ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51956

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 4, 2, 3, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.016, 0.034, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.021, 0.045, 0.069, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.026, 0.051, 0.077, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.051 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.027, 0.057, 0.088, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.057 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.032, 0.069, 0.107, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.069 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.028, 0.175, 0.323, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.175 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.063, 0.222, 0.380, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.222 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.131, 0.326, 0.521, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.326 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.223, 0.446, 0.670, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.446 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.349, 0.574, 0.798, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.574 std_dev=0.224
C4' A 0, 0.092, 0.333, 0.574, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.333 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.215, 0.472, 0.729, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.472 std_dev=0.257
C3' A 0, 0.072, 0.338, 0.604, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.338 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.394, 0.663, 0.932, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.663 std_dev=0.269
C5 B 0, 0.325, 0.597, 0.868, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.597 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.275, 0.549, 0.824, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.549 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.369, 0.661, 0.953, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.661 std_dev=0.292
C1' B 0, 0.297, 0.592, 0.887, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.592 std_dev=0.295
O2 B 0, 0.432, 0.752, 1.072, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.752 std_dev=0.320
O3' A 0, 0.112, 0.522, 0.933, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.522 std_dev=0.410
C5' A 0, 0.138, 0.574, 1.011, 1.786 max_d=1.786 avg_d=0.574 std_dev=0.437
O5' A 0, 0.220, 0.683, 1.145, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.683 std_dev=0.462
N4 B 0, 0.377, 0.848, 1.319, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.848 std_dev=0.471
O4' B 0, 0.307, 0.779, 1.252, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.779 std_dev=0.473
P A 0, 0.337, 0.860, 1.383, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.860 std_dev=0.523
OP2 A 0, 0.455, 1.085, 1.715, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.085 std_dev=0.630
O2' B 0, 0.285, 0.933, 1.581, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.933 std_dev=0.648
OP1 A 0, 0.375, 1.054, 1.733, 2.388 max_d=2.388 avg_d=1.054 std_dev=0.679
C4' B 0, 0.120, 0.962, 1.805, 2.988 max_d=2.988 avg_d=0.962 std_dev=0.843
C3' B 0, -0.057, 0.896, 1.848, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.896 std_dev=0.952
C5' B 0, 0.127, 1.128, 2.128, 3.469 max_d=3.469 avg_d=1.128 std_dev=1.000
O5' B 0, -0.018, 1.118, 2.253, 3.711 max_d=3.711 avg_d=1.118 std_dev=1.136
O3' B 0, -0.198, 1.298, 2.794, 4.858 max_d=4.858 avg_d=1.298 std_dev=1.496
OP1 B 0, -0.167, 1.479, 3.124, 5.533 max_d=5.533 avg_d=1.479 std_dev=1.646
P B 0, -0.408, 1.366, 3.141, 5.757 max_d=5.757 avg_d=1.366 std_dev=1.774
OP2 B 0, -0.903, 1.749, 4.400, 8.353 max_d=8.353 avg_d=1.749 std_dev=2.651

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.18 0.15 0.40 0.17
C2 0.05 0.00 0.16 0.18 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.21 0.05 0.35 0.30 0.51 0.33
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.13 0.16 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.20 0.23 0.31 0.15
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.14 0.14 0.17 0.17 0.14 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.24 0.31 0.23 0.18
C4 0.03 0.01 0.09 0.12 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.03 0.36 0.30 0.49 0.32
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.08 0.08 0.11 0.13 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.16 0.30 0.07
C5 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.12 0.03 0.44 0.39 0.55 0.41
C5' 0.04 0.15 0.02 0.02 0.16 0.01 0.23 0.00 0.23 0.25 0.19 0.12 0.27 0.28 0.15 0.06 0.04 0.01 0.01 0.26 0.26 0.01
C6 0.04 0.01 0.09 0.14 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.15 0.04 0.45 0.42 0.58 0.44
C8 0.01 0.02 0.08 0.14 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.44 0.37 0.50 0.38
N1 0.05 0.00 0.13 0.17 0.02 0.08 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.16 0.19 0.05 0.40 0.37 0.55 0.39
N3 0.05 0.01 0.16 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.19 0.05 0.31 0.25 0.48 0.29
N6 0.04 0.01 0.09 0.14 0.02 0.11 0.02 0.27 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.11 0.16 0.05 0.49 0.49 0.62 0.49
N7 0.01 0.02 0.07 0.14 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.16 0.04 0.49 0.45 0.56 0.46
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.15 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.33 0.26 0.45 0.28
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.10 0.06 0.08 0.06 0.12 0.05 0.16 0.17 0.11 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.10 0.18 0.30 0.08
O3' 0.03 0.21 0.03 0.01 0.11 0.03 0.12 0.04 0.15 0.15 0.19 0.19 0.16 0.16 0.06 0.05 0.00 0.03 0.20 0.38 0.17 0.18
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.14 0.16 0.43 0.18
O5' 0.18 0.35 0.20 0.24 0.36 0.02 0.44 0.01 0.45 0.44 0.40 0.31 0.49 0.49 0.33 0.10 0.20 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.30 0.23 0.31 0.30 0.16 0.39 0.26 0.42 0.37 0.37 0.25 0.49 0.45 0.26 0.18 0.38 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.51 0.31 0.23 0.49 0.30 0.55 0.26 0.58 0.50 0.55 0.48 0.62 0.56 0.45 0.30 0.17 0.43 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.33 0.15 0.18 0.32 0.07 0.41 0.01 0.44 0.38 0.39 0.29 0.49 0.46 0.28 0.08 0.18 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.19 0.20 0.20 0.24 0.21 0.25 0.28 0.18 0.17 0.20 0.31 0.26 0.37 0.21 0.21 0.24 0.25 0.87 0.63
C2 0.21 0.37 0.24 0.67 0.31 0.88 0.25 0.98 0.24 0.24 0.39 0.34 0.49 0.34 1.06 0.55 0.62 0.67 0.55 0.46
C2' 0.32 0.25 0.24 0.34 0.35 0.32 0.38 0.37 0.27 0.24 0.27 0.42 0.30 0.42 0.31 0.35 0.29 0.26 0.78 0.61
C3' 0.40 0.25 0.28 0.56 0.39 0.54 0.39 0.56 0.29 0.28 0.30 0.51 0.28 0.40 0.55 0.51 0.72 0.75 1.55 1.22
C4 0.14 0.27 0.16 0.30 0.27 0.48 0.25 0.55 0.21 0.18 0.29 0.29 0.33 0.26 0.61 0.33 0.28 0.24 0.27 0.19
C4' 0.37 0.25 0.27 0.49 0.37 0.42 0.36 0.44 0.31 0.29 0.30 0.47 0.27 0.38 0.43 0.41 0.69 0.83 1.74 1.31
C5 0.16 0.25 0.16 0.34 0.33 0.54 0.28 0.52 0.19 0.15 0.33 0.38 0.28 0.15 0.74 0.45 0.34 0.23 0.31 0.22
C5' 0.51 0.41 0.45 0.72 0.49 0.62 0.51 0.68 0.51 0.46 0.44 0.56 0.40 0.47 0.67 0.56 0.94 1.13 2.25 1.61
C6 0.28 0.30 0.24 0.57 0.39 0.76 0.28 0.72 0.20 0.18 0.42 0.46 0.34 0.19 1.07 0.62 0.49 0.42 0.17 0.26
C8 0.14 0.16 0.13 0.12 0.24 0.20 0.25 0.21 0.17 0.10 0.21 0.30 0.21 0.18 0.30 0.20 0.39 0.34 1.03 0.69
N1 0.27 0.36 0.27 0.74 0.37 0.93 0.26 0.93 0.22 0.22 0.44 0.42 0.45 0.23 1.24 0.66 0.62 0.63 0.51 0.45
N3 0.20 0.33 0.21 0.46 0.27 0.64 0.25 0.80 0.23 0.23 0.32 0.28 0.44 0.39 0.74 0.38 0.44 0.50 0.25 0.24
N6 0.37 0.26 0.30 0.61 0.43 0.77 0.29 0.69 0.17 0.18 0.44 0.56 0.30 0.33 1.18 0.65 0.52 0.42 0.19 0.29
N7 0.15 0.18 0.12 0.15 0.31 0.33 0.30 0.29 0.17 0.09 0.25 0.38 0.24 0.18 0.51 0.32 0.36 0.24 0.76 0.49
N9 0.18 0.20 0.16 0.14 0.23 0.24 0.24 0.30 0.18 0.15 0.22 0.27 0.25 0.27 0.33 0.19 0.24 0.18 0.74 0.50
O2' 0.33 0.26 0.31 0.39 0.36 0.40 0.40 0.57 0.31 0.26 0.27 0.43 0.33 0.49 0.40 0.37 0.21 0.22 0.45 0.39
O3' 0.44 0.30 0.34 0.72 0.47 0.73 0.47 0.81 0.35 0.32 0.36 0.60 0.32 0.44 0.82 0.61 0.87 0.98 1.63 1.44
O4' 0.25 0.15 0.17 0.24 0.27 0.18 0.27 0.18 0.20 0.16 0.20 0.37 0.19 0.32 0.12 0.23 0.45 0.56 1.38 1.00
O5' 0.53 0.39 0.48 0.78 0.41 0.68 0.43 0.80 0.50 0.46 0.39 0.49 0.40 0.47 0.68 0.59 1.02 1.17 2.35 1.63
OP1 0.57 0.43 0.56 0.97 0.47 0.82 0.55 0.97 0.59 0.52 0.42 0.51 0.40 0.48 0.96 0.63 1.18 1.37 2.68 1.79
OP2 0.61 0.40 0.59 0.95 0.40 0.83 0.60 0.99 0.67 0.55 0.34 0.41 0.35 0.48 0.83 0.68 1.04 1.16 2.38 1.57
P 0.55 0.35 0.52 0.87 0.35 0.75 0.50 0.89 0.58 0.49 0.30 0.38 0.32 0.45 0.78 0.62 1.08 1.24 2.50 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.26 0.01 0.23 0.21 0.24 0.15
C2 0.03 0.00 0.14 0.24 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.13 0.06 0.45 0.35 0.38 0.32
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.14 0.11 0.02 0.12 0.06 0.24 0.00 0.03 0.01 0.47 0.51 0.72 0.58
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.35 0.01 0.35 0.03 0.30 0.21 0.31 0.38 0.19 0.02 0.01 0.02 0.34 0.43 0.64 0.39
C4 0.02 0.01 0.06 0.35 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.16 0.02 0.64 0.50 0.96 0.60
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.10 0.12 0.18 0.06 0.25 0.02 0.00 0.01 0.17 0.45 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.35 0.00 0.20 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.23 0.04 0.67 0.51 1.04 0.65
C5' 0.05 0.17 0.14 0.03 0.28 0.01 0.30 0.00 0.25 0.16 0.23 0.31 0.13 0.10 0.18 0.01 0.01 0.29 0.44 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.30 0.01 0.18 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.17 0.06 0.58 0.42 0.69 0.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.02 0.43 0.32 0.33 0.28
N3 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.09 0.05 0.54 0.43 0.67 0.46
N4 0.02 0.02 0.06 0.38 0.00 0.18 0.01 0.31 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.30 0.21 0.02 0.68 0.55 1.16 0.69
O2 0.07 0.01 0.24 0.19 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.12 0.28 0.10 0.36 0.30 0.19 0.23
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.28 0.25 0.28 0.10 0.24 0.18 0.23 0.30 0.12 0.00 0.05 0.18 0.26 0.30 0.82 0.50
O3' 0.26 0.13 0.03 0.01 0.16 0.02 0.23 0.18 0.17 0.06 0.09 0.21 0.28 0.05 0.00 0.17 0.22 0.44 0.55 0.21
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.10 0.18 0.17 0.00 0.08 0.13 0.33 0.17
O5' 0.23 0.45 0.47 0.34 0.64 0.01 0.67 0.01 0.58 0.43 0.54 0.68 0.36 0.26 0.22 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.35 0.51 0.43 0.50 0.17 0.51 0.29 0.42 0.32 0.43 0.55 0.30 0.30 0.44 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.38 0.72 0.64 0.96 0.45 1.04 0.44 0.69 0.33 0.67 1.16 0.19 0.82 0.55 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.32 0.58 0.39 0.60 0.08 0.65 0.02 0.48 0.28 0.46 0.69 0.23 0.50 0.21 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00