ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51950

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 4, 6, 8, 8, 6, 8, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.014, 0.040, 0.067, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.004, 0.039, 0.074, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.039 std_dev=0.035
N1 B 0, 0.358, 0.570, 0.782, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.570 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.069, 0.300, 0.531, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.300 std_dev=0.231
C2' A 0, 0.081, 0.337, 0.594, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.337 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.471, 0.735, 1.000, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.735 std_dev=0.265
C2 B 0, 0.671, 0.947, 1.224, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.947 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.303, 0.618, 0.932, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.618 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.410, 0.733, 1.055, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.733 std_dev=0.322
C4' A 0, 0.123, 0.451, 0.780, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.451 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.736, 1.097, 1.458, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.097 std_dev=0.361
O2 B 0, 0.993, 1.354, 1.716, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.354 std_dev=0.362
O2' A 0, 0.064, 0.433, 0.802, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.433 std_dev=0.369
C3' A 0, 0.143, 0.514, 0.885, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.514 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.580, 0.967, 1.354, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.967 std_dev=0.387
C5 B 0, 0.558, 0.956, 1.354, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.956 std_dev=0.398
C4 B 0, 0.650, 1.072, 1.494, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.072 std_dev=0.422
C4' B 0, 0.343, 0.800, 1.258, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.800 std_dev=0.457
C3' B 0, 0.492, 0.956, 1.420, 2.369 max_d=2.369 avg_d=0.956 std_dev=0.464
O3' A 0, 0.208, 0.716, 1.224, 2.520 max_d=2.520 avg_d=0.716 std_dev=0.508
O2' B 0, 0.702, 1.214, 1.727, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.214 std_dev=0.512
C5' B 0, 0.335, 0.851, 1.367, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.851 std_dev=0.516
C5' A 0, 0.268, 0.824, 1.381, 2.811 max_d=2.811 avg_d=0.824 std_dev=0.557
N4 B 0, 0.888, 1.466, 2.043, 2.784 max_d=2.784 avg_d=1.466 std_dev=0.577
O3' B 0, 0.606, 1.220, 1.834, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.220 std_dev=0.614
O5' B 0, 0.207, 0.857, 1.506, 3.908 max_d=3.908 avg_d=0.857 std_dev=0.650
O5' A 0, 0.210, 0.982, 1.755, 4.891 max_d=4.891 avg_d=0.982 std_dev=0.773
P B 0, 0.008, 0.883, 1.758, 5.965 max_d=5.965 avg_d=0.883 std_dev=0.875
OP1 B 0, 0.049, 0.997, 1.945, 6.285 max_d=6.285 avg_d=0.997 std_dev=0.948
P A 0, 0.981, 1.962, 2.943, 5.625 max_d=5.625 avg_d=1.962 std_dev=0.981
OP1 A 0, 1.705, 2.821, 3.936, 6.356 max_d=6.356 avg_d=2.821 std_dev=1.115
OP2 B 0, -0.175, 1.011, 2.197, 8.559 max_d=8.559 avg_d=1.011 std_dev=1.186
OP2 A 0, 0.691, 1.896, 3.100, 6.039 max_d=6.039 avg_d=1.896 std_dev=1.205

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.17 0.23 0.27 0.14
C2 0.04 0.00 0.16 0.17 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.09 0.40 0.57 0.67 0.39
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.05 0.07 0.11 0.12 0.17 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.20 0.28 0.21 0.14
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.15 0.15 0.16 0.16 0.15 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.26 0.31 0.20 0.20
C4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.05 0.40 0.52 0.62 0.38
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06 0.07 0.08 0.10 0.05 0.11 0.03 0.00 0.01 0.24 0.23 0.09
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03 0.50 0.68 0.80 0.52
C5' 0.04 0.15 0.05 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.18 0.18 0.16 0.13 0.20 0.20 0.11 0.07 0.06 0.01 0.01 0.27 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.12 0.05 0.51 0.74 0.87 0.55
C8 0.02 0.01 0.11 0.15 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.16 0.16 0.08 0.51 0.59 0.70 0.50
N1 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.13 0.07 0.46 0.68 0.80 0.49
N3 0.04 0.01 0.17 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.15 0.09 0.35 0.47 0.56 0.32
N6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.08 0.02 0.20 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.12 0.15 0.05 0.56 0.85 0.98 0.64
N7 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.00 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.16 0.16 0.06 0.56 0.74 0.88 0.61
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.37 0.42 0.50 0.32
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.07 0.11 0.10 0.07 0.10 0.16 0.11 0.14 0.12 0.16 0.07 0.00 0.04 0.09 0.15 0.29 0.17 0.14
O3' 0.07 0.16 0.02 0.01 0.08 0.03 0.11 0.06 0.12 0.16 0.13 0.15 0.15 0.16 0.06 0.04 0.00 0.05 0.24 0.41 0.24 0.25
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07 0.09 0.05 0.06 0.02 0.09 0.05 0.00 0.10 0.18 0.27 0.16
O5' 0.17 0.40 0.20 0.26 0.40 0.01 0.50 0.01 0.51 0.51 0.46 0.35 0.56 0.56 0.37 0.15 0.24 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.57 0.28 0.31 0.52 0.24 0.68 0.27 0.74 0.59 0.68 0.47 0.85 0.74 0.42 0.29 0.41 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.67 0.21 0.20 0.62 0.23 0.80 0.34 0.87 0.70 0.80 0.56 0.98 0.88 0.50 0.17 0.24 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.39 0.14 0.20 0.38 0.09 0.52 0.02 0.55 0.50 0.49 0.32 0.64 0.61 0.32 0.14 0.25 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.31 0.23 0.22 0.31 0.25 0.26 0.32 0.21 0.25 0.33 0.36 0.36 0.29 0.23 0.26 0.33 0.12 0.52 0.35
C2 0.28 0.23 0.27 0.24 0.19 0.29 0.24 0.32 0.24 0.18 0.23 0.27 0.37 0.34 0.24 0.30 0.35 0.18 0.44 0.30
C2' 0.35 0.31 0.30 0.28 0.27 0.34 0.22 0.39 0.22 0.29 0.29 0.30 0.36 0.36 0.29 0.38 0.48 0.31 0.65 0.51
C3' 0.35 0.35 0.30 0.27 0.36 0.29 0.35 0.29 0.34 0.34 0.36 0.37 0.36 0.33 0.27 0.36 0.45 0.36 0.76 0.59
C4 0.24 0.30 0.21 0.20 0.23 0.24 0.18 0.29 0.18 0.20 0.32 0.28 0.37 0.27 0.20 0.24 0.37 0.17 0.59 0.39
C4' 0.27 0.32 0.21 0.19 0.39 0.22 0.37 0.25 0.30 0.28 0.36 0.45 0.33 0.27 0.21 0.27 0.36 0.32 0.72 0.53
C5 0.25 0.30 0.22 0.21 0.21 0.24 0.19 0.29 0.21 0.22 0.33 0.27 0.38 0.26 0.22 0.25 0.43 0.26 0.72 0.48
C5' 0.31 0.40 0.28 0.27 0.54 0.26 0.52 0.27 0.42 0.36 0.48 0.62 0.38 0.30 0.29 0.29 0.46 0.51 0.93 0.68
C6 0.27 0.29 0.24 0.23 0.15 0.26 0.25 0.29 0.25 0.23 0.27 0.20 0.38 0.29 0.22 0.27 0.42 0.26 0.68 0.45
C8 0.25 0.33 0.21 0.23 0.34 0.25 0.23 0.31 0.21 0.24 0.38 0.42 0.36 0.24 0.24 0.25 0.45 0.34 0.81 0.56
N1 0.29 0.25 0.27 0.24 0.18 0.28 0.28 0.30 0.27 0.22 0.21 0.27 0.38 0.33 0.24 0.30 0.38 0.20 0.55 0.36
N3 0.25 0.27 0.23 0.21 0.20 0.27 0.20 0.31 0.19 0.17 0.28 0.25 0.38 0.30 0.22 0.26 0.33 0.15 0.44 0.29
N6 0.28 0.30 0.25 0.24 0.19 0.26 0.29 0.29 0.27 0.25 0.28 0.21 0.39 0.29 0.24 0.27 0.45 0.32 0.76 0.50
N7 0.24 0.32 0.21 0.23 0.30 0.24 0.20 0.30 0.21 0.23 0.37 0.38 0.37 0.24 0.24 0.25 0.47 0.37 0.85 0.57
N9 0.25 0.32 0.21 0.21 0.30 0.23 0.22 0.30 0.19 0.23 0.35 0.36 0.37 0.25 0.22 0.24 0.38 0.20 0.65 0.44
O2' 0.38 0.35 0.35 0.35 0.37 0.41 0.37 0.46 0.28 0.31 0.35 0.42 0.40 0.41 0.36 0.42 0.43 0.26 0.43 0.38
O3' 0.32 0.30 0.27 0.26 0.29 0.28 0.29 0.28 0.29 0.30 0.29 0.29 0.30 0.31 0.28 0.35 0.38 0.36 0.64 0.55
O4' 0.25 0.32 0.19 0.17 0.36 0.21 0.31 0.26 0.23 0.25 0.36 0.44 0.36 0.26 0.19 0.23 0.30 0.19 0.61 0.41
O5' 0.51 0.64 0.53 0.53 0.77 0.44 0.76 0.43 0.66 0.60 0.71 0.83 0.60 0.48 0.53 0.45 0.61 0.54 1.08 0.76
OP1 0.69 0.96 0.73 0.70 1.19 0.53 1.10 0.48 0.90 0.85 1.11 1.35 0.92 0.65 0.70 0.55 0.68 0.63 1.13 0.78
OP2 0.60 0.78 0.68 0.68 0.95 0.52 0.88 0.49 0.75 0.71 0.89 1.06 0.75 0.61 0.71 0.49 0.69 0.72 1.22 0.85
P 0.56 0.73 0.61 0.62 0.90 0.47 0.87 0.45 0.74 0.67 0.83 1.00 0.69 0.54 0.63 0.47 0.66 0.63 1.17 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.14 0.09 0.22 0.14
C2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.04 0.24 0.15 0.39 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.15 0.00 0.02 0.01 0.13 0.17 0.16 0.08
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.11 0.07 0.13 0.13 0.16 0.02 0.01 0.01 0.17 0.24 0.17 0.14
C4 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.14 0.03 0.31 0.25 0.60 0.39
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.02 0.13 0.18 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.15 0.04 0.33 0.27 0.62 0.40
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.13 0.18 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.13 0.04 0.29 0.20 0.49 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.23 0.13 0.36 0.24
N3 0.03 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.03 0.28 0.20 0.50 0.32
N4 0.03 0.02 0.07 0.13 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.16 0.04 0.33 0.30 0.67 0.43
O2 0.06 0.01 0.15 0.16 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.18 0.06 0.21 0.14 0.31 0.21
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.08 0.08 0.12 0.00 0.05 0.06 0.07 0.19 0.23 0.11
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.03 0.13 0.06 0.14 0.16 0.18 0.05 0.00 0.02 0.23 0.34 0.33 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.16 0.13 0.25 0.18
O5' 0.14 0.24 0.13 0.17 0.31 0.02 0.33 0.01 0.29 0.23 0.28 0.33 0.21 0.07 0.23 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.15 0.17 0.24 0.25 0.13 0.27 0.13 0.20 0.13 0.20 0.30 0.14 0.19 0.34 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.39 0.16 0.17 0.60 0.18 0.62 0.18 0.49 0.36 0.50 0.67 0.31 0.23 0.33 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.08 0.14 0.39 0.05 0.40 0.02 0.33 0.24 0.32 0.43 0.21 0.11 0.25 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00