ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 3, 2, 2, 2, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.048, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.040 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.017, 0.048, 0.080, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.060, 0.259, 0.458, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.259 std_dev=0.199
O4' A 0, 0.024, 0.229, 0.434, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.229 std_dev=0.205
O2' A 0, 0.067, 0.328, 0.588, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.328 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.193, 0.455, 0.717, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.455 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.186, 0.449, 0.712, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.449 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.240, 0.508, 0.775, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.508 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.256, 0.533, 0.811, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.533 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.197, 0.484, 0.770, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.484 std_dev=0.287
C4' A 0, 0.097, 0.393, 0.689, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.393 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.254, 0.555, 0.857, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.555 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.210, 0.515, 0.820, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.515 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.183, 0.495, 0.807, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.495 std_dev=0.312
N4 B 0, 0.301, 0.614, 0.927, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.614 std_dev=0.313
C3' A 0, 0.126, 0.441, 0.757, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.441 std_dev=0.315
C2' B 0, 0.284, 0.668, 1.053, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.668 std_dev=0.385
O2 B 0, 0.182, 0.595, 1.007, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.595 std_dev=0.412
C4' B 0, 0.232, 0.664, 1.097, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.664 std_dev=0.432
O3' A 0, 0.218, 0.657, 1.095, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.657 std_dev=0.439
O2' B 0, 0.336, 0.785, 1.234, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.785 std_dev=0.449
C3' B 0, 0.261, 0.715, 1.170, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.715 std_dev=0.455
O5' B 0, 0.238, 0.697, 1.155, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.697 std_dev=0.459
P B 0, 0.300, 0.763, 1.226, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.763 std_dev=0.463
OP2 B 0, 0.339, 0.864, 1.389, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.864 std_dev=0.525
C5' B 0, 0.193, 0.724, 1.255, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.724 std_dev=0.531
C5' A 0, 0.135, 0.672, 1.210, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.672 std_dev=0.538
O3' B 0, 0.322, 0.895, 1.469, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.895 std_dev=0.573
OP1 B 0, 0.403, 0.984, 1.564, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.984 std_dev=0.581
O5' A 0, 0.157, 0.899, 1.641, 2.611 max_d=2.611 avg_d=0.899 std_dev=0.742
P A 0, 0.348, 1.284, 2.219, 3.577 max_d=3.577 avg_d=1.284 std_dev=0.936
OP2 A 0, 0.394, 1.467, 2.540, 3.994 max_d=3.994 avg_d=1.467 std_dev=1.073
OP1 A 0, 0.384, 1.734, 3.084, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.734 std_dev=1.350

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.20 0.57 0.17 0.17
C2 0.04 0.00 0.13 0.27 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.31 0.02 0.52 1.13 0.58 0.60
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.07 0.08 0.10 0.14 0.07 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.16 0.41 0.16 0.16
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.20 0.15 0.24 0.25 0.20 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.18 0.34 0.17 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.18 0.02 0.47 1.02 0.44 0.48
C4' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.16 0.10 0.16 0.13 0.17 0.13 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.28 0.24 0.09
C5 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.04 0.58 1.21 0.61 0.60
C5' 0.03 0.26 0.02 0.02 0.20 0.01 0.25 0.00 0.29 0.18 0.29 0.21 0.32 0.23 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.36 0.34 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.20 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.23 0.04 0.62 1.33 0.74 0.70
C8 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.17 0.06 0.52 0.99 0.42 0.43
N1 0.03 0.00 0.10 0.24 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.28 0.03 0.59 1.28 0.70 0.69
N3 0.05 0.00 0.14 0.25 0.00 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.28 0.02 0.44 0.98 0.43 0.49
N6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.24 0.06 0.67 1.44 0.85 0.77
N7 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.18 0.06 0.59 1.20 0.61 0.58
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.02 0.40 0.85 0.28 0.34
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.04 0.11 0.11 0.08 0.05 0.03 0.00 0.07 0.06 0.06 0.28 0.19 0.16
O3' 0.03 0.31 0.03 0.01 0.18 0.02 0.18 0.03 0.23 0.17 0.28 0.28 0.24 0.18 0.09 0.07 0.00 0.03 0.11 0.36 0.23 0.17
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.03 0.00 0.13 0.48 0.30 0.18
O5' 0.20 0.52 0.16 0.18 0.47 0.01 0.58 0.01 0.62 0.52 0.59 0.44 0.67 0.59 0.40 0.06 0.11 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.57 1.13 0.41 0.34 1.02 0.28 1.21 0.36 1.33 0.99 1.28 0.98 1.44 1.20 0.85 0.28 0.36 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.58 0.16 0.17 0.44 0.24 0.61 0.34 0.74 0.42 0.70 0.43 0.85 0.61 0.28 0.19 0.23 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.60 0.16 0.19 0.48 0.09 0.60 0.03 0.70 0.43 0.69 0.49 0.77 0.58 0.34 0.16 0.17 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.20 0.30 0.34 0.29 0.39 0.31 0.44 0.22 0.19 0.22 0.37 0.25 0.33 0.37 0.35 0.36 0.08 0.14 0.09
C2 0.28 0.24 0.27 0.23 0.20 0.26 0.21 0.22 0.15 0.20 0.20 0.26 0.33 0.34 0.26 0.27 0.23 0.20 0.43 0.25
C2' 0.19 0.17 0.24 0.33 0.30 0.35 0.33 0.45 0.25 0.17 0.23 0.35 0.17 0.24 0.36 0.26 0.40 0.14 0.15 0.16
C3' 0.20 0.34 0.18 0.23 0.50 0.15 0.52 0.23 0.42 0.31 0.42 0.55 0.29 0.16 0.22 0.17 0.13 0.04 0.10 0.01
C4 0.27 0.23 0.25 0.26 0.26 0.31 0.25 0.30 0.17 0.20 0.24 0.34 0.28 0.29 0.27 0.32 0.28 0.13 0.34 0.16
C4' 0.14 0.29 0.16 0.23 0.52 0.19 0.54 0.28 0.39 0.26 0.40 0.61 0.22 0.15 0.25 0.16 0.10 0.22 0.28 0.15
C5 0.29 0.26 0.27 0.26 0.25 0.31 0.22 0.31 0.21 0.24 0.26 0.34 0.30 0.30 0.26 0.34 0.31 0.22 0.41 0.24
C5' 0.25 0.47 0.27 0.30 0.71 0.16 0.70 0.20 0.52 0.41 0.60 0.83 0.39 0.21 0.29 0.18 0.15 0.32 0.46 0.26
C6 0.29 0.28 0.27 0.24 0.18 0.28 0.20 0.27 0.22 0.25 0.26 0.26 0.34 0.32 0.24 0.31 0.28 0.26 0.46 0.27
C8 0.29 0.24 0.28 0.32 0.30 0.38 0.28 0.41 0.23 0.23 0.27 0.40 0.27 0.30 0.34 0.37 0.40 0.22 0.35 0.25
N1 0.28 0.27 0.28 0.22 0.14 0.26 0.17 0.21 0.17 0.23 0.22 0.22 0.36 0.34 0.24 0.27 0.24 0.23 0.46 0.26
N3 0.26 0.22 0.25 0.24 0.25 0.29 0.27 0.27 0.18 0.18 0.21 0.31 0.28 0.30 0.26 0.29 0.24 0.16 0.36 0.20
N6 0.30 0.30 0.29 0.26 0.22 0.30 0.26 0.29 0.28 0.28 0.28 0.25 0.35 0.34 0.25 0.32 0.32 0.33 0.51 0.32
N7 0.30 0.26 0.28 0.30 0.28 0.36 0.26 0.38 0.25 0.25 0.28 0.38 0.29 0.30 0.31 0.37 0.38 0.28 0.43 0.29
N9 0.28 0.22 0.27 0.30 0.29 0.36 0.29 0.38 0.20 0.20 0.24 0.38 0.26 0.30 0.32 0.35 0.34 0.11 0.26 0.15
O2' 0.34 0.25 0.42 0.50 0.25 0.53 0.29 0.62 0.26 0.26 0.22 0.29 0.30 0.43 0.55 0.40 0.44 0.21 0.11 0.17
O3' 0.31 0.42 0.29 0.32 0.53 0.23 0.54 0.28 0.48 0.41 0.48 0.56 0.38 0.27 0.29 0.29 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.18 0.18 0.18 0.24 0.38 0.28 0.41 0.34 0.26 0.15 0.27 0.49 0.17 0.23 0.27 0.24 0.21 0.16 0.20 0.06
O5' 0.48 0.76 0.48 0.43 1.02 0.26 0.99 0.17 0.78 0.68 0.91 1.15 0.69 0.41 0.38 0.34 0.28 0.35 0.54 0.31
OP1 0.92 1.39 0.92 0.79 1.72 0.53 1.56 0.39 1.26 1.20 1.62 1.94 1.33 0.82 0.73 0.67 0.57 0.66 0.82 0.56
OP2 0.58 0.90 0.66 0.63 1.18 0.38 1.08 0.32 0.85 0.78 1.08 1.36 0.84 0.57 0.63 0.40 0.48 0.48 0.71 0.46
P 0.62 0.97 0.67 0.62 1.26 0.38 1.18 0.28 0.93 0.84 1.15 1.43 0.90 0.57 0.58 0.44 0.44 0.40 0.69 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.14 0.12 0.29 0.18
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.10 0.02 0.31 0.32 0.48 0.36
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.08 0.02 0.05 0.04 0.14 0.00 0.02 0.01 0.20 0.20 0.20 0.17
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.02 0.12 0.06 0.10 0.10 0.15 0.03 0.01 0.01 0.27 0.27 0.15 0.21
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.03 0.41 0.50 0.63 0.50
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.09 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.41 0.50 0.62 0.51
C5' 0.03 0.10 0.03 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.13 0.17 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01 0.10 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.04 0.36 0.39 0.49 0.41
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.28 0.28 0.42 0.32
N3 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.37 0.42 0.57 0.44
N4 0.03 0.02 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.12 0.04 0.43 0.57 0.69 0.55
O2 0.03 0.01 0.14 0.15 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.17 0.04 0.26 0.25 0.43 0.31
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.05 0.06 0.10 0.16 0.17 0.10
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.10 0.03 0.13 0.04 0.13 0.05 0.11 0.12 0.17 0.05 0.00 0.02 0.24 0.34 0.19 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.09 0.09 0.29 0.15
O5' 0.14 0.31 0.20 0.27 0.41 0.02 0.41 0.01 0.36 0.28 0.37 0.43 0.26 0.10 0.24 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.32 0.20 0.27 0.50 0.09 0.50 0.10 0.39 0.28 0.42 0.57 0.25 0.16 0.34 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.48 0.20 0.15 0.63 0.20 0.62 0.25 0.49 0.42 0.57 0.69 0.43 0.17 0.19 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.17 0.21 0.50 0.04 0.51 0.02 0.41 0.32 0.44 0.55 0.31 0.10 0.23 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00