16 0.91 0.02 0.01 0.41 0.02 0.26 0.13 0.45 0.35 0.73 0.82 0.36 0.25 0.08 0.05 0.00 0.11 0.30 0.54 0.43 0.28
O4' 0.00 0.59 0.01 0.02 0.30 0.01 0.12 0.01 0.24 0.31 0.44 0.61 0.15 0.17 0.01 0.14 0.11 0.00 0.12 0.24 0.29 0.26
O5' 0.30 1.25 0.44 0.39 0.41 0.01 0.38 0.01 0.40 1.20 0.88 1.11 0.35 1.00 0.47 0.18 0.30 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 2.17 0.60 0.49 0.86 0.35 0.62 0.28 1.13 0.86 1.86 1.74 0.95 0.63 0.28 0.65 0.54 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 1.06 0.66 0.52 0.60 0.19 1.01 0.30 0.80 1.80 0.78 0.90 1.07 1.79 0.90 0.39 0.43 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.36 1.42 0.49 0.34 0.39 0.15 0.45 0.02 0.47 1.35 1.03 1.17 0.46 1.18 0.54 0.33 0.28 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00