ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51954

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 8, 4, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.025, 0.039, 0.053, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.021, 0.036, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.039, 0.055, 0.070, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.055 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.025, 0.042, 0.059, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.024, 0.056, 0.087, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.056 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.109, 0.236, 0.363, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.236 std_dev=0.127
C5 B 0, 0.276, 0.425, 0.573, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.425 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.234, 0.387, 0.541, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.387 std_dev=0.154
C2' A 0, 0.150, 0.304, 0.459, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.304 std_dev=0.154
C6 B 0, 0.268, 0.430, 0.593, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.430 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.221, 0.412, 0.602, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.412 std_dev=0.191
C4' A 0, 0.205, 0.405, 0.606, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.405 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.286, 0.490, 0.693, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.490 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.225, 0.451, 0.677, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.451 std_dev=0.226
C3' A 0, 0.224, 0.460, 0.697, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.460 std_dev=0.236
N3 B 0, 0.323, 0.570, 0.817, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.570 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.368, 0.640, 0.912, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.640 std_dev=0.272
O2 B 0, 0.460, 0.762, 1.064, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.762 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.428, 0.758, 1.087, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.758 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.388, 0.725, 1.062, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.725 std_dev=0.337
O3' A 0, 0.290, 0.643, 0.996, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.643 std_dev=0.353
C5' A 0, 0.360, 0.717, 1.074, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.717 std_dev=0.357
N4 B 0, 0.322, 0.712, 1.102, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.712 std_dev=0.390
O5' B 0, 0.503, 0.904, 1.305, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.904 std_dev=0.401
C3' B 0, 0.415, 0.838, 1.260, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.838 std_dev=0.422
C4' B 0, 0.463, 0.899, 1.335, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.899 std_dev=0.436
O2' B 0, 0.649, 1.103, 1.558, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.103 std_dev=0.454
OP1 A 0, 0.441, 0.911, 1.380, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.911 std_dev=0.469
O5' A 0, 0.526, 1.000, 1.475, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.000 std_dev=0.474
C5' B 0, 0.498, 0.977, 1.457, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.977 std_dev=0.480
P B 0, 0.466, 0.960, 1.454, 2.006 max_d=2.006 avg_d=0.960 std_dev=0.494
OP2 B 0, 0.520, 1.068, 1.617, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.068 std_dev=0.549
P A 0, 0.415, 0.982, 1.550, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.982 std_dev=0.568
O3' B 0, 0.539, 1.107, 1.676, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.107 std_dev=0.568
OP2 A 0, 0.794, 1.376, 1.958, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.376 std_dev=0.582
OP1 B 0, 0.782, 1.457, 2.133, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.457 std_dev=0.676

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.14 0.29 0.18
C2 0.04 0.00 0.11 0.15 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.18 0.03 0.25 0.32 0.53 0.36
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.12 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.21 0.30 0.14
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.12 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.15 0.29 0.31 0.19
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.23 0.31 0.49 0.34
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.13 0.18 0.05
C5 0.02 0.02 0.04 0.11 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.30 0.42 0.58 0.43
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.18 0.11 0.24 0.24 0.13 0.04 0.03 0.02 0.01 0.09 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.02 0.31 0.46 0.62 0.46
C8 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.28 0.36 0.49 0.38
N1 0.03 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.16 0.02 0.29 0.41 0.59 0.43
N3 0.04 0.01 0.12 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.04 0.21 0.27 0.47 0.31
N6 0.03 0.01 0.06 0.13 0.02 0.10 0.02 0.24 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.10 0.14 0.04 0.34 0.53 0.68 0.51
N7 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.11 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.12 0.03 0.32 0.46 0.61 0.47
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.20 0.26 0.41 0.29
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.10 0.03 0.13 0.14 0.10 0.04 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.21 0.28 0.11
O3' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.13 0.11 0.16 0.16 0.14 0.12 0.05 0.04 0.00 0.01 0.18 0.43 0.41 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.14 0.23 0.17
O5' 0.10 0.25 0.09 0.15 0.23 0.02 0.30 0.01 0.31 0.28 0.29 0.21 0.34 0.32 0.20 0.05 0.18 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.32 0.21 0.29 0.31 0.13 0.42 0.09 0.46 0.36 0.41 0.27 0.53 0.46 0.26 0.21 0.43 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.53 0.30 0.31 0.49 0.18 0.58 0.14 0.62 0.49 0.59 0.47 0.68 0.61 0.41 0.28 0.41 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.14 0.19 0.34 0.05 0.43 0.02 0.46 0.38 0.43 0.31 0.51 0.47 0.29 0.11 0.29 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.12 0.11 0.15 0.13 0.18 0.21 0.13 0.09 0.13 0.19 0.15 0.21 0.11 0.14 0.18 0.07 0.12 0.06
C2 0.20 0.15 0.24 0.24 0.16 0.29 0.16 0.32 0.17 0.12 0.19 0.20 0.20 0.34 0.27 0.28 0.27 0.26 0.24 0.19
C2' 0.16 0.13 0.14 0.15 0.12 0.15 0.14 0.22 0.11 0.12 0.12 0.14 0.15 0.20 0.14 0.17 0.23 0.12 0.14 0.11
C3' 0.14 0.15 0.14 0.18 0.19 0.14 0.21 0.21 0.17 0.14 0.17 0.22 0.14 0.15 0.19 0.15 0.08 0.02 0.08 0.02
C4 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.16 0.16 0.22 0.14 0.08 0.13 0.16 0.16 0.22 0.14 0.15 0.19 0.13 0.19 0.09
C4' 0.13 0.19 0.13 0.18 0.30 0.14 0.31 0.22 0.23 0.16 0.24 0.35 0.16 0.14 0.19 0.14 0.07 0.08 0.21 0.09
C5 0.16 0.12 0.16 0.14 0.15 0.16 0.17 0.20 0.15 0.11 0.14 0.19 0.17 0.22 0.14 0.17 0.19 0.12 0.22 0.10
C5' 0.22 0.34 0.24 0.28 0.46 0.18 0.46 0.23 0.35 0.29 0.41 0.53 0.31 0.20 0.29 0.17 0.16 0.17 0.35 0.17
C6 0.21 0.13 0.21 0.19 0.20 0.22 0.19 0.23 0.17 0.14 0.18 0.26 0.18 0.28 0.20 0.23 0.22 0.16 0.23 0.13
C8 0.13 0.15 0.11 0.11 0.16 0.11 0.17 0.17 0.14 0.12 0.16 0.19 0.18 0.16 0.11 0.12 0.17 0.12 0.24 0.14
N1 0.23 0.15 0.25 0.24 0.20 0.28 0.18 0.29 0.17 0.14 0.21 0.25 0.19 0.34 0.26 0.28 0.25 0.22 0.24 0.16
N3 0.16 0.13 0.19 0.18 0.14 0.23 0.16 0.29 0.16 0.09 0.15 0.16 0.18 0.28 0.21 0.21 0.26 0.23 0.22 0.17
N6 0.23 0.15 0.23 0.20 0.25 0.22 0.22 0.22 0.18 0.17 0.21 0.33 0.20 0.30 0.21 0.23 0.24 0.17 0.26 0.15
N7 0.15 0.16 0.14 0.13 0.15 0.13 0.18 0.17 0.15 0.13 0.16 0.18 0.20 0.18 0.13 0.13 0.20 0.13 0.26 0.15
N9 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.11 0.17 0.19 0.13 0.09 0.13 0.17 0.15 0.18 0.09 0.11 0.16 0.07 0.17 0.06
O2' 0.26 0.18 0.26 0.25 0.11 0.27 0.13 0.30 0.12 0.18 0.14 0.13 0.23 0.34 0.26 0.27 0.33 0.17 0.13 0.15
O3' 0.14 0.13 0.16 0.22 0.16 0.18 0.17 0.24 0.14 0.13 0.14 0.19 0.13 0.18 0.24 0.17 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.11 0.15 0.09 0.12 0.25 0.11 0.27 0.21 0.19 0.12 0.20 0.30 0.15 0.15 0.12 0.12 0.11 0.04 0.16 0.04
O5' 0.27 0.43 0.32 0.32 0.54 0.21 0.50 0.24 0.37 0.36 0.51 0.60 0.41 0.25 0.33 0.19 0.29 0.24 0.35 0.24
OP1 0.39 0.56 0.39 0.35 0.69 0.33 0.57 0.35 0.45 0.46 0.67 0.83 0.55 0.37 0.37 0.35 0.35 0.60 0.47 0.46
OP2 0.53 0.65 0.50 0.41 0.71 0.43 0.59 0.41 0.54 0.57 0.72 0.82 0.66 0.51 0.39 0.48 0.29 0.59 0.59 0.48
P 0.36 0.54 0.35 0.27 0.65 0.23 0.54 0.20 0.42 0.44 0.63 0.76 0.54 0.34 0.26 0.29 0.21 0.42 0.39 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.31 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.08 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02 0.22 0.11 0.25 0.10
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.16 0.14 0.23 0.06
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.11 0.07 0.10 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.23 0.20 0.17 0.12
C4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.15 0.04 0.31 0.15 0.21 0.16
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.08 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.10 0.26 0.04
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.16 0.05 0.32 0.15 0.22 0.15
C5' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.11 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.11 0.23 0.02
C6 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.13 0.04 0.27 0.11 0.26 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.19 0.09 0.27 0.09
N3 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.12 0.02 0.27 0.14 0.22 0.13
N4 0.02 0.02 0.07 0.13 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.17 0.05 0.33 0.18 0.20 0.18
O2 0.04 0.01 0.08 0.10 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.11 0.04 0.18 0.11 0.26 0.10
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.04 0.06 0.08 0.15 0.23 0.05
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.15 0.01 0.16 0.03 0.13 0.07 0.12 0.17 0.11 0.04 0.00 0.01 0.23 0.28 0.15 0.17
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.01 0.00 0.08 0.08 0.36 0.15
O5' 0.08 0.22 0.16 0.23 0.31 0.01 0.32 0.01 0.27 0.19 0.27 0.33 0.18 0.08 0.23 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.11 0.14 0.20 0.15 0.10 0.15 0.11 0.11 0.09 0.14 0.18 0.11 0.15 0.28 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.25 0.23 0.17 0.21 0.26 0.22 0.23 0.26 0.27 0.22 0.20 0.26 0.23 0.15 0.36 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.06 0.12 0.16 0.04 0.15 0.02 0.11 0.09 0.13 0.18 0.10 0.05 0.17 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00