Doublet Group distance statistics: 51958

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 3, 2, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N6	A	0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C8	A	0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.023
O4'	A	0, 0.037, 0.102, 0.166, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.102 std_dev=0.064
C2'	A	0, 0.056, 0.135, 0.214, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.135 std_dev=0.079
C4'	A	0, 0.092, 0.192, 0.291, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.192 std_dev=0.099
C3'	A	0, 0.048, 0.157, 0.266, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.157 std_dev=0.109
O2'	A	0, 0.082, 0.194, 0.307, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.194 std_dev=0.112
O3'	A	0, 0.107, 0.253, 0.400, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.253 std_dev=0.146
N3	B	0, 0.199, 0.407, 0.615, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.407 std_dev=0.208
C2	B	0, 0.148, 0.358, 0.567, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.358 std_dev=0.209
N1	B	0, 0.217, 0.435, 0.653, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.435 std_dev=0.218
C4	B	0, 0.164, 0.402, 0.640, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.402 std_dev=0.238
C5'	A	0, 0.273, 0.516, 0.760, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.516 std_dev=0.243
C5	B	0, 0.254, 0.506, 0.758, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.506 std_dev=0.252
C6	B	0, 0.291, 0.547, 0.803, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.547 std_dev=0.256
C1'	B	0, 0.347, 0.610, 0.872, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.610 std_dev=0.263
O2	B	0, 0.191, 0.475, 0.759, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.475 std_dev=0.284
N4	B	0, 0.285, 0.573, 0.862, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.573 std_dev=0.289
C2'	B	0, 0.511, 0.833, 1.155, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.833 std_dev=0.322
C5'	B	0, 0.462, 0.798, 1.133, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.798 std_dev=0.336
P	B	0, 0.312, 0.654, 0.996, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.654 std_dev=0.342
O4'	B	0, 0.336, 0.683, 1.030, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.683 std_dev=0.347
C4'	B	0, 0.423, 0.771, 1.119, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.771 std_dev=0.348
O2'	B	0, 0.567, 0.923, 1.280, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.923 std_dev=0.356
C3'	B	0, 0.590, 0.959, 1.328, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.959 std_dev=0.369
O5'	B	0, 0.455, 0.895, 1.335, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.895 std_dev=0.440
O3'	B	0, 0.745, 1.186, 1.627, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.186 std_dev=0.441
OP1	B	0, 0.329, 0.781, 1.233, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.781 std_dev=0.452
OP2	B	0, 0.491, 0.944, 1.397, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.944 std_dev=0.453
O5'	A	0, 0.731, 1.203, 1.675, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.203 std_dev=0.472
OP2	A	0, 0.810, 1.448, 2.087, 2.533 max_d=2.533 avg_d=1.448 std_dev=0.639
P	A	0, 0.521, 1.340, 2.160, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.340 std_dev=0.820
OP1	A	0, 0.566, 1.830, 3.094, 4.682 max_d=4.682 avg_d=1.830 std_dev=1.264

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.08	0.45	0.33	0.19
C2	0.02	0.00	0.09	0.09	0.01	0.04	0.02	0.07	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.12	0.12	0.02	0.13	0.63	0.48	0.26
C2'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.05	0.01	0.04	0.03	0.05	0.04	0.08	0.09	0.05	0.04	0.02	0.00	0.02	0.00	0.08	0.67	0.31	0.27
C3'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.05	0.00	0.05	0.03	0.06	0.07	0.08	0.08	0.06	0.06	0.03	0.02	0.01	0.01	0.12	0.73	0.31	0.33
C4	0.02	0.01	0.05	0.05	0.00	0.03	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.06	0.06	0.01	0.13	0.54	0.45	0.22
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.05	0.04	0.04	0.04	0.04	0.02	0.05	0.02	0.01	0.01	0.37	0.18	0.11
C5	0.01	0.02	0.04	0.05	0.01	0.03	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.05	0.06	0.02	0.14	0.49	0.50	0.21
C5'	0.03	0.07	0.03	0.03	0.07	0.01	0.09	0.00	0.09	0.09	0.08	0.06	0.11	0.10	0.06	0.05	0.04	0.02	0.01	0.18	0.20	0.02
C6	0.01	0.02	0.05	0.06	0.01	0.03	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.07	0.08	0.02	0.14	0.53	0.52	0.24
C8	0.02	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.03	0.08	0.02	0.12	0.37	0.46	0.15
N1	0.02	0.01	0.08	0.08	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.10	0.10	0.02	0.14	0.60	0.51	0.26
N3	0.03	0.00	0.09	0.08	0.01	0.04	0.02	0.06	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.11	0.10	0.02	0.12	0.60	0.44	0.25
N6	0.02	0.02	0.05	0.06	0.02	0.04	0.02	0.11	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.06	0.08	0.03	0.15	0.50	0.55	0.23
N7	0.02	0.02	0.04	0.06	0.01	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.13	0.40	0.51	0.17
N9	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.11	0.46	0.41	0.19
O2'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.06	0.05	0.05	0.05	0.07	0.03	0.10	0.11	0.06	0.03	0.02	0.00	0.05	0.03	0.06	0.61	0.27	0.22
O3'	0.02	0.12	0.02	0.01	0.06	0.02	0.06	0.04	0.08	0.08	0.10	0.10	0.08	0.07	0.03	0.05	0.00	0.02	0.19	0.90	0.43	0.42
O4'	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.02	0.00	0.12	0.31	0.33	0.23
O5'	0.08	0.13	0.08	0.12	0.13	0.01	0.14	0.01	0.14	0.12	0.14	0.12	0.15	0.13	0.11	0.06	0.19	0.12	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.45	0.63	0.67	0.73	0.54	0.37	0.49	0.18	0.53	0.37	0.60	0.60	0.50	0.40	0.46	0.61	0.90	0.31	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.33	0.48	0.31	0.31	0.45	0.18	0.50	0.20	0.52	0.46	0.51	0.44	0.55	0.51	0.41	0.27	0.43	0.33	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.19	0.26	0.27	0.33	0.22	0.11	0.21	0.02	0.24	0.15	0.26	0.25	0.23	0.17	0.19	0.22	0.42	0.23	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.15	0.18	0.19	0.16	0.18	0.21	0.28	0.20	0.15	0.14	0.17	0.20	0.25	0.19	0.17	0.18	0.06	0.07	0.07
C2	0.22	0.18	0.26	0.18	0.16	0.16	0.19	0.17	0.16	0.13	0.17	0.19	0.28	0.34	0.21	0.16	0.20	0.16	0.20	0.14
C2'	0.19	0.18	0.19	0.24	0.22	0.20	0.27	0.33	0.24	0.19	0.18	0.22	0.20	0.21	0.22	0.19	0.21	0.09	0.12	0.11
C3'	0.20	0.19	0.21	0.27	0.23	0.20	0.27	0.27	0.23	0.19	0.20	0.25	0.19	0.20	0.24	0.21	0.07	0.03	0.04	0.02
C4	0.22	0.17	0.20	0.11	0.12	0.13	0.17	0.13	0.16	0.15	0.14	0.14	0.24	0.29	0.14	0.14	0.14	0.07	0.14	0.08
C4'	0.20	0.17	0.20	0.26	0.20	0.21	0.23	0.32	0.20	0.17	0.17	0.23	0.19	0.21	0.25	0.20	0.08	0.08	0.14	0.06
C5	0.24	0.19	0.21	0.12	0.10	0.15	0.14	0.13	0.15	0.17	0.16	0.13	0.25	0.29	0.14	0.17	0.12	0.08	0.16	0.09
C5'	0.22	0.20	0.21	0.26	0.23	0.20	0.24	0.25	0.21	0.19	0.21	0.27	0.21	0.22	0.25	0.22	0.12	0.16	0.28	0.15
C6	0.24	0.21	0.23	0.16	0.11	0.16	0.14	0.16	0.14	0.18	0.18	0.15	0.28	0.30	0.18	0.16	0.14	0.11	0.20	0.11
C8	0.24	0.17	0.19	0.12	0.12	0.17	0.14	0.13	0.15	0.17	0.14	0.15	0.22	0.26	0.13	0.21	0.13	0.10	0.15	0.10
N1	0.23	0.20	0.26	0.19	0.14	0.16	0.16	0.16	0.13	0.15	0.17	0.19	0.30	0.33	0.21	0.15	0.17	0.14	0.21	0.13
N3	0.20	0.17	0.22	0.14	0.15	0.14	0.20	0.19	0.18	0.14	0.15	0.16	0.25	0.32	0.18	0.14	0.19	0.13	0.17	0.12
N6	0.24	0.23	0.24	0.18	0.12	0.19	0.16	0.21	0.17	0.20	0.20	0.16	0.29	0.28	0.19	0.19	0.15	0.13	0.21	0.12
N7	0.25	0.19	0.20	0.12	0.12	0.18	0.13	0.15	0.17	0.19	0.16	0.14	0.24	0.27	0.12	0.22	0.12	0.11	0.17	0.11
N9	0.22	0.16	0.19	0.13	0.13	0.15	0.18	0.16	0.17	0.15	0.13	0.15	0.22	0.27	0.14	0.17	0.13	0.05	0.11	0.06
O2'	0.22	0.21	0.24	0.31	0.24	0.30	0.29	0.50	0.28	0.23	0.21	0.24	0.22	0.24	0.29	0.25	0.30	0.15	0.13	0.16
O3'	0.21	0.22	0.27	0.35	0.28	0.23	0.30	0.34	0.26	0.22	0.24	0.30	0.20	0.22	0.32	0.22	0.03	0.03	0.03	0.01
O4'	0.19	0.15	0.18	0.21	0.16	0.19	0.21	0.29	0.19	0.15	0.14	0.18	0.19	0.23	0.20	0.18	0.12	0.04	0.08	0.03
O5'	0.32	0.29	0.29	0.29	0.32	0.28	0.31	0.26	0.29	0.29	0.30	0.34	0.29	0.31	0.26	0.32	0.26	0.31	0.39	0.29
OP1	1.00	0.94	1.02	1.06	0.93	1.08	0.96	1.12	0.99	0.98	0.92	0.89	0.93	1.03	1.09	1.02	1.06	1.10	1.20	1.10
OP2	0.68	0.72	0.65	0.65	0.78	0.64	0.79	0.65	0.74	0.71	0.75	0.79	0.70	0.64	0.66	0.64	0.56	0.62	0.73	0.60
P	0.56	0.57	0.55	0.56	0.64	0.56	0.66	0.57	0.62	0.58	0.60	0.66	0.53	0.54	0.57	0.55	0.54	0.56	0.70	0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.01	0.11	0.13	0.19	0.08
C2	0.03	0.00	0.09	0.10	0.01	0.06	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.10	0.03	0.25	0.22	0.27	0.20
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.02	0.05	0.03	0.05	0.02	0.07	0.06	0.16	0.00	0.02	0.01	0.22	0.24	0.16	0.16
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.10	0.01	0.12	0.04	0.11	0.06	0.10	0.11	0.16	0.01	0.01	0.02	0.31	0.32	0.16	0.24
C4	0.02	0.01	0.05	0.10	0.00	0.10	0.01	0.26	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.11	0.04	0.37	0.33	0.40	0.33
C4'	0.01	0.06	0.02	0.01	0.10	0.00	0.12	0.01	0.11	0.05	0.07	0.11	0.09	0.04	0.02	0.01	0.02	0.11	0.27	0.03
C5	0.02	0.01	0.05	0.12	0.01	0.12	0.00	0.28	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.05	0.14	0.04	0.39	0.35	0.39	0.34
C5'	0.04	0.16	0.03	0.04	0.26	0.01	0.28	0.00	0.24	0.15	0.21	0.29	0.12	0.04	0.05	0.01	0.01	0.13	0.38	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.11	0.01	0.11	0.00	0.24	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.12	0.04	0.34	0.27	0.29	0.27
N1	0.01	0.01	0.02	0.06	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.05	0.02	0.25	0.21	0.24	0.18
N3	0.02	0.00	0.07	0.10	0.01	0.07	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.10	0.03	0.32	0.28	0.34	0.27
N4	0.03	0.01	0.06	0.11	0.01	0.11	0.02	0.29	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.13	0.05	0.39	0.38	0.45	0.36
O2	0.04	0.00	0.16	0.16	0.01	0.09	0.01	0.12	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.17	0.18	0.04	0.19	0.18	0.25	0.14
O2'	0.02	0.11	0.00	0.01	0.08	0.04	0.05	0.04	0.04	0.05	0.11	0.09	0.17	0.00	0.04	0.04	0.06	0.16	0.17	0.05
O3'	0.01	0.10	0.02	0.01	0.11	0.02	0.14	0.05	0.12	0.05	0.10	0.13	0.18	0.04	0.00	0.02	0.24	0.34	0.20	0.23
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.04	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.05	0.04	0.04	0.02	0.00	0.06	0.09	0.25	0.08
O5'	0.11	0.25	0.22	0.31	0.37	0.02	0.39	0.01	0.34	0.25	0.32	0.39	0.19	0.06	0.24	0.06	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.13	0.22	0.24	0.32	0.33	0.11	0.35	0.13	0.27	0.21	0.28	0.38	0.18	0.16	0.34	0.09	0.03	0.00	0.02	0.01
OP2	0.19	0.27	0.16	0.16	0.40	0.27	0.39	0.38	0.29	0.24	0.34	0.45	0.25	0.17	0.20	0.25	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.08	0.20	0.16	0.24	0.33	0.03	0.34	0.02	0.27	0.18	0.27	0.36	0.14	0.05	0.23	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00