ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51955

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 4, 6, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.013, 0.024, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.022, 0.040, 0.058, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.066, 0.185, 0.305, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.185 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.091, 0.224, 0.357, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.224 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.147, 0.308, 0.469, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.308 std_dev=0.161
C4' A 0, 0.150, 0.340, 0.530, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.340 std_dev=0.190
C5 B 0, 0.450, 0.644, 0.837, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.644 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.395, 0.592, 0.789, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.592 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.129, 0.338, 0.548, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.338 std_dev=0.210
C4 B 0, 0.360, 0.570, 0.781, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.570 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.253, 0.479, 0.705, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.479 std_dev=0.226
C2 B 0, 0.221, 0.448, 0.675, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.448 std_dev=0.227
N3 B 0, 0.256, 0.483, 0.711, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.483 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.285, 0.529, 0.773, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.529 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.240, 0.536, 0.832, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.536 std_dev=0.296
N4 B 0, 0.379, 0.676, 0.974, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.676 std_dev=0.297
C5' A 0, 0.284, 0.594, 0.905, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.594 std_dev=0.311
C2' B 0, 0.354, 0.665, 0.976, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.665 std_dev=0.311
O3' A 0, 0.215, 0.528, 0.840, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.528 std_dev=0.312
O4' B 0, 0.186, 0.522, 0.859, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.522 std_dev=0.336
O5' B 0, 0.283, 0.620, 0.958, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.620 std_dev=0.337
C3' B 0, 0.349, 0.689, 1.029, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.689 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.359, 0.706, 1.053, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.706 std_dev=0.347
P B 0, 0.310, 0.667, 1.025, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.667 std_dev=0.358
C5' B 0, 0.276, 0.659, 1.042, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.659 std_dev=0.383
C4' B 0, 0.264, 0.648, 1.032, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.648 std_dev=0.384
O2' B 0, 0.455, 0.852, 1.249, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.852 std_dev=0.397
O3' B 0, 0.450, 0.849, 1.247, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.849 std_dev=0.399
O5' A 0, 0.217, 0.636, 1.055, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.636 std_dev=0.419
OP1 B 0, 0.379, 0.851, 1.323, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.851 std_dev=0.472
P A 0, 0.767, 1.275, 1.783, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.275 std_dev=0.508
OP1 A 0, 0.940, 1.631, 2.323, 2.979 max_d=2.979 avg_d=1.631 std_dev=0.692
OP2 A 0, 0.578, 1.426, 2.273, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.426 std_dev=0.847

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.17 0.22 0.06
C2 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.18 0.03 0.27 0.30 0.42 0.26
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.08 0.11 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.25 0.14 0.12
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.10 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.20 0.32 0.17 0.18
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.25 0.26 0.40 0.22
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.13 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.31 0.31 0.52 0.29
C5' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.13 0.08 0.18 0.16 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.32 0.34 0.56 0.33
C8 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.13 0.04 0.30 0.26 0.47 0.22
N1 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.31 0.34 0.50 0.31
N3 0.03 0.01 0.11 0.14 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.03 0.23 0.26 0.36 0.21
N6 0.02 0.02 0.05 0.10 0.02 0.08 0.02 0.18 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.13 0.04 0.34 0.38 0.63 0.36
N7 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.34 0.32 0.58 0.30
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.22 0.22 0.34 0.16
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.19 0.15 0.06
O3' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.12 0.13 0.15 0.16 0.13 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.18 0.43 0.31 0.22
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.19 0.24 0.10
O5' 0.10 0.27 0.14 0.20 0.25 0.01 0.31 0.01 0.32 0.30 0.31 0.23 0.34 0.34 0.22 0.05 0.18 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.30 0.25 0.32 0.26 0.13 0.31 0.12 0.34 0.26 0.34 0.26 0.38 0.32 0.22 0.19 0.43 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.42 0.14 0.17 0.40 0.16 0.52 0.21 0.56 0.47 0.50 0.36 0.63 0.58 0.34 0.15 0.31 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.26 0.12 0.18 0.22 0.03 0.29 0.01 0.33 0.22 0.31 0.21 0.36 0.30 0.16 0.06 0.22 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.24 0.14 0.12 0.23 0.12 0.20 0.13 0.19 0.18 0.26 0.25 0.27 0.17 0.12 0.14 0.16 0.05 0.10 0.05
C2 0.26 0.15 0.27 0.29 0.18 0.34 0.20 0.34 0.24 0.17 0.21 0.23 0.21 0.31 0.31 0.32 0.31 0.27 0.24 0.23
C2' 0.17 0.23 0.14 0.11 0.22 0.11 0.19 0.13 0.18 0.19 0.24 0.23 0.25 0.16 0.11 0.15 0.18 0.10 0.08 0.08
C3' 0.17 0.22 0.14 0.11 0.25 0.11 0.24 0.09 0.22 0.19 0.24 0.27 0.21 0.14 0.10 0.15 0.07 0.02 0.08 0.01
C4 0.15 0.21 0.15 0.15 0.20 0.18 0.18 0.21 0.19 0.13 0.25 0.23 0.25 0.18 0.16 0.17 0.22 0.14 0.19 0.13
C4' 0.16 0.24 0.13 0.10 0.30 0.09 0.29 0.08 0.24 0.20 0.28 0.34 0.23 0.14 0.09 0.14 0.05 0.08 0.17 0.07
C5 0.17 0.21 0.16 0.15 0.19 0.18 0.16 0.20 0.18 0.14 0.26 0.24 0.26 0.19 0.16 0.19 0.22 0.15 0.24 0.16
C5' 0.22 0.33 0.21 0.18 0.43 0.14 0.42 0.11 0.34 0.29 0.40 0.49 0.31 0.19 0.16 0.18 0.11 0.17 0.27 0.14
C6 0.23 0.16 0.21 0.20 0.16 0.24 0.18 0.24 0.21 0.16 0.21 0.24 0.24 0.25 0.21 0.25 0.24 0.19 0.26 0.19
C8 0.16 0.26 0.15 0.16 0.27 0.14 0.21 0.16 0.18 0.18 0.30 0.30 0.27 0.16 0.16 0.14 0.21 0.17 0.27 0.19
N1 0.28 0.11 0.27 0.27 0.18 0.32 0.21 0.31 0.24 0.18 0.19 0.24 0.20 0.32 0.29 0.32 0.29 0.24 0.25 0.21
N3 0.19 0.19 0.20 0.22 0.19 0.27 0.19 0.30 0.22 0.14 0.23 0.22 0.24 0.23 0.24 0.24 0.27 0.23 0.20 0.19
N6 0.25 0.19 0.22 0.21 0.16 0.24 0.20 0.23 0.21 0.19 0.20 0.26 0.27 0.27 0.21 0.26 0.24 0.21 0.30 0.21
N7 0.16 0.25 0.16 0.16 0.25 0.15 0.18 0.17 0.17 0.17 0.30 0.30 0.28 0.17 0.16 0.15 0.22 0.19 0.29 0.20
N9 0.15 0.24 0.13 0.12 0.23 0.12 0.19 0.15 0.18 0.17 0.27 0.26 0.27 0.15 0.12 0.12 0.18 0.09 0.17 0.10
O2' 0.25 0.28 0.23 0.20 0.23 0.21 0.19 0.19 0.20 0.24 0.27 0.23 0.32 0.26 0.18 0.24 0.21 0.13 0.05 0.10
O3' 0.16 0.19 0.12 0.10 0.22 0.12 0.22 0.10 0.19 0.17 0.21 0.24 0.19 0.14 0.09 0.16 0.02 0.02 0.02 0.00
O4' 0.15 0.23 0.12 0.09 0.26 0.09 0.24 0.10 0.20 0.17 0.27 0.30 0.25 0.15 0.09 0.12 0.10 0.04 0.14 0.03
O5' 0.37 0.48 0.41 0.40 0.55 0.31 0.53 0.28 0.46 0.44 0.54 0.58 0.47 0.35 0.39 0.30 0.34 0.25 0.38 0.28
OP1 0.55 0.64 0.64 0.66 0.71 0.56 0.68 0.55 0.61 0.60 0.69 0.75 0.63 0.60 0.69 0.49 0.61 0.67 0.74 0.62
OP2 0.54 0.71 0.60 0.59 0.81 0.47 0.73 0.43 0.61 0.62 0.79 0.89 0.70 0.56 0.61 0.43 0.48 0.50 0.55 0.46
P 0.46 0.59 0.52 0.51 0.68 0.39 0.64 0.35 0.55 0.54 0.66 0.74 0.58 0.46 0.50 0.37 0.41 0.35 0.47 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.04 0.12 0.15 0.24 0.16
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.13 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.09 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.05 0.08 0.08 0.12 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.02 0.14 0.21 0.30 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.03 0.15 0.20 0.29 0.21
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.04 0.13 0.15 0.22 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.10 0.12 0.20 0.14
N3 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.13 0.18 0.28 0.20
N4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.11 0.02 0.15 0.24 0.34 0.24
O2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.15 0.06 0.11 0.15 0.22 0.15
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.05 0.03 0.03 0.12 0.06 0.05
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.11 0.05 0.10 0.11 0.15 0.05 0.00 0.02 0.08 0.17 0.09 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.00 0.08 0.09 0.11 0.08
O5' 0.06 0.12 0.04 0.05 0.14 0.02 0.15 0.01 0.13 0.10 0.13 0.15 0.11 0.03 0.08 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.15 0.11 0.12 0.21 0.09 0.20 0.09 0.15 0.12 0.18 0.24 0.15 0.12 0.17 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.24 0.09 0.06 0.30 0.04 0.29 0.02 0.22 0.20 0.28 0.34 0.22 0.06 0.09 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.16 0.05 0.05 0.22 0.02 0.21 0.02 0.17 0.14 0.20 0.24 0.15 0.05 0.08 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00