ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51942

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.022, 0.070, 0.119, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.070 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.023, 0.096, 0.169, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.096 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.010, 0.089, 0.169, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.089 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.061, 0.175, 0.289, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.175 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.016, 0.167, 0.318, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.167 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.002, 0.155, 0.307, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.155 std_dev=0.153
C5' A 0, 0.013, 0.226, 0.440, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.226 std_dev=0.213
O3' A 0, 0.067, 0.281, 0.496, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.281 std_dev=0.215
O5' A 0, 0.068, 0.310, 0.553, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.310 std_dev=0.243
OP2 A 0, 0.151, 0.400, 0.649, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.400 std_dev=0.249
P A 0, 0.037, 0.287, 0.537, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.287 std_dev=0.250
O6 B 0, 0.168, 0.428, 0.689, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.428 std_dev=0.260
N7 B 0, 0.162, 0.437, 0.711, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.437 std_dev=0.274
C8 B 0, 0.179, 0.509, 0.839, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.509 std_dev=0.330
OP1 A 0, 0.108, 0.468, 0.829, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.468 std_dev=0.360
C6 B 0, 0.226, 0.591, 0.957, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.591 std_dev=0.365
C5 B 0, 0.214, 0.580, 0.946, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.580 std_dev=0.366
N9 B 0, 0.240, 0.685, 1.130, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.685 std_dev=0.445
C4 B 0, 0.281, 0.767, 1.253, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.767 std_dev=0.486
N1 B 0, 0.313, 0.818, 1.323, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.818 std_dev=0.505
O4' B 0, 0.243, 0.780, 1.316, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.780 std_dev=0.536
C5' B 0, 0.281, 0.830, 1.379, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.830 std_dev=0.549
C1' B 0, 0.236, 0.792, 1.347, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.792 std_dev=0.555
C3' B 0, 0.214, 0.776, 1.338, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.776 std_dev=0.562
C4' B 0, 0.223, 0.790, 1.357, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.790 std_dev=0.567
O3' B 0, 0.228, 0.840, 1.452, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.840 std_dev=0.612
N3 B 0, 0.367, 0.982, 1.597, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.982 std_dev=0.615
C2 B 0, 0.381, 1.006, 1.630, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.006 std_dev=0.625
C2' B 0, 0.251, 0.891, 1.531, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.891 std_dev=0.640
OP2 B 0, 0.425, 1.152, 1.880, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.152 std_dev=0.728
O5' B 0, 0.320, 1.052, 1.784, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.052 std_dev=0.732
O2' B 0, 0.274, 1.008, 1.743, 2.108 max_d=2.108 avg_d=1.008 std_dev=0.735
P B 0, 0.393, 1.131, 1.869, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.131 std_dev=0.738
N2 B 0, 0.462, 1.220, 1.978, 1.912 max_d=1.912 avg_d=1.220 std_dev=0.758
OP1 B 0, 0.441, 1.273, 2.105, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.273 std_dev=0.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.07 0.06 0.14 0.09
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.09 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.09 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.10 0.11 0.18 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.10 0.09 0.16 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.08 0.05 0.14 0.08
N1 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.05 0.13 0.08
N3 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.01 0.03 0.09 0.09 0.17 0.10
O2 0.06 0.01 0.07 0.09 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.09 0.03 0.06 0.06 0.05 0.14 0.09
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.11 0.09 0.08
O4 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.00 0.03 0.11 0.13 0.19 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.03 0.00 0.06 0.07 0.07 0.04
O5' 0.05 0.07 0.02 0.04 0.10 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.09 0.06 0.04 0.10 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.11 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.06 0.07 0.18 0.05 0.16 0.02 0.14 0.13 0.17 0.14 0.07 0.09 0.19 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.03 0.05 0.11 0.02 0.10 0.01 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.08 0.13 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.14 0.04 0.07 0.08 0.07 0.28 0.06 0.12 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.23 0.03 0.04 0.28 0.06 0.13 0.16 0.12
C2 0.07 0.06 0.11 0.08 0.06 0.11 0.07 0.30 0.06 0.11 0.06 0.07 0.06 0.11 0.08 0.18 0.08 0.06 0.25 0.06 0.09 0.18 0.09
C2' 0.07 0.03 0.11 0.08 0.04 0.11 0.05 0.29 0.03 0.11 0.03 0.05 0.02 0.11 0.07 0.21 0.07 0.07 0.27 0.04 0.14 0.20 0.13
C3' 0.09 0.05 0.12 0.08 0.06 0.11 0.07 0.28 0.05 0.13 0.05 0.06 0.04 0.13 0.09 0.21 0.07 0.08 0.29 0.06 0.15 0.18 0.14
C4 0.12 0.14 0.13 0.10 0.13 0.14 0.13 0.32 0.12 0.16 0.13 0.15 0.13 0.15 0.14 0.17 0.11 0.11 0.21 0.10 0.08 0.17 0.06
C4' 0.08 0.06 0.13 0.05 0.05 0.09 0.06 0.28 0.05 0.11 0.06 0.09 0.05 0.11 0.08 0.22 0.04 0.04 0.28 0.04 0.12 0.16 0.12
C5 0.11 0.14 0.14 0.08 0.13 0.13 0.12 0.31 0.12 0.15 0.13 0.16 0.13 0.14 0.14 0.18 0.08 0.10 0.23 0.09 0.07 0.15 0.06
C5' 0.08 0.08 0.13 0.04 0.06 0.09 0.06 0.28 0.06 0.11 0.07 0.11 0.06 0.11 0.08 0.22 0.03 0.04 0.28 0.05 0.10 0.14 0.11
C6 0.09 0.12 0.13 0.07 0.10 0.11 0.10 0.30 0.09 0.13 0.11 0.14 0.11 0.12 0.11 0.19 0.06 0.08 0.25 0.08 0.07 0.15 0.07
N1 0.08 0.08 0.12 0.06 0.07 0.10 0.07 0.30 0.07 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.19 0.06 0.06 0.25 0.06 0.09 0.16 0.09
N3 0.09 0.09 0.12 0.10 0.10 0.13 0.11 0.32 0.10 0.14 0.10 0.09 0.10 0.14 0.12 0.17 0.10 0.09 0.23 0.09 0.08 0.18 0.07
O2 0.05 0.04 0.09 0.09 0.02 0.12 0.03 0.31 0.03 0.08 0.04 0.05 0.03 0.08 0.05 0.18 0.09 0.06 0.25 0.03 0.11 0.19 0.10
O2' 0.04 0.09 0.05 0.14 0.08 0.15 0.08 0.33 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.16 0.11 0.12 0.20 0.07 0.12 0.24 0.11
O3' 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.15 0.10 0.29 0.08 0.14 0.07 0.08 0.08 0.14 0.11 0.20 0.11 0.12 0.29 0.08 0.17 0.21 0.17
O4 0.15 0.17 0.15 0.13 0.16 0.17 0.15 0.33 0.14 0.18 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.13 0.15 0.19 0.11 0.11 0.18 0.07
O4' 0.10 0.10 0.15 0.04 0.08 0.08 0.08 0.28 0.08 0.12 0.10 0.13 0.09 0.11 0.10 0.24 0.03 0.04 0.28 0.07 0.11 0.14 0.11
O5' 0.05 0.08 0.09 0.10 0.05 0.14 0.05 0.33 0.05 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.06 0.17 0.09 0.09 0.26 0.04 0.13 0.19 0.12
OP1 0.06 0.09 0.11 0.06 0.06 0.10 0.06 0.29 0.06 0.10 0.09 0.13 0.08 0.09 0.08 0.17 0.06 0.05 0.29 0.04 0.12 0.14 0.12
OP2 0.16 0.18 0.21 0.07 0.17 0.06 0.18 0.22 0.17 0.22 0.17 0.20 0.17 0.22 0.19 0.26 0.08 0.06 0.37 0.16 0.16 0.14 0.18
P 0.10 0.11 0.15 0.03 0.10 0.08 0.11 0.28 0.10 0.16 0.11 0.14 0.11 0.15 0.12 0.22 0.03 0.03 0.31 0.09 0.13 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.12 0.09 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.02 0.16 0.17 0.05
C2 0.09 0.00 0.03 0.08 0.01 0.19 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.17 0.26 0.01 0.16 0.18 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.20 0.11 0.09
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.12 0.07 0.01 0.01 0.02 0.19 0.08 0.27 0.09 0.15
C4 0.04 0.01 0.02 0.07 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.27 0.01 0.17 0.12 0.12
C4' 0.01 0.19 0.02 0.01 0.11 0.00 0.10 0.01 0.13 0.04 0.18 0.23 0.16 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.14 0.24 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.06 0.25 0.02 0.15 0.14 0.11
C5' 0.03 0.31 0.02 0.02 0.19 0.01 0.22 0.00 0.28 0.12 0.32 0.36 0.25 0.19 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.29 0.18 0.32 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.07 0.10 0.25 0.00 0.14 0.17 0.12
C8 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.04 0.03 0.12 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.21 0.06 0.17 0.13 0.10
N1 0.05 0.00 0.02 0.09 0.01 0.18 0.01 0.32 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.25 0.01 0.15 0.19 0.14
N2 0.12 0.01 0.05 0.10 0.02 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.10 0.22 0.25 0.01 0.19 0.22 0.19
N3 0.09 0.01 0.03 0.07 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.16 0.27 0.01 0.17 0.13 0.14
N7 0.03 0.01 0.04 0.12 0.01 0.08 0.01 0.19 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.11 0.03 0.22 0.06 0.14 0.14 0.09
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.23 0.03 0.19 0.12 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.03 0.08 0.11 0.02 0.10 0.06 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.09 0.13 0.10 0.20 0.08
O3' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.03 0.00 0.01 0.15 0.07 0.27 0.10 0.15
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.06 0.02 0.10 0.01 0.15 0.22 0.16 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.14 0.23 0.05
O5' 0.12 0.26 0.12 0.19 0.27 0.02 0.25 0.01 0.25 0.21 0.25 0.25 0.27 0.22 0.23 0.09 0.15 0.11 0.00 0.25 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.12 0.02 0.29 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.13 0.07 0.08 0.25 0.00 0.13 0.19 0.11
OP1 0.16 0.16 0.20 0.27 0.17 0.14 0.15 0.18 0.14 0.17 0.15 0.19 0.17 0.14 0.19 0.10 0.27 0.14 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.18 0.11 0.09 0.12 0.24 0.14 0.32 0.17 0.13 0.19 0.22 0.13 0.14 0.12 0.20 0.10 0.23 0.02 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.09 0.15 0.12 0.03 0.11 0.02 0.12 0.10 0.14 0.19 0.14 0.09 0.11 0.08 0.15 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00