ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51945

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O3' B 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C3' B 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O2' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C3' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4' A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2' B 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O2' B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O3' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N2 B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O5' A 0, 0.000, 0.042, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C4' B 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C1' B 0, 0.000, 0.044, 0.088, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N3 B 0, 0.000, 0.045, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C2 B 0, 0.000, 0.046, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N9 B 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
P A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C4 B 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' B 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C5' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C8 B 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
OP1 A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
N1 B 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C5' B 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
OP2 A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C5 B 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
N7 B 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
O5' B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C6 B 0, 0.000, 0.067, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O6 B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
P B 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP2 B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP1 B 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
O5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
C6 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
O2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O4' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03
OP2 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00