ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 12, 21, 26, 26, 13, 8, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.019, 0.025, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.024, 0.034, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.022, 0.034, 0.046, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.034 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.019, 0.032, 0.046, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.025, 0.042, 0.060, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.023, 0.041, 0.058, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.041 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.047, 0.072, 0.098, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.072 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.035, 0.063, 0.090, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.063 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.043, 0.075, 0.108, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.075 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.053, 0.145, 0.237, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.145 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.072, 0.168, 0.264, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.168 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.076, 0.217, 0.359, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.217 std_dev=0.142
C4' A 0, 0.102, 0.246, 0.391, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.246 std_dev=0.145
C3' A 0, 0.108, 0.265, 0.423, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.265 std_dev=0.158
N1 B 0, 0.238, 0.400, 0.562, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.400 std_dev=0.162
C6 B 0, 0.271, 0.439, 0.608, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.439 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.222, 0.420, 0.617, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.420 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.239, 0.450, 0.661, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.450 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.230, 0.444, 0.657, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.444 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.285, 0.506, 0.726, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.506 std_dev=0.221
C4 B 0, 0.205, 0.430, 0.655, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.430 std_dev=0.225
O3' A 0, 0.168, 0.394, 0.620, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.394 std_dev=0.226
C5' A 0, 0.168, 0.421, 0.675, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.421 std_dev=0.253
C2' B 0, 0.330, 0.595, 0.859, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.595 std_dev=0.265
O4' B 0, 0.253, 0.518, 0.784, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.518 std_dev=0.265
C3' B 0, 0.310, 0.586, 0.862, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.586 std_dev=0.276
P B 0, 0.224, 0.500, 0.776, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.500 std_dev=0.276
O2 B 0, 0.247, 0.528, 0.810, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.528 std_dev=0.282
N4 B 0, 0.226, 0.533, 0.840, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.533 std_dev=0.307
OP2 B 0, 0.229, 0.542, 0.855, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.542 std_dev=0.313
C4' B 0, 0.255, 0.576, 0.896, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.576 std_dev=0.321
O5' B 0, 0.238, 0.572, 0.905, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.572 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.396, 0.771, 1.145, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.771 std_dev=0.375
O3' B 0, 0.345, 0.742, 1.139, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.742 std_dev=0.397
OP1 B 0, 0.292, 0.710, 1.129, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.710 std_dev=0.418
C5' B 0, 0.192, 0.655, 1.118, 2.275 max_d=2.275 avg_d=0.655 std_dev=0.463
O5' A 0, 0.003, 0.636, 1.269, 2.764 max_d=2.764 avg_d=0.636 std_dev=0.633
P A 0, 0.128, 1.033, 1.937, 4.467 max_d=4.467 avg_d=1.033 std_dev=0.904
OP1 A 0, 0.271, 1.421, 2.571, 5.164 max_d=5.164 avg_d=1.421 std_dev=1.150
OP2 A 0, 0.053, 1.308, 2.563, 6.496 max_d=6.496 avg_d=1.308 std_dev=1.255

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.27 0.35 0.17
C2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.17 0.04 0.40 0.41 0.67 0.39
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.12 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.32 0.23 0.13
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.22 0.33 0.23 0.18
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.42 0.40 0.66 0.41
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02 0.29 0.24 0.11
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.52 0.55 0.86 0.56
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 0.06 0.16 0.16 0.08 0.05 0.05 0.02 0.01 0.21 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.53 0.59 0.91 0.59
C8 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.54 0.52 0.79 0.55
N1 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.16 0.03 0.47 0.51 0.82 0.51
N3 0.03 0.01 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.03 0.35 0.35 0.57 0.33
N6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.14 0.04 0.57 0.69 1.04 0.68
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.58 0.65 0.96 0.65
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.40 0.35 0.58 0.37
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.12 0.14 0.08 0.04 0.03 0.00 0.05 0.05 0.08 0.47 0.23 0.19
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.09 0.03 0.11 0.05 0.13 0.12 0.16 0.15 0.14 0.13 0.06 0.05 0.00 0.02 0.22 0.47 0.38 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.19 0.26 0.36 0.18
O5' 0.23 0.40 0.19 0.22 0.42 0.02 0.52 0.01 0.53 0.54 0.47 0.35 0.57 0.58 0.40 0.08 0.22 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.41 0.32 0.33 0.40 0.29 0.55 0.21 0.59 0.52 0.51 0.35 0.69 0.65 0.35 0.47 0.47 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.67 0.23 0.23 0.66 0.24 0.86 0.29 0.91 0.79 0.82 0.57 1.04 0.96 0.58 0.23 0.38 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.39 0.13 0.18 0.41 0.11 0.56 0.02 0.59 0.55 0.51 0.33 0.68 0.65 0.37 0.19 0.27 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.24 0.20 0.15 0.29 0.18 0.27 0.25 0.19 0.19 0.27 0.35 0.28 0.31 0.16 0.22 0.20 0.07 0.14 0.06
C2 0.33 0.20 0.34 0.30 0.18 0.34 0.23 0.35 0.25 0.22 0.19 0.24 0.30 0.42 0.33 0.34 0.34 0.24 0.27 0.21
C2' 0.20 0.23 0.15 0.15 0.29 0.15 0.28 0.27 0.22 0.19 0.27 0.33 0.25 0.24 0.15 0.19 0.22 0.11 0.16 0.11
C3' 0.17 0.24 0.14 0.20 0.35 0.12 0.35 0.22 0.26 0.21 0.30 0.40 0.23 0.16 0.20 0.18 0.10 0.03 0.08 0.02
C4 0.25 0.22 0.23 0.18 0.23 0.22 0.21 0.25 0.18 0.17 0.25 0.29 0.28 0.31 0.20 0.24 0.26 0.13 0.23 0.13
C4' 0.18 0.23 0.12 0.18 0.36 0.12 0.35 0.26 0.24 0.19 0.30 0.43 0.23 0.19 0.18 0.18 0.09 0.10 0.14 0.06
C5 0.26 0.23 0.22 0.19 0.20 0.22 0.19 0.23 0.20 0.19 0.25 0.29 0.29 0.29 0.19 0.25 0.28 0.15 0.29 0.16
C5' 0.18 0.27 0.15 0.23 0.42 0.13 0.40 0.22 0.27 0.22 0.35 0.51 0.25 0.17 0.24 0.18 0.10 0.23 0.27 0.15
C6 0.29 0.23 0.28 0.24 0.14 0.26 0.23 0.26 0.25 0.23 0.20 0.23 0.31 0.34 0.25 0.28 0.32 0.19 0.31 0.20
C8 0.24 0.24 0.18 0.16 0.30 0.18 0.23 0.19 0.18 0.19 0.30 0.40 0.27 0.25 0.16 0.24 0.23 0.16 0.28 0.16
N1 0.33 0.21 0.33 0.29 0.17 0.31 0.24 0.31 0.26 0.25 0.16 0.24 0.32 0.40 0.31 0.32 0.34 0.23 0.30 0.21
N3 0.28 0.21 0.29 0.25 0.20 0.29 0.22 0.34 0.21 0.18 0.22 0.26 0.29 0.38 0.28 0.29 0.30 0.21 0.23 0.17
N6 0.30 0.27 0.28 0.25 0.17 0.26 0.26 0.27 0.27 0.26 0.23 0.22 0.34 0.34 0.25 0.28 0.34 0.22 0.34 0.22
N7 0.24 0.24 0.19 0.17 0.27 0.20 0.19 0.21 0.19 0.20 0.30 0.37 0.28 0.25 0.17 0.24 0.26 0.18 0.31 0.19
N9 0.24 0.23 0.19 0.14 0.28 0.18 0.24 0.21 0.17 0.18 0.28 0.35 0.27 0.28 0.15 0.22 0.22 0.08 0.20 0.09
O2' 0.26 0.26 0.23 0.20 0.27 0.23 0.27 0.38 0.22 0.22 0.27 0.30 0.30 0.34 0.22 0.23 0.32 0.19 0.17 0.17
O3' 0.19 0.26 0.20 0.28 0.35 0.17 0.36 0.28 0.30 0.24 0.30 0.39 0.24 0.18 0.28 0.20 0.03 0.02 0.02 0.01
O4' 0.21 0.23 0.15 0.14 0.33 0.14 0.31 0.25 0.20 0.17 0.29 0.41 0.26 0.26 0.14 0.19 0.14 0.07 0.13 0.03
O5' 0.39 0.51 0.35 0.35 0.64 0.27 0.60 0.26 0.49 0.46 0.59 0.72 0.50 0.33 0.34 0.35 0.32 0.30 0.42 0.29
OP1 0.45 0.61 0.48 0.54 0.81 0.45 0.74 0.51 0.59 0.54 0.73 0.94 0.58 0.44 0.58 0.42 0.52 0.65 0.72 0.56
OP2 0.55 0.79 0.50 0.45 0.97 0.37 0.85 0.36 0.69 0.67 0.92 1.12 0.77 0.46 0.44 0.47 0.40 0.57 0.52 0.43
P 0.40 0.57 0.37 0.37 0.74 0.28 0.67 0.28 0.53 0.50 0.68 0.85 0.55 0.34 0.38 0.35 0.34 0.41 0.48 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.00 0.15 0.17 0.27 0.11
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.12 0.04 0.32 0.25 0.30 0.22
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.09 0.03 0.08 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.21 0.26 0.20 0.14
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.15 0.08 0.12 0.13 0.16 0.02 0.01 0.01 0.30 0.33 0.17 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.14 0.04 0.45 0.35 0.39 0.35
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.07 0.08 0.04 0.00 0.02 0.17 0.28 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.18 0.05 0.47 0.36 0.39 0.37
C5' 0.04 0.10 0.05 0.03 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.13 0.18 0.09 0.05 0.07 0.02 0.01 0.17 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.16 0.05 0.41 0.29 0.32 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.30 0.23 0.29 0.20
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.13 0.03 0.39 0.30 0.35 0.29
N4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.09 0.16 0.04 0.48 0.39 0.44 0.40
O2 0.05 0.01 0.16 0.16 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.17 0.19 0.06 0.25 0.22 0.29 0.18
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.10 0.09 0.17 0.00 0.05 0.06 0.09 0.22 0.21 0.07
O3' 0.06 0.12 0.02 0.01 0.14 0.04 0.18 0.07 0.16 0.07 0.13 0.16 0.19 0.05 0.00 0.06 0.26 0.39 0.22 0.25
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.06 0.00 0.11 0.16 0.36 0.16
O5' 0.15 0.32 0.21 0.30 0.45 0.02 0.47 0.01 0.41 0.30 0.39 0.48 0.25 0.09 0.26 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.25 0.26 0.33 0.35 0.17 0.36 0.17 0.29 0.23 0.30 0.39 0.22 0.22 0.39 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.30 0.20 0.17 0.39 0.28 0.39 0.33 0.32 0.29 0.35 0.44 0.29 0.21 0.22 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.22 0.14 0.22 0.35 0.06 0.37 0.02 0.28 0.20 0.29 0.40 0.18 0.07 0.25 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00