ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51940

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 3, 5, 7, 17, 18, 16, 7, 3, 4, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.027, 0.039, 0.051, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.039 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.036, 0.049, 0.061, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.049 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.037, 0.049, 0.062, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.035, 0.048, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.035, 0.048, 0.062, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.048 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.055, 0.086, 0.118, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.170, 0.238, 0.306, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.238 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.819, 0.958, 1.096, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.958 std_dev=0.138
O4' A 0, 0.067, 0.309, 0.550, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.309 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.597, 0.846, 1.096, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.846 std_dev=0.249
N2 B 0, 0.717, 0.971, 1.224, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.971 std_dev=0.254
C2' A 0, 0.397, 0.656, 0.915, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.656 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.769, 1.031, 1.293, 1.489 max_d=1.489 avg_d=1.031 std_dev=0.262
C3' A 0, 1.357, 1.633, 1.910, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.633 std_dev=0.277
C6 B 0, 1.202, 1.514, 1.827, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.514 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.659, 0.972, 1.284, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.972 std_dev=0.312
N1 B 0, 1.032, 1.349, 1.666, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.349 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.447, 0.765, 1.084, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.765 std_dev=0.318
O6 B 0, 1.508, 1.848, 2.188, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.848 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.942, 1.283, 1.623, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.283 std_dev=0.340
C5' A 0, 1.081, 1.428, 1.775, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.428 std_dev=0.347
N9 B 0, 0.502, 0.872, 1.243, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.872 std_dev=0.370
O5' A 0, 1.904, 2.296, 2.687, 3.267 max_d=3.267 avg_d=2.296 std_dev=0.392
N7 B 0, 0.921, 1.348, 1.774, 2.211 max_d=2.211 avg_d=1.348 std_dev=0.427
P A 0, 2.976, 3.427, 3.878, 4.444 max_d=4.444 avg_d=3.427 std_dev=0.451
C8 B 0, 0.631, 1.090, 1.549, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.090 std_dev=0.459
O2' A 0, 0.832, 1.292, 1.752, 1.940 max_d=1.940 avg_d=1.292 std_dev=0.460
O3' A 0, 2.422, 2.900, 3.379, 3.356 max_d=3.356 avg_d=2.900 std_dev=0.478
OP1 A 0, 2.888, 3.400, 3.912, 5.186 max_d=5.186 avg_d=3.400 std_dev=0.512
OP2 A 0, 3.396, 4.091, 4.787, 5.167 max_d=5.167 avg_d=4.091 std_dev=0.696
C2' B 0, 0.427, 1.308, 2.189, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.308 std_dev=0.881
O4' B 0, 0.646, 1.791, 2.935, 3.912 max_d=3.912 avg_d=1.791 std_dev=1.144
C4' B 0, 0.559, 1.819, 3.079, 4.188 max_d=4.188 avg_d=1.819 std_dev=1.260
O3' B 0, 0.581, 1.916, 3.252, 4.880 max_d=4.880 avg_d=1.916 std_dev=1.335
O2' B 0, 0.883, 2.222, 3.562, 5.303 max_d=5.303 avg_d=2.222 std_dev=1.340
C3' B 0, 0.359, 1.702, 3.045, 3.927 max_d=3.927 avg_d=1.702 std_dev=1.343
O5' B 0, 1.804, 4.407, 7.009, 8.183 max_d=8.183 avg_d=4.407 std_dev=2.602
C5' B 0, 0.495, 3.148, 5.800, 7.145 max_d=7.145 avg_d=3.148 std_dev=2.653
OP2 B 0, 3.530, 7.021, 10.512, 11.634 max_d=11.634 avg_d=7.021 std_dev=3.491
OP1 B 0, 3.467, 7.501, 11.536, 12.989 max_d=12.989 avg_d=7.501 std_dev=4.034
P B 0, 1.780, 5.830, 9.881, 11.241 max_d=11.241 avg_d=5.830 std_dev=4.051

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.10 0.19 0.12 0.10
C2 0.02 0.00 0.16 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.02 0.05 0.15 0.29 0.27 0.17
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.11 0.02 0.13 0.26 0.00 0.01 0.07 0.01 0.11 0.19 0.08 0.12
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.20 0.07 0.12 0.21 0.02 0.01 0.14 0.01 0.05 0.13 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.02 0.25 0.42 0.45 0.26
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.05 0.08 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.20 0.01 0.03 0.30 0.44 0.47 0.28
C5' 0.04 0.10 0.05 0.01 0.20 0.01 0.23 0.00 0.20 0.12 0.15 0.07 0.05 0.06 0.22 0.01 0.01 0.10 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.20 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.05 0.27 0.37 0.35 0.22
N1 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.17 0.28 0.24 0.15
N3 0.02 0.00 0.13 0.12 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.13 0.01 0.05 0.19 0.35 0.36 0.21
O2 0.04 0.01 0.26 0.21 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.30 0.02 0.08 0.11 0.26 0.21 0.14
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.10 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.16 0.29 0.00 0.03 0.11 0.06 0.08 0.14 0.07 0.10
O3' 0.06 0.16 0.01 0.01 0.10 0.01 0.20 0.06 0.21 0.04 0.13 0.30 0.03 0.00 0.12 0.05 0.12 0.23 0.17 0.13
O4 0.03 0.02 0.07 0.14 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.12 0.00 0.03 0.26 0.45 0.50 0.29
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06 0.05 0.03 0.00 0.09 0.15 0.10 0.09
O5' 0.10 0.15 0.11 0.05 0.25 0.01 0.30 0.01 0.27 0.17 0.19 0.11 0.08 0.12 0.26 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.29 0.19 0.13 0.42 0.05 0.44 0.10 0.37 0.28 0.35 0.26 0.14 0.23 0.45 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.27 0.08 0.08 0.45 0.05 0.47 0.11 0.35 0.24 0.36 0.21 0.07 0.17 0.50 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.12 0.06 0.26 0.02 0.28 0.01 0.22 0.15 0.21 0.14 0.10 0.13 0.29 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.29 0.21 0.20 0.25 0.28 0.19 0.17 0.17 0.21 0.23 0.33 0.30 0.18 0.26 0.67 0.22 0.39 0.49 0.12 0.29 1.91 0.76
C2 0.27 0.31 0.19 0.19 0.24 0.22 0.16 0.13 0.15 0.16 0.24 0.35 0.30 0.13 0.23 0.62 0.20 0.32 0.61 0.11 0.43 1.99 0.91
C2' 0.47 0.44 0.18 0.47 0.43 0.45 0.40 0.34 0.38 0.41 0.40 0.45 0.45 0.38 0.44 0.43 0.20 0.51 0.36 0.34 0.27 1.71 0.62
C3' 0.39 0.37 0.16 0.32 0.36 0.28 0.33 0.13 0.32 0.34 0.35 0.39 0.38 0.33 0.36 0.49 0.14 0.37 0.66 0.29 0.58 2.18 1.04
C4 0.21 0.20 0.25 0.15 0.13 0.20 0.10 0.63 0.13 0.11 0.09 0.29 0.21 0.13 0.14 0.47 0.26 0.11 1.38 0.29 1.48 3.06 1.94
C4' 0.26 0.24 0.27 0.13 0.22 0.18 0.19 0.12 0.16 0.21 0.19 0.27 0.24 0.19 0.23 0.73 0.26 0.31 0.72 0.13 0.57 2.28 1.08
C5 0.21 0.18 0.28 0.19 0.13 0.22 0.09 0.68 0.12 0.11 0.09 0.25 0.20 0.12 0.14 0.49 0.30 0.12 1.43 0.25 1.57 3.21 2.04
C5' 0.21 0.22 0.47 0.27 0.19 0.21 0.18 0.43 0.17 0.19 0.19 0.25 0.21 0.18 0.19 0.89 0.47 0.20 1.10 0.16 1.06 2.79 1.55
C6 0.24 0.20 0.26 0.12 0.16 0.11 0.08 0.43 0.07 0.12 0.11 0.27 0.22 0.09 0.17 0.57 0.27 0.17 1.13 0.16 1.14 2.82 1.64
N1 0.27 0.26 0.22 0.13 0.21 0.16 0.14 0.15 0.11 0.16 0.19 0.32 0.27 0.12 0.21 0.62 0.23 0.29 0.76 0.10 0.62 2.26 1.12
N3 0.24 0.28 0.20 0.12 0.19 0.11 0.10 0.27 0.07 0.11 0.20 0.35 0.27 0.09 0.18 0.54 0.20 0.19 0.93 0.17 0.85 2.39 1.33
O2 0.31 0.35 0.19 0.32 0.30 0.39 0.25 0.38 0.25 0.22 0.32 0.39 0.35 0.20 0.28 0.67 0.19 0.45 0.27 0.20 0.27 1.42 0.41
O2' 0.56 0.50 0.27 0.65 0.52 0.67 0.49 0.67 0.47 0.52 0.47 0.50 0.52 0.49 0.53 0.39 0.33 0.69 0.24 0.44 0.54 1.17 0.20
O3' 0.47 0.43 0.20 0.49 0.45 0.39 0.44 0.21 0.43 0.47 0.42 0.43 0.44 0.46 0.46 0.35 0.28 0.44 0.51 0.42 0.42 1.99 0.87
O4 0.19 0.17 0.27 0.23 0.13 0.35 0.17 0.89 0.24 0.15 0.13 0.28 0.19 0.20 0.14 0.38 0.28 0.19 1.70 0.40 1.90 3.44 2.34
O4' 0.20 0.19 0.37 0.15 0.16 0.15 0.12 0.15 0.11 0.15 0.14 0.24 0.20 0.14 0.17 0.84 0.40 0.29 0.71 0.12 0.50 2.23 1.03
O5' 0.14 0.17 0.57 0.41 0.15 0.39 0.17 0.77 0.17 0.17 0.17 0.20 0.16 0.19 0.15 0.93 0.57 0.20 1.52 0.20 1.62 3.31 2.07
OP1 0.36 0.38 0.75 0.66 0.38 0.63 0.39 1.07 0.39 0.38 0.39 0.38 0.37 0.39 0.37 1.02 0.77 0.41 1.82 0.40 2.04 3.75 2.47
OP2 0.45 0.48 0.90 0.86 0.46 0.92 0.45 1.49 0.46 0.44 0.47 0.49 0.47 0.44 0.45 1.12 0.90 0.66 2.33 0.44 2.73 4.33 3.08
P 0.22 0.24 0.71 0.62 0.24 0.59 0.26 1.07 0.27 0.26 0.26 0.25 0.23 0.27 0.24 1.00 0.73 0.33 1.86 0.29 2.10 3.79 2.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.38 0.01 0.35 0.02 0.25 0.51 0.34
C2 0.02 0.00 0.25 0.32 0.00 0.62 0.01 1.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.28 0.49 2.16 0.02 2.34 3.52 2.70
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.22 0.16 0.07 0.22 0.28 0.23 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.80 0.15 0.90 0.88 0.82
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.05 0.01 0.21 0.01 0.12 0.53 0.14 0.50 0.32 0.47 0.22 0.01 0.00 0.03 0.43 0.19 0.72 0.15 0.37
C4 0.01 0.00 0.13 0.05 0.00 0.22 0.01 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.19 0.25 1.14 0.02 1.01 1.83 1.31
C4' 0.01 0.62 0.01 0.01 0.22 0.00 0.03 0.00 0.14 0.48 0.41 0.83 0.61 0.35 0.09 0.33 0.02 0.01 0.01 0.05 0.23 0.27 0.02
C5 0.01 0.01 0.10 0.21 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.11 0.07 0.72 0.01 0.54 1.49 0.86
C5' 0.07 1.26 0.22 0.01 0.49 0.00 0.12 0.00 0.38 0.73 0.89 1.67 1.17 0.54 0.07 0.10 0.26 0.01 0.01 0.20 0.39 0.43 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.12 0.01 0.14 0.01 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.47 0.13 0.17 1.10 0.01 1.00 2.15 1.37
C8 0.01 0.01 0.07 0.53 0.00 0.48 0.00 0.73 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.07 0.31 0.38 0.01 0.64 0.15 0.45
N1 0.02 0.01 0.22 0.14 0.01 0.41 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.20 0.35 1.74 0.01 1.83 3.07 2.21
N2 0.03 0.00 0.28 0.50 0.01 0.83 0.01 1.67 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.33 0.60 2.67 0.02 3.13 4.45 3.48
N3 0.02 0.00 0.23 0.32 0.00 0.61 0.01 1.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.30 0.50 2.00 0.02 2.01 2.94 2.34
N7 0.01 0.01 0.03 0.47 0.01 0.35 0.00 0.54 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.51 0.06 0.19 0.14 0.01 0.41 0.45 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.22 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.17 0.01 0.40 0.02 0.22 0.78 0.42
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.28 0.33 0.45 0.10 0.47 0.43 0.35 0.12 0.12 0.51 0.27 0.00 0.07 0.22 0.41 0.55 0.54 0.62 0.49
O3' 0.38 0.28 0.05 0.00 0.19 0.02 0.11 0.26 0.13 0.07 0.20 0.33 0.30 0.06 0.17 0.07 0.00 0.22 0.08 0.10 0.37 0.51 0.09
O4' 0.01 0.49 0.03 0.03 0.25 0.01 0.07 0.01 0.17 0.31 0.35 0.60 0.50 0.19 0.01 0.22 0.22 0.00 0.06 0.09 0.09 0.08 0.04
O5' 0.35 2.16 0.80 0.43 1.14 0.01 0.72 0.01 1.10 0.38 1.74 2.67 2.00 0.14 0.40 0.41 0.08 0.06 0.00 0.88 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.15 0.19 0.02 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.55 0.10 0.09 0.88 0.00 0.74 1.94 1.12
OP1 0.25 2.34 0.90 0.72 1.01 0.23 0.54 0.39 1.00 0.64 1.83 3.13 2.01 0.41 0.22 0.54 0.37 0.09 0.01 0.74 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 3.52 0.88 0.15 1.83 0.27 1.49 0.43 2.15 0.15 3.07 4.45 2.94 0.45 0.78 0.62 0.51 0.08 0.01 1.94 0.01 0.00 0.01
P 0.34 2.70 0.82 0.37 1.31 0.02 0.86 0.01 1.37 0.45 2.21 3.48 2.34 0.15 0.42 0.49 0.09 0.04 0.00 1.12 0.00 0.01 0.00