Doublet Group distance statistics: 51962

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4	A	0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2	A	0, -0.002, 0.010, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N6	A	0, 0.001, 0.031, 0.061, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.030
C2'	A	0, 0.022, 0.104, 0.186, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.104 std_dev=0.082
O4'	A	0, 0.026, 0.118, 0.209, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.118 std_dev=0.092
O2'	A	0, 0.018, 0.149, 0.281, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.149 std_dev=0.132
OP2	B	0, 0.069, 0.211, 0.353, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.211 std_dev=0.142
C3'	A	0, 0.044, 0.190, 0.337, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.190 std_dev=0.147
C3'	B	0, 0.051, 0.209, 0.367, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.209 std_dev=0.158
C4'	A	0, 0.040, 0.209, 0.378, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.209 std_dev=0.169
P	B	0, 0.056, 0.248, 0.440, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.248 std_dev=0.192
O3'	A	0, 0.070, 0.275, 0.481, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.275 std_dev=0.205
C2'	B	0, 0.044, 0.251, 0.459, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.251 std_dev=0.207
O3'	B	0, 0.093, 0.305, 0.517, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.305 std_dev=0.212
C1'	B	0, 0.039, 0.298, 0.558, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.298 std_dev=0.260
N1	B	0, 0.017, 0.286, 0.556, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.286 std_dev=0.269
O4'	B	0, 0.032, 0.326, 0.619, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.326 std_dev=0.293
C4'	B	0, 0.025, 0.325, 0.624, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.325 std_dev=0.299
C5'	A	0, 0.017, 0.323, 0.630, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.323 std_dev=0.306
C6	B	0, -0.002, 0.322, 0.646, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.322 std_dev=0.324
O2'	B	0, 0.036, 0.368, 0.700, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.368 std_dev=0.332
O5'	B	0, 0.033, 0.439, 0.845, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.439 std_dev=0.406
C2	B	0, -0.022, 0.389, 0.799, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.389 std_dev=0.411
C5	B	0, -0.058, 0.365, 0.787, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.365 std_dev=0.423
C4	B	0, -0.072, 0.354, 0.780, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.354 std_dev=0.426
OP1	B	0, -0.006, 0.420, 0.847, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.420 std_dev=0.427
N3	B	0, -0.049, 0.407, 0.863, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.407 std_dev=0.456
N4	B	0, -0.104, 0.416, 0.936, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.416 std_dev=0.520
O2	B	0, -0.017, 0.538, 1.094, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.538 std_dev=0.556
C5'	B	0, -0.026, 0.567, 1.161, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.567 std_dev=0.594
O5'	A	0, -0.079, 0.991, 2.061, 2.302 max_d=2.302 avg_d=0.991 std_dev=1.070
P	A	0, -0.231, 1.500, 3.231, 4.323 max_d=4.323 avg_d=1.500 std_dev=1.731
OP2	A	0, -0.482, 1.723, 3.927, 5.827 max_d=5.827 avg_d=1.723 std_dev=2.204
OP1	A	0, -0.452, 2.150, 4.751, 6.440 max_d=6.440 avg_d=2.150 std_dev=2.602

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.22	0.32	0.47	0.08
C2	0.02	0.00	0.03	0.12	0.01	0.07	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.11	0.13	0.01	0.67	0.68	1.26	0.70
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.29	0.41	0.41	0.21
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.09	0.01	0.09	0.04	0.11	0.04	0.12	0.10	0.12	0.06	0.05	0.02	0.00	0.01	0.32	0.58	0.32	0.31
C4	0.01	0.01	0.02	0.09	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.06	0.09	0.01	0.59	0.45	1.08	0.54
C4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.06	0.00	0.08	0.00	0.10	0.06	0.09	0.05	0.12	0.08	0.04	0.05	0.04	0.00	0.01	0.23	0.40	0.08
C5	0.01	0.01	0.01	0.09	0.00	0.08	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.08	0.02	0.68	0.51	1.36	0.69
C5'	0.03	0.16	0.03	0.04	0.14	0.00	0.17	0.00	0.20	0.13	0.19	0.12	0.24	0.16	0.10	0.04	0.09	0.01	0.01	0.24	0.48	0.03
C6	0.01	0.01	0.01	0.11	0.01	0.10	0.01	0.20	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.07	0.11	0.02	0.75	0.68	1.56	0.84
C8	0.02	0.01	0.02	0.04	0.00	0.06	0.01	0.13	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.04	0.03	0.47	0.14	0.99	0.38
N1	0.01	0.00	0.02	0.12	0.00	0.09	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.09	0.13	0.01	0.75	0.74	1.49	0.83
N3	0.03	0.00	0.03	0.10	0.00	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.11	0.02	0.58	0.55	1.03	0.54
N6	0.02	0.01	0.01	0.12	0.02	0.12	0.02	0.24	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.04	0.02	0.06	0.12	0.05	0.79	0.76	1.75	0.95
N7	0.01	0.02	0.02	0.06	0.00	0.08	0.00	0.16	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.00	0.02	0.05	0.03	0.61	0.33	1.31	0.61
N9	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.04	0.01	0.45	0.26	0.82	0.32
O2'	0.01	0.11	0.00	0.02	0.06	0.05	0.05	0.04	0.07	0.01	0.09	0.10	0.06	0.02	0.02	0.00	0.04	0.06	0.15	0.40	0.25	0.04
O3'	0.01	0.13	0.02	0.00	0.09	0.04	0.08	0.09	0.11	0.04	0.13	0.11	0.12	0.05	0.04	0.04	0.00	0.02	0.24	0.71	0.19	0.30
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.05	0.03	0.01	0.06	0.02	0.00	0.10	0.44	0.47	0.26
O5'	0.22	0.67	0.29	0.32	0.59	0.01	0.68	0.01	0.75	0.47	0.75	0.58	0.79	0.61	0.45	0.15	0.24	0.10	0.00	0.02	0.03	0.00
OP1	0.32	0.68	0.41	0.58	0.45	0.23	0.51	0.24	0.68	0.14	0.74	0.55	0.76	0.33	0.26	0.40	0.71	0.44	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.47	1.26	0.41	0.32	1.08	0.40	1.36	0.48	1.56	0.99	1.49	1.03	1.75	1.31	0.82	0.25	0.19	0.47	0.03	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.70	0.21	0.31	0.54	0.08	0.69	0.03	0.84	0.38	0.83	0.54	0.95	0.61	0.32	0.04	0.30	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.28	0.39	0.17	0.08	0.25	0.12	0.07	0.25	0.06	0.25	0.39	0.26	0.47	0.27	0.14	0.19	0.12	0.01	0.11	0.03
C2	0.19	0.33	0.22	0.09	0.11	0.11	0.33	0.25	0.26	0.13	0.23	0.16	0.54	0.30	0.10	0.09	0.26	0.18	0.16	0.11
C2'	0.28	0.36	0.16	0.08	0.29	0.10	0.17	0.27	0.12	0.26	0.37	0.30	0.40	0.26	0.14	0.21	0.16	0.06	0.18	0.09
C3'	0.16	0.18	0.10	0.22	0.22	0.19	0.14	0.26	0.05	0.12	0.23	0.27	0.19	0.15	0.29	0.20	0.06	0.03	0.06	0.02
C4	0.25	0.40	0.20	0.10	0.13	0.14	0.16	0.24	0.13	0.22	0.37	0.09	0.53	0.28	0.12	0.14	0.20	0.07	0.14	0.05
C4'	0.17	0.21	0.10	0.24	0.20	0.19	0.09	0.27	0.04	0.13	0.24	0.26	0.24	0.16	0.32	0.20	0.06	0.13	0.15	0.10
C5	0.23	0.40	0.20	0.12	0.13	0.15	0.23	0.24	0.17	0.21	0.39	0.06	0.54	0.25	0.12	0.14	0.23	0.06	0.13	0.05
C5'	0.20	0.11	0.21	0.32	0.11	0.29	0.03	0.33	0.12	0.13	0.13	0.18	0.13	0.22	0.41	0.26	0.19	0.27	0.32	0.22
C6	0.18	0.37	0.20	0.12	0.14	0.13	0.35	0.23	0.24	0.16	0.33	0.19	0.56	0.25	0.11	0.11	0.28	0.10	0.13	0.08
C8	0.26	0.41	0.18	0.11	0.26	0.18	0.06	0.24	0.12	0.25	0.43	0.26	0.50	0.25	0.14	0.20	0.14	0.08	0.14	0.04
N1	0.16	0.33	0.21	0.11	0.20	0.11	0.39	0.22	0.28	0.12	0.25	0.26	0.57	0.27	0.11	0.10	0.29	0.16	0.14	0.11
N3	0.24	0.36	0.21	0.08	0.03	0.12	0.22	0.27	0.17	0.18	0.28	0.03	0.51	0.30	0.10	0.09	0.22	0.15	0.16	0.09
N6	0.15	0.32	0.19	0.12	0.20	0.13	0.37	0.24	0.24	0.13	0.29	0.30	0.53	0.23	0.12	0.10	0.30	0.10	0.11	0.09
N7	0.24	0.40	0.18	0.12	0.21	0.18	0.14	0.26	0.15	0.23	0.42	0.18	0.52	0.24	0.13	0.18	0.20	0.06	0.14	0.04
N9	0.27	0.40	0.19	0.10	0.23	0.15	0.03	0.24	0.08	0.25	0.40	0.22	0.50	0.27	0.13	0.18	0.14	0.03	0.13	0.00
O2'	0.37	0.42	0.25	0.07	0.31	0.09	0.20	0.32	0.18	0.33	0.40	0.31	0.48	0.37	0.10	0.28	0.30	0.12	0.16	0.13
O3'	0.08	0.13	0.12	0.28	0.23	0.16	0.21	0.27	0.11	0.08	0.20	0.29	0.10	0.12	0.36	0.14	0.03	0.01	0.01	0.01
O4'	0.24	0.33	0.11	0.14	0.26	0.15	0.09	0.26	0.07	0.22	0.36	0.29	0.40	0.21	0.22	0.20	0.05	0.09	0.09	0.05
O5'	0.57	0.64	0.76	0.86	0.74	0.63	0.79	0.65	0.73	0.65	0.68	0.76	0.59	0.65	0.90	0.51	0.65	0.35	0.69	0.48
OP1	1.17	1.20	1.54	1.71	1.20	1.27	1.28	1.26	1.27	1.23	1.17	1.13	1.17	1.40	1.85	1.02	1.37	1.06	1.76	1.27
OP2	1.17	1.40	1.30	1.23	1.52	0.95	1.44	0.79	1.30	1.30	1.48	1.58	1.38	1.21	1.22	0.97	0.76	0.25	0.78	0.45
P	0.86	0.92	1.10	1.19	1.00	0.88	1.05	0.84	1.00	0.94	0.94	0.98	0.89	0.99	1.27	0.74	0.90	0.47	1.06	0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.02	0.07	0.01	0.01	0.00	0.17	0.19	0.33	0.12
C2	0.03	0.00	0.05	0.06	0.01	0.05	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.05	0.02	0.29	0.22	0.36	0.18
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.01	0.04	0.02	0.11	0.00	0.02	0.00	0.27	0.36	0.15	0.16
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.04	0.05	0.03	0.05	0.05	0.11	0.01	0.00	0.01	0.36	0.47	0.08	0.27
C4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.08	0.00	0.22	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.04	0.02	0.34	0.28	0.45	0.28
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.08	0.00	0.10	0.00	0.09	0.05	0.06	0.09	0.08	0.03	0.03	0.00	0.01	0.19	0.29	0.03
C5	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.10	0.00	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.03	0.32	0.30	0.50	0.29
C5'	0.04	0.14	0.03	0.04	0.22	0.00	0.23	0.00	0.19	0.13	0.18	0.24	0.12	0.02	0.05	0.01	0.01	0.22	0.38	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.05	0.00	0.09	0.00	0.19	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.06	0.03	0.29	0.24	0.46	0.23
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.05	0.01	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.26	0.20	0.37	0.17
N3	0.03	0.00	0.04	0.05	0.00	0.06	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.04	0.02	0.33	0.24	0.40	0.24
N4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.09	0.00	0.24	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.05	0.02	0.34	0.32	0.46	0.30
O2	0.07	0.01	0.11	0.11	0.01	0.08	0.01	0.12	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.13	0.12	0.05	0.27	0.22	0.30	0.14
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02	0.02	0.03	0.02	0.07	0.05	0.13	0.00	0.02	0.01	0.12	0.32	0.16	0.08
O3'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.04	0.03	0.07	0.05	0.06	0.02	0.04	0.05	0.12	0.02	0.00	0.02	0.35	0.57	0.10	0.33
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.02	0.00	0.14	0.11	0.41	0.17
O5'	0.17	0.29	0.27	0.36	0.34	0.01	0.32	0.01	0.29	0.26	0.33	0.34	0.27	0.12	0.35	0.14	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.19	0.22	0.36	0.47	0.28	0.19	0.30	0.22	0.24	0.20	0.24	0.32	0.22	0.32	0.57	0.11	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.33	0.36	0.15	0.08	0.45	0.29	0.50	0.38	0.46	0.37	0.40	0.46	0.30	0.16	0.10	0.41	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.18	0.16	0.27	0.28	0.03	0.29	0.01	0.23	0.17	0.24	0.30	0.14	0.08	0.33	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00