ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51934

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 1, 3, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.017, 0.028, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.024, 0.038, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.038 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.021, 0.036, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.036 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.020, 0.038, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.038 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.024, 0.043, 0.061, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.043 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.048, 0.086, 0.123, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.086 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.026, 0.091, 0.156, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.091 std_dev=0.065
C2 B 0, 0.320, 0.599, 0.878, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.599 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.532, 0.888, 1.244, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.888 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.424, 0.808, 1.192, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.808 std_dev=0.384
C2' A 0, 0.550, 0.941, 1.331, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.941 std_dev=0.391
C4 B 0, 0.543, 0.956, 1.368, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.956 std_dev=0.413
N1 B 0, 0.785, 1.287, 1.790, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.287 std_dev=0.503
N9 B 0, 0.727, 1.242, 1.757, 1.755 max_d=1.755 avg_d=1.242 std_dev=0.515
O2' A 0, 1.006, 1.607, 2.207, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.607 std_dev=0.600
C3' A 0, 0.784, 1.389, 1.995, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.389 std_dev=0.605
C4' A 0, 0.679, 1.303, 1.928, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.303 std_dev=0.624
C5 B 0, 0.858, 1.520, 2.182, 2.450 max_d=2.450 avg_d=1.520 std_dev=0.662
C1' B 0, 1.226, 1.942, 2.659, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.942 std_dev=0.716
C6 B 0, 1.132, 1.875, 2.618, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.875 std_dev=0.743
C8 B 0, 0.792, 1.548, 2.305, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.548 std_dev=0.757
C2' B 0, 1.052, 1.911, 2.769, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.911 std_dev=0.858
O5' A 0, 0.622, 1.507, 2.393, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.507 std_dev=0.886
O3' A 0, 1.094, 1.984, 2.874, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.984 std_dev=0.890
N7 B 0, 1.058, 1.952, 2.846, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.952 std_dev=0.894
C5' A 0, 0.757, 1.677, 2.597, 2.796 max_d=2.796 avg_d=1.677 std_dev=0.920
O3' B 0, 1.332, 2.333, 3.333, 3.186 max_d=3.186 avg_d=2.333 std_dev=1.001
P A 0, 1.737, 2.768, 3.798, 3.700 max_d=3.700 avg_d=2.768 std_dev=1.031
C3' B 0, 1.457, 2.543, 3.629, 3.787 max_d=3.787 avg_d=2.543 std_dev=1.086
N6 B 0, 1.749, 2.850, 3.952, 4.102 max_d=4.102 avg_d=2.850 std_dev=1.102
O4' B 0, 1.832, 2.963, 4.093, 3.986 max_d=3.986 avg_d=2.963 std_dev=1.131
C4' B 0, 1.951, 3.244, 4.537, 4.478 max_d=4.478 avg_d=3.244 std_dev=1.293
OP1 A 0, 2.113, 3.406, 4.700, 4.714 max_d=4.714 avg_d=3.406 std_dev=1.294
OP2 A 0, 2.485, 3.929, 5.373, 4.676 max_d=4.676 avg_d=3.929 std_dev=1.444
O2' B 0, 0.875, 2.477, 4.079, 4.150 max_d=4.150 avg_d=2.477 std_dev=1.602
C5' B 0, 2.059, 4.178, 6.296, 6.772 max_d=6.772 avg_d=4.178 std_dev=2.118
O5' B 0, 1.646, 4.250, 6.855, 7.904 max_d=7.904 avg_d=4.250 std_dev=2.604
P B 0, 1.610, 5.509, 9.408, 10.905 max_d=10.905 avg_d=5.509 std_dev=3.899
OP1 B 0, 2.129, 6.071, 10.013, 11.388 max_d=11.388 avg_d=6.071 std_dev=3.942
OP2 B 0, 1.399, 5.864, 10.330, 12.109 max_d=12.109 avg_d=5.864 std_dev=4.466

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.18 0.01 0.00 0.06 0.11 0.12 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.21 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.20 0.01 0.05 0.23 0.20 0.21 0.19
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.12 0.08 0.02 0.07 0.15 0.00 0.03 0.04 0.02 0.28 0.36 0.45 0.33
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.29 0.00 0.31 0.02 0.27 0.18 0.26 0.20 0.01 0.01 0.30 0.01 0.09 0.26 0.25 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.29 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.20 0.00 0.02 0.42 0.45 0.60 0.48
C4' 0.00 0.08 0.02 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.12 0.04 0.22 0.03 0.16 0.00 0.01 0.16 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.31 0.00 0.17 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.01 0.05 0.47 0.51 0.72 0.56
C5' 0.03 0.11 0.12 0.02 0.24 0.01 0.26 0.00 0.21 0.11 0.18 0.06 0.10 0.10 0.26 0.02 0.01 0.13 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.39 0.39 0.54 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.01 0.02 0.21 0.19 0.24 0.21
N3 0.02 0.00 0.07 0.26 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.01 0.03 0.33 0.31 0.38 0.33
O2 0.04 0.00 0.15 0.20 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.33 0.31 0.01 0.08 0.18 0.17 0.11 0.09
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.27 0.22 0.19 0.10 0.13 0.15 0.31 0.33 0.00 0.03 0.31 0.17 0.20 0.33 0.53 0.30
O3' 0.18 0.20 0.03 0.01 0.20 0.03 0.20 0.10 0.15 0.08 0.20 0.31 0.03 0.00 0.23 0.13 0.12 0.21 0.25 0.14
O4 0.01 0.01 0.04 0.30 0.00 0.16 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.00 0.02 0.45 0.50 0.66 0.52
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.17 0.13 0.02 0.00 0.08 0.09 0.20 0.15
O5' 0.06 0.23 0.28 0.09 0.42 0.01 0.47 0.01 0.39 0.21 0.33 0.18 0.20 0.12 0.45 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.20 0.36 0.26 0.45 0.16 0.51 0.13 0.39 0.19 0.31 0.17 0.33 0.21 0.50 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.21 0.45 0.25 0.60 0.09 0.72 0.03 0.54 0.24 0.38 0.11 0.53 0.25 0.66 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.19 0.33 0.17 0.48 0.05 0.56 0.01 0.43 0.21 0.33 0.09 0.30 0.14 0.52 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.21 0.29 0.37 0.19 0.33 0.15 0.28 0.14 0.18 0.17 0.21 0.13 0.15 0.19 0.44 0.21 0.33 0.40 1.50 0.84 0.70
C2 0.20 0.22 0.27 0.34 0.19 0.37 0.16 0.40 0.14 0.18 0.17 0.22 0.14 0.16 0.19 0.42 0.19 0.40 0.55 1.31 1.11 0.75
C2' 0.28 0.30 0.30 0.43 0.28 0.40 0.28 0.32 0.29 0.29 0.30 0.29 0.30 0.28 0.28 0.39 0.30 0.46 0.45 1.69 0.80 0.79
C3' 0.35 0.36 0.36 0.48 0.35 0.54 0.35 0.51 0.35 0.36 0.36 0.35 0.36 0.36 0.36 0.42 0.31 0.59 0.51 1.46 0.98 0.71
C4 0.16 0.15 0.25 0.31 0.17 0.50 0.18 0.77 0.18 0.18 0.15 0.17 0.21 0.19 0.17 0.47 0.20 0.49 1.04 1.13 2.02 1.26
C4' 0.26 0.22 0.31 0.40 0.21 0.39 0.18 0.37 0.16 0.21 0.19 0.23 0.16 0.18 0.23 0.45 0.21 0.40 0.44 1.46 0.93 0.69
C5 0.19 0.16 0.28 0.34 0.18 0.49 0.19 0.74 0.18 0.20 0.15 0.17 0.21 0.21 0.19 0.42 0.18 0.48 0.98 1.12 1.98 1.21
C5' 0.26 0.22 0.36 0.42 0.21 0.46 0.17 0.52 0.15 0.20 0.18 0.24 0.14 0.17 0.22 0.46 0.19 0.45 0.63 1.32 1.27 0.81
C6 0.20 0.17 0.30 0.36 0.19 0.45 0.18 0.59 0.17 0.21 0.15 0.19 0.19 0.20 0.20 0.41 0.15 0.44 0.76 1.14 1.59 0.95
N1 0.21 0.20 0.29 0.36 0.19 0.39 0.17 0.43 0.15 0.19 0.16 0.21 0.15 0.18 0.20 0.42 0.17 0.40 0.56 1.28 1.18 0.75
N3 0.17 0.18 0.24 0.31 0.17 0.43 0.16 0.58 0.15 0.16 0.14 0.19 0.18 0.16 0.17 0.46 0.18 0.45 0.79 1.15 1.54 0.96
O2 0.23 0.25 0.27 0.38 0.22 0.33 0.17 0.25 0.16 0.19 0.22 0.25 0.11 0.16 0.21 0.42 0.25 0.36 0.43 1.56 0.78 0.75
O2' 0.44 0.49 0.50 0.73 0.43 0.52 0.39 0.46 0.39 0.36 0.46 0.48 0.32 0.33 0.41 0.29 0.64 0.43 0.40 1.96 0.50 0.91
O3' 0.57 0.49 0.50 0.74 0.55 0.73 0.58 0.66 0.56 0.63 0.51 0.51 0.60 0.63 0.58 0.27 0.58 0.75 0.29 1.42 0.68 0.44
O4 0.12 0.13 0.22 0.30 0.14 0.55 0.17 0.95 0.19 0.16 0.17 0.13 0.23 0.18 0.14 0.55 0.28 0.54 1.29 1.26 2.44 1.60
O4' 0.24 0.18 0.29 0.35 0.18 0.32 0.14 0.30 0.12 0.19 0.14 0.21 0.15 0.15 0.20 0.47 0.20 0.31 0.42 1.42 0.92 0.68
O5' 0.31 0.33 0.46 0.52 0.30 0.63 0.27 0.79 0.26 0.28 0.30 0.34 0.24 0.26 0.30 0.48 0.22 0.63 0.96 1.24 1.76 1.13
OP1 0.27 0.27 0.42 0.47 0.25 0.62 0.22 0.84 0.21 0.26 0.23 0.28 0.21 0.24 0.25 0.51 0.15 0.60 1.05 1.23 1.93 1.25
OP2 0.26 0.31 0.42 0.45 0.24 0.68 0.18 1.03 0.17 0.18 0.24 0.31 0.12 0.16 0.23 0.64 0.26 0.67 1.37 1.44 2.40 1.65
P 0.22 0.27 0.42 0.44 0.21 0.60 0.15 0.86 0.14 0.16 0.21 0.26 0.10 0.13 0.20 0.59 0.22 0.57 1.14 1.35 2.06 1.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.01 0.31 0.37 0.43 0.35
C2 0.03 0.00 0.13 0.15 0.00 0.36 0.01 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.53 0.24 0.40 0.82 0.97 1.38 0.93
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.17 0.06 0.08 0.09 0.13 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.45 0.42 0.57 0.46
C3' 0.03 0.15 0.00 0.00 0.13 0.00 0.22 0.02 0.20 0.31 0.14 0.15 0.25 0.32 0.16 0.03 0.00 0.01 0.26 0.74 0.40 0.40
C4 0.02 0.00 0.06 0.13 0.00 0.14 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.11 0.20 0.40 1.02 0.56 0.59
C4' 0.03 0.36 0.01 0.00 0.14 0.00 0.08 0.00 0.10 0.33 0.24 0.36 0.09 0.26 0.08 0.23 0.01 0.00 0.01 0.46 0.27 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.04 0.06 0.58 1.59 0.73 0.95
C5' 0.09 0.57 0.17 0.02 0.10 0.00 0.20 0.00 0.06 0.72 0.33 0.55 0.20 0.62 0.24 0.12 0.15 0.02 0.00 0.41 0.34 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.20 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.06 0.15 0.46 1.56 0.61 0.82
C8 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.33 0.01 0.72 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.16 0.29 1.15 1.82 1.50 1.50
N1 0.02 0.00 0.09 0.14 0.00 0.24 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.45 0.15 0.30 0.55 1.20 0.95 0.73
N3 0.03 0.00 0.13 0.15 0.00 0.36 0.00 0.55 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.51 0.25 0.41 0.78 0.83 1.22 0.85
N6 0.02 0.00 0.05 0.25 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.06 0.08 0.58 1.91 0.75 1.05
N7 0.01 0.01 0.07 0.32 0.00 0.26 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.14 0.17 1.07 2.09 1.43 1.52
N9 0.00 0.01 0.03 0.16 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.10 0.03 0.57 1.05 0.69 0.76
O2' 0.02 0.53 0.00 0.03 0.31 0.23 0.30 0.12 0.36 0.26 0.45 0.51 0.35 0.28 0.16 0.00 0.07 0.16 0.21 0.27 0.51 0.23
O3' 0.24 0.24 0.02 0.00 0.11 0.01 0.04 0.15 0.06 0.16 0.15 0.25 0.06 0.14 0.10 0.07 0.00 0.17 0.15 0.98 0.29 0.40
O4' 0.01 0.40 0.03 0.01 0.20 0.00 0.06 0.02 0.15 0.29 0.30 0.41 0.08 0.17 0.03 0.16 0.17 0.00 0.19 0.18 0.51 0.26
O5' 0.31 0.82 0.45 0.26 0.40 0.01 0.58 0.00 0.46 1.15 0.55 0.78 0.58 1.07 0.57 0.21 0.15 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.37 0.97 0.42 0.74 1.02 0.46 1.59 0.41 1.56 1.82 1.20 0.83 1.91 2.09 1.05 0.27 0.98 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 1.38 0.57 0.40 0.56 0.27 0.73 0.34 0.61 1.50 0.95 1.22 0.75 1.43 0.69 0.51 0.29 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.35 0.93 0.46 0.40 0.59 0.08 0.95 0.01 0.82 1.50 0.73 0.85 1.05 1.52 0.76 0.23 0.40 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00