ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51963

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.016, 0.034, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.018, 0.039, 0.059, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.020, 0.041, 0.061, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.041 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.022, 0.047, 0.071, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.026, 0.053, 0.079, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.053 std_dev=0.027
N6 A 0, 0.029, 0.059, 0.089, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.059 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.018, 0.078, 0.137, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.078 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.023, 0.089, 0.156, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.089 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.058, 0.159, 0.260, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.159 std_dev=0.101
C4' A 0, 0.064, 0.177, 0.289, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.177 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.021, 0.135, 0.250, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.135 std_dev=0.115
P B 0, 0.042, 0.162, 0.282, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.162 std_dev=0.120
OP2 B 0, 0.104, 0.248, 0.393, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.248 std_dev=0.144
C4 B 0, 0.122, 0.278, 0.433, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.278 std_dev=0.155
O3' A 0, 0.018, 0.179, 0.340, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.179 std_dev=0.161
C5 B 0, 0.214, 0.430, 0.646, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.430 std_dev=0.216
O5' A 0, 0.125, 0.343, 0.560, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.343 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.063, 0.286, 0.509, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.286 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.104, 0.329, 0.554, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.329 std_dev=0.225
N4 B 0, 0.227, 0.459, 0.692, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.459 std_dev=0.232
C6 B 0, 0.172, 0.423, 0.673, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.423 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.233, 0.493, 0.753, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.493 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.222, 0.513, 0.805, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.513 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.260, 0.552, 0.843, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.552 std_dev=0.292
P A 0, 0.215, 0.532, 0.850, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.532 std_dev=0.318
C2' B 0, 0.311, 0.651, 0.992, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.651 std_dev=0.341
C1' B 0, 0.335, 0.702, 1.069, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.702 std_dev=0.367
C4' B 0, 0.253, 0.637, 1.022, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.637 std_dev=0.385
OP2 A 0, 0.262, 0.671, 1.079, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.671 std_dev=0.408
OP1 A 0, 0.240, 0.670, 1.099, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.670 std_dev=0.429
OP1 B 0, 0.061, 0.496, 0.932, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.496 std_dev=0.435
O2 B 0, 0.318, 0.782, 1.246, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.782 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.471, 0.955, 1.440, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.955 std_dev=0.484
O3' B 0, 0.476, 0.969, 1.461, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.969 std_dev=0.493
O4' B 0, 0.306, 0.817, 1.329, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.817 std_dev=0.511
O5' B 0, 0.101, 0.635, 1.169, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.635 std_dev=0.534
C5' B 0, 0.199, 1.041, 1.883, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.041 std_dev=0.842

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.15 0.12
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.09 0.12 0.27 0.18
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.12 0.25 0.18
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.18 0.30 0.21
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.19 0.32 0.22
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.16 0.26 0.20
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.10 0.16 0.30 0.21
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.09 0.24 0.17
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.23 0.35 0.24
N7 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.11 0.20 0.31 0.23
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.22 0.16
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.02 0.01
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.25 0.20 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.06 0.16 0.13
O5' 0.07 0.09 0.03 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.09 0.03 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.12 0.08 0.12 0.12 0.06 0.18 0.02 0.19 0.16 0.16 0.09 0.23 0.20 0.10 0.10 0.25 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.27 0.03 0.07 0.25 0.02 0.30 0.01 0.32 0.26 0.30 0.24 0.35 0.31 0.22 0.02 0.20 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.18 0.02 0.06 0.18 0.02 0.21 0.01 0.22 0.20 0.21 0.17 0.24 0.23 0.16 0.01 0.16 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.14 0.14 0.12 0.16 0.07 0.41 0.15 0.11 0.18 0.19 0.23 0.28 0.13 0.11 0.39 0.02 0.05 0.07
C2 0.08 0.15 0.17 0.06 0.03 0.18 0.11 0.30 0.11 0.06 0.12 0.06 0.29 0.25 0.08 0.21 0.48 0.12 0.07 0.11
C2' 0.23 0.13 0.14 0.17 0.19 0.16 0.12 0.48 0.06 0.09 0.19 0.25 0.17 0.31 0.15 0.12 0.40 0.11 0.03 0.13
C3' 0.35 0.11 0.22 0.05 0.14 0.13 0.07 0.18 0.17 0.19 0.13 0.23 0.15 0.39 0.08 0.34 0.19 0.05 0.06 0.01
C4 0.18 0.15 0.19 0.06 0.04 0.11 0.16 0.24 0.21 0.13 0.16 0.12 0.25 0.28 0.07 0.09 0.48 0.07 0.06 0.11
C4' 0.31 0.12 0.19 0.06 0.08 0.08 0.10 0.22 0.23 0.19 0.13 0.18 0.17 0.35 0.09 0.25 0.12 0.23 0.12 0.09
C5 0.21 0.12 0.23 0.11 0.06 0.08 0.27 0.11 0.30 0.20 0.11 0.07 0.21 0.29 0.12 0.10 0.47 0.06 0.07 0.11
C5' 0.39 0.15 0.27 0.09 0.04 0.22 0.21 0.05 0.35 0.28 0.10 0.10 0.18 0.40 0.10 0.38 0.02 0.39 0.19 0.18
C6 0.16 0.10 0.23 0.14 0.12 0.08 0.27 0.10 0.27 0.17 0.07 0.09 0.19 0.27 0.15 0.07 0.48 0.08 0.08 0.11
C8 0.29 0.13 0.22 0.09 0.03 0.12 0.25 0.10 0.34 0.23 0.13 0.14 0.19 0.31 0.10 0.21 0.42 0.04 0.05 0.09
N1 0.09 0.10 0.20 0.09 0.08 0.09 0.18 0.17 0.18 0.10 0.06 0.07 0.23 0.25 0.12 0.13 0.49 0.11 0.08 0.12
N3 0.11 0.18 0.16 0.09 0.07 0.21 0.09 0.37 0.11 0.07 0.17 0.11 0.30 0.26 0.08 0.21 0.48 0.11 0.06 0.11
N6 0.17 0.11 0.25 0.20 0.21 0.12 0.33 0.13 0.30 0.20 0.08 0.18 0.14 0.26 0.20 0.09 0.48 0.08 0.08 0.11
N7 0.28 0.13 0.25 0.15 0.09 0.16 0.34 0.12 0.39 0.26 0.11 0.09 0.18 0.30 0.14 0.20 0.44 0.03 0.06 0.09
N9 0.23 0.14 0.18 0.07 0.07 0.09 0.15 0.24 0.23 0.16 0.16 0.16 0.23 0.30 0.08 0.11 0.44 0.02 0.05 0.09
O2' 0.13 0.19 0.12 0.35 0.24 0.41 0.19 0.79 0.12 0.13 0.23 0.28 0.21 0.22 0.32 0.24 0.37 0.16 0.04 0.14
O3' 0.34 0.09 0.20 0.06 0.18 0.16 0.15 0.20 0.09 0.15 0.13 0.28 0.14 0.40 0.10 0.38 0.00 0.01 0.02 0.01
O4' 0.26 0.14 0.17 0.09 0.06 0.08 0.14 0.30 0.24 0.17 0.15 0.15 0.21 0.31 0.10 0.15 0.25 0.16 0.11 0.03
O5' 0.46 0.21 0.32 0.17 0.10 0.32 0.30 0.19 0.44 0.36 0.13 0.05 0.21 0.43 0.16 0.47 0.09 0.27 0.13 0.09
OP1 0.41 0.24 0.24 0.10 0.18 0.28 0.31 0.20 0.40 0.34 0.17 0.09 0.23 0.33 0.09 0.44 0.09 0.18 0.05 0.05
OP2 0.48 0.32 0.32 0.19 0.26 0.35 0.42 0.30 0.50 0.43 0.24 0.14 0.30 0.40 0.14 0.50 0.26 0.04 0.14 0.13
P 0.46 0.26 0.30 0.16 0.19 0.32 0.36 0.23 0.46 0.39 0.18 0.07 0.25 0.40 0.13 0.47 0.14 0.18 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.08 0.37 0.13
C2 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.15 0.07 0.51 0.25 0.12 0.17
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.03 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.12 0.04 0.27 0.00 0.02 0.00 0.29 0.31 0.18 0.06
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.19 0.03 0.13 0.06 0.22 0.00 0.01 0.01 0.37 0.51 0.09 0.21
C4 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.70 0.37 0.19 0.35
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.17 0.43 0.12
C5 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.19 0.07 0.72 0.36 0.15 0.33
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.08 0.13 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.34 0.45 0.01
C6 0.01 0.00 0.16 0.19 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.23 0.09 0.63 0.28 0.14 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.48 0.21 0.19 0.10
N3 0.01 0.00 0.12 0.13 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.14 0.05 0.61 0.32 0.13 0.28
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.73 0.42 0.29 0.42
O2 0.01 0.00 0.27 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.28 0.13 0.42 0.21 0.15 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.03 0.11 0.01 0.10 0.04 0.24 0.00 0.02 0.03 0.06 0.16 0.32 0.13
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.05 0.02 0.19 0.01 0.23 0.03 0.14 0.06 0.28 0.02 0.00 0.01 0.25 0.60 0.12 0.26
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.05 0.02 0.13 0.03 0.01 0.00 0.08 0.08 0.55 0.27
O5' 0.23 0.51 0.29 0.37 0.70 0.01 0.72 0.00 0.63 0.48 0.61 0.73 0.42 0.06 0.25 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.25 0.31 0.51 0.37 0.17 0.36 0.34 0.28 0.21 0.32 0.42 0.21 0.16 0.60 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.12 0.18 0.09 0.19 0.43 0.15 0.45 0.14 0.19 0.13 0.29 0.15 0.32 0.12 0.55 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.17 0.06 0.21 0.35 0.12 0.33 0.01 0.19 0.10 0.28 0.42 0.12 0.13 0.26 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00