ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51943

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C2' A 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O6 B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C3' A 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
C5 B 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
P A 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C4 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C2 B 0, 0.000, 0.373, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.373 std_dev=0.373
N3 B 0, 0.000, 0.379, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C5' A 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
O5' B 0, 0.000, 0.405, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.405 std_dev=0.405
O3' A 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
OP1 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
O4' B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
N7 B 0, 0.000, 0.428, 0.856, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.428 std_dev=0.428
N9 B 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
N2 B 0, 0.000, 0.442, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.442 std_dev=0.442
C1' B 0, 0.000, 0.456, 0.912, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.456 std_dev=0.456
C8 B 0, 0.000, 0.475, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C4' B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
C5' B 0, 0.000, 0.484, 0.968, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.484 std_dev=0.484
OP2 A 0, 0.000, 0.547, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.547 std_dev=0.547
C2' B 0, 0.000, 0.553, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C3' B 0, 0.000, 0.562, 1.124, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.562 std_dev=0.562
O2' B 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
P B 0, 0.000, 0.621, 1.242, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.621 std_dev=0.621
O3' B 0, 0.000, 0.633, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.633 std_dev=0.633
OP1 A 0, 0.000, 0.677, 1.354, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.677 std_dev=0.677
O5' A 0, 0.000, 0.997, 1.994, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.997 std_dev=0.997
OP2 B 0, 0.000, 1.052, 2.104, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.052 std_dev=1.052

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.46 0.25 0.10
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.45 0.37 0.12 0.18
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.04 0.10 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.60 0.08 0.19
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.03 0.03 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.66 0.12 0.16
C4 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.54 0.24 0.06 0.24
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.46 0.29 0.03
C5 0.00 0.00 0.10 0.10 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.05 0.49 0.23 0.09 0.24
C5' 0.05 0.15 0.04 0.00 0.19 0.00 0.17 0.00 0.15 0.13 0.18 0.13 0.03 0.02 0.21 0.01 0.00 0.30 0.23 0.00
C6 0.00 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.06 0.00 0.04 0.42 0.32 0.05 0.21
N1 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.39 0.39 0.16 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.52 0.31 0.03 0.22
O2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.40 0.40 0.16 0.16
O2' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.03 0.11 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.64 0.02 0.23
O3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.70 0.13 0.16
O4 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.57 0.19 0.12 0.25
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.16 0.33 0.42 0.04
O5' 0.19 0.45 0.03 0.11 0.54 0.00 0.49 0.00 0.42 0.39 0.52 0.40 0.00 0.11 0.57 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.46 0.37 0.60 0.66 0.24 0.46 0.23 0.30 0.32 0.39 0.31 0.40 0.64 0.70 0.19 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.12 0.08 0.12 0.06 0.29 0.09 0.23 0.05 0.16 0.03 0.16 0.02 0.13 0.12 0.42 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.18 0.19 0.16 0.24 0.03 0.24 0.00 0.21 0.17 0.22 0.16 0.23 0.16 0.25 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.19 0.31 0.31 0.25 0.27 0.24 0.28 0.21 0.28 0.18 0.15 0.23 0.26 0.27 0.30 0.31 0.25 0.22 0.17 0.24 0.69 0.40
C2 0.28 0.24 0.34 0.35 0.26 0.31 0.23 0.32 0.18 0.26 0.19 0.21 0.27 0.23 0.27 0.33 0.36 0.27 0.25 0.11 0.27 0.72 0.42
C2' 0.20 0.16 0.24 0.23 0.18 0.19 0.16 0.18 0.13 0.18 0.13 0.16 0.18 0.16 0.19 0.25 0.24 0.16 0.12 0.09 0.13 0.57 0.29
C3' 0.15 0.10 0.19 0.17 0.12 0.13 0.11 0.11 0.08 0.14 0.07 0.09 0.12 0.12 0.14 0.21 0.18 0.11 0.05 0.04 0.05 0.50 0.22
C4 0.27 0.24 0.35 0.36 0.24 0.31 0.20 0.32 0.15 0.23 0.17 0.25 0.26 0.19 0.25 0.34 0.39 0.26 0.26 0.09 0.28 0.72 0.41
C4' 0.27 0.16 0.31 0.29 0.23 0.25 0.22 0.24 0.16 0.28 0.13 0.12 0.20 0.25 0.27 0.33 0.30 0.23 0.18 0.13 0.18 0.64 0.36
C5 0.28 0.24 0.35 0.36 0.25 0.31 0.22 0.32 0.18 0.25 0.20 0.25 0.27 0.22 0.27 0.35 0.38 0.27 0.26 0.13 0.27 0.72 0.42
C5' 0.40 0.29 0.46 0.43 0.35 0.38 0.31 0.34 0.25 0.37 0.25 0.27 0.34 0.33 0.38 0.49 0.45 0.35 0.27 0.19 0.25 0.72 0.44
C6 0.29 0.24 0.34 0.35 0.26 0.31 0.24 0.31 0.20 0.27 0.20 0.23 0.26 0.24 0.28 0.34 0.36 0.27 0.25 0.15 0.27 0.72 0.42
N1 0.29 0.23 0.34 0.34 0.27 0.30 0.24 0.31 0.20 0.27 0.20 0.21 0.26 0.25 0.28 0.33 0.35 0.27 0.25 0.15 0.27 0.72 0.42
N3 0.28 0.24 0.35 0.36 0.25 0.31 0.20 0.32 0.15 0.23 0.17 0.25 0.27 0.20 0.26 0.34 0.38 0.27 0.26 0.08 0.28 0.72 0.42
O2 0.28 0.22 0.33 0.34 0.26 0.30 0.23 0.31 0.17 0.26 0.17 0.17 0.26 0.23 0.27 0.32 0.34 0.26 0.25 0.08 0.27 0.72 0.42
O2' 0.10 0.11 0.15 0.13 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.08 0.09 0.12 0.11 0.06 0.09 0.15 0.14 0.08 0.04 0.03 0.05 0.48 0.20
O3' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.10 0.05 0.08 0.35 0.08
O4 0.27 0.22 0.34 0.37 0.22 0.31 0.17 0.33 0.13 0.21 0.15 0.24 0.25 0.17 0.24 0.34 0.40 0.26 0.26 0.07 0.28 0.71 0.41
O4' 0.38 0.23 0.41 0.40 0.34 0.37 0.34 0.37 0.27 0.40 0.21 0.16 0.29 0.38 0.38 0.41 0.41 0.35 0.31 0.23 0.34 0.80 0.51
O5' 0.67 0.62 0.77 0.72 0.61 0.65 0.53 0.60 0.47 0.56 0.53 0.65 0.66 0.50 0.63 0.82 0.77 0.60 0.51 0.35 0.43 0.90 0.63
OP1 0.71 0.61 0.74 0.75 0.69 0.71 0.70 0.73 0.66 0.74 0.61 0.55 0.65 0.73 0.72 0.73 0.75 0.69 0.66 0.64 0.70 1.14 0.86
OP2 0.09 0.08 0.19 0.18 0.07 0.10 0.05 0.10 0.02 0.06 0.04 0.10 0.09 0.04 0.08 0.19 0.22 0.05 0.00 0.02 0.02 0.44 0.17
P 0.42 0.37 0.50 0.48 0.39 0.42 0.37 0.40 0.33 0.40 0.33 0.36 0.40 0.37 0.41 0.51 0.51 0.38 0.32 0.28 0.32 0.77 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.46 0.16
C2 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03 0.00 0.08 0.47 0.19
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.11
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.13 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.27 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.49 0.19
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.26 0.07
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.50 0.20
C5' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.10 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.08 0.49 0.20
C8 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.51 0.19
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.48 0.20
N2 0.02 0.00 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.03 0.00 0.09 0.46 0.18
N3 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.47 0.18
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.50 0.19
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.49 0.18
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.10
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.08 0.15 0.10 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.20 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.15
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.48 0.20
OP1 0.02 0.08 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.09 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.46 0.47 0.38 0.27 0.49 0.26 0.50 0.10 0.49 0.51 0.48 0.46 0.47 0.50 0.49 0.36 0.20 0.41 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.19 0.11 0.05 0.19 0.07 0.20 0.00 0.20 0.19 0.20 0.18 0.18 0.19 0.18 0.10 0.01 0.15 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00