Doublet Group distance statistics: 51933

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 1, 2, 3, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.007, 0.041, 0.074, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.041 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.037, 0.097, 0.157, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.097 std_dev=0.060
O4 A 0, -0.002, 0.064, 0.129, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.064 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.024, 0.097, 0.171, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.097 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.075, 0.178, 0.280, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.178 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.073, 0.187, 0.300, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.187 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.073, 0.190, 0.307, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.190 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.113, 0.254, 0.396, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.254 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.129, 0.339, 0.549, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.339 std_dev=0.210
C1' B 0, 0.322, 0.613, 0.904, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.613 std_dev=0.291
N9 B 0, 0.252, 0.544, 0.837, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.544 std_dev=0.293
N3 B 0, 0.210, 0.503, 0.795, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.503 std_dev=0.293
P A 0, 0.273, 0.566, 0.859, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.566 std_dev=0.293
C4 B 0, 0.204, 0.501, 0.798, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.501 std_dev=0.297
O5' A 0, 0.154, 0.482, 0.809, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.482 std_dev=0.327
C8 B 0, 0.245, 0.578, 0.911, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.578 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.315, 0.652, 0.990, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.652 std_dev=0.338
C5 B 0, 0.161, 0.500, 0.838, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.500 std_dev=0.338
C2 B 0, 0.144, 0.494, 0.844, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.494 std_dev=0.350
N7 B 0, 0.195, 0.551, 0.907, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.551 std_dev=0.356
C6 B 0, 0.117, 0.493, 0.870, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.493 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.103, 0.492, 0.881, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.492 std_dev=0.389
C4' B 0, 0.387, 0.786, 1.186, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.786 std_dev=0.400
N6 B 0, 0.085, 0.520, 0.956, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.520 std_dev=0.436
C3' B 0, 0.420, 0.875, 1.330, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.875 std_dev=0.455
P B 0, 0.384, 0.852, 1.320, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.852 std_dev=0.468
O3' B 0, 0.362, 0.851, 1.340, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.851 std_dev=0.489
O5' B 0, 0.368, 0.858, 1.348, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.858 std_dev=0.490
C5' B 0, 0.381, 0.884, 1.387, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.884 std_dev=0.503
OP1 B 0, 0.376, 0.914, 1.452, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.914 std_dev=0.538
C2' B 0, 0.346, 0.893, 1.440, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.893 std_dev=0.547
OP2 B 0, 0.365, 0.976, 1.588, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.976 std_dev=0.612
O2' B 0, 0.254, 1.106, 1.958, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.106 std_dev=0.852
OP1 A 0, 0.275, 1.295, 2.316, 2.972 max_d=2.972 avg_d=1.295 std_dev=1.020
OP2 A 0, 0.140, 1.234, 2.328, 3.049 max_d=3.049 avg_d=1.234 std_dev=1.094

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.36 0.21 0.13
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.02 0.21 0.39 0.41 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.34 0.18 0.12
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.11 0.44 0.15 0.13
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.00 0.03 0.29 0.52 0.74 0.18
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.00 0.02 0.32 0.30 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.32 0.59 0.73 0.17
C5' 0.04 0.09 0.03 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.09 0.12 0.05 0.07 0.03 0.17 0.03 0.01 0.31 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.29 0.53 0.49 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.21 0.42 0.33 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.01 0.02 0.25 0.44 0.59 0.15
O2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.09 0.01 0.04 0.17 0.36 0.33 0.12
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.09 0.07 0.05 0.07 0.03 0.04 0.11 0.13 0.00 0.05 0.11 0.06 0.07 0.39 0.18 0.11
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.09 0.05 0.00 0.07 0.02 0.17 0.67 0.15 0.18
O4 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.06 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.00 0.03 0.30 0.55 0.85 0.20
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.14 0.38 0.32 0.18
O5' 0.13 0.21 0.07 0.11 0.29 0.02 0.32 0.01 0.29 0.21 0.25 0.17 0.07 0.17 0.30 0.14 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.36 0.39 0.34 0.44 0.52 0.32 0.59 0.31 0.53 0.42 0.44 0.36 0.39 0.67 0.55 0.38 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.41 0.18 0.15 0.74 0.30 0.73 0.39 0.49 0.33 0.59 0.33 0.18 0.15 0.85 0.32 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.12 0.13 0.18 0.08 0.17 0.01 0.14 0.12 0.15 0.12 0.11 0.18 0.20 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.23 0.17 0.21 0.16 0.13 0.13 0.13 0.15 0.10 0.22 0.21 0.12 0.10 0.14 0.09 0.13 0.13 0.15 0.27 0.40 0.23
C2 0.18 0.23 0.24 0.25 0.16 0.15 0.12 0.10 0.12 0.10 0.20 0.21 0.07 0.08 0.14 0.16 0.14 0.13 0.13 0.26 0.40 0.21
C2' 0.17 0.28 0.15 0.23 0.20 0.15 0.18 0.09 0.23 0.14 0.29 0.24 0.22 0.14 0.16 0.10 0.14 0.15 0.13 0.28 0.42 0.23
C3' 0.16 0.27 0.16 0.24 0.19 0.15 0.18 0.08 0.22 0.14 0.27 0.23 0.21 0.15 0.16 0.09 0.14 0.15 0.12 0.28 0.41 0.22
C4 0.25 0.24 0.42 0.37 0.20 0.23 0.14 0.14 0.11 0.15 0.17 0.25 0.06 0.11 0.19 0.41 0.25 0.15 0.18 0.29 0.42 0.25
C4' 0.16 0.25 0.16 0.22 0.17 0.14 0.16 0.10 0.18 0.12 0.24 0.22 0.17 0.12 0.14 0.07 0.13 0.13 0.13 0.27 0.42 0.22
C5 0.23 0.25 0.39 0.35 0.19 0.22 0.14 0.13 0.12 0.13 0.18 0.24 0.07 0.10 0.18 0.36 0.24 0.15 0.17 0.28 0.41 0.24
C5' 0.16 0.24 0.18 0.23 0.17 0.15 0.15 0.13 0.18 0.12 0.23 0.21 0.16 0.12 0.14 0.09 0.13 0.14 0.14 0.27 0.40 0.22
C6 0.20 0.24 0.31 0.30 0.18 0.18 0.13 0.10 0.13 0.11 0.20 0.23 0.08 0.09 0.16 0.25 0.19 0.13 0.14 0.27 0.40 0.22
N1 0.18 0.24 0.24 0.25 0.16 0.15 0.12 0.11 0.13 0.10 0.21 0.21 0.09 0.09 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13 0.26 0.39 0.21
N3 0.21 0.24 0.34 0.31 0.18 0.19 0.13 0.11 0.11 0.13 0.18 0.23 0.06 0.10 0.17 0.30 0.19 0.14 0.16 0.28 0.41 0.23
O2 0.15 0.21 0.16 0.20 0.15 0.13 0.11 0.12 0.13 0.09 0.20 0.19 0.07 0.07 0.12 0.07 0.10 0.13 0.13 0.26 0.39 0.20
O2' 0.25 0.36 0.20 0.29 0.29 0.22 0.28 0.15 0.32 0.22 0.37 0.33 0.32 0.23 0.25 0.19 0.20 0.24 0.18 0.31 0.50 0.28
O3' 0.18 0.30 0.16 0.27 0.23 0.19 0.23 0.09 0.27 0.18 0.32 0.26 0.28 0.20 0.19 0.14 0.17 0.19 0.12 0.29 0.42 0.22
O4 0.28 0.24 0.52 0.43 0.21 0.28 0.15 0.19 0.11 0.17 0.15 0.26 0.07 0.13 0.22 0.54 0.31 0.17 0.23 0.32 0.44 0.28
O4' 0.16 0.22 0.18 0.22 0.16 0.13 0.13 0.14 0.14 0.10 0.20 0.20 0.12 0.10 0.14 0.10 0.13 0.13 0.16 0.28 0.41 0.23
O5' 0.22 0.28 0.26 0.28 0.22 0.21 0.19 0.20 0.21 0.16 0.26 0.26 0.18 0.16 0.20 0.18 0.18 0.20 0.17 0.25 0.35 0.21
OP1 0.39 0.53 0.43 0.44 0.39 0.38 0.34 0.28 0.37 0.30 0.48 0.48 0.32 0.29 0.35 0.34 0.30 0.36 0.26 0.41 0.50 0.30
OP2 0.37 0.37 0.31 0.30 0.35 0.37 0.30 0.44 0.28 0.32 0.32 0.38 0.24 0.29 0.35 0.46 0.56 0.40 0.42 0.45 0.39 0.40
P 0.09 0.16 0.16 0.18 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.14 0.13 0.10 0.08 0.08 0.09 0.14 0.08 0.14 0.30 0.37 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.13 0.21 0.19 0.14
C2 0.03 0.00 0.21 0.13 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.11 0.15 0.24 0.29 0.18
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.15 0.06 0.19 0.14 0.22 0.05 0.14 0.04 0.00 0.05 0.01 0.29 0.47 0.28 0.39
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.10 0.07 0.12 0.12 0.10 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.16 0.24 0.17
C4 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.06 0.15 0.24 0.28 0.18
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.14 0.02 0.01 0.02 0.04 0.14 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.11 0.04 0.15 0.24 0.33 0.20
C5' 0.05 0.11 0.15 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.13 0.13 0.10 0.17 0.16 0.09 0.06 0.16 0.03 0.01 0.07 0.12 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.12 0.05 0.16 0.24 0.35 0.20
C8 0.02 0.01 0.19 0.07 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.08 0.08 0.14 0.25 0.30 0.19
N1 0.02 0.00 0.14 0.12 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.08 0.16 0.24 0.33 0.19
N3 0.03 0.00 0.22 0.12 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.19 0.10 0.15 0.23 0.26 0.17
N6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05 0.16 0.24 0.39 0.20
N7 0.01 0.00 0.14 0.07 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.08 0.06 0.15 0.25 0.35 0.20
N9 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.02 0.14 0.23 0.26 0.17
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.05 0.14 0.12 0.06 0.07 0.27 0.11 0.24 0.13 0.26 0.11 0.00 0.09 0.09 0.26 0.59 0.26 0.41
O3' 0.21 0.18 0.05 0.01 0.15 0.02 0.11 0.16 0.12 0.08 0.15 0.19 0.10 0.08 0.13 0.09 0.00 0.15 0.14 0.16 0.36 0.19
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.08 0.10 0.05 0.06 0.02 0.09 0.15 0.00 0.13 0.16 0.29 0.16
O5' 0.13 0.15 0.29 0.05 0.15 0.02 0.15 0.01 0.16 0.14 0.16 0.15 0.16 0.15 0.14 0.26 0.14 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.24 0.47 0.16 0.24 0.04 0.24 0.07 0.24 0.25 0.24 0.23 0.24 0.25 0.23 0.59 0.16 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.29 0.28 0.24 0.28 0.14 0.33 0.12 0.35 0.30 0.33 0.26 0.39 0.35 0.26 0.26 0.36 0.29 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.18 0.39 0.17 0.18 0.04 0.20 0.02 0.20 0.19 0.19 0.17 0.20 0.20 0.17 0.41 0.19 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00