ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51944

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.000, 0.185, 0.370, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.185 std_dev=0.185
O4' A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O2' A 0, 0.000, 0.296, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.000, 0.305, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C3' A 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O6 B 0, 0.000, 0.326, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C5' B 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
OP1 A 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C2 B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
N2 B 0, 0.000, 0.473, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.473 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C5' A 0, 0.000, 0.480, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O3' A 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C8 B 0, 0.000, 0.491, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.491 std_dev=0.491
C4 B 0, 0.000, 0.522, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.522 std_dev=0.522
N3 B 0, 0.000, 0.607, 1.214, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.607 std_dev=0.607
C4' B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
N9 B 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
O5' A 0, 0.000, 0.695, 1.389, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.695 std_dev=0.695
O4' B 0, 0.000, 0.714, 1.428, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.714 std_dev=0.714
P A 0, 0.000, 0.747, 1.494, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.747 std_dev=0.747
C3' B 0, 0.000, 0.906, 1.813, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.906 std_dev=0.906
P B 0, 0.000, 0.944, 1.889, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.944 std_dev=0.944
C1' B 0, 0.000, 0.974, 1.949, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.974 std_dev=0.974
OP2 A 0, 0.000, 1.055, 2.111, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.055 std_dev=1.055
O3' B 0, 0.000, 1.118, 2.236, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.118 std_dev=1.118
OP1 B 0, 0.000, 1.161, 2.322, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.161 std_dev=1.161
OP2 B 0, 0.000, 1.203, 2.407, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.203 std_dev=1.203
C2' B 0, 0.000, 1.258, 2.515, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.258 std_dev=1.258
O2' B 0, 0.000, 1.663, 3.327, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.663 std_dev=1.663

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.05 0.15 0.05
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.00 0.14 0.03 0.23 0.01
C5' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02
C6 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.02 0.13 0.02
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.07
O2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.12 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05 0.13 0.04 0.04
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.03 0.11 0.03 0.03 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.22 0.01 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.06 0.14 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.10 0.00
O5' 0.06 0.05 0.01 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.16 0.09 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.04 0.06 0.11 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.13 0.22 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.01 0.00 0.15 0.02 0.23 0.02 0.22 0.13 0.09 0.04 0.04 0.01 0.14 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.07 0.21 0.01 0.02 0.04 0.12 0.08 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06 0.02 0.13 0.27 0.10 0.30 0.14 0.42 0.62 0.40
C2 0.04 0.00 0.14 0.25 0.02 0.03 0.07 0.10 0.11 0.04 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.05 0.33 0.09 0.28 0.16 0.36 0.56 0.35
C2' 0.04 0.02 0.11 0.21 0.00 0.01 0.05 0.09 0.08 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.00 0.08 0.27 0.09 0.27 0.13 0.37 0.58 0.36
C3' 0.02 0.02 0.15 0.26 0.06 0.08 0.10 0.17 0.12 0.10 0.07 0.03 0.01 0.13 0.06 0.03 0.31 0.02 0.34 0.16 0.46 0.66 0.44
C4 0.04 0.03 0.12 0.24 0.01 0.04 0.06 0.12 0.10 0.04 0.05 0.09 0.04 0.08 0.00 0.06 0.30 0.08 0.29 0.15 0.38 0.57 0.37
C4' 0.05 0.04 0.06 0.21 0.01 0.04 0.04 0.16 0.07 0.03 0.02 0.08 0.05 0.07 0.01 0.13 0.26 0.07 0.34 0.12 0.49 0.67 0.46
C5 0.08 0.07 0.04 0.18 0.03 0.02 0.03 0.13 0.06 0.01 0.00 0.12 0.08 0.05 0.03 0.15 0.23 0.09 0.30 0.13 0.43 0.62 0.41
C5' 0.04 0.04 0.05 0.21 0.00 0.07 0.04 0.20 0.06 0.04 0.01 0.08 0.04 0.07 0.00 0.13 0.26 0.04 0.37 0.11 0.55 0.72 0.51
C6 0.08 0.06 0.03 0.17 0.03 0.01 0.03 0.13 0.06 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.04 0.17 0.22 0.09 0.30 0.13 0.44 0.63 0.42
N1 0.07 0.03 0.08 0.21 0.01 0.02 0.05 0.11 0.08 0.02 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.12 0.27 0.10 0.30 0.14 0.41 0.61 0.39
N3 0.02 0.01 0.17 0.27 0.03 0.04 0.08 0.10 0.11 0.05 0.08 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.35 0.08 0.28 0.16 0.35 0.55 0.34
O2 0.02 0.03 0.18 0.28 0.03 0.03 0.08 0.09 0.12 0.05 0.09 0.00 0.00 0.09 0.02 0.01 0.36 0.09 0.27 0.16 0.33 0.54 0.32
O2' 0.09 0.05 0.07 0.18 0.03 0.03 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.09 0.07 0.05 0.04 0.13 0.25 0.14 0.24 0.12 0.33 0.56 0.32
O3' 0.07 0.05 0.19 0.29 0.10 0.11 0.14 0.19 0.15 0.15 0.10 0.01 0.05 0.17 0.10 0.02 0.33 0.02 0.36 0.20 0.47 0.68 0.46
O4 0.01 0.01 0.16 0.26 0.03 0.06 0.08 0.13 0.11 0.06 0.07 0.09 0.02 0.09 0.02 0.01 0.33 0.07 0.29 0.16 0.36 0.54 0.35
O4' 0.09 0.05 0.03 0.19 0.03 0.03 0.03 0.14 0.06 0.01 0.02 0.08 0.07 0.04 0.04 0.17 0.25 0.09 0.33 0.12 0.49 0.67 0.45
O5' 0.07 0.04 0.16 0.31 0.09 0.17 0.13 0.29 0.14 0.14 0.08 0.01 0.04 0.16 0.10 0.01 0.36 0.06 0.45 0.18 0.63 0.78 0.58
OP1 0.11 0.13 0.08 0.07 0.10 0.00 0.06 0.14 0.06 0.05 0.11 0.16 0.13 0.03 0.09 0.23 0.09 0.09 0.29 0.03 0.50 0.64 0.45
OP2 0.19 0.11 0.27 0.41 0.19 0.30 0.23 0.41 0.21 0.25 0.14 0.05 0.13 0.27 0.21 0.12 0.45 0.18 0.56 0.25 0.75 0.88 0.70
P 0.07 0.12 0.01 0.15 0.06 0.05 0.02 0.18 0.02 0.00 0.08 0.16 0.11 0.02 0.05 0.16 0.19 0.06 0.34 0.02 0.55 0.69 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.18 0.23 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.28 0.08 0.19 0.00 0.21 0.36 0.21
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.07 0.14 0.22 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.02
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.18 0.02 0.22 0.25 0.21 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.03 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.10 0.16 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.19 0.00 0.20 0.33 0.22
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.31 0.43 0.32
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.16 0.18 0.12 0.04 0.05 0.20 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.18 0.04 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.18 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.03 0.27 0.00 0.35 0.48 0.34
C8 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.22 0.01 0.27 0.34 0.30
N1 0.01 0.00 0.14 0.22 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.27 0.05 0.24 0.00 0.29 0.43 0.28
N2 0.01 0.00 0.22 0.25 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.32 0.10 0.17 0.00 0.17 0.34 0.18
N3 0.01 0.00 0.18 0.21 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.24 0.07 0.15 0.00 0.15 0.29 0.17
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.04 0.27 0.01 0.36 0.46 0.37
N9 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.15 0.01 0.16 0.25 0.19
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03
O3' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.18 0.01 0.16 0.02 0.21 0.01 0.27 0.32 0.24 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.10 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01
O5' 0.04 0.19 0.02 0.01 0.19 0.00 0.25 0.00 0.27 0.22 0.24 0.17 0.15 0.27 0.15 0.03 0.01 0.02 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.02 0.29 0.00 0.41 0.53 0.39
OP1 0.02 0.21 0.02 0.03 0.20 0.04 0.31 0.04 0.35 0.27 0.29 0.17 0.15 0.36 0.16 0.02 0.07 0.03 0.01 0.41 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.36 0.04 0.01 0.33 0.01 0.43 0.00 0.48 0.34 0.43 0.34 0.29 0.46 0.25 0.05 0.04 0.03 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.21 0.02 0.00 0.22 0.00 0.32 0.01 0.34 0.30 0.28 0.18 0.17 0.37 0.19 0.03 0.03 0.01 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00