Doublet Group distance statistics: 51938

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 13, 16, 16, 6, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1	A	0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O2	A	0, 0.024, 0.056, 0.087, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.056 std_dev=0.032
O4	A	0, 0.046, 0.117, 0.188, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.117 std_dev=0.071
N3	B	0, 0.111, 0.268, 0.425, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.268 std_dev=0.157
C4	B	0, 0.125, 0.287, 0.449, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.287 std_dev=0.162
C2	B	0, 0.101, 0.264, 0.426, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.264 std_dev=0.163
O2	B	0, 0.108, 0.273, 0.438, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.273 std_dev=0.165
N4	B	0, 0.140, 0.310, 0.479, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.310 std_dev=0.170
N1	B	0, 0.112, 0.287, 0.461, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.287 std_dev=0.175
C1'	B	0, 0.132, 0.314, 0.496, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.314 std_dev=0.182
C2'	B	0, 0.118, 0.301, 0.485, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.301 std_dev=0.183
C5	B	0, 0.126, 0.312, 0.497, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.312 std_dev=0.186
O2'	B	0, 0.141, 0.327, 0.513, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.327 std_dev=0.186
C6	B	0, 0.123, 0.315, 0.506, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.315 std_dev=0.191
C3'	B	0, 0.134, 0.358, 0.581, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.358 std_dev=0.223
O4'	B	0, 0.151, 0.375, 0.599, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.375 std_dev=0.224
C4'	B	0, 0.136, 0.396, 0.655, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.396 std_dev=0.259
O3'	B	0, 0.136, 0.397, 0.658, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.397 std_dev=0.261
O5'	B	0, 0.177, 0.458, 0.738, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.458 std_dev=0.280
C5'	B	0, 0.155, 0.466, 0.777, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.466 std_dev=0.311
OP2	B	0, 0.178, 0.515, 0.853, 2.295 max_d=2.295 avg_d=0.515 std_dev=0.338
P	B	0, 0.190, 0.541, 0.892, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.541 std_dev=0.351
O4'	A	0, -0.220, 0.160, 0.540, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.160 std_dev=0.380
C2'	A	0, -0.200, 0.199, 0.598, 2.273 max_d=2.273 avg_d=0.199 std_dev=0.399
OP1	B	0, 0.212, 0.631, 1.050, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.631 std_dev=0.419
C4'	A	0, -0.204, 0.263, 0.729, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.263 std_dev=0.466
C3'	A	0, -0.279, 0.286, 0.850, 3.211 max_d=3.211 avg_d=0.286 std_dev=0.564
O2'	A	0, -0.322, 0.294, 0.909, 3.527 max_d=3.527 avg_d=0.294 std_dev=0.616
O3'	A	0, -0.305, 0.384, 1.073, 3.970 max_d=3.970 avg_d=0.384 std_dev=0.689
C5'	A	0, -0.485, 0.471, 1.427, 5.468 max_d=5.468 avg_d=0.471 std_dev=0.956
O5'	A	0, -0.507, 0.502, 1.511, 5.750 max_d=5.750 avg_d=0.502 std_dev=1.009
P	A	0, -0.665, 0.588, 1.841, 7.206 max_d=7.206 avg_d=0.588 std_dev=1.253
OP2	A	0, -0.661, 0.615, 1.891, 7.454 max_d=7.454 avg_d=0.615 std_dev=1.276
OP1	A	0, -0.707, 0.712, 2.130, 8.172 max_d=8.172 avg_d=0.712 std_dev=1.419

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.04	0.01	0.14	0.01	0.00	0.04	0.05	0.06	0.06
C2	0.02	0.00	0.05	0.06	0.01	0.08	0.01	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.07	0.01	0.10	0.14	0.13	0.11	0.14
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.08	0.03	0.02	0.04	0.08	0.00	0.03	0.03	0.01	0.04	0.07	0.09	0.04
C3'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.16	0.00	0.21	0.02	0.19	0.09	0.10	0.10	0.02	0.01	0.17	0.01	0.14	0.12	0.20	0.10
C4	0.01	0.01	0.03	0.16	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.07	0.00	0.02	0.24	0.30	0.39	0.31
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.09	0.00	0.18	0.00	0.19	0.05	0.04	0.20	0.12	0.01	0.10	0.00	0.01	0.08	0.04	0.08
C5	0.02	0.01	0.02	0.21	0.00	0.18	0.00	0.32	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.08	0.01	0.09	0.44	0.48	0.59	0.50
C5'	0.03	0.18	0.08	0.02	0.15	0.00	0.32	0.00	0.32	0.06	0.10	0.39	0.04	0.08	0.16	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.02	0.01	0.03	0.19	0.01	0.19	0.00	0.32	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.07	0.01	0.12	0.43	0.41	0.48	0.43
N1	0.00	0.01	0.02	0.09	0.01	0.05	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.02	0.10	0.06	0.01	0.01	0.12	0.11	0.16	0.11
N3	0.01	0.00	0.04	0.10	0.00	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.12	0.06	0.01	0.07	0.09	0.10	0.16	0.12
O2	0.04	0.01	0.08	0.10	0.01	0.20	0.01	0.39	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.11	0.02	0.17	0.37	0.36	0.30	0.35
O2'	0.01	0.08	0.00	0.02	0.17	0.12	0.19	0.04	0.16	0.10	0.12	0.08	0.00	0.05	0.18	0.09	0.08	0.10	0.11	0.05
O3'	0.14	0.07	0.03	0.01	0.07	0.01	0.08	0.08	0.07	0.06	0.06	0.11	0.05	0.00	0.08	0.09	0.18	0.21	0.24	0.14
O4	0.01	0.01	0.03	0.17	0.00	0.10	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.02	0.18	0.08	0.00	0.02	0.25	0.34	0.44	0.35
O4'	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.00	0.09	0.01	0.12	0.01	0.07	0.17	0.09	0.09	0.02	0.00	0.06	0.11	0.13	0.14
O5'	0.04	0.14	0.04	0.14	0.24	0.01	0.44	0.01	0.43	0.12	0.09	0.37	0.08	0.18	0.25	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.05	0.13	0.07	0.12	0.30	0.08	0.48	0.04	0.41	0.11	0.10	0.36	0.10	0.21	0.34	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.06	0.11	0.09	0.20	0.39	0.04	0.59	0.02	0.48	0.16	0.16	0.30	0.11	0.24	0.44	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.14	0.04	0.10	0.31	0.08	0.50	0.01	0.43	0.11	0.12	0.35	0.05	0.14	0.35	0.14	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.07	0.08	0.09	0.08	0.07	0.08	0.07	0.07	0.07	0.07	0.11	0.09	0.08	0.12	0.07	0.08	0.11	0.17	0.13
C2	0.07	0.08	0.09	0.09	0.07	0.07	0.07	0.07	0.06	0.07	0.06	0.11	0.11	0.09	0.11	0.07	0.07	0.08	0.14	0.10
C2'	0.08	0.09	0.07	0.07	0.08	0.07	0.09	0.07	0.07	0.07	0.07	0.11	0.12	0.08	0.07	0.08	0.09	0.14	0.19	0.14
C3'	0.06	0.07	0.07	0.07	0.08	0.06	0.08	0.06	0.07	0.06	0.07	0.09	0.08	0.10	0.07	0.06	0.07	0.09	0.12	0.09
C4	0.08	0.08	0.09	0.11	0.12	0.09	0.11	0.08	0.09	0.08	0.10	0.15	0.08	0.09	0.13	0.08	0.08	0.09	0.14	0.11
C4'	0.18	0.18	0.17	0.22	0.25	0.21	0.27	0.23	0.24	0.20	0.21	0.28	0.15	0.14	0.23	0.20	0.24	0.24	0.21	0.21
C5	0.08	0.08	0.10	0.11	0.10	0.09	0.09	0.08	0.08	0.08	0.09	0.13	0.08	0.10	0.14	0.08	0.07	0.08	0.14	0.10
C5'	0.36	0.36	0.32	0.40	0.54	0.42	0.57	0.48	0.51	0.41	0.42	0.61	0.26	0.24	0.39	0.42	0.52	0.56	0.56	0.53
C6	0.07	0.06	0.09	0.11	0.08	0.08	0.08	0.07	0.07	0.06	0.06	0.11	0.08	0.09	0.13	0.07	0.06	0.07	0.14	0.09
N1	0.07	0.07	0.08	0.10	0.07	0.07	0.07	0.06	0.06	0.06	0.06	0.10	0.09	0.08	0.12	0.06	0.07	0.08	0.14	0.10
N3	0.06	0.06	0.08	0.09	0.10	0.06	0.09	0.06	0.07	0.05	0.06	0.14	0.09	0.08	0.11	0.06	0.06	0.07	0.14	0.10
O2	0.11	0.12	0.11	0.11	0.08	0.10	0.08	0.10	0.08	0.10	0.11	0.10	0.14	0.11	0.13	0.10	0.09	0.10	0.14	0.11
O2'	0.14	0.14	0.13	0.11	0.11	0.11	0.13	0.10	0.09	0.11	0.10	0.20	0.21	0.16	0.12	0.12	0.13	0.21	0.28	0.21
O3'	0.07	0.07	0.08	0.10	0.09	0.08	0.12	0.11	0.10	0.07	0.07	0.12	0.09	0.10	0.11	0.07	0.15	0.21	0.26	0.21
O4	0.11	0.12	0.11	0.13	0.15	0.11	0.14	0.11	0.13	0.12	0.14	0.17	0.11	0.10	0.14	0.11	0.10	0.11	0.16	0.13
O4'	0.18	0.18	0.21	0.26	0.23	0.22	0.24	0.23	0.22	0.20	0.20	0.24	0.16	0.17	0.29	0.19	0.24	0.23	0.19	0.19
O5'	0.33	0.33	0.29	0.40	0.55	0.41	0.59	0.48	0.51	0.40	0.41	0.64	0.22	0.21	0.38	0.40	0.53	0.59	0.59	0.55
OP1	0.33	0.33	0.28	0.40	0.58	0.43	0.65	0.54	0.56	0.41	0.41	0.69	0.22	0.20	0.38	0.42	0.60	0.72	0.73	0.67
OP2	0.30	0.29	0.25	0.38	0.55	0.40	0.62	0.51	0.52	0.37	0.37	0.66	0.21	0.19	0.37	0.37	0.57	0.69	0.69	0.63
P	0.31	0.31	0.27	0.39	0.56	0.40	0.62	0.50	0.53	0.38	0.39	0.67	0.21	0.19	0.38	0.39	0.56	0.66	0.66	0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.07	0.05
C2	0.01	0.00	0.04	0.04	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.02	0.04	0.05	0.10	0.07
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.04	0.06	0.00	0.02	0.00	0.03	0.03	0.07	0.04
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.05	0.06	0.06	0.02	0.01	0.01	0.04	0.05	0.07	0.04
C4	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.06	0.02	0.06	0.08	0.13	0.09
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.02	0.03	0.03	0.05	0.02	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.02	0.06	0.08	0.13	0.10
C5'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.04	0.02	0.03	0.05	0.03	0.05	0.02	0.01	0.01	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.02	0.06	0.06	0.10	0.08
N1	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.04	0.05	0.09	0.07
N3	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.06	0.02	0.05	0.07	0.12	0.09
N4	0.01	0.01	0.04	0.06	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.08	0.02	0.07	0.09	0.13	0.10
O2	0.03	0.01	0.06	0.06	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.08	0.03	0.04	0.05	0.10	0.07
O2'	0.01	0.04	0.00	0.02	0.03	0.05	0.02	0.05	0.02	0.02	0.04	0.03	0.07	0.00	0.03	0.04	0.04	0.07	0.05	0.04
O3'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.06	0.02	0.06	0.02	0.05	0.03	0.06	0.08	0.08	0.03	0.00	0.02	0.05	0.09	0.08	0.05
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.00	0.04	0.06	0.07	0.06
O5'	0.03	0.04	0.03	0.04	0.06	0.01	0.06	0.01	0.06	0.04	0.05	0.07	0.04	0.04	0.05	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.04	0.05	0.03	0.05	0.08	0.04	0.08	0.04	0.06	0.05	0.07	0.09	0.05	0.07	0.09	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.07	0.10	0.07	0.07	0.13	0.03	0.13	0.02	0.10	0.09	0.12	0.13	0.10	0.05	0.08	0.07	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.07	0.04	0.04	0.09	0.02	0.10	0.01	0.08	0.07	0.09	0.10	0.07	0.04	0.05	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00